Liste des analyses sous-traitées

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Accord
Mis en vigueur
Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
26.07.2010
RL
MLT
26.07.2010
RL
28.07.2010
Mis à jour le 27.11.2012 par MLT
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-
traitant
Adénovirus
(respiratoire)
Sécrétion ou aspiration
naso-pharyngée, frottis de
rétronasal ou prélèvements
respiratoires (LBA etc…)
PCR
LS1
Amibes
(Acanthamoeba spp)
Biopsie, grattage (eau
physiol. stérile)
Verre de contact, liquide
de lentille
Examen direct
Culture
BE1
Amibes
(cf E.histolytica-dispar)
PCR
BS1
Antipneumolysines
Sérum
Sérologie
LS8
Antistaphylolysines
Sérum
Sérologie
Non défini
Arbovirus
Sérum
Sérologie
Paris1- IKMI
GE1
Ascaridiose
Sérum
Sérologie
BE4 ou BS1
ASLO
Sérum
Sérologie
SRNJTS
Aspergillus spp
Dosage galactomannane
Sérum
Sérologie
LS3
Aspergillus et autres
(poumon du fermier)
Sérum
Précipitine
LS8
Babesias spp
Sang, plasma,…
Moléculaire
Unine
Labo Gern
Bactéries
Champignons
Souche
Identification
classique
ZH1
Bactéries
Champignons
Souche
Séquençage
LS1
Bartonella henselae
(B.quintana)
Biopsies, Pus, coupe
histologique
PCR
LS1
BK polyomavirus
(greffés rénaux)
Urine,
sang EDTA
PCR
BS2
Bordetella pertussis
Bordetella parapertussis
Nez , gorge
Frottis ou aspiration
PCR
LS1
Bordetella pertussis
Sérum
IgG, IgA
BE1
Borréliose
LCR, Biopsie:
ponction articulaire
PCR
SION
Botulisme
intoxication
Sérum: Adultes ( 20 ml de
sang)
Toxine
BE2
Brucella spp
Souche
Typage
BE2
Campylobacter spp
Souche
Identification
NENT ou LS1
Campylobacter spp
Sérum
Fixation
complément
SION

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Mis hors vigueur
Fait le
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Visa
Date
Visa
Date
26.07.2010
RL
MLT
26.07.2010
RL
28.07.2010
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Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-
traitant
Candida spp
Souche
Identification
LS11
Candida spp
Mannane et anti
mannane
sérum
Sérologie
LS3
Chlam. pneumoniae
Prélèvements respiratoires
PCR
LS1
Champignon
Respiratoire
PCR
LS1
Champignon
PanFungal
ZH1
Champignon
Identification
Séquençage
LS1
Chikungunya Virus
Sérum
Sérologie
GE1
Clostridium perfringens
(Détection de la toxine)
Souche
PCR
Coccidioides immitis
Sérum
Sérologie
ZH1
Coronavirus
SRAS-SARS
Prélèvement respiratoire
protocole OFSP !!
PCR
GE1
Coxiella burnetti
(Rickettsiose: fièvre Q)
Sérum
Sérologie
SION
Coxiella burnetti
(fièvre Q)
Biopsie liquide biologique
PCR
SION
Cysticercose
Sérum
Sérologie
BE4
Cytomégalovirus
(CMV)
Sérum
Avidité IgG
LS3
Cytomégalovirus
(CMV)
Frottis dans milieu de
transport
PCR
LS4
Cytomégalovirus
(CMV)
LCR (immunocompromis)
LBA
Biopsie
Urine du nouveau né <10j
PCR
LS1
CMV Virémie
Plasma
PCR
GE1
CMV Virémie (rare)
« Providence - dialyse »
Sang EDTA complet
PCR
LS1
Dengue
Sérum
Sérologie
IKMI
Dermatophytes
Souche
Identification
ZH1
Dermatophytes
Souche
Séquençage
LS1
Diphtérie
contrôle vaccination
Sérum
Sérologie
ZH4
Echinococcus spp
Sérum
Sérologie
BE4
EHEC (VTEC)
EIEC EPEC
E.coli pathogènes
Souches
Identification
Confirmation
NENT

