Emergence en milieu hospitalier des bacilles Gram négatifs

République Algérienne Démocratique et Populaire
ENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
Université Badji Mokhtar-Annaba
FACULTE DES SCIENCES
DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE
LABORATOIRE : EAU ET ENVIRONNEMENT
THESE
Présentée e de Doctorat
En Microbiologie
Option : MICROBIOLGIE APPLIQUEE
Thème :
Présentée par : Mme DEBABZA Manel
Devant le jury :
Directrice de thèse:
Mme CHETTIBI. H
MCA. Université Badji- Mokhtar (Annaba)
Président :
Mr BRANES. Z
Prof. Université Badji- Mokhtar (Annaba)
Examinateur :
Mr ARHAB. R
Prof. Université Oum El-
Bouaghi)
Examinateur :
Mr DJABRI. B
MCA. Université Larbi Tebessi (Tébessa)
ANNEE UNIVERSITAIRE : 2014-2015
Emergence en milieu hospitalier des bacilles Gram
négatifs multirésistants aux antibiotiques : étude
bactériologique et moléculaire

i
صـــــخلم
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ii
Résumé
L’objectif de ce travail était d’évaluer la fréquence des bacilles à Gram négatif multi résistants
dans différents sites du milieu hospitalier à Tébessa et de caractériser des gènes de résistance
codant les bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE). Les souches ont été identifiées suivant les
critères bactériologiques classiques. Un antibiogramme a été réalisé par la méthode de diffusion
des disques. La production de BLSE chez les souches a été détectée par les tests : test de
synergie, test de rapprochement des disques et test du double disque. Les plasmides de résistance
ont été révélés par électrophorèse sur gel d'agarose et la recherche des gènes bla TEM, bla SHV,
blaCTX-M-1 et des gènes qnr a été réalisée par PCR classique.
306 souches de bacilles à Gram négatif (BGN) ont été isolées de l’environnement de l’hôpital
dont 74,51% des entérobactéries, représentées principalement par le groupe K.E.S. L’étude de la
sensibilité aux antibiotiques a montré que les souches isolées expriment à des degrés variés, une
résistance aux antibiotiques des différentes familles, en particulier aux β-lactamines, avec
cependant une efficacité remarquable de l’imipenème, des aminosides et des fluoroquinolones.
Les tests de détection des BLSE ont permis de caractériser 114 souches productrices de BLSE,
soit 50% des entérobactéries isolées.
L’analyse des profils plasmidiques a montré que les souches de BGN multi résistantes hébergent
de 1 à 4 plasmides de différentes tailles allant de 1Kb à 170Kb. Les expériences de la
conjugaison réalisées ont montré le co-transfert de la résistance à la gentamicine et au
cotrimoxazole sur des plasmides de 10Kb, 20Kb, 125Kb ou 165Kb. La PCR des souches
transconjugantes a permis de détecter les gènes bla CTX-M-1, bla TEM et bla SHV. Concernant la
recherche moléculaire de la résistance aux quinolones, les résultats ont montré la présence des
gènes qnrB transférés sur des plasmides de 125Kb. Notre étude montre que l’environnement
hospitalier dans la région de Tébessa est fréquemment contaminé par les BGN multi résistantes
en particulier les entérobactéries productrices de BLSE, et qu'il peut être une source potentielle
des épidémies ce qui incite à proposer des recommandations au sein des structures sanitaires.
Mots clés : environnement hospitalier, bacilles à Gram négatif, infections nosocomiales,
résistance aux antibiotiques, bêta-lactamases à spectre étendu

iii
Abstract
The objective of this work was to evaluate the frequency of multi-resistant Gram-negative bacilli
from different sites of the hospital environment at Tébessa and characterize resistance genes
encoding beta-lactamase extended spectrum (ESBL). The strains were identified by conventional
bacteriological criteria. Susceptibility testing was performed by disk diffusion method. ESBL
production in strains was detected by testing: synergy test, approximation test and double disc
assay. The resistance plasmids were revealed by electrophoresis on agarose gel and search of
blaTEM , blaSHV, blaCTX-M-1 and qnr genes was performed by standard PCR.
306 Gram-negative bacilli (GNB) strains were isolated from the hospital environment including
74.51% of enterobacteria, represented mainly by the K.E.S group. The study of antibiotic
susceptibility showed that the strains isolated express resistance to antibiotics of different
families, especially β-lactams with remarkable effectiveness of imipenem, aminoglycosides and
fluoroquinolones. The ESBL detection tests have allowed characterizing114 ESBL-producing
strains, or 50% of enterobacteria isolated.
The plasmid analysis showed that multi resistant GNB strains harboring 1-4 plasmids ranging in
size from 1 kb to 170Kb. The experiments of conjugation performed showed the co-transfer of
resistance to gentamicin and cotrimoxazole on 10Kb plasmids, 20Kb, 125Kb or 165Kb.
The PCR of transconjugant strains have allowed to detecting the genes bla CTX-M-1, bla TEM
and blaSHV. Regarding molecular research of resistance to quinolones, the results showed the
presence of genes qnrB transferred by plasmids of 125Kb.
Our study shows that the hospital environment in the Tébessa region is frequently contaminated
by multi resistant GNB especially enterobacteria producing ESBL and it can be a potential source
of epidemics prompting propose recommendations within health structures.
Key words: hospital environment, Gram-negative bacilli, nosocomial infections, antibiotic
resistance, extended-spectrum beta-lactamases

iv
REMERCIEMENTS
Avant tout nous remercions "Allah" tout puissant qui nous a donné le
courage, la volonté et la force pour accomplir ce travail. Merci de nous
avoir éclairé le chemin de la réussite.
Je dois l'aboutissement de cette thèse à de nombreuses personnes. Tout
d'abord, Je voudrais témoigner ma reconnaissance à ma directrice, Mme
CHETTIBI Houria, pour m'avoir permis de travailler sur un projet des
plus intéressants où j'ai pu me familiariser avec différentes techniques de
microbiologie et