Etude de la flore bactérienne de steacks tartares prélevés en

Etude&de&la&flore&bactérienne&de&steacks&tartares&
prélevés&en&boucherie,&sandwicherie&et&restaurant&par&
analyse&métagénomique&ciblée&sur&l’ADN&ribosomial&16S.&
!"#$%#&'(%)*$*%+,'-%+#"$.'/"01%00",'2%#*$"'3"4"#'".'5"6#7"8'/%+9"'
:;1<)%'7<$<#%0'&"8'%$%0=8"8'' >9?";@A8'
B<8+0.%.8'
26$;0+8*6$'
• -C'%$%0=8"')<.%7<$6)*D+"'%'E"#)*8'&C*&"$@F"#'&C<.%90*#'0%'9*6&*G"#8*.<'&"'0%')*;#6H6#"'
&"8'<;1%$@006$8'&"'8."%I'.%#.%#",'"$' '%J"*7$%$.'0"'7"$#"'9%;.<#*"$'E6+#'E0+8'&"'KLM'
&"8'8<D+"$;"8N'
• O0' "P*8."' &"8' &*Q<#"$;"8' )%#D+%$."8' %+' $*G"%+' &"' 0%' )*;#6H6#",' 8"06$' 0C6#*7*$"' &"' 0%'
)%.#*;"N''-%'D+%0*.<')*;#69*6067*D+"'0%'E0+8'<0"G<"'<.%$.'#".#6+G<"'"$'96+;1"#*"N'
• R$.#"'0"8'&"+P'46$"8'1=E"#G%#*%90"8'&"'0CSB3#'TU:,'0%'46$"'VTWVX'"8.'+$')"*00"+#';16*P'
"$'."#)"'&C*&"$@F;%@6$'9%;.<#*"$$"N''
O$.#6&+;@6$!!
TN /<E%#.")"$.'&"8'8;*"$;"8'&"8'&"$#<"8'%0*)"$.%*#"8'Y'Z$*G"#8*.<'&"'-*[7",'!"07*D+"'
\N ]+%0*.='^%#.$"#':NSN,'_"#8.%0'!"07*D+"'
-"' 8."%I' .%#.%#"' "8.' +$"' E#<E%#%@6$' `' 9%8"' &"' G*%$&"' 1%;1<"' &"' 9a+A' ;#+"' %88%*86$$<"' ".' 86+G"$.' %&&*@6$$<"' &"' ;6$&*)"$.8N' 2"J"'
E#<E%#%@6$,' .#[8' E6E+0%*#"' "$' !"07*D+",' "8.' 86+G"$.' %;;6)E%7$<"' &"' A#*."8' 6+' <.%0<"' &%$8' +$' 8%$&b*;1N' -C+@0*8%@6$' &"' G*%$&"' ;#+"' ".' 0%'
;6)E68*@6$' &"' ;".' %0*)"$.' #"$&' ;"J"' E#<E%#%@6$' .#[8' 8"$8*90"' `' 0C%0.<#%@6$' &C6#*7*$"' 9%;.<#*"$$"N' ' Z$"' )"*00"+#"' ;6)E#<1"$8*6$' &"' 0%'
)*;#6H6#"'$%.+#"00"'&+'E#6&+*.'"8.'*$&*8E"$8%90"'E6+#';6$.#c0"#'".';6)E#"$&#"'0"8'E1<$6)[$"8'&C%0.<#%@6$8N'
• O&"$@F"#' 0"8' E6E+0%@6$8' 9%;.<#*"$$"8'
#".#6+G<"8' &%$8' 0"8' 8."%I8' .%#.%#"' G*%' +$"'
%EE#6;1"' )<.%7<$6)*D+"' ;*90<"' 8+#' 0CSB3#'
TU:'%F$'&C"88%="#'&C<G%0+"#'0"+#'D+%0*.<N'
• 26)E%#"#'0C"d;%;*.<'&"'&"+P'#<7*6$8'&"'0CSB3#'
TU:'E6+#' 0C%88*7$%@6$'.%P6$6)*D+"' e' VTWVX'".'