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Mis hors vigueur
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Visa
Visa
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Date
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Date
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RL
MLT
26.07.2010
RL
28.07.2010
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Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-
traitant
EHEC (VTEC)
EIEC EPEC
E.coli pathogènes
Selles
PCR
IMD
Encéphalite japonaise
LCR
Sang EDTA
PCR
IKMI
Encéphalite japonaise
Sérologie
IKMI
Entamoeba histolytica
Selles, biopsie, ponction
URGENT !
Identification
BS1
Entamoeba histolytica
Sérum URGENT
Sérologie
BS1
Entamoeba histolytica
pathogénicité
Selles fraîches
PCR
BS1
Enterovirus
(Echo-, Coxsackie, Polio-)
Biopsies
PCR
LS1
Epstein-Barr virus
(EBV)
0.5ml LCR natif
indiquer: tél. + nom du
médecin.
PCR
LS1
Epstein-Barr virus
(EBV) chez les
hémodialysés, gréffés
Plasma
Virémie PCR
GE1
Eubacterial PCR
PCR eubactérienne
Gène 16S direct
(prélèvements stériles)
Biopsie, ponctions stériles
PCR +
séquençage
LS1
Fièvres hémorragiques
Sérum 1-2 ml
.
Sérologie
Paris1
(Inst.Pasteur)
FSME
LCR , sérum, plasma
PCR
SION
Francisella tularensis
Sérum
Sérologie
SION
Galactomannane
cf Aspergillus spp
Sérum
Sérologie
LS11
Giardia lamblia
Selles fixées SAF
Antigènes
BE1
Giardia lamblia
Biospie, …
PCR
IMD
Grippe Aviaire (H5N1)
Seulement si les critères
remplis.
PCR multiple
Kit d’envoi
GE1
Haemophilus ducreyi
Avec T.pallidum
PCR duplex
IMD
Haemophilus influenzae
Souche des hémocultures
et LCR
Typage
BE1
H. influenzae typeB
contrôle vaccination
Sérum
Sérologie
ZH4
Hantavirus (Puumala)
Sérum
Sérologie
IKMI

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Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
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RL
MLT
26.07.2010
RL
28.07.2010
Mis à jour le 27.11.2012 par MLT
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-
traitant
Helicobacter pylori
Selles fraîches
Antigène
Meditest
Helminthiases
tissulaires
Sérum
Sérologie
BS1
Hépatite A virémie
Plasma
PCR
LS1
Hépatite B Virémie
1ml plasma
Virémie
GE1
Hépatite B
Plasma 1ml
Résistances
LS1
Hépatite B
Plasma 1ml
Génotypage
LS1
Hépatite C génotypage
Plasma 1ml
notant virémie obtenue !
PCR et hybridation
GE1
Hépatites A,B,C
Sérum
Sérologie
SRNJTS
Hépatites D,E
Sérum
Sérologie
GE1
Hépatite D virémie
Plasma
PCR
LS1
HépatiteE virémie
Plasma
PCR
LS1
Herpes simplex (HSV)
0.5ml LCR natif
Frottis dans milieu
transport
PCR
LS1
HHV6
Sérum
Sérologie
GE1
HHV8
Sérologie
BS 2
Histoplasma
capsulatum
Sérum
Sérologie
ZH1
HIV spécialités
HIV2 virémie
2 ml plasma
Virémie
ZH2
HIV pédiatrie
Etude CH
Plasma et sérum selon
disponibilité
ZH2
HIV résistances
2 ml plasma
PCR
GE1
HIV1,2 dépistage
Sérum
Noter si facturation HJB
Sérologie
SRNJTS
HIV1,2 AG p24
Sérum
Sérologie
ZH2
HTLV
Sérum (dépistage + WB)
Sérologie
GE1
HTLV
Sang EDTA (PCR)
PCR
ZH2
Influenza virus
confirmation
PCR
LS1

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Visa
Date
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MLT
26.07.2010
RL
28.07.2010
Mis à jour le 27.11.2012 par MLT
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-
traitant
Influenza et
parainfluenza
Sérum
Fixation du
complémentaire
SION
JC polyomavirus
Urine,
plasma ou sang EDTA
PCR
BS2
JC polyomavirus
(LCR)
0.5ml LCR natif
indiquer: tél. + nom du
médecin!!
PCR
LS1
Légionelle
Souche
sérotypage
TI
Légionelle
Expectoration, LBA,
Aspiration bronchique,
(Urine)
PCR
LS1
Leishmania spp
Sérum
Sérologie
BS1
Leishmania spp
Moëlle, biopsies, se garde
à 4°C
Culture
BS1
Leptospire
Sérum
Microagglutination
IKMI
Leptospire
Sang EDTA et Urine
PCR
IKMI
Listeria monocytogenes
Souche bactérienne
Typage
Identification
LS5
Listeria spp
LCR
Liquide amniotique
PCR
LS1
Méningite bactérienne
(panel de base)
LCR
PCR multiplexe
LS1
Microsporidies
Selles fixées SAF
Identification
BE1
MRSA
Etude CH
Souche
Typage
LS10
(HH)
Mycobactéries MTBC
Biopsie, LCR,
PCR
LS1
MOTT rechercher et
identifier
Souche
PCR
LS1
Mycobactéries
Souche
Typage
Antibiogramme.
ZH1
Mycoplasma
pneumoniae
Prélèvement respiratoire,
LCR
PCR
LS1
Neisseria meningitidis
Souche bactérienne
Antibiogramme
Typage
GE2
Neisseria meningitidis
Cf Méningites
LCR
PCR Multiplexe
LS1
.
Oreillons
Sérum
IgM
BE1
Oreillons
LCR congelé
.
PCR
IKMI
Oreillons
Frottis de sténon, gorge,
salive, urine
Culture
GE1