Jacquier - Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires

Identification et caractérisation chez la levure des ARN associés à
Nhp2p et Gar1p, protéines des snoRNP H/ACA
Claire Torche( 1), Gwenaël Badis (1), Frédéric Devaux (2), Ginny Costanzo(1), Michel
Werner (3) et Alain Jacquier (1)
(1) Unité de Génétique des Interactions Macromoléculaires, Institut Pasteur, CNRS
URA2171, 25 rue du Dr. Roux, 75724 Paris cedex 15
(2) Laboratoire de Génétique Moléculaire, Ecole Normale Supérieure, CNRS UMR8541,
46 rue d’Ulm, 75005 Paris
(3) Service de Biochimie et de Genetique Moleculaire, Batiment 144, CEA/Saclay, 91191
Gif-sur-Yvette Cedex, France.
Au cours de leur maturation, les ARN ribosomaux (ARNr) sont modifiés de façon
covalente. Ces modifications, qui sont principalement de 2 types, les méthylations sur le
résidu 2’-hydroxyl des riboses et les pseudourydilations (Ψ), sont guidées par des snoRNA
(small nucleolar RNAs) présents au sein des snoRNP (small nucleolar Ribonucleoproteins).
La conversion des uridines en pseudouridines est assurée par les snoRNA à boîtes H/ACA
associés à quatre protéines!: Cbf5p, Gar1p, Nhp2p et Nop10p. Chez la levure, il existe 43 sites
pseudouridilés sur l’ARNr et 25 snoRNA H/ACA ont été identifiés. 13 de ces snoRNA sont
responsables de 16 Ψ. Pour les 27 autres sites, le snoRNA responsable de la modification
n’est pas connu. Paralélement, il existe 9 snoRNA pour lesquels aucune Ψ n’a été attribuée.
Afin d’étudier les ARN associés aux protéines des snoRNP et ainsi identifier de
nouveaux snoRNA H/ACA, nous avons réalisé une purification par affinité des complexes
associés à Nhp2p et Gar1p avec la méthode TAP et utilisé des puces à ADN comprenant le
génome complet de la levure afin d’analyser de façon globale les ARN associés à ces
protéines. Cette approche nous a permis d’une part de retrouver tous les snoRNA H/ACA qui
avaient été précédemment identifiés par différentes techniques et d’autres part d’identifier 3
nouveaux snoRNA H/ACA.
Etant donné le faible nombre de nouveaux snoRNA identifiés nous avons émis
l’hypothèse que tous les snoRNA H/ACA, ou presque, étaient à présents connus mais que
nombre d'entre eux étaient encore mal caractérisés. Grâce à une caractérisation systhématique,
nous avons assigné les snoRNA guides pour 24 nouveaux sites Ψ. 40 des 43 sites ont donc à
présents un snoRNA guide associé. Nous avons également montré que, contrairement à ce qui
était établi, certains snoRNA guident plus de deux Ψ alors que d'autres présentent des mis-
appariement avec leurs séquences cibles.
Enfin, la forme mature, polyadénylée, de l'ARNm codant pour la protéine ribosomale
Rps28a est également liée de manière stable aux protéines Nhp2 et Gar1. Cette association
pourrait-être requise pour la régulation de l'expression de cet ARNm.