Superchaîne et assemblage

Superchaˆıne et assemblage
Eric Rivals
LIRMM - M´ethodes Algorithmes pour la Bioinfo
www.lirmm.fr/~rivals
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Assemblage de g´enome
Plan
1Assemblage de g´enome
2Shortest Superstring
Graphe des chevauchements
Algorithme glouton
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Assemblage de g´enome
Principe
Assemblage
Donn´ee : un ensemble de lectures prises dans le g´enome cible
Sortie : la s´equence du g´enome cible
Id´ee
utiliser les chevauchements entre lectures pour savoir comment les
aggr´eger et leur ordre relatif
mod´elisation informatique Shortest Common Superstring
calculer les chevauchements maximaux de toute paire de read
long, utilisation d’index
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Assemblage de g´enome
Principe
Assemblage
Donn´ee : un ensemble de lectures prises dans le g´enome cible
Sortie : la s´equence du g´enome cible
Id´ee
utiliser les chevauchements entre lectures pour savoir comment les
aggr´eger et leur ordre relatif
mod´elisation informatique Shortest Common Superstring
calculer les chevauchements maximaux de toute paire de read
long, utilisation d’index
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Assemblage de g´enome
Assemblage [Green, 2001]
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