Data Fauna-Flora par la pratique
publicité
Data Fauna-Flora par la pratique Yvan Barbier version du document 2.1, février 2015 Table des matières 1. Installation ............................................................................................. 3 1.1. Installation complète ....................................................................................................... 3 1.2. Installer une mise à jour .................................................................................................. 3 2. Premier lancement de DFF ..................................................................... 5 3. Ouverture d'une base de données ......................................................... 6 4. Ecran principal de DFF : le mode station ............................................... 8 4.1. 4.2. 4.3. 4.4. 4.5. 4.6. Présentation.................................................................................................................... 8 Navigation et recherche de données ................................................................................. 9 Encoder une station........................................................................................................11 Encoder une condition ....................................................................................................14 Encoder des observations ...............................................................................................14 Supprimer des observations ............................................................................................16 5. Afficher une carte de distribution ........................................................ 17 6. Opérations de maintenance ................................................................. 19 6.1. 6.2. 6.3. 6.4. Calcul des coordonnées ..................................................................................................19 Intégrité taxonomique ....................................................................................................20 Memo de la base de données ..........................................................................................20 Regrouper stations et conditions .....................................................................................21 7. Champs utilisateur et projets .............................................................. 22 7.1. Généralités ....................................................................................................................22 7.2. Champs utilisateurs alphanumériques ..............................................................................23 8. Importer des données .......................................................................... 26 8.1. Préparation du fichier texte .............................................................................................26 8.2. Importation....................................................................................................................27 9. Interroger les données : les requêtes .................................................. 30 9.1. Introduction ...................................................................................................................30 9.2. Assistant de création de requêtes ....................................................................................30 9.3. Rappel ...........................................................................................................................31 9.4. Le langage SQL ..............................................................................................................32 9.4.1. Instruction de base ..................................................................................................32 9.4.2. Requêtes paramétrées .............................................................................................34 9.4.3. Requêtes basées sur plusieurs tables ........................................................................35 9.4.4. Fonctions de calcul ..................................................................................................36 9.4.5. Regroupements de lignes .........................................................................................37 9.4.6. Tableaux croisés ......................................................................................................37 9.4.7. Utilisation de fonctions Visual Basic ...........................................................................38 9.4.8. Jointures externes ...................................................................................................39 9.4.9. Exemples de requêtes ..............................................................................................40 10. Préparer des cartes pour CFF............................................................. 43 11. Gestion des fichiers taxonomiques .................................................... 47 11.1. Principe de fonctionnement ...........................................................................................47 11.2. Ouvrir un fichier taxonomique .......................................................................................48 11.3. Affichage .....................................................................................................................48 11.4. Edition .........................................................................................................................49 11.5 Importation de taxons ...................................................................................................54 12. Interfacer DFF avec ArcGIS ............................................................... 55 DFF par la pratique - version 2.0 - page 1 Annexes ................................................................................... 59 1. Signification des champs de DFF ......................................................... 60 Table STAT ...........................................................................................................................60 Table COND ..........................................................................................................................60 Table SPEC ...........................................................................................................................61 2. Coordonnées géographiques, datums, etc .......................................... 63 DFF par la pratique - version 2.0 - page 2 1. Installation Remarque préliminaire DFF peut être installé sur un Mac à condition de faire tourner une instance virtuelle de Windows. Voir par exemple http://www.parallels.com/ Deux cas de figure sont possibles: 1. DFF n'est pas installé sur votre PC et ne l'a jamais été. Dans ce cas, il faut faire une installation complète. 2. DFF est déjà installé sur votre PC, vous désirez juste faire une mise à jour. 1.1. Installation complète 1. Téléchargez la version d'installation de DFF sur http://zoologie.umh.ac.be/dff. Sauvez le fichier dans un répertoire temporaire de votre disque dur et dézippez-le (clic droit sur le fichier zip puis "dézipper"). Vous devez alors avoir deux fichiers : setup.exe et setupdata.exe 2. Faites un double clic sur le fichier "setup". Le programme d'installation se lance. 3. Par défaut, le programme vous propose de faire l'installation dans c:\Program files\Data Fauna-Flora. Gardez ce choix par défaut. 4. A la fin de l'installation, le programme propose de lancer l'installation des dictionnaire. Cliquez sur suivant pour lancer cette installation. Par défaut, le programme vous propose de les installer dans D:\DFF. A moins que vous n'ayez pas de disque D, gardez ce choix. Sinon, choisissez un autre emplacement. Il est conseillé de ne pas choisir le même emplacement que celui des programmes. 5. Lors du lancement de DFF, celui-ci essaie d'établir une connexion avec le serveur web de l'UMons afin de vérifier si votre version est à jour ou non. Si vous remarquez que votre version n'est pas à jour, passez au point 1.2. 1.2. Installer une mise à jour 1. Ouvrez DFF et notez la version dont vous disposez en allant dans le menu "Aide" puis "A propos". Quittez DFF et/ou DFFTaxo 2. Pour mettre à jour DFF, rendez-vous sur le site http://zoologie.umh.ac.be/dff/updates.asp?section=update et téléchargez le fichier DFF.EXE si la version proposée sur le site est plus récente que celle dont vous DFF par la pratique - version 2.0 - page 3 disposez. Si ce n'est pas le cas, vous ne devez pas mettre à jour. 3. Le fichier dff.zip contient 3 fichiers: DFF.EXE, DFF.HLP et DFF.CNT. Vous devez recopier ces 3 fichiers dans le répertoire où a été installé DFF. Normalement, ce répertoire est C:\Program Files\Data Fauna-Flora. Par précaution, il vaut mieux faire une copie de sauvegarde des anciens fichiers avant de les écraser. 4. Procédez de la même manière pour DFFTaxo et CFFEdit si nécessaire. DFF par la pratique - version 2.0 - page 4 2. Premier lancement de DFF 1. Lancez DFF en double-cliquant sur l'icône DFF qui est sur le bureau ou en allant dans le menu "Démarrer / Programmes / Data Fauna-Flora" 2. Vous pouvez vérifier ou personnaliser certaines options: le menu Options / Fenêtre résumé / Image par défaut vous permet de changer l'image qui est affichée par défaut au centre de la fenêtre DFF. Quelques images vous sont proposées dans c:\Program Files\Data FaunaFlora. Vous pouvez choisir une image personnelle. Toutefois, ses dimensions ne devraient pas excéder 800 x 400 pixels. le menu "Options / Chemins" vous permet de définir les emplacement des répertoires que vous allez souvent utiliser. Par défaut : le menu "Dictionnaires / Définir les liens" vous permet de définir les emplacements des différents dictionnaires qui sont utilisés par DFF : Le dictionnaire CFFGazet n'est pas distribué par défaut avec DFF. Si vous désirez l'acquérir, voir la page http://zoologie.umh.ac.be/cff/cffgazet.asp. Il s'agit d'une banque de données de plus de 4 millions de toponymes mondiaux (hors USA) avec leurs coordonnées géographiques. DFF par la pratique - version 2.0 - page 5 3. Ouverture d'une base de données 1. Allez dans le menu "Fichier / Ouvrir" ou utilisez le reccourci CTRL+O. Normalement, une fenêtre s'ouvre et pointe directement dans D:\DFF\Test. Dans ce répertoire, choisissez le fichier test_bombus puis cliquez sur OK 2. DFF vous demande alors s'il faut faire une copie de sauvegarde de la banque de données. Il est toujours préférable de faire cette sauvegarde. Elle vous permettra de revenir en arrière en cas de mauvaises manipulation de votre part. Cette procédure crée un fichier ZIP avec 3 fichiers : le fichier mdb de la base de données, le fichier mdb du dictionnaire personnel (Dicouser.mdb) et le fichier mdb du dictionnaire général (DicoDFF.mdb). Si vous deviez revenir en arrière, il faudrait recopier le fichier de la banque de données dans d:\dff\test et les 2 dictionnaires dans d:\dff\dictio 3. Une fois la banque de données ouverte, la fenêtre centrale est mise à jour avec un résumé des principales propriétés de la banque. 