Liste des analyses sous-traitées

Liste des analyses sous-traitées
Page A1/A10
L_Sous-traitance_V2 0.docx
Accord
Mis en vigueur
Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
09.02.2017
LVA
AJA
09.02.2017
RLI
09.02.2017
Mis à jour 09.02.2017 par LVA
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-traitant
Adénovirus
Autre que selles
PCR
LS1
Amibes
(Acanthamoeba spp)
Biopsie, grattage (eau physiol. stérile)
Verre de contact, liquide de lentille
Examen direct
Culture
BE1
Amibes
(cf E.histolytica-dispar)
Selles native
BS1
« Anthrax »
B.anthracis
Souche isolée
(ou matériel)
PCR
NANT
Antibiotiques
Résistances
Souche
Confirmation
Selon type
(LS4)
Antibiotiques rares
Souche
CMI
Selon
disponibilité
Antipneumolysines
Sérum
Sérologie
LS4
Arbovirus
Sérum
Sérologie
NANT
Ascaridiose
Sérum
Sérologie
BE4
ASLO
Sérum
Sérologie
SRNJTS
Aspergillus spp
Dosage
galactomannane
Sérum
Sérologie
LS3
Aspergillus et autres
(poumon du fermier)
Sérum
Précipitine
GE4
Babesia spp
Sang, plasma,…
Moléculaire
Unine
Bactéries
Champignons
Souche
Identification
classique
ZH1
Bactéries
Champignons
Souche
Séquençage
LS1
Bartonella henselae
(B.quintana)
Biopsies, Pus, coupe histologique
PCR
LS1
BK polyomavirus
(greffés rénaux)
Urine, plasma EDTA
PCR
BS2
Bordetella pertussis
Bordetella
parapertussis
Nez, gorge Frottis ou aspiration
PCR
LS1
Borrelia miyamotoi
Fièvre récurrente
Sang LCR
PCR
SION
Botulisme
intoxication
Selles, sérum
Nouveau-né et cas chronique adultes
Toxine
PASTEUR
Brucella spp
Souche
Typage
BE2
Campylobacter spp
Souche
Identification
NENT
Campylobacter spp
Sérum
Fixation complément
SION
Candida spp
Souche
Antifongigramme

Liste des analyses sous-traitées
Page A2/A10
L_Sous-traitance_V2 0.docx
Accord
Mis en vigueur
Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
09.02.2017
LVA
AJA
09.02.2017
RLI
09.02.2017
Mis à jour 09.02.2017 par LVA
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-traitant
Candida spp
Mannane et anti
mannane
Sérum
Sérologie
LS3
Chlam. pneumoniae
Prélèvements respiratoires
PCR
LS1
Chlam psitacci
sérologie
ZLM
C.trachomatis
typages+
Sérovar LGV
Génital
PCR
LS1
Champignon
Prélèvements bactériens
PanFungal
ZH1
Champignon
Identification
Séquençage
LS1
Clostridium
perfringens
(Détection de la toxine)
Souche
PCR
Coccidioides immitis
Sérum
Sérologie
ZH1
Coronavirus
SRAS-SARS
Prélèvement respiratoire protocole OFSP !!
PCR
GE1
Coxiella burnetti
(fièvre Q)
LBA, Asp B, plasma
Biopsie, liquide biologique
PCR confirmation et
contrôle
SION1
Creutzfeld-Jakob
prion protéine 14-3-3
LCR réfrigéré
ZH4
Cysticercose
Sérum
Sérologie
BE4
Cytomégalovirus
(CMV)
Sérum
Avidité IgG
LS3
Cytomégalovirus
(CMV)
LCR (immunocompromis)
LBA
Biopsie
Urine du nouveau né <10j
PCR
LS1
CMV Virémie
Plasma
PCR
GE1
CMV Virémie (rare)
Sang EDTA complet
PCR
LS1
Dermatophytes
Souche
Identification et
séquençage
ZH1
Diphtérie
contrôle vaccination
Sérum
Sérologie
GE3
Echinococcus spp
Sérum
Sérologie
BE4
EHEC (VTEC)
EIEC EPEC (gènes)
Souches à confirmer selon OFSP
Identification
Confirmation
NENT
EHEC (VTEC)
EIEC EPEC (gènes)
Selles à analyser selon demande
PCR
IMD
Encéphalite japonaise
LCR
Sang EDTA
PCR
ZLM
Encéphalite japonaise
Sérologie
ZLM

Liste des analyses sous-traitées
Page A3/A10
L_Sous-traitance_V2 0.docx
Accord
Mis en vigueur
Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
09.02.2017
LVA
AJA
09.02.2017
RLI
09.02.2017
Mis à jour 09.02.2017 par LVA
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-traitant
Entamoeba histolytica
Selles, biopsie, ponction
Identification
BS1
Entamoeba histolytica
Sérum URGENT
Sérologie
BS1
Enterovirus
Biopsies, sang, LCR
PCR
GE1
Enterovirus
(Echo-, Coxsackie,
Polio-)
Biopsies, liquide péricardique, sang,
Séquençage si PCR
positive
GE1
Recherche
spéciale virus
Epstein-Barr virus
(EBV)
0.5ml LCR natif
indiquer: tél. + nom du médecin!!
PCR
LS1
Epstein-Barr virus
(EBV) chez les
hémodialysés, gréffés
Plasma
Virémie PCR
GE1
Eubacterial PCR
PCR eubactérienne
Gène 16S direct
(prélèvements
stériles)
Biopsie, ponctions stériles
PCR +
séquençage
LS1
Fièvres
hémorragiques
Sérum 1-2 ml
.
Sérologie
(CRIV) GE1
FSME
LCR, sérum, plasma
PCR
SION1
Galactomannane
cf Aspergillus spp
Sérum
Sérologie
Grippe Aviaire
(H5N1)
Seulement si les critères remplis !!
PCR multiplex
(CRIV) GE1
Tél au labo !
Haemophilus ducreyi
Avec T.pallidum
PCR duplex
IMD
Haemophilus
influenzae
Souche des hémocultures et LCR
Typage
BE1
H. influenzae (type B)
LCR
PCR multiplex
LS1
H. influenzae typeB
(contrôle vaccination)
Sérum
Sérologie
GE3
Hantavirus
(Puumala)
Sérum
Sérologie
ZLM
Helicobacter pylori
Biopsie
PCR
IMD
Helminthiases
tissulaires
Sérum
Sérologie
BS1
Hépatite A virémie
Plasma
PCR
BE CTS
Hépatite B
Plasma 1ml
Résistances
LS1