VfWVUN'
• U' <;1%$@006$8' &"' 8."%I' .%#.%#"' 6$.' <.<' E#<0"G<8e' \' <;1%$@006$8' &"' 96+;1"#*"8,' \'
<;1%$@006$8'&"'#"8.%+#%$.8'".'\'<;1%$@006$8'&"'8%$&b*;1"#*"8N'
• -"'?6+#'&"'0C%;1%.,'0"8'<;1%$@006$8'6$'<.<'%$%0=8<8'E%#')*;#69*6067*"';0%88*D+"'gH6#"'
0%;@D+",'H6#"'.6.%0"')<86E1*0"'".'Pseudomonas'8EENhN'
• -"8'U'<;1%$@006$8'6$.'<.<'86+)*8'`'&"+P'%$%0=8"8')<.%7<$6)*D+"8';*90%$.'0%'#<7*6$'
VTWVX'".'0%'#<7*6$'VfWVU'&"'0CSB3#'TU:N'g%EE%#"*0'B6;1"'5:Wi+$*6#hN'
• -"8'8<D+"$;"8'6$.'<.<'86+)*8"8'`'+$'E#6.6;60"'*$A6#)%@D+"'*)E0*D+%$.'0"'E%;I%7"'
j>(_ZB'E6+#'%96+@#'`'+$"'%88*7$%@6$'.%P6$6)*D+"'0%'E0+8'E#<;*8",'8+*G*'&"'!-S:('
E6+#'0C*&"$@F;%@6$'`'0C"8E[;"N'
-"8' 7#%E1"8' "PE#*)"$.' 0"8' E#6E6#@6$8' ;+)+0<"8' &"8' E6E+0%@6$8' 9%;.<#*"$$"8' &%$8'
0C<;1%$@006$N''-C*&"$@.<'.%P6$6)*D+"'"8.'E%#'&<A%+.'k7"$#"'"8E[;"l'6+'k7"$#"'8ENlN':*'
0C*&"$@F;%@6$' $"' E"+.' %J#*9+"#' +$' 7"$#",' 0%' )"$@6$' k+$;0%88*F"&l' "8.' *$&*D+<"N'
-C%$%0=8"' &"8' E6E+0%@6$8' 9%;.<#*"$$"8' *&"$@F<"8' &%$8' 0"8' <;1%$@006$8' )6$.#"' +$"'
;"#.%*$"'&*8E%#*.<'%+'8"*$'&"';"00"W;*'"$'A6$;@6$'&"'0C6#*7*$"'&"'0C<;1%$@006$N'
• -"8'<;1%$@006$8'&"'96+;1"#*"'E#<8"$."$.'+$'.%+P'&"';6$.%)*$%@6$')6="$'gTLfWTLU'
+A;m7h' )%*8' %G";' +$"' H6#"' )%?6#*.%*#")"$.' #"E#<8"$.<"' E%#' Lactobacillus0 algidus'
8+*G*"'&"'06*$'E%#'Photobacterium'phosphoreumN'
• -"8'<;1%$@006$8'&"'8%$&b*;1"#*"')6$.#"'+$"')*;#6H6#"'.6.%0"'%<#69*"')<86E1*0"'
)6*$8' &"$8"' gTLn'+A;m7h' )%*8' %G";' +$"' &*G"#8*.<' 9%;.<#*"$$"' E0+8' <0"G<",' )o)"'
"$.#"'0"8'&"+P'<;1%$@006$8N''2"J"'&*G"#8*.<'"8.'0"'A#+*.'&C+$"')%.#*;"'E0+8';6)E0"P"'
g;6$.%)*$%$.8'&"'G<7<.%+P';6))"'Xanthomonas'campestris'6+'Acinetobacter'8ENh'
6+' &C+$"' D+%0*.<' )6*$&#"' g&<G"06EE")"$.' &"' 9%;.<#*"8' %0.<#%$."8' ;6))"'
Leuconostoc'8EN'".'Pseudomonas'8ENhN'
• ^%#)*' 0"8' &"+P' <;1%$@006$8' &"' #"8.%+#%$.8,' 0"' #"8.6p\' E#<8"$.%*.' &"8' E#690[)"8'
6#7%$60"E@D+"8' g%8E";.' F0%$.hN' ' -"8' \' <;1%$@006$8' 86$.' 0%#7")"$.' ;6$.%)*$<8'
gqTLU'+A;m7h')%*8'E%#'&"8'E6E+0%@6$8'9%;.<#*"$$"8'&*Q<#"$."8N' '-C<;1%$@006$'T'8"''
&*8@$7+"' &+' \' E%#' +$' E#6F0' E#6;1"' &"8' <;1%$@006$8' &"' 96+;1"#*"' )*8' `' E%#.' 0%'
E#<8"$;"' &"' Pseudomonas'8EN' ".' &"' Brochothrix'thermosphactaN' -C<;1%$@006$' \'
)6$.#"' +$"' &*G"#8*.<' 9%;.<#*"$$"' E0+8' <0"G<",' $6.%))"$.' %G";' &"8' 9%;.<#*"8'
%0.<#%$."8'gLeuconostoc'8EN'".'Weissella'8ENh,'".'"$'$6)9#"'8+d8%$.'E6+#'"PE0*D+"#'
0"8'%0.<#%@6$8'698"#G<"8hN'
-%' ;6)E%#%*86$' &"8' &"+P' 46$"8' &C%$%0=8"' #<G[0"' D+"' 0%' 46$"' VTWVX' &"' 0CSB3' TU:'
E"#)".'&C%88*7$"#'+$"'*&"$@F;%@6$'.%P6$6)*D+"'E#<;*8"'?+8D+C%+'7"$#"'E6+#'E0+8'&"'
KLM'&"8'8<D+"$;"8';6$.#"'rfM'&%$8'0"';%8'&"'VfWVUN' '/"'E0+8,'0%'06$7+"+#')6="$$"'
&"8' 8<D+"$;"8' #"$&' E688*90"' +$"' *&"$@F;%@6$' ;6)E0<)"$.%*#"' G*%' 0"8' 9%8"8' &"'
&6$$<"8'".'0C+@0*8%@6$'&"'!-S:('?+8D+C`'0C"8E[;"'E6+#'rXM'&"8'8<D+"$;"8N'