4. Vous pouvez accéder aux propriétés de la banque de données en cliquant sur le menu Base de Données / Propriété ou en utilisant le raccourci CTRL+P. DFF par la pratique - version 2.0 - page 6 Le fichier des données est le fichier principal. C'est lui qui contient toutes les données sur lesquelles vous allez travailler. C'est un fichier MDB que vous pouvez également ouvrir directement avec Access (les version 97 et 2003 sont compatibles. Le format accdb ne l’est pas!). Chaque base de données fait référence à 3 autres fichiers MDB: le fichier taxonomique. C'est le dictionnaire taxonomique principal dans lequel DFF va aller puiser des suggestions lors de l'encodage le fichier taxonomique associé. C'est le dictionnaire taxonomique qui est utilisé pour les taxons associés (par exemple un dictionnaire de la flore pour encoder les fleurs butinées par les insectes). Vous devez toujours spécifier un dictionnaire taxonomique associé, même si vous ne comptez pas l'utiliser. le fichier dictionnaire utilisateur. C'est le fichier qui va contenir votre dictionnaire principal (voir plus loin à propos de l'utilisation des champs USER et de la notion de projet). DFF par la pratique - version 2.0 - page 7 4. Ecran principal de DFF : le mode station 4.1. Présentation 1. L'écran principal est appelé "mode station". Pour y accéder, cliquez sur "Base de données / Mode Station" ou utilisez le raccourci CTRL+S. Vous devez obtenir un écran comme celui-ci : Le mode station est le moyen principal de consultation et d'encodage des données. L'écran est divisé en 3 parties principales: 1. la partie supérieure contient toutes les informations relatives à la station: coordonnées géographiques, toponyme, localité, altitude, etc. 2. la partie centrale contient la liste des conditions qui sont liées à la station. Une condition correspond à une circonstance d'observation: date, plante butinée, technique de piégeage, etc. 3. la partie inférieur contient la liste des taxons observés pour la condition sélectionnée : nom du taxon, nombre, unité, récolteur, déterminateur, etc. 2. Vous pouvez redimensionner chacune des 3 parties à l'aide de la souris en cliquant sur la ligne qui sépare 2 zones DFF par la pratique - version 2.0 - page 8 3. Vous pouvez choisir les champs à afficher dans les 2 grilles Conditions et Espèces en allant dans le menu "Options / Champs de la grille Cond" ou "Options / Champs de la grille Spec" Il est conseillé d'ajouter les champs cond_memo et spec_memo à ceux déjà présent par défaut. La signification des champs est données en annexe. 4. Vous pouvez également modifier certaines options d'affichage en allant dans le menu "Options / Affichage" 4.2. Navigation et recherche de données 1. La manière la plus simple de naviguer dans les données est d'utiliser les touches de navigation DFF par la pratique - version 2.0 - page 9 Quand une station contient plusieurs conditions, il suffit de cliquer sur une ligne du tableau des conditions pour afficher, en dessous, les observations qui y sont liées. 2. Si vous connaissez l'identifiant d'une station, d'une condition ou d'une observation, vous pouvez y accéder en utilisant un des 3 menus "Stations / Atteindre" ou "Conditions / Atteindre" ou "Espèces / Atteindre" 3. Vous pouvez faire une recherche dans les données de 2 manières différentes: par le menu Edition/Chercher ou CTRL+F par le menu Edition/Chercher (ancien mode) ou CTRL+H le premier mode vous propose la fenêtre suivante: Vous pouvez préciser jusqu'à 3 critères de recherche. Si vous voulez ignorer un critère, décochez la case de gauche. Le résultat de la recherche s'affiche dans le tableau. Il peut être affiché de 3 manières différentes: Complet, Simple ou Très Simple. Le mode complet affiche les détails relatifs aux observations, le mode simple s'arrête aux détails des conditions et le mode très simples à ceux de la station. Quand vous changer de ligne dans ce tableau de résultats, la fenêtre station sous-jacente s'adapte automatiquement et affiche la donnée correspondante. Le second mode de recherche vous propose cette fenêtre : DFF par la pratique - version 2.0 - page 10 Le résutlat de la recherche s'affiche dans une petite fenêtre flottante: Cette fenêtre contient la liste des observations qui répondent aux critères de recherche. Utilisez les flèches pour passer d'une observation à l'autre. Contrairement au premier mode de recherche, celui-ci permet de modifier les données sans quitter la fenêtre des résultats de la recherche. 4.3. Encoder une station 1. pour encoder une nouvelle station, cliquez sur le menu "Station / Ajouter" ou appuyez sur CTRL + F6. Cela permet de créer une station vide : Vous pouvez également créer une nouvelle station en recopiant la station courante en appuyant sur la touche F6. 2. Tapez le début du toponyme que vous désirez encoder dans le champ toponyme. Le toponyme est le nom de la station. Exemple : Florennes. Puis tapez F3. Cette touche permet de lancer la recherche dictionnaire; elle est la même partout dans DFF. Vous obtenez une fenêtre avec le résultat de la recherche : DFF par la pratique - version 2.0 - page 11 Les résultats obtenus peuvent varier en fonction des options de recherche choisies. Vous pouvez ainsi choisir parmi 6 dictionnaires pour la recherche (ces options sont disponibles dans la zone inférieure gauche de la fenêtre de recherche). Sélectionner une des lignes et appuyez sur "Enter" ou double-cliquez ou encore cliquez sur le bouton "Ok". La fenêtre de recherche se referme et les informations relatives au toponyme s'inscrivent dans la fenêtre des stations : Notez que la partie gauche, réservée aux coordonnées géographiques, est remplie automatiquement. Coordonnées géographiques DFF accorde une grande importance à la gestion des coordonnées géographiques. Celles-ci peuvent être encodées dans plusieurs systèmes différents (voir tableau en annexe). Ces coordonnées originales sont toujours conservées par DFF. Par commodité, des coordonnées de travail sont également calculées par DFF : degrés décimaux, degrés minutes secondes, UTM alphanumérique et XY utilisateur. Vous trouverez plus de renseignements sur les coordonnées, les datums, etc dans l'annexe. DFF par la pratique - version 2.0 - page 12 3. Cette recherche vous donne un point de départ pour préciser les caractéristiques de la station. Vous pouvez maintenant modifier les coordonnées, préciser le nom du toponyme, l'altitude, etc. 4. Une façon rapide de vérifier la position de la station est de la localiser sur une carte. Pour cela, appuyez sur la touche CTRL+M. Vous obtenez une carte : Vous pouvez changer le fond de carte en allant dans le menu fichier / ouvrir et en choisissant un autre fichier (ceux-ci sont, par défaut, dans le répertoire C:\Program Files\Data Fauna-Flora\Carto). Vous pouvez télécharger des fonds de carte supplémentaires sur le site web de DFF (http://zoologie.umh.ac.be/dff) 5. Si vous êtes connecté à Internet, il vous est également possible de voir l'emplacement de la station via Google Maps. Pour cela, cliquez sur le bouton "Google Map". Vous obtenez alors cette fenêtre : DFF par la pratique - version 2.0 - page 13 Vous pouvez alors: passer à un autre mode de visualisation (plan/satellite/mixte/relief) déplacer le point proposé; faire une nouvelle recherche de localisation; cliquer sur un autre endroit de la carte (une petite punaise jaune apparaît). Quand la localisation précise est terminée, vous pouvez appliquer les changements de coordonnées en cliquant sur le bouton "copier les coordonnées dans la station". Si vous ne désirez pas apporter de changement, fermez simplement la fenêtre. Remarquez que les coordonnées originales sont modifiées après avoir recopié les coordonnées depuis GoogleMap. Vous pouvez ensuite donner une précision à la position de la station. Celle-ci est exprimée en mètres. 6. Pour sauver la station, cliquez sur le menu "Edition / Sauver les modifications" ou appuyez sur la touche F4. Encoder une station en recopiant une station existante. Il est souvent utile de partir d'une station existante pour en créer une nouvelle . Pour cela, il suffit d'utiliser la touche F6. Elle permet de dupliquer la station courante vers une nouvelle station. 4.4. Encoder une condition 1. pour encoder une nouvelle condition, cliquez sur le menu "Condition / Ajouter" ou appuyez sur la touche CTRL+F7. Vous pouvez aussi utiliser la touche F7 pour dupliquer la condition courante. 2. pour encoder une date, placez-vous dans le champ DAT2 et tapez, par exemple: 5 6 10 3. Appuyez sur F4 et remarquez que la date devient 05/06/2010 4. Pour encoder un intervalle de date, tapez une autre date dans le champ DAT1. 5. Pour encoder juste un moi, tapez 6 10, cela donnera 00/06/2010 6. Vous pouvez encoder d'autres champs mais, pour le moment, nous les laisserons vides. 4.5. Encoder des observations DFF par la pratique - version 2.0 - page 14 1. pour encoder une nouvelle observation, cliquez sur le menu "Espèces / Ajouter" ou appuyez sur la touche Shift+F8. Vous pouvez aussi utiliser la touche F8 pour dupliquer l'observation courante ou CTRL+F8 pour recopier la dernière observation encodée (même si elle n'est pas attachée à la condition courante). 2. pour encoder un taxon, placez-vous dans le champ "TAX". Tapez : Bombus ter puis sur la touche F3. Cela provoque l'affichage de la fenêtre de recherche taxonomique: 3. Pour valider votre choix, tapez sur Enter ou cliquez sur le bouton Ok. Le tableau des observations est alors mis à jour avec les renseignements taxonomiques: Gestion de la taxonomie dans DFF Les tables COND et SPEC contiennent chacune deux champs taxonomiques: TAX et TAXPRIO. Pourquoi? Cela permet de conserver le nom original du taxon, tel qu'il a été noté par l'observateur mais, en même temps, d'avoir toujours le nom scientifique courant (champ TAXPRIO). On peut ainsi par exemple encoder "Frelon asiatique" dans le champ TAX et avoir "Vespa velutina" dans le champ TAXPRIO. 4. Vous pouvez encoder d'autres champs dans la table des observations. Utilisez la touche F3 pour accéder aux dictionnaires. Par exemple, F3 sur le champ SEX affiche cette fenêtre de recherche : DFF par la pratique - version 2.0 - page 15 5. Il est conseillé de toujours encoder les champs suivants: TAX, TAXPRIO, SEX, N, REC, DET, AUCT, CONF, SRC. Pour la signification des champs, voir en annexe Encoder rapidement pour encoder rapidement, il faut utiliser au maximum les touches de raccourci: - F8 pour recopier la dernière observation de la station courante CTRL+F8 pour recopier la dernière observation encodée (quelle que soit la station) F9 pour recopier le champ courant depuis la donnée précédente 4.6. Supprimer des observations 1. pour supprimer une station, cliquez dans le menu Station / Supprimer. Ceci aura pour effet de supprimer la station mais aussi toutes les conditions et les observations qui lui sont attachées! 2. pour supprimer une condition, sélectionnez d'abord la (les) ligne(s) à supprimer puis faites un clic droit et choisissez "Supprimer". Attention que les observations liées aux conditions supprimées sont également effacées! Pour sélectionner plusieurs lignes, utilisez les touches CTRL ou Shift pour étendre la sélection. 