Liste des analyses sous-traitées
Page A4/A10
L_Sous-traitance_V2 0.docx
Accord
Mis en vigueur
Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
09.02.2017
LVA
AJA
09.02.2017
RLI
09.02.2017
Mis à jour 09.02.2017 par LVA
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-traitant
Hépatite B
Plasma 1ml
Génotypage
LS1
Hépatite B
Plasma
Virémie
GE1
Hépatite C
génotypage
Plasma 1ml
PCR et hybridation
GE1
Hépatite C résistances
Plasma EDTA
PCR
GE1B
Hépatites A, B, C
Sérum
Sérologie
SRNJTS
Hépatites D, E
Sérum
Sérologie
GE1
Hépatite D virémie
Plasma
PCR
LS1
Hépatite E virémie
Plasma
PCR
LS1
Herpes simplex (HSV)
0.5ml LCR natif
Frottis dans milieu transport
PCR
LS1
Herpes simplex
Sang EDTA
Virémie
BS2
HHV6
Sérum
Sérologie
GE1
HHV8
Sérum
Sérologie
BS 2
HHV8
Sang EDTA, LCR
PCR
LS1 (ou BS2)
Histoplasma
capsulatum
Sérum
Sérologie
ZH1
HIV spécialités
HIV2 virémie
2 ml plasma
tube en sérothèque!!
Virémie
ZH2
HIV pédiatrie
Etude CH
Plasma et sérum selon disponibilité
ZH2B
HIV résistances
2 ml plasma
garder un tube en sérothèque!!
PCR
GE1C
HIV1, 2: dépistage
Sérum
Noter si facturation HJB
Sérologie
SRNJTS
HIV1,2 AG p24
Sérum
Sérologie
ZH2
HTLV
Sérum (dépistage + WB)
Sérologie
GE1
HTLV
Sang EDTA (PCR)
PCR
ZH2
IgE totaux
Sérum
sérologie
GE4m
Influenza virus
Confirmation
PCR
LS1
JC polyomavirus
Urine,
(plasma ou sang EDTA)
congelé express nuit
PCR
BS2
JC polyomavirus
(LCR)
0.5ml LCR natif
indiquer: tél. + nom du médecin!!
PCR
LS1

Liste des analyses sous-traitées
Page A5/A10
L_Sous-traitance_V2 0.docx
Accord
Mis en vigueur
Mis hors vigueur
Fait le
Visa
Visa
Date
Visa
Date
Visa
Date
09.02.2017
LVA
AJA
09.02.2017
RLI
09.02.2017
Mis à jour 09.02.2017 par LVA
Analyses
Prélèvements
Méthode
Sous-traitant
Kingella kingae
Gorge (dépistage)
Ponction, sang EDTA
PCR
GE2
Legionella
Souche
sérotypage
TI
Legionella
Expectoration, LBA, Aspiration bronchique,
(Urine)
PCR
LS1
Leishmania spp
Sérum
Sérologie
BS1
Leishmania spp
Moëlle, biopsies, se garde à 4°C
Express de nuit ! !
Culture
BS1
Leptospire
Sérum
EIA
ZLM
Leptospire
Sang EDTA et Urine
PCR
ZLM
Listeria
monocytogenes
Souche bactérienne
Typage
Identification
NENT1
Listeria
monocytogenes
LCR
Liquide amniotique
PCR multiplex
LS1
Méningite
bactérienne
LCR
PCR multiplex
LS1
MERS-CoV
Cf Virus spéciaux
GE1
Microsporidies
Selles fixées SAF
Identification
BE1
MRSA
Etude CH
Souche
Typage
LS6
Mycobactéries MTBC
Biopsie, LCR, par coursier
Aspi Bronchique (pas LBA)
PCR
LS1
MOTT rechercher et
identifier
Souche
PCR
ZH1
Mycobactéries
Souche
Typage
Antibiogramme.
ZH1
Mycoplasma
pneumoniae
Prélèvement respiratoire,
LCR
PCR
LS1
Neisseria meningitidis
Souche bactérienne
Antibiogramme
Typage
GE2B
Neisseria meningitidis
LCR
PCR Multiplex
LS1
.
Neoehrlichia
mikurensis
LCR
Autres
PCR
SION
Oreillons
Sérum
IgM
BE1
Oreillons
LCR congelé
par express de nuit.
PCR
ZLM
Oreillons
Frottis de sténon, gorge, salive, urine
MTV par courrier A
Culture
GE1