Etude génétique fine et recherche de signatures de sélection dans la population bovine Borgou Ressources Génétiques, Sophie Thévenon, 22 septembre 2011 CONTEXTE Origines et voies de migration des bovins domestiques en Afrique ILRI 2006 CONTEXTE Freeman et al., 2004 G. Dayo Adaptations locales différentes (climat, alimentation, conduite, usage, maladies) CONTEXTE : trypanotolérance Distribution des tsé-tsé - FAO FAO Freeman et al., 2004 J. Bouyer G. Dayo CONTEXTE Race Borgou, métisse stabilisée 50% taurin / 50% zébu G.K. Dayo © Aptitudes intermédiaires : productivité et adaptation au climat soudanien, zone à tsé-tsé CONTEXTE Hypothèses G. Dayo S. Thévenon © G.K. Dayo © Sélection – adaptation en fonction des aptitudes des races parentales OBJECTIFS Objectifs spécifiques du projet • Identifier les signatures de sélection dans le génome de la Borgou : d’une région génomique à des polymorphismes identifiés • Proposer des hypothèses sur les bases de la sélection • Comprendre les processus de sélection/création des races Positionnement et objectifs à long terme • Caractérisation neutre et adaptative des RGA • Polymorphismes pertinents pour l’adaptation (climat, maladie…) • Conservation et amélioration des RGA MATERIEL ET METHODES Matériel animal - Base de matériel INRA : 21 races taurines/zébu, africaines/européennes/américaines, dont 45 Borgou - 158 prélevés dans le cadre du projet au Bénin Génotypages 38100 SNP, 796 bovins Bovine SNP50 (Illumina) RESULTATS Analyses statistiques (cf Gautier et Naves, Mol Ecol 2011, 20(15):3128-43) Structuration neutre : Alleles Sharing Distance (R APE), ACP (R ade4), classification hiérarchique non supervisée (Admixture 1.04) RESULTATS Analyses statistiques (cf Gautier et Naves, Mol Ecol 2011, 20(15):3128-43) Signatures de Sélection : - Reconstitution des haplotypes (fastphase 1.4) - Statistiques basées sur l’identification d’haplotypes homozygotes longs par rapport à un modèle neutre : 1) iHS (Voight et al. 2006) : intra-population, puissant pour des haplotypes en cours de fixation 2) Rsb (Tang et al. 2007) : inter-populations, puissant pour des haplotypes fixés, ratio iES entre populations Baoulé-Somba (taurins africains) / Borgou Zébu Fulani / Borgou - Zone de 100kb, identification des gènes présents par rapport au génome bovin de référence Btau4.1 ou UMD3.1 (UCSC, NCBI) RESULTATS Analyses statistiques (cf Gautier et Naves, Mol Ecol 2011, 20(15):3128-43) Signatures de Sélection : 27 zones sous SS : 9 iHS* 3 Rsb Borgou / Taurins Africains (contre sélection de l’haplotype taurin) 16 Rsb Borgou / Zébu africain* (contre sélection de l’haplotype zébu) 30 gènes identifiés dans ces zones, 4 zones sans gènes connus Fonctions (en cours) : Réponse immunitaire (activation LT, NK, TNF superfamily…) Métabolisme (prise alimentaire, vasodilatation, densité osseuse, métabolisme lipidique…) PERSPECTIVES Finaliser l’étude des gènes candidats Etude fonctionnelle in silico, bibliographie Identification des polymorphismes des gènes candidats : comparaison de séquences entre races Mieux caractériser le phénotype des Borgou - Résistance aux maladies - Productions, objectifs de sélection des éleveurs - Appui à la valorisation de la race G.K. Dayo ©