3. pour supprimer une ou plusieurs observations, procédez comme pour les conditions. DFF par la pratique - version 2.0 - page 16 5. Afficher une carte de distribution DFF n'est pas un logiciel de cartographie. Il vous permet néanmoins de visualiser rapidement la distribution des taxons présents dans votre base de données. Pour afficher une carte de distribution, allez dans le menu "Base de données / Outils / Cartographie" ou cliquez sur le raccourci dans la fenêtre centrale. Une carte vierge s'affiche : Si la zone de gauche est vide, il faut régénérer la liste des taxons. Pour cela, cliquez sur le bouton "rafraîchir la liste des taxons". Si le résultat obtenu n'est pas cohérent, c'est que votre banque de données présente des problèmes de cohérence taxonomique. Dans ce cas, effectuer une mise à jour taxonomique (voir point 6.2). Vous pouvez alors afficher une distribution en double-cliquant sur un nom de taxon. Vous pouvez également changer de fond de carte via le menu "Fichier / Ouvrir". N'oubliez pas que des fonds de carte supplémentaires sont disponibles sur le site de DFF. DFF par la pratique - version 2.0 - page 17 Pour cartographier une sélection de données dans la bases de données, voir le chapitre consacré aux requêtes. DFF par la pratique - version 2.0 - page 18 6. Opérations de maintenance 6.1. Calcul des coordonnées Comme déjà écrit ci-dessus, DFF conserve toujours les coordonnées originales telles que données par l'observateur. Par contre, DFF propose des coordonnées de travail qui sont recalculées à partir des coordonnées originales. Ces coordonnées sont les degrés décimaux, les degrés-minutes-secondes, les UTM alphanumériques et les coordonnées XY au choix de l'utilisateur. Pour recalculer les coordonnées utilisateurs: Si vous êtes dans la fenêtre principale de DFF, cliquez dans le menu "Base de données / Outils / Stations / Coordonnées utilisateur". Si vous êtes dans la fenêtre d'affichage des données par station, allez dans le menu "Outils / Stations / Coordonnées utilisateur". Choisissez ensuite le système de coordonnées voulu et cliquez sur "Ok". Pour recalculer toutes les autres coordonnées, choisissez, dans les mêmes menus, l'entrée "Recalculer les coordonnées". Vous pouvez choisir de diluer la précision des UTM alphanumériques calculés à l'aide de la liste déroulante. Les coordonnées sphériques et UTM sont associées à un datum. Celui-ci est défini via le menu "Options / "Coordonnées". DFF par la pratique - version 2.0 - page 19 6.2. Intégrité taxonomique Comme nous l'avons vu, DFF conserve toujours le nom du taxon tel qu'il a été encodé. Au moment de l'encodage, ce nom est automatiquement associé au nom scientifique prioritaire (TAXPRIO). Il peut arriver que l'on veuille vérifier l'adéquation qu'il y a entre le nom d'origine et le nom prioritaire; par exemple après des remaniements taxonomiques ou après avoir importé un fichier d'une autre source. Pour lancer cette vérification, si vous êtes dans l'écran principal de DFF (accueil), allez dans le menu "Base de données / Outils / Espèces / Mise à jour des champs taxonomiques". DFF cherche alors, pour chaque taxon (champ TAX) de la base de données, sa correspondance dans le dictionnaire taxonomiques: On voit ici que 2 noms n'ont pas pu être retrouvés de façon unique dans le dictionnaire taxonomique. Par défaut, ces 2 noms seront ignorés lors de la mise à jour taxonomique. On peut néanmoins décider, maintenant, de les intégrer dans la mise à jour. Par exemple, faites un clic droit sur la ligne "Bombus perezi" puis cliquez sur "Dictionnaire taxonomique". Vous pouvez alors choisir le bon taxon, soit Bombus perezi (ID 1644). Cliquez ensuite du Ok pour lancer la mise à jour. Si DFF vous demande s'il faut aussi mettre à jour le champ TAX, répondez non. Si vous répondez oui, le champ TAX va être écrasé par les valeurs de TAXPRIO, ce qui n'est pas du tout conseillé! 6.3. Memo de la base de données Chaque base de données est accompagnée d'une table MEMO. Celle-ci a pour but de consigner les opérations principales qui sont faites sur la banque de données. DFF par la pratique - version 2.0 - page 20 Ce memo est par défaut affiché à l'ouverture de chaque BD. Vous pouvez ensuite y retourner en allant dans le menu "Base de données / Mémo du fichier". N'hésitez pas à remplir ce mémo, il vous sera utile dans le futur mais aussi à d'éventuelles autres personnes qui pourraient reprendre votre travail ultérieurement. Le memo est parfois mis à jour automatiquement, par exemple lors de changements automatiques de structure à la mise à jour de DFF. 6.4. Regrouper stations et conditions Après une importation de données, on se retrouve souvent avec une multitudes de stations ou de conditions identiques. DFF vous permet de regrouper automatiquement toutes les stations et conditions identiques. Pour cela, allez dans le menu "Base de données / Outils / Stations / Regrouper les stations identiques". DFF affiche une grille vide. Cliquez sur "Suivant" pour afficher le premier regroupement possible. Si vous acceptez le regroupement, cliquez sur "Regrouper". Dans ce cas, DFF regroupe toutes les données de ces stations en une seule et supprime les duplicatas. Pour regrouper automatiquement toutes les stations de la banque de données, cliquez sur "Tout regrouper!". Le principe est le même pour les conditions. Il faut toujours commencer par regrouper les stations avant de regrouper les conditions. DFF par la pratique - version 2.0 - page 21 7. Champs utilisateur et projets 7.1. Généralités Data Fauna-Flora permet à l’utilisateur de définir des champs qui lui sont propres. Ces champs sont nommés « Champs utilisateurs ». Ils sont au nombre de 42: 7 champs alphanumériques et 7 champs numériques liés à la station; 7 champs alphanumériques et 7 champs numériques liés à la condition; 7 champs alphanumériques et 7 champs numériques liés aux spécimens; De façon interne, ces champs sont TOUJOURS appelés USERA1 à USERA7 et USERN1 à USERN7. Les champs USERA* peuvent être utilisés en conjonction avec le dictionnaire utilisateur. Cela facilite l’encodage et diminue les risques d’erreurs à l’encodage. Les champs USERN* (numériques) ne sont liés à aucun dictionnaire. En outre, chaque station d'une base de données DFF est liée à un numéro de projet. Ce numéro fait référence, de manière interne, à la table PROJECT. Lors de la création d'une nouvelle base de données, le projet n°1 est automatiquement créé. On lui attribue automatiquement le code "DEFAUT" et la description "Projet par défaut". Il est possible de définir autant de projets qu'on le désire. On pourrait, par exemple, créer un projet pour un type d'inventaire et un autre projet pour un autre type d'inventaire. A chaque projet sont associés des définitions de champs utilisateur différentes. Cette technique permet de faire coexister, dans une même base de données, des données de nature différente (par exemple des données de papillons comportant des fleurs butinées et de vers de terre comportant des types d'humus). Chaque projet est caractérisé par : un identifiant unique (PROJECT_ID); un nom de code (CODE); une brève description de maximum 255 caractères (DESCR); un commentaire éventuel (MEMO) le nom du centre de référence dont il dépend (CENTRE_REF). Le centre de référence est une notion introduite dans le "code de déontologie de la FBDB". Il se définit comme suit: "Le centre de référence est l'endroit, connu de la F.B.D.B., où le coordinateur dépose le fichier original géré sur support informatique, par le groupe de travail. Le centre de référence est sous la responsabilité d'une personne physique DFF par la pratique - version 2.0 - page 22 ou morale définie.". On mentionne donc dans ce champ le nom de l'organisme qui est le dépositaire officiellement reconnu des données originales. On voit donc que les notions de projet et de champs utilisateur sont intimement mêlées. La définition des projets et des champs utilisateurs qui leurs sont associés se fait via le menu "Base de données" "Projets". 7.2. Champs utilisateurs alphanumériques Dans l'exemple suivant, nous allons modifier le dictionnaire utilisateur en créant un "Flag" LUNE. Celui-ci servira à caractériser l'état de la lune lors des récoltes de lépidoptères pour le projet "ZNIEFF". 1. Dans la fenêtre principale de DFF, cliquer sur le menu "Base de données" "Projets" 2. Sélectionner d'abord le projet dont on veut modifier la définition des champs utilisateur. Au besoin, créer un nouveau projet grâce au bouton "Nouveau" ou "Dupliquer". C'est ce qu'on a fait ici pour le projet ZNIEFF. 3. Vérifier si le flag "LUNE" n'existe pas déjà en cliquant sur le bouton "Dictionnaire utilisateur". Dans la fenêtre qui apparaît, la liste déroulante donne l'ensemble des flags disponibles dans le champ dictionnaire utilisateur. Si le flag "LUNE" n'est pas présent, on peut le créer via le menu Edition/Ajouter un flag : Cliquer sur le menu "Edition" "Ajouter un flag" Dans la boite de dialogue, taper LUNE Cliquer sur la cellule "Code" du tableau et taper "01" Avec la flèche droite, se déplacer dans la cellule "FACT" et taper "sans lune" DFF par la pratique - version 2.0 - page 23 Appuyer sur la flèche base; cela a pour effet de sauver la ligne courante. LUNE est automatiquement ajouté dans le cellule FLAG. Répéter l'opération pour les valeurs suivantes: lune durant une partie de la collecte lune durant toute la collecte L'écran devrait alors être comme celui-ci: Remarque: si le flag doit être utilisé pour réaliser une importation depuis Microbanque Faune-Flore, il faut veiller à remplir la colonne "CODE_MFF" avec le code MFF correspondant à la colonne CODE. 1. Fermez maintenant la fenêtre "Dictionnaire utilisateur". On revient donc à la fenêtre "Projets" L'étape suivante consiste à préciser que le FLAG LUNE va être utilisé dans le champ utilisateur COND.USERA1 du projet ZNIEFF. Dans la fenêtre "Projets": 1. S'assurer que la ligne courante du tableau est bien celle du projet "ZNIEFF". 2. Double-cliquez sur la ligne COND USERA1 3. Dans la fenêtre qui apparaît, rentrer les informations suivantes: 4. Cliquer sur le bouton "Ok" Si la liste des "Facts" à définir dans le dictionnaire utilisateur est très longue, il vaut mieux les importer depuis un fichier existant (voir aide de DFF à ce sujet). Les champs utilisateurs ainsi définis sont disponibles dans l'encodage. Les champs utilisateurs alphanumériques (USERA*) sont liés à un dictionnaires, l'encodage est donc facilité grâce à l'emploi de la touche F3. Pour faire apparaître le champ nouvellement défini dans l'encodage: DFF par la pratique - version 2.0 - page 24 1. en mode station, choisissez le projet nouvellement défini dans la station: 2. Allez dans le menu "Options / Champs de la grille Cond". Dans la liste de gauche, choisissez "USERA1" cliquez sur le bouton " > ". Le champ USERA1 doit apparaître dans la liste du milieu : 3. Cliquez sur OK. Le champ "LUNE" (en fait USERA1) apparaît dans les conditions. Si vous placez le curseur dans cette colonne et que vous appyez sur F3, vous obtenez le dictionnaire précédemment défini. DFF par la pratique - version 2.0 - page 25 8. Importer des données Il y a plusieurs fonctions d'importation dans DFF. La plus communément utilisée est celle qui permet d'importer des fichiers au format texte dont les colonnes sont séparées par des tabulations. Mais vous pouvez également importer : un un un un un autre fichier DFF fichier Microbanque-Faune-Flore (3 ou 4) fichier Carto Fauna-Flora fichier "carnet de récolte" format UMH (rece) fichier issu d'un export depuis le site "observations.be" La paragraphes suivants traitent uniquement de la manière d'importer un fichier texte séparé par des tabulations. 8.1. Préparation du fichier texte De nombreux utilisateurs possèdent déjà leurs propres bases de données. Celles-ci sont stockées dans des formats très divers avec des structures encore plus diverses. Comme il est impossible de réaliser un filtre d'importation spécifique à chacun des formats imaginables, DFF propose un "Assistant d'importation de fichiers textes". Cet assistant permet d'importer n'importe quel fichier texte, quelle que soit sa structure. On peut donc comparer cet assistant à un "importateur universel". Le fichier texte à importer doit néanmoins satisfaire les conditions suivantes: le fichier doit être au format ASCII (encore appelé "texte seulement"); les champs doivent être séparés par des tabulations; le contenu des champs doit respecter l'usage qui en est fait par DFF. Par exemple, la date doit être au format AAAAMMJJ, le nom du taxon doit être du type Genre espèce, etc. Il faut donc se conformer aux tableaux présentés en annexe et ne pas dépasser les longueurs de champ permises; si on désire préciser des coordonnées originales, elles doivent respecter la syntaxe DFF (voir tableau ci-dessous). Pour se conformer à ces règles, il faudra, dans certains cas, utiliser des fonctions de transformation du logiciel d'origine. Par exemple, si votre fichier d'origine est en Microsoft Excel et que les dates sont écrites dans le format "29 février 2000", il faudra sélectionner la colonne, cliquer sur le menu "Format", puis "Cellule", puis "personnalisé" et taper "aaaammjj" comme format personnalisé. Si votre base de données est en Microsoft Access et que l'information est répartie sur plusieurs tables, il faudra créer une requête faisant les jointures entre les tables de manière à regrouper toute l'information d'une observation sur une seule ligne avant de l'exporter vers un fichier texte. Il faudra aussi peut-être utiliser des fonctions permettant de reformater certains champs. Suivant le type de coordonnées originales du fichier d'importation, celles-ci devront être réparties sur 1, 2 ou 3 champs. Le tableau suivant illustre la manière de préparer les coordonnées originales selon leur nature. Les décimales doivent être notées avec le point (.) et pas la virgule (,). DFF par la pratique - version 2.0 - page 26 Type de coordonnées Degrés décimaux Greenwich Degrés-Minutes-Secondes Greenwich UTM MGRS (UTM alphanumérique) Lambert belge 1972 IFBL Champ 1 Latitude 50.34432 Latitude 45.30 Fuseau 31 Fuseau 31 X en mètres 112568 Code du carré G33643 Latitude 48.9552 X en mètres X en mètres 650000 X en mètres 650000 X en mètres 650000 X en mètres 550000 X en mètres 500000 Lettre SM Champ 2 Longitude -2.45333 Longitude 4.1030 Easting en m 616000 Zone U Y en mètres 128963 Champ 3 Datum obligatoire * * Northing en m 5564000 Lettre+Easting+Northing FR1634 ** ** BEL72 BEL72 Longitude NTF 3.5423 Lambert France 93 Y en mètres RGF93 Y en mètres Lambert France I NTF 300000 Y en mètres Lambert France II NTF 300000 Y en mètres Lambert France III NTF 300000 Y en mètres Lambert France IV NTF 200000 Y en mètres Lambert France II étendu NTF 2450000 Easting+Northi British National Grid ng OGB-M 2354 Lettre Easting+Northi Irish TM Grid IL ng IRL 2354 * Choix libre. En cas de doute: EUR-M ou WGS84 ** Choix libre parmi la liste donnée dans l'annexe A du manuel de CFFedit. En cas de doute: EUR-M ou WGS84 Grades Paris centésimaux 8.2. Importation Lorsque votre fichier texte est préparé selon les règles énoncées ci-dessus, ouvrez ou créez la base de données destinée à recevoir le fichier d'importation. Il est vivement conseillé de faire d'abord un essai sur une base de données prévue à cet effet. Si le résultat est correct, on passe alors à l'importation dans la banque de données principale. Dans le menu "Base de données", cliquez sur "Importer" "Assistant d'importation de fichier texte". La fenêtre suivante apparaît. DFF par la pratique - version 2.0 - page 27 Cliquez sur l'icône d'ouverture de fichier pour spécifier le fichier à importer. Choisissez le projet auquel seront attribuées les nouvelles données importées (voir notion de projet ci-dessus) et, si besoin, choisissez le datum par défaut qui sera associé aux coordonnées géographiques (voir tableau précédent). Cliquez ensuite sur le bouton "Suivant >>". Le fenêtre suivante apparaît. Le tableau reprend les 25 premières lignes du fichier que vous désirez importer. Cette étape consiste à définir vers quels champs de DFF chacune des colonnes du tableau va être importée. Pour définir cela, cliquez tour à tour sur chacune des colonnes et choisissez le champ DFF correspondant dans la liste déroulante de droite. Si vous désirez ne pas importer certaines colonnes, il suffit de ne pas leur attribuer de correspondance avec DFF. Au fur et à mesure de la définition des correspondances, la 2ème ligne du tableau reprend le champ de DFF qui correspond à la colonne. Après avoir défini les correspondances, vous pouvez encore définir le format des coordonnées originales (conformez vous aux recommandations émises ci-dessus). Si le fichier ne contient pas de coordonnées, passez directement à l'étape suivante. Enfin, quand la configuration est bien définie, il est conseillé de la sauver grâce au bouton "Sauver configuration". Par la suite, lors d'une nouvelle importation, il vous sera possible de récupérer tous ces réglages directement grâce au bouton "Charger DFF par la pratique - version 2.0 - page 28 configuration". Cliquez ensuite sur le bouton "Suivant >>". La dernière fenêtre apparaît: Cliquez sur le bouton "Importer" pour lancer la procédure d'importation. Si tout se passe bien, les données sont intégrées à la base de données DFF. Il est alors conseillé lancer : 1. 2. 3. 4. l'outil de regroupement des stations l'outil de regroupement des conditions un recalcul des coordonnées l'outil de vérification taxonomique DFF par la pratique - version 2.0 - page 29 9. Interroger les données : les requêtes 9.1. Introduction Une requête est une recherche prenant en compte plusieurs critères de sélection; ces critères sont basés sur les différents champs constituant la base de données. L'exécution des requêtes dans DFF s'effectue via la fenêtre "Requêtes". Celle-ci peut être obtenue par trois cheminements différents: 1. dans la fenêtre principale de DFF, cliquez sur le menu "Base de données / outils / requêtes" 2. dans la fenêtre principale, cliquez sur l'icône requêtes dans la barre d'outil de lancement rapide 3. dans la fenêtre des stations, cliquez sur le menu "Outils / Requêtes" DFF affiche alors l'interface qui vous permet de créer et lancer des requêtes. Pour une première utilisation, vous pouvez lancer l'assistant de création de requête. Celuici vous permettra de créer des requêtes simples. Par après, quand vous serez familiarisé avec le langage SQL, vous n'utiliserez plus que la méthode directe pour accéder aux requêtes. 9.2. Assistant de création de requêtes 1. Cliquer sur "Requête" "Assistant de création de requête" 2. Ouverture de la boîte de dialogue "Assistant de création de requête SQL" 3. Remplissez la fenêtre comme suit 4. La première étape consiste à choisir la table ou la requête à interroger 5. Ensuite, il convient de définir les critères de sélection en précisant les Champs, Opérateurs et Textes (noms de taxon, de localité, etc.). DFF par la pratique - version 2.0 - page 30 6. Dans les listes déroulantes, choisir le Champ, choisir l'Opérateur et inscrire le texte correspondant au critère 7. Réitérer l'opération si besoin 8. Cocher "ET" ou "OU" (éventuellement "Tout sélectionner", dans ce cas, ne pas donner de critère de sélection) 9. Sélectionner les champs qui devront apparaître dans le tableau de requête et définir leur ordre de tri. Il suffit de déplacer les champs sélectionnés à l'aide des boutons (>, >>, < et <<). Le bouton ?> permet de choisir automatiquement les champs nécessaires à certains traitements ultérieurs (Cartographie, Cartographie Départementale Faune-Flore, Phénologie) 10. Cliquez sur "Ok" pour afficher le résultat de la requête 11. Il est alors possible d'exploiter le résultat de cette requête de diverses manières : exportation, cartographie, etc. Pour créer des requêtes plus complexes, il faut utiliser le langage SQL. Nous vous encourageons vivement les à vous familiariser avec le langage SQL car celui-ci donne énormément de possibilités d'exploitation des banques de données. 9.3. Rappel Une base de données est constituée de TABLES. Ces tables sont constituées de CHAMPS. Une TABLE est une entité homogène. Par exemple, la table STAT d'une banque de données DFF reprend toute l'information liée aux stations. Les bases de données DFF sont constituées de 9 tables mais font également appel à d'autres bases de données que l'on appelle les DICTIONNAIRES. Les champs constituent, en quelque sorte, les colonnes des tables. C'est dans les champs que l'on stocke les différentes informations. Par exemple, le champ UTM de la table STAT est destiné à stocker la coordonnée UTM alphanumériques. Les champs DFF par la pratique - version 2.0 - page 31 sont caractérisés par leur type: alphanumérique ou numérique (il existe d'autres types de champs mais on les utilise peu dans DFF). Les champs alphanumériques peuvent contenir du texte ou des chiffres; ils ont une certaine longueur qu'on ne peut dépasser. Les champs numériques ne peuvent contenir que des chiffres. Suivant le type de champ numérique, ils peuvent contenir des nombres entiers, des nombres entiers longs, des réels simples ou des réels doubles. Les champs peuvent ne contenir AUCUNE information. Ils contiennent alors des valeurs dites "nulles". Ces valeurs nulles représentent une ABSENCE d'information et sont différentes du zéro pour les champs numériques ou du blanc pour les champs alphanumérique. Il arrive souvent que différentes tables possèdent des champs ayant le même nom. Dans ce cas, pour y faire référence, il faut précéder le nom du champ par le nom de la table à laquelle il appartient. Par exemple, les tables COND et SPEC ont toutes les deux un champ nommé TAXPRIO. On fait référence à celui de la table COND en écrivant COND.TAXPRIO et à celui de la table SPEC en écrivant SPEC.TAXPRIO. Certaines tables sont liées entre elles par l'intermédiaire de certains champs qui assurent la liaison. Par exemple, la table COND est liée à la table STAT par l'intermédiaire du champ STAT_ID commun aux deux tables. Cette liaison sera utile pour les requêtes multi-tables. 9.4. Le langage SQL 9.4.1. Instruction de base L'instruction SELECT permet de créer des sélections dans une base de données. On peut distinguer 4 parties fondamentales dans une requête simple de type SELECT: 1. Spécifier les champs que l'on veut voir dans le résultat SELECT TOPO, FIPS, UTM, LATI, LONG 2. Spécifier la table que l'on veut interroger FROM STAT 3. Spécifier une condition WHERE FIPS = 'BE03' 4. Spécifier un ordre de tri ORDER BY FIPS, TOPO Cela donne la requête suivante: SELECT TOPO, FIPS, UTM, LATI, LONG FROM STAT WHERE FIPS = 'FR04' ORDER BY FIPS,TOPO Voici un extrait du résultat de cette requête: DFF par la pratique - version 2.0 - page 32 Si on veut sélectionner tous les champs de la table, il n'est pas nécessaire de les préciser tous, on peut les remplacer par une étoile (*). Le début de la requête devient donc SELECT * FROM STAT On peut préciser plus d'une condition. Les conditions sont alors séparées par les mots-clé AND ou OR. AND est utilisé quand on veut que TOUTES les conditions soient respectées. OR est utilisé quand on veut qu'au moins une des conditions soit respectée. On peut également combiner des conditions en utilisant des parenthèses. Voici trois exemples: SELECT * FROM STAT WHERE FIPS='FR05' OR FIPS = 'FR05' SELECT * FROM STAT WHERE FIPS='FR05' AND LOCA < 'T' SELECT * FROM SPEC WHERE TAXPRIO = 'Bombus wurflenii mastrucatus' AND (REC='BARBIER' OR REC='RASMONT') Les opérateurs utilisables dans les conditions sont les suivants: = < > <= >= BETWEEN X AND Y LIKE égal inférieur à supérieur à inférieur ou égal à supérieur ou égal à Entre X et Y Comme (ressemblant à). DFF par la pratique - version 2.0 - page 33 Dans ce dernier cas, il faut faire suivre la chaîne de caractère recherchée par une étoile (*) Les chaînes alphanumériques doivent être entourées de ' mais pas les chiffres Les décimales se notent avec un point (donc pas de virgule) exemples: FIPS like 'BE*' LATI < 45.4 Les noms des colonnes retournés par la requête sont ceux des champs. Il est possible de modifier ces noms en utilisant l'opérateur AS. Par exemple, si je veux remplacer "FIPS" par "Code province" dans le résultat de la requête, celle-ci devient: SELECT FIPS AS [Code province] FROM STAT... "Code province" est écrit entre crochet car il comporte un espace. Les crochets indiquent à SQL que "Code province" n'est qu'une seule chose et pas deux. SQL (de Access) ne fait pas de différence entre les minuscules et les majuscules. L'instruction SELECT peut être suivie du mot DISTINCT. Cela permet de sélectionner uniquement les enregistrements distincts (différents). Par exemple, SELECT DISTINCT TOPO FROM STAT ORDER BY TOPO aura pour effet de sortir une liste de tous les TOPO différents de la table STAT et classés par ordre alphabétique. 9.4.2. Requêtes paramétrées Les requêtes paramétrées constituent un outil très puissant. Grâce à elles, il est possible de créer des requêtes qui demandent une ou plusieurs variables pour s'exécuter. Par exemple, si on exécute souvent une requête qui extrait l'ensemble des lignes de la table SPEC pour une espèce donnée, il est intéressant de créer une requête paramétrée qui permet de rentrer, lors de son exécution, le nom de l'espèce à extraire. La requête suivante: PARAMETERS [Nom du taxon] TEXT; SELECT * FROM SPEC WHERE TAXPRIO = [Nom du taxon] ORDER BY COLL, DET, REC demande, à chaque exécution, un nom de taxon à extraire. On peut affiner cette requête de la manière suivante: PARAMETERS [Nom du taxon] TEXT; SELECT * FROM SPEC WHERE TAXPRIO LIKE [Nom du taxon]+'*' ORDER BY COLL, DET, REC DFF par la pratique - version 2.0 - page 34 Dans ce cas, la requête recherche tous les taxons dont le nom commence [Nom du taxon] Les requêtes paramétrées sont constituées de deux parties séparées par un point virgule (;). La première partie sert à annoncer les paramètres qui vont être utilisés dans la seconde partie ainsi que leur type. Les types utilisables en DFF sont: TEXT pour les champs alphanumériques, INTEGER pour les nombres entiers (exemple: 445) , LONG pour les entiers longs (exemple: 165000) , SINGLE pour les nombres réels simples (exemple: 3.14) et DOUBLE pour les réels doubles (exemple: 3.14151434453334433222). 9.4.3. Requêtes basées sur plusieurs tables L'information relative à une capture est divisée en plusieurs tables: SPEC pour les champs relatifs à l'espèce capturée (nom de l'espèce, nombre d'individus, sexes ...), COND pour les champs relatifs aux conditions de capture (date...) et STAT pour les informations relatives à la station de capture (toponyme, UTM ...). Les requêtes vues jusqu'à présent ne permettent de sortir l'information que d'une table à la fois. Il est possible de sélectionner l'information venant de plusieurs tables en utilisant l'instruction INNER JOIN. Voici la syntaxe à utiliser: FROM table1 INNER JOIN table2 ON table1.champ1 opr table2.champ2 où: table1 et table2 sont les deux tables à joindre champ1 et champ2 sont les deux champs qui permettent de faire la jointure opr est l'opérateur de jointure (c'est souvent = qui est utilisé !) Exemple: SELECT TAXPRIO, TOPO, LOCA FROM COND INNER JOIN STAT ON COND.STAT_ID=STAT.STAT_ID WHERE TAXPRIO IS NOT NULL ORDER BY TAXPRIO Extrait du résultat de cette requête: DFF par la pratique - version 2.0 - page 35 Cette requête permet de sortir le nom de l'espèce associée (plante butinée), le toponyme et la la localité d'observation en joignant les tables COND et STAT. Le champ STAT_ID est à la fois présent dans les tables COND et STAT; c'est lui qui permet de faire la jointure. Dans DFF, la requête SpecCondStat permet de sélectionner les données en joignant les 3 tables principales: SPEC, COND et STAT. Cette requête est très importante car elle sert de base à de nombreuses autres requêtes (on peut en effet utiliser le nom d'une requête après la clause FROM!). Voici la requête SpecCondStat: SELECT SPEC.*, COND.*, STAT.* FROM SPEC INNER JOIN (COND INNER JOIN STAT ON COND.STAT_ID = STAT.STAT_ID) ON SPEC.COND_ID = COND.COND_ID 9.4.4. Fonctions de calcul SQL permet de sortir des champs résultants de calcul sur les données. Les instructions permettant de faire ces calculs sont les suivantes: SUM AVG COUNT MIN MAX Somme des valeurs pour le champ spécifié Moyenne des valeurs NON NULLES pour le champ spécifié Nombre de valeurs NON NULLES pour le champ spécifié Valeur minimum du champ spécifié Valeur maximum du champ spécifié Exemple: la requête suivante sort le nombre de spécimens mâles de Bombus perezi SELECT SUM(N) FROM SPEC WHERE TAXPRIO = 'Bombus perezi' AND SEX='M' DFF par la pratique - version 2.0 - page 36 9.4.5. Regroupements de lignes L'instruction GROUP BY permet de regrouper en une seule ligne les enregistrements identiques. Exemple: SELECT SPEC.TAXPRIO, TOPO, FIPS, LATI, LONG, DAT2 FROM SpecCondStat GROUP BY SPEC.TAXPRIO, TOPO, FIPS, LATI, LONG, DAT2 L'instruction GROUP BY est surtout intéressante quand on la combine avec des fonctions de calcul comme SUM ou COUNT. L'exemple suivant donne, pour chacune des lignes résultant de la requête, le nombre de données et le nombre de spécimens. SELECT SPEC.TAXPRIO, TOPO, FIPS, LATI, LONG, DAT2, COUNT(*) AS Données, SUM(N) AS Spécimens FROM SpecCondStat GROUP BY SPEC.TAXPRIO, TOPO, FIPS, LATI, LONG, DAT2 On voit que le nombre de données peut être calculé de différentes manières selon les champs qui font l'objet du regroupement. Enfin, on peut aussi utiliser la clause HAVING pour filtrer les résulats de la requête sur base des champs de calcul. L'exemple suivant ne retient que les lignes pour lesquelles on a plus de deux données. SELECT SPEC.TAXPRIO, TOPO, FIPS, LATI, LONG, DAT2, COUNT(*) AS Données, SUM(N) AS Spécimens FROM SpecCondStat GROUP BY SPEC.TAXPRIO, TOPO, FIPS, LATI, LONG, DAT2 HAVING COUNT(*) > 2 Cette clause constitue un moyen pratique pour détecter les doublons dans les données! 9.4.6. Tableaux croisés Attention! voir aussi L'outils Tableaux croisés! Le SQL du moteur ACCESS est doté d'une instruction non standard mais néanmoins très puissante: TRANSFORM. Cette instruction permet de créer des tableaux croisés. Voici la syntaxe utilisée par l'instruction TRANSFORM: TRANSFORM fonction selection PIVOT champpivot [IN (valeur1[, valeur2[, ...]])] où: - fonction : Fonction de regroupement SQL agissant sur les données sélectionnées. C'est la fonction qui calcule le chiffre qui est affiché dans le tableau DFF par la pratique - version 2.0 - page 37 - selection : Instruction SELECT. champpivot : Champ ou expression que vous voulez utiliser pour créer des en-têtes de colonnes dans le jeu de résultats de la requête. valeur1, valueur2 : Valeurs fixes utilisées pour créer les en-têtes de colonnes. Exemple 1: requête créant un tableau croisé entre les taxons et les taxons associés: TRANSFORM Count([SPEC_ID]) AS [La valeur] SELECT [SPEC].[TAXPRIO], Count([SPEC_ID]) AS [Synthèse ligne] FROM SpecCondStat WHERE cond.taxprio like 'TRIFOLIUM*' GROUP BY [SPEC].[TAXPRIO] PIVOT [COND].[TAXPRIO] Exemple 2: Nombre de spécimens par espèce pour 3 périodes Dans cet exemple, on utilise le mot clef SWITCH. Celui-ci permet de créer des titres de colonnes sur base de plages de valeurs. TRANSFORM SUM([N]) AS [La valeur] SELECT [SPEC].[TAXPRIO], SUM([N]) AS Total FROM SpecCondStat GROUP BY SPEC.TAXPRIO PIVOT Switch (DAT2 = NULL, 'Non défini',DAT2 < '1950', '< 1950',DAT2 > '1950' AND DAT2 < '1975', '1950-1975',DAT2 > '1975','> 1975'); 9.4.7. Utilisation de fonctions Visual Basic Il est possible d'utiliser des fonctions Visual Basic à l'intérieur des requêtes. Ces fonctions sont pratiques pour réaliser des mises en formes ou des calculs qui sont impossible à faire avec le SQL standard. L'exemple suivant permet de formater le champ DAT2 de la table COND de manière à ce que celui-ci soit plus facilement lisible: SELECT DAT2, (mid(DAT2,7,2)+'/'+mid(DAT2,5,2)+'/'+mid(DAT2,1,4)) AS [Date] FROM COND DFF par la pratique - version 2.0 - page 38 Voici un extrait du résultat retourné par cette requête: Comme le montre cet exemple, on peut aussi utiliser les concaténations dans les requêtes à l'aide de l'opérateur +. Voici quelques fonctions VB utilisables dans les requêtes SQL et leur signification: - MID(expr,x1,x2) : extrait un morceau de chaîne de caractères. ex: Mid("ESSAI",3,2)="SA" LEFT(expr,x) : extrait les x caractères de gauche d'une chaîne de caractères RIGHT(expr,x) : extrait les x caractères de droite d'une chaîne de caractères SQR(x) : retourne la racine carrée du nombre x 9.4.8. Jointures externes Il est possible, dans une requête SQL, de faire référence à des tables qui ne sont pas dans la base de données courante. Voici un exemple de requête faisant appel à une table externe: SELECT DISTINCT SPEC.TAXPRIO, TAXO.CODE_MFF, TAXO.BREF FROM SPEC INNER JOIN [;DATABASE=D:\DFF\TAXO\apoidea_UMH_FUSAGX.mdb].TAXO ON SPEC.TAXPRIO = TAXO.NAME ORDER BY TAXO.CODE_MFF Voici un extrait du résultat que donne cette requête: DFF par la pratique - version 2.0 - page 39 Le champ TAXPRIO vient de la table SPEC alors que les champs CODE_MFF et BREF viennent de la table TAXO du fichier dictionnaire de taxonomie qui est situé en D:\DFF\TAXO\apoidea_UMH_FUSAGX.mdb. On voit que ce genre de requête fait référence à la configuration locale des fichiers. Il faut donc être prudent en cas d'échange de fichiers SQL basés sur des fichiers externes. 9.4.9. Exemples de requêtes Toutes les données avant 1950 SELECT * FROM SpecCondStat Where DAT2 < '1950'; Liste des collections avec nombre de données concernées SELECT COLL, COUNT(*) as Donnees COLL ORDER BY Count(*) DESC FROM SPEC GROUP BY Liste des taxons de niveau spécifique avec nombre de données SELECT (SPEC.GEN+' '+SPEC.SP) AS TAXON, Count(*) AS Donnees FROM SPEC GROUP BY SPEC.GEN+' '+SPEC.SP ORDER BY Count(*) DESC Nombre de spécimens par espèce pour 3 périodes (tableau croisé) TRANSFORM SUM([N]) AS [La valeur] SELECT [SPEC].[TAXPRIO], SUM([N]) AS Total FROM SpecCondStat GROUP BY SPEC.TAXPRIO PIVOT Switch (DAT2 = NULL, 'Non défini',DAT2 < '1950', '< 1950',DAT2 > '1950' AND DAT2 < '1975', '1950-1975',DAT2 > '1975','> 1975'); Tableau croisé Taxons / Altitudes par tranches de 250 m. TRANSFORM Count([SPEC_ID]) AS [La valeur] SELECT [SPEC].[TAXPRIO], Count([SPEC_ID]) AS Total FROM SpecCondStat GROUP BY SPEC.TAXPRIO PIVOT Switch (ALTI = NULL, 'Non défini', ALTI between 1 And 250, '1-250', ALTI between 251 And 500, '0251-0500', ALTI between 501 And 750, '0501-0750', ALTI between 751 And 1000, '0751-1000', ALTI between 1001 And 1250, '1001-1250', ALTI between 1251 And 1500, '1251-1500', ALTI between 1501 And 1750, '1501-1750', DFF par la pratique - version 2.0 - page 40 ALTI ALTI ALTI ALTI ALTI ALTI between 1751 between 2001 between 2251 between 2501 between 2751 >3000,'plus And 2000, And 2250, And 2500, And 2750, And 2000, de 3000') '1751-2000', '2001-2250', '2251-2500', '2501-2750', '2751-3000', Exemple de formatage de la date pour une requête où le récolteur est Barbier SELECT TOPO, FIPS, SPEC.TAXPRIO, (mid(DAT2,7,2)+'/'+mid(DAT2,5,2)+'/'+mid(DAT2,1,4)) AS [Date], Lati, LONG, ORIG FROM SpecCondStat WHERE SPEC.REC like 'Barbier Y*' ORDER BY DAT2, TOPO Jointure externe entre SpecCondStat et le fichier LOCAUX.MDB La référence au dictionnaire LOCAUX dépend de la configuration locale. Il faut donc adapter la ligne [;DATABASE…] à celle-ci. SELECT SPEC.TAXPRIO, SpecCondStat.FIPS, PROV FROM SpecCondStat INNER JOIN [;DATABASE=D:\DFF\LOCA\LOCAUX.MDB].FIPS ON SpecCondStat.FIPS= FIPS.FIPS WHERE FIPS.PROV_TYPE='N' Conversion des UTM en UTM 10 km Le champ UTM de la table STAT peut aussi bien contenir des UTM de 10 km, 1km, 100m, 1m suivant la précision de la coordonnée. Ceci complique l'interrogation puisqu'on veut une information résumée au carré de 10. La requête suivante fait intervenir deux notions importantes: 1) l'utilisation de la fonction VB "MID" qui permet d'aller chercher certains caractères dans une chaîne de caractères et 2) l'utilisation de UNION ALL qui permet de joindre le résultat de plusieurs requêtes. SELECT UTM AS UTM10, 'mgr ' + Mid(UTM10,1,2)+' '+Mid(UTM10,3,1)+' '+Right(UTM10,4) AS ORIG, UTM, DAT2, TOPO, FIPS, SPEC.TAXPRIO, SEX, N, SPEC.GR1, SPEC.GR2 FROM SpecCondStat WHERE LEN(UTM)=7 UNION ALL SELECT MID(UTM,1,6)+Mid(UTM,8,1) AS UTM10, 'mgr ' + Mid(UTM10,1,2)+' '+Mid(UTM10,3,1)+' '+Right(UTM10,4) AS ORIG, UTM, DAT2, TOPO, FIPS, SPEC.TAXPRIO, SEX, N, SPEC.GR1, SPEC.GR2 FROM SpecCondStat WHERE LEN(UTM)=9 UNION ALL SELECT MID(UTM,1,6)+Mid(UTM,9,1) AS UTM10, 'mgr ' + Mid(UTM10,1,2)+' '+Mid(UTM10,3,1)+' '+Right(UTM10,4) AS ORIG, UTM, DAT2, TOPO, FIPS, SPEC.TAXPRIO, SEX, N, SPEC.GR1, SPEC.GR2 FROM DFF par la pratique - version 2.0 - page 41 SpecCondStat WHERE LEN(UTM)=11 UNION ALL SELECT MID(UTM,1,6)+Mid(UTM,10,1) AS UTM10, 'mgr ' + Mid(UTM10,1,2)+' '+Mid(UTM10,3,1)+' '+Right(UTM10,4) AS ORIG, UTM, DAT2, TOPO, FIPS, SPEC.TAXPRIO, SEX, N, SPEC.GR1, SPEC.GR2 FROM SpecCondStat WHERE LEN(UTM)=13 UNION ALL SELECT MID(UTM,1,6)+Mid(UTM,11,1) AS UTM10, 'mgr ' + Mid(UTM10,1,2)+' '+Mid(UTM10,3,1)+' '+Right(UTM10,4) AS ORIG, UTM, DAT2, TOPO, FIPS, SPEC.TAXPRIO, SEX, N, SPEC.GR1, SPEC.GR2 FROM SpecCondStat WHERE LEN(UTM)=13; DFF par la pratique - version 2.0 - page 42 10. Préparer des cartes pour CFF On désire préparer une série de fichier "*.DEG" en vue de les utiliser dans le logiciel Carto Fauna-Flora. Pré-requis DFF installé et en ordre de marche CFF installé et en ordre de marche avoir une banque de données fonctionnelle 1. Lancez DFF et ouvrez la base de données 2. Allez dans les requêtes (icône jumelles) 3. Ouvrez les requêtes internes (bouton ou CTRL+i) 4. Vérifiez si vous trouvez la requête nommée "__Demande Taxon pour CARTO" si vous ne trouvez pas cette requête: fermez la fenêtre des requêtes internes créez une nouvelle requête (menu Requête/Nouvelle requête ou CTRL + N) dans la fenêtre, faite un copier/coller du texte suivant (de PARAMETERS à UGRI;): PARAMETERS [Taxon] Text; SELECT LEFT(SPEC.GEN,4) + LEFT(SPEC.SP,4) AS BREF, SPEC.TAXPRIO, Spec.Gen+' '+Spec.Sp AS Binome, Sum(N) AS [Spécimens], Count(*) AS [Données], TOPO, LOCA, DAT2, COLL, REC, DET, COND.TAXPRIO, UTM, DATUM, ORIG, LATI, LONG, X, Y, UGRI FROM SpecCondStat WHERE SPEC.TAXPRIO LIKE [Taxon]+'*' GROUP BY LEFT(SPEC.GEN,4) + LEFT(SPEC.SP,4), SPEC.TAXPRIO, Spec.Gen+' '+Spec.Sp, TOPO, LOCA, DAT2, COLL, REC, DET, COND.TAXPRIO, UTM, DATUM, ORIG, LATI, LONG, X, Y, UGRI; Cliquez sur le bouton "Ok". Le message suivant apparaît : Cliquez sur "Oui" pour enregistrer la requête en interne et donnez lui comme nom "__Demande Taxon pour CARTO". Vous obtenez un message vous avertissant que la requête est bien sauvée. Passez maintenant au point n°6. DFF par la pratique - version 2.0 - page 43 5. faites un double clic sur la requête "__Demande Taxon pour CARTO" pour lancer son exécution 6. la fenêtre suivante apparaît : Vous pouvez ici entrer un extrait de nom taxonomique de manière à limiter le résultat de la requête. Exemples: Sceliph limitera les résultats aux taxons dont le nom commence par sceliph Sceliphron caementarium limitera les résultats à cette espèce scel*caem* limitera les résultats aux taxons dont le nom commence par scel et qui ont aussi "caem" quelque part dans le nom (en pratique, ici une seule espèce). C'est une manière rapide de préciser le nom d'une espèce *campes limitera les résultats à tous les taxons qui contiennent "campes" dans leur nom * prendra tous les taxons de la base de données 7. Cliquez sur "Ok" pour exécuter la requête le résultat de la requête doit alors s'afficher: 8. Remarquez les noms des premières colonnes: "BREF" est une colonne qui est générée dynamiquement (cela signifie que l'information qui s'y trouve n'est PAS dans la base de données mais qu'elle en est déduite au moment de l'exécution de la requête). Cette colonne résulte de l'assemblage des 4 premières lettres du nom du genre et des 4 premières lettres du nom de l'espèce. Ce champ BREF nous servira à générer les noms de fichiers DEG qui ne peuvent excéder 8 lettres si on veut que CFF puisse les lire facilement. Attention qu'il n'y a pas d'assurance que ce champ BREF soit unique pour tous les taxons! Si vous avez 2 taxons du même genre dont les 4 premières lettres de l'espèce sont identiques, elles auront alors le même nom BREF! Même remarque si DFF par la pratique - version 2.0 - page 44 vous désirez distinguer les sous-espèces; cette procédure doit alors être adaptée. "SPEC.TAXPRIO" est le nom complet du taxon "Binome" est également un champ généré dynamiquement par l'assemblage du genre et de l'espèce. Ce champ sera utile dans la suite de la procédure car il permet d'ignorer les sous-espèces. "Spécimens" et "Données" sont aussi des champs calculés. 9. Allez dans le menu "Fichier / Exportation / Carto Fauna-Flora". Nous allons configurer la fenêtre pour générer les fichiers DEG de toutes les espèces présentes dans la requête. Configurez le premier onglet de cette manière: N'oubliez pas de préciser l'emplacement de sauvegarde des fichiers DEG en cliquant sur le bouton "Répertoire" 10. Configurez le deuxième onglet de la manière suivante : DFF par la pratique - version 2.0 - page 45 Vous pouvez aussi choisir de distinguer une seule période ou 3 et de modifier la (les) année(s) pivot 11. Configurez le troisième onglet de la manière suivante : L'ajustement des coordonnées vous permet de centrer les points des distributions dans les carrés de la maille de votre choix. Ici, on a choisit les carrés UTM de 10km de côté. Si vous choisissez "aucune", les points seront placés à leur emplacement géographique d'origine (tel que précisé dans la banque de données) 12. Cliquez sur "Ok" pour générer les fichiers DEG. N'oubliez pas que ceux-ci seront sauvés dans le répertoire que vous aurez défini dans le premier onglet! 13. Vous pouvez à présent quitter DFF et passer à CFFMenu. Dans CFFMenu, déplacez-vous dans le répertoire que vous aviez donné pour générer les fichiers DEG (premier onglet cidessus. Si CFFMenu était déjà ouvert et que le bon répertoire était déjà sélectionné, il vous faudra rafraîchir la fenêtre. Dans ce cas, si vous avez une version récente de CFFmenu (2.1.3), il vous suffit d'appuyer sur "F5" pour rafraîchir. Dans l'autre cas, il vous faut changer de répertoire et revenir ensuite au répertoire courant pour forcer CFFmenu à rafraîchir la liste des fichiers. Assurez-vous que les fichiers DEG nouvellement créés sont bien dans la liste de droite. Si c'est le cas, vous pouvez lancer CFF et créer vos cartes de distribution. Les nouveaux fichiers DEG apparaîtrons dans la liste des fichiers de distributions sous CFF. DFF par la pratique - version 2.0 - page 46 11. Gestion des fichiers taxonomiques La gestion des dictionnaires taxonomiques se fait par un programme distinct : DFFTaxo 11.1. Principe de fonctionnement Chaque taxon reçoit un numéro d'identification unique. Celui-ci est affiché dans le champ "ID". DFFTaxo mélange, dans un seul tableau, tous les taxons, quel que soit leur niveau hiérarchique (espèce, genre, famille, ...). La distinction du niveau hiérarchique est faite grâce à la colonne "STATUS". La valeur indiquée dans cette colonne indique le statut hiérarchique du taxon. La correspondance entre le code et le statut est affichée dans le coin inférieur gauche de la fenêtre. Les fichiers taxonomiques sont hiérarchisés. Cela signifie que les taxons sont liés les uns aux autres. Ces liaisons sont du type: une espèce appartient à un genre qui appartient à une famille qui appartient à un ordre, etc... L'établissement des relations se fait grâce au champ "REL_ID". Dans ce champ, on indique le numéro d'identification du taxon lié. Le taxon qui est lié doit avoir un statut hiérarchique de niveau supérieur. Par exemple, on lie un taxon de rang espèce à un autre taxon de rang genre mais pas de rang sous-espèce. Le taxon qui est lié au taxon courant est toujours indiqué dans la barre d'état: Le tri proposé par défaut par DFFTaxo ne permet pas toujours d'avoir une bonne visibilité des taxons qui sont liés entre eux. Consultez la rubrique Affichage du fichier taxonomique pour découvrir les différentes méthodes d'affichage du fichier. DFF par la pratique - version 2.0 - page 47 11.2. Ouvrir un fichier taxonomique Pour ouvrir un fichier taxonomique, cliquez sur le menu Fichier/Ouvrir un fichier taxonomique. Choisissez ensuite un fichier ayant l'extension MDB et cliquez sur Ok. Le fichier est alors ouvert dans la fenêtre principale de DFFTaxo. Lors de l'ouverture d'un fichier, une fenêtre "Memo" apparaît. Cette fenêtre vous permet de prendre connaissance des informations relatives au fichier taxonomique ouvert. Vous pouvez modifier le contenu ou en ajouter librement. Cette fenêtre est très utile pour préciser l'historique du fichier et y consigner toutes les opérations qui y sont faites. Vous pouvez revenir à cette fenêtre à tout moment en cliquant sur Affichage/Mémo du fichier. Si le fichier que vous essayez d'ouvrir n'a pas la bonne structure, DFFTaxo refusera alors de l'ouvrir. Les fichiers taxonomiques DFFTaxo sont au format Microsoft Access 97. Ils ne sont pas protégés par mot de passe mais doivent respecter la structure attendue par DFFTaxo. 11.3. Affichage Lorsque vous ouvrez un fichier taxonomique, celui-ci apparaît sous la forme d'un tableau composé de lignes et de champs (les colonnes). Chaque ligne correspond à un taxon. Les différents champs permettent de préciser, pour chacun des taxon, le nom, l'auteur, le statut, etc... Pour de plus amples informations sur l'organisation des fichiers taxonomiques, consulter la rubrique Principe de fonctionnement des fichiers taxonomiques. Pour optimiser l'affichage de vos fichiers taxonomiques et donc de tirer pleinement parti de DFFTaxo, il est conseillé de jouer avec les paramètres suivants: - Couleurs vous permettent d'affecter des couleurs en fonction du statut taxonomique - Polices - Largeurs des colonnes - Synonymes Pour plus de commodités, les synonymes d’un taxon peuvent être visualisés dans une fenêtre indépendante. Pour afficher cette fenêtre, utilisez le menu "Affichage/Synonymes". Notez que, lorsque cette nouvelle fenêtre est active, le menu principal est modifié (il n’est plus composé que de Synonyme et Edition et n’affecte que le tableau des synonymes). ymes dans la partie inférieure. - Tri - Filtres Cette fonction puissante vous permet de réaliser toutes les opérations consécutives sur une partie seulement des taxons. Pour appliquer un filtre, utilisez le menu Edition/Filtre/Par critère ou cliquez sur l’icône correspondante. La fenêtre de filtre s’affiche. Celle-ci vous permet DFF par la pratique - version 2.0 - page 48 de spécifier jusqu’à 4 critères qui peuvent être combinés de deux manières différentes : " ET " ou " OU ". A tout moment, la barre d’état de DFFTaxo vous indique si vous travaillez dans un filtre ou sur l’ensemble du fichier. Pour revenir à l’ensemble du fichier, utilisez le menu Edition/Filtre/Tout. - Arbre de classification Pour accéder à l'arbre de classification, cliquez sur le menu Affichage/Arbre de classification. La fenêtre "classification" apparaît avec, par défaut, les deux premiers niveaux les plus élevés de votre fichier taxonomique (ici: superfamille et famille). Attention! Seuls les taxons hiérarchisés correctement dans DFFTaxo apparaissent dans la fenêtre classification. Si des taxons sont manquants, c'est qu'ils sont mal hiérarchisés. Cliquez ensuite sur les noeuds ou double cliquez sur les taxons pour déployer l'arbre de classification. 11.4. Edition Règles et recommandations à suivre pour la création et la modification des fichiers - Pour les règles de taxonomies, il faut se référer au Code International de Nomenclature Zoologique (troisième édition, 1985: 338 pp.) - Le nom prioritaire doit être réservé au nom scientifique. Les nom vulgaires doivent donc être encodés comme synonymes (les synonymes français, anglais, allemand, néerlandais et espagnol sont prévus). - Le parrain doit figurer en toutes lettres (sauf pour Linné qui peut s'abrégé L.). L'année de description du taxon doit suivre le nom du parrain. Si le taxon a changé de genre depuis sa description originale, le parrain ET l'année sont mis entre parenthèses. - Les taxons supra-spécifiques doivent être suivis de sp. Par exemple : Hymenoptera sp., Dolichurus sp avec 2 espaces avant "sp." pour faciliter les tris. Et leurs nom bref doit être du type HYMSP., DOLSP. - Par convention, on réserve les champs Groupe 1 et Groupe 2 pour l'ordre et la famille. Par contre, les champs GRUSER1 et GRUSER2 peuvent servir à préciser d'autres informations de classification. Par exemple, le Frelon (Vespa crabro) aura Groupe 1 = Hymenoptera, Groupe 2 = "Vespidae", GRUSER1 = "Vespinae" et GRUSER2 = "Vespini". L’édition d’une cellule se fait soit en cliquant sur celle-ci, soit en appuyant sur la touche F2 (comme dans ACCESS). Dès que l’édition de la cellule commence, le symbole de début de ligne se transforme en . Tant que ce symbole est affiché, la ligne n’est pas sauvée dans la base de données. Pour sauver la ligne, il faut soit appuyer sur CTRL+S, soit DFF par la pratique - version 2.0 - page 49 changer de ligne avec le clavier ou la souris. Pour annuler les changements et tant que le petit crayon est apparent, appuyez sur Escape (ou Echap selon les claviers). Cette version de DFFTaxo apporte des outils qui facilitent l'édition des fichiers taxonomiques. Parmi ceux-ci figure l'outil de changement de casse. Cet outil est disponible à partir du menu Edition/Changer la casse. La fenêtre suivante apparait: Les changements de casse ne portent que sur le champ sélectionné ainsi que sur les taxon sélectionnés dans le tableau. Pour ajouter un nouveau taxon, il faut d’abord . Ensuite, sélectionnez le menu Edition/Ajouter…ou cliquez sur l’icône . Sélectionnez ensuite un des 32 type de statuts. DFFTaxo vous propose alors une fenêtre dans laquelle vous pouvez préciser toutes les caractéristiques du nouveau taxon. crabro. Exemple: nous allons ajouter le Frelon, soit le synonyme français de l'espèce Vespa 1. On recherche le taxon Vespa crabro afin de sélectionner cette ligne 2. On clique sur le bouton et on choisi Synonyme/6 Nom français 3. Dans la fenêtre qui apparaît, on rentre les informations relatives à ce taxon. DFF par la pratique - version 2.0 - page 50 Notez que le taxon père est, par défaut, celui qui était sélectionné avant l'ajout. Dans notre exemple, il est correct mais vous pouvez le modifier en cliquant sur le bouton . La fenêtre qui s'affiche permet de faire une recherche dans tous les taxons du fichier. Tapez les premières lettres du taxon recherché et le pointeur se positionnera automatiquement sur le premier taxon commençant par ces lettres. 4. On clique ensuite sur le bouton Ok pour valider ce nouvel ajout. Notez que le taxon n'apparaît pas à l'écran. L'endroit où il se trouve dépend du tri courant. Si vous voulez le voir apparaître près de son taxon père, triez par REL_ID ou par Ordre après avoir recalculé ce champ (voir ) Pour supprimer le taxon courant : Utilisez le menu Edition/Supprimer/Ligne(s) sélectionnée(s) et confirmer la délétion. Pour supprimer un groupe de taxons : Sélectionnez un premier taxon en cliquant dans la barre de sélection Pour sélectionner un groupe de taxons continus à celui-ci, cliquez sur la barre de sélection de celui-ci tout en appuyant sur SHIFT. Pour sélectionner des taxons non continus, cliquez sur leur barre de sélection tout en appuyant sur CTRL. DFF par la pratique - version 2.0 - page 51 Utilisez ensuite le menu Edition/Supprimer/Ligne(s) sélectionnée(s) et confirmer la délétion. Pour supprimer tous les taxons du tableau Utilisez le menu Edition/Supprimer/Tout! Ceci supprimera définitivement TOUS les taxons du filtre courant. Pour hiérarchiser un fichier taxonomique existant, il faut commencer par le niveau le plus élevé (soit le numéro de Status le plus bas dans DFFTaxo). Il faut ensuite attribuer un statut à ce taxon en le sélectionnant, en cliquant sur le bouton droit de la souris et en choisissant "Changer de statut". Il faut ensuite sélectionner tous les taxons de rang inférieur qui sont immédiatement liés à ce taxon. On peut faire cela manuellement en utilisant la souris et les touches Shift et Ctrl tout en cliquant sur le pavé de sélection. On peut également faire une sélection en passant par un filtre et en sélectionnant ensuite tous les taxons du filtre. Quand les taxons sont sélectionnés, il faut les lier au taxon de rang supérieur. Pour cela, on clique sur le bouton de droite et on choisit "Attacher à un niveau supérieur". On choisit ensuite le taxon de rang supérieur auquel il faut attacher les taxons sélectionné. Dans la fenêtre de choix, seuls apparaissent les taxons qui ont un rang supérieur. Si le taxon auquel vous désirez attacher les taxons sélectionnés n'apparaissent pas, c'est que son statut n'est pas correct. Vous devez alors commencer par modifier celui-ci. On répète la même procédure jusqu'au niveau le plus bas du fichier. Pour contrôler le travail en cours de route, vous pouvez toujours visualiser l'arbre de classification ou, éventuellement, générer un rapport de classification. La classification des être vivant n'est malheureusement pas définitive. Elle évolue régulièrement en fonction des nouvelles découvertes ou des nouvelles méthodes scientifiques. Aussi est-il fréquent de devoir restructurer ses fichiers taxonomiques. Voici quelques recommandations à suivre pour les changements que vous pourriez apporter à vos fichiers taxonomiques. 1. Faites une sauvegarde de vos fichiers avant tout changement important. La sauvegarde vous permettra peut-être de récupérer des taxons que vous avez supprimés ou modifiés par erreur. DFF par la pratique - version 2.0 - page 52 2. Ne supprimez jamais de taxons dans votre fichier. Préférez la mise en synonymie. En effet, le taxon que vous désirez supprimer est peut-être utilisé dans vos bases de données DFF comme nom de taxon. Si vous supprimer ce taxon, il sera alors impossible à DFF de retrouver le taxon prioritaire lui correspondant. Exemple concret: Lafranchis (2000) a récemment proposé de regrouper certains genres de Nymphalidae autrefois divisés en plusieurs genres. Ainsi, par exemple, les genres Fabriciana, Mesoacidalia et Pandoriana sont à présent regroupés au sein du seul genre Argynis. Voici les étapes à suivre pour appliquer correctement ces changements dans le fichier taxonomique des Lépidoptères. On suppose, au préalable, que votre fichier taxonomique est correctement hiérarchisé. Si ce n'est pas le cas, reportez-vous à la rubrique Hiérarchiser un fichier taxonomique. 1. Faites une sauvegarde de votre fichier (en le recopiant sous un autre nom par exemple) 2. Le genre Pandoriana devient maintenant synonyme du genre Argynnis. Ce dernier est déjà présent dans le fichier. Pour établir cette nouvelle synonymie, sélectionnez d'abord Pandoriana, cliquez sur le bouton de droite et sélectionnez "Rendre synonyme de...". Dans la fenêtre qui apparaît, sélectionnez Argynnis sp. Un contrôle rapide dans l'arbre de classification nous permet de voir que Pandoriana sp. est bien devenu synonyme de Argynnis sp. 3. Il faut maintenant créer deux nouveaux taxons: Argynnis pandora et Argynnis pandora pandora. Pour cela, on duplique les deux taxons déjà existants Pandoriana pandora et P. p. pandora. On les sélectionne, on clique à droite et on choisit "Dupliquer". Les deux taxons sont dupliqués et se retrouvent à la fin du fichier. On modifie les deux taxons nouvellement recopiés pour en faire Argynnis pandora et A. pandora pandora. Argynnis pandora doit ensuite être relié à Argynnis sp. et A. pandora pandora à Argynnis pandora. On sélectionne le premier, on clique à droite, on clique sur "Attacher à un niveau supérieur" et on choisit "Argynnis sp.". La procédure est la même pour le second sauf qu'il doit être attaché à A. pandora. 4. Les anciens noms Pandoriana pandora et Pandoriana pandora pandora doivent maintenant être synonymisés avec les deux taxons nouvellement créés. On sélectionne Pandoriana pandora, on clique à droite puis sur "Rendre synonyme de..." et on choisit Argynnis pandora. Le principe est le même pour P. pandora pandora. 5. Un contrôle dans l'arbre de classification nous permet de constater que les changements ont été apportés correctement: DFF par la pratique - version 2.0 - page 53 11.5 Importation de taxons Pour importer un fichier taxonomique Data Fauna-Flora: 1. Ouvrez ou créez un nouveau fichier taxonomique 2. Cliquez sur le menu Fichier/Importer/Fichier DFF et choisissez un fichier MDB 3. Si le fichier taxonomique contient déjà des taxons, vous pouvez 1. insérer les nouveaux taxons à la fin du fichier actuel. Dans ce cas, les taxon insérés auront de nouveaux numéros ID 2. ou supprimer d'abord tous les taxons du fichier en cours. Il est vivement recommandé de faire un backup de ses fichiers avant de faire des opérations d'importation. Pour importer un texte tabulé: 1. Ouvrez ou créez un nouveau fichier taxonomique 2. Cliquez sur le menu Fichier/Importer/Fichier texte tabulé (*.txt) et choisissez un fichier TXT 3. Le fichier texte est importé dans le fichier taxonomique courant. Ce fichier peut avoir n'importe quelle structure du moment que les noms des colonnes correspondent à des champs de DFFTAxo et que celles-ci soient séparées par des tabulations. DFF par la pratique - version 2.0 - page 54 12. Interfacer DFF avec ArcGIS ArcGIS est un Système d'Information Géographique (SIG) populaire. Voici une méthode qui permet d'afficher les données d'une banque DFF directement sous ArcGIS. 1. dans DFF, faites une requête qui sélectionne les données voulues. Par exemple : SELECT AUCT, SPEC.TAXPRIO, Sum(N) AS Spécimens, Count(*) AS Données, TOPO, LOCA, DAT2, COLL, REC, DET, COND.TAXPRIO, UTM, DATUM, ORIG, LATI, LONG, X, Y, UGRI FROM SpecCondStat WHERE SPEC.TAXPRIO ="Vespa crabro" GROUP BY AUCT, SPEC.TAXPRIO, TOPO, LOCA, DAT2, COLL, REC, DET, COND.TAXPRIO, UTM, DATUM, ORIG, LATI, LONG, X, Y, UGRI; 2. dans le menu "Fichier", cliquez sur "Exporter" puis "Fichier texte". 3. Choisissez les champs à exporter et donnez un nom de fichier 4. Choisissez un système de coordonnées et cochez la case "Ecrire les noms des champs en première ligne" puis cliquez sur "Ok". Le fichier texte est créé. DFF par la pratique - version 2.0 - page 55 5. Dans ArcGIS, ajoutez ce fichier dans le projet. 6. Cliquez sur "Tools, Add XY data" et complétez la fenêtre DFF par la pratique - version 2.0 - page 56 7. Les données apparaissent dans ArcGIS et peuvent être interrogées ou traitées Cette méthode présente l'inconvénient de devoir refaire un export à chaque mise à jour de la banque de données. Pour connecter ArcGIS directement à la BD DFF, il faut passer par une connexion OLEDB. Pour cela: 1. Dans ArcCatalog, allez dans "Databases Connections" et double-cliquez sur "Add OLE DB Connection 2. Comme fournisseur, choisissez "Microsoft Jet 3.51 OLE DB Provider" 3. Dans "Connexion", précisez le fichier DFF (*.mdb) à connecter 4. Enfin, renommez la connexion pour lui donner un nom explicite. 5. Dans ArcMap, ajouter un layer et choisissez "Databases Connections" dans la liste déroulante DFF par la pratique - version 2.0 - page 57 6. Choisissez ensuite une table ou une requête dans la BD DFF. Attention que cette table ou requête doit contenir des champs valides pour les coordonnées géographiques (il faut par exemple recalculer les champs XY en Lambert Belge 1972). 7. Vous pouvez ensuite afficher les données via le menu "Tools / Add XY Data" DFF par la pratique - version 2.0 - page 58 Annexes DFF par la pratique - version 2.0 - page 59 1. Signification des champs de DFF Table STAT La table STAT reprend toutes les informations relatives à la station (localisation, altitude, etc) Champ STAT_ID ORD COORD_CONV PROJECT_ID CODE CADA SGIB TOPO Type Entier long Entier long Booléen Entier long Text Text Entier long Text Longueur LOCA Text 50 FIPS DESI ORIG DATUM UTM Text Text Text Text Text 4 5 25 5 15 LATI Réel simple LONG Réel simple UGRI X Y PREC CODEGEO ALTI HAB1 HAB2 EXPO REF USERA1 USERA2 USERA3 USERA4 USERA5 USERA6 USERA7 USERN1 USERN2 USERN3 USERN4 USERN5 USERN6 USERN7 Text Réel simple Réel simple Entier Text Entier Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple 8 15 50 10 15 6 6 3 21 4 4 4 4 4 4 4 Usage identifiant unique de station numéro d'ordre (libre) Coordonnée conventionnelle (oui/non) Identifiant du projet Code utilisateur de la station Code parcelle cadastrale n° SGIB Toponyme = lieu de l'observation (lieu-dit, localité) Ce champ peut éventuellement rester vide dans le cas de relevés GPS mais il est recommandé de le préciser Localité = localité la plus proche de l'endroit d'observation. Ce champ peut éventuellement rester vide Code province Designation (type de site au sens large) Coordonnées originales (voir annexe 2) Datum associé aux coordonnées originales Coordonnées MGRS (=UTM alphanumérique) calculées (datum en fonction des options choisies dans DFF) Latitude décimale calculée (datum en fonction des options choisies dans DFF) Longitude décimale calculée ((datum en fonction des options choisies dans DFF) Grille utilisateur utilisée pour le calcul de XY X de la grille utilisateur (m) Y de la grille utilisateur (m) Précision des coordonnées originales (m) Code géographique (ex: planche IGN) Altitude en m Habitat 1 Habitat 2 Exposition Référence bibliographique Champ utilisateur alphanumérique 1 Champ utilisateur alphanumérique 2 Champ utilisateur alphanumérique 3 Champ utilisateur alphanumérique 4 Champ utilisateur alphanumérique 5 Champ utilisateur alphanumérique 6 Champ utilisateur alphanumérique 7 Champ utilisateur numérique 1 Champ utilisateur numérique 2 Champ utilisateur numérique 3 Champ utilisateur numérique 4 Champ utilisateur numérique 5 Champ utilisateur numérique 6 Champ utilisateur numérique 7 Dictionnaire table project dictionnaires localités locaux.mdb locaux.mdb datum.mdb oui dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb Table COND La table COND reprend toutes les informations relatives aux conditions d'observations liées à une station (date, technique de capture, etc) DFF par la pratique - version 2.0 - page 60 Champ COND_ID STAT_ID ORD DAT1 Type Entier long Entier long Entier long Text Longueur DAT2 Text 8 CAPT CAPN CPI MICR TAX Text Entier Text Text Text 10 TAXPRIO Text 50 GR1 GR2 GEN SP CLAS ECHA APPA USERA1 USERA2 USERA3 USERA4 USERA5 USERA6 USERA7 USERN1 USERN2 USERN3 USERN4 USERN5 USERN6 USERN7 Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Text Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple 20 20 20 20 41 10 10 4 4 4 4 4 4 4 8 10 10 50 Usage Identifiant unique de condition Identifiant de la station liée Ordre d'affichage (non utilisé) Date 1 dans le cas d'un intervalle de dates (S'il n'y a pas d'intervalle de date, on ne précise QUE DAT2) Le format doit être du type YYYYMMDD Date 2 dans le cas d'un intervalle de dates ou date dans le cas d'une date seule. Le format à adopter est YYYYMMDD. Si on ne présise que l'année, on utilise YYYY0000 Technique de capture Nombre d'unités de capture Couleur de piège Microsituation Nom du taxon associé à l'observation. C'est par exemple le cas d'une plante butinée par un papillon. Taxon (nom scientifique officielement reconnu) Groupe taxonomique 1 Groupe taxonomique 2 Genre Espèce Classification (nom utilisé) Echantillonnage Type d'appat Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur alphanumérique Champ utilisateur numérique 1 Champ utilisateur numérique 2 Champ utilisateur numérique 3 Champ utilisateur numérique 4 Champ utilisateur numérique 5 Champ utilisateur numérique 6 Champ utilisateur numérique 7 Dictionnaire dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb dictionnaire taxonomique dictionnaire taxonomique dicodff.mdb dicodff.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb i dicouser.mdb dicouser.mdb dicouser.mdb 1 2 3 4 5 6 7 Table SPEC La table SPEC reprend toutes les informations relatives aux observations liées à une condition (espèce observée, quantités, nom du récolteurs, etc.) Champ SPEC_ID STAT_ID COND_ID ORD TAX Type Entier Entier Entier Entier Text TAXPRIO Longueur 50 Usage Identifiant unique de l'observation Identifiant de la station (NON UTILISE!) Identifiant de la condition Ordre d'affichage (non utilisé) Taxon (nom original) Text 50 Taxon (nom officiel) GR1 GR2 GEN SP CLAS SEX DEVL N UNIT Text Text Text Text Text Text Text Entier long Text 20 20 20 20 41 2 10 ABOND Text 10 Groupe 1 Groupe 2 Genre Espèce Classification (nom utilisé) Sexe Développement Nombre d'observations (lié à l'unité d'observation) Unité utilisée pour compter les observations (par exemple "S" pour spécimens et "N" pour nids) Abondance phytosociologique (code Braun-Blanquet) long long long long 10 Dictionnaire dictionnaire taxonomique dictionnaire taxonomique dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb DFF par la pratique - version 2.0 - page 61 ABONDUNIT SOCIAB DET Text Text Text 10 10 50 REC Text 20 AUCT Text 20 SRC COLL CONF REFBIB USERA1 USERA2 USERA3 USERA4 USERA5 USERA6 USERA7 USERN1 USERN2 USERN3 USERN4 USERN5 USERN6 USERN7 Date_Encodage Date_Modification VALIDATION Data_Source Data_Status SPEC_ID_ORIG Text Text Entier Text Text Text Text Text Text Text Text Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Réel simple Date Date Réel simple Text Entier long Entier long 2 10 spec_lati Réel double spec_long Réel double Validation Entier Long 22 4 4 4 4 4 4 4 10 Unité d'abondance utilisée Sociabilité Nom du déterminateur. Personne qui est responsable de l'identification de l'espèce observée. S'il y a plusieurs déterminateurs, on peut séparer leur nom par des ; mais il faut veiller à ne pas dépasser 50 caractères Nom du récolteur. Personne qui a assuré la récolte éventuelle de l'échantillon Nom de l'auteur de la donnée. C'est la personne détient le droit d'auteur sur la donnée. ex: BARBIER Y Source de l'info Collection Confidentialité Référence bibliographique Champ utilisateur alphanumérique 1 Champ utilisateur alphanumérique 2 Champ utilisateur alphanumérique 3 Champ utilisateur alphanumérique 4 Champ utilisateur alphanumérique 5 Champ utilisateur alphanumérique 6 Champ utilisateur alphanumérique 7 Champ utilisateur numérique 1 Champ utilisateur numérique 2 Champ utilisateur numérique 3 Champ utilisateur numérique 4 Champ utilisateur numérique 5 Champ utilisateur numérique 6 Champ utilisateur numérique 7 Date de l'encodage Date dernière modification Etat de validation de la donnée Source de la donnée Statut de la donnée (n'est normalement plus utilisé) SPEC_ID d'origine (utilisé par exemple lors de la fusion de plusieurs banques de données) latitude wgs84 du point observé (pas d'interface prévue dans DFF pour encoder cette information) longitude wgs84 du point observé (pas d'interface prévue dans DFF pour encoder cette information) Code de validation de la donnée (voir dictionnaire) dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb dicodff.mdb oui oui oui oui oui oui oui dicodff.mdb DFF par la pratique - version 2.0 - page 62 2. Coordonnées géographiques, datums, etc Type de coordonnées Exemple de notation Datum utilisé Degrés décimaux Greenwich deg 50.34432 -2.45333 libre Degrés-Minutes-Secondes Greenwich dms 45.30053 4.10056 libre [dms latitude longitude] [dms latitude longitude] (ici latitude = 45°30'5.3") UTM utm 31 616000 5564000 libre MGRS (UTM alphanumérique) mgr 31 U FR1634 libre Lambert belge 1972 lmb 112568 75223 BEL72 IFBL ifb G33643 BEL72 Grades Paris centésimaux grp 48.9552 3.5423 NTF Lambert France 93 L93 778797 6433917 RGF93 Lambert France I LF1 650000 300000 NTF Lambert France II LF1 650000 300000 NTF Lambert France III LF1 650000 300000 NTF Lambert France IV LF1 650000 300000 NTF Lambert France II etendu LF1 650000 300000 NTF British National Grid bng SM 2354 OGB-M Irish TM Grid itm IL 2354 OGB-M Lambert Nord Maroc nma X Y MER Lambert Sud Maroc sma X Y MER [utm zone easting northing] [mgr zone fuseau lettre+easting+northing] [lmb X Y] [ifb code_carré] [grp latitude longitude] [LF1 X Y] [LF2 X Y] [LF3 X Y] [LF4 X Y] [LFE X Y] [bng Lettre Carré] [itm Lettre Carré] [nma X Y] [sma X Y] DFF par la pratique - version 2.0 - page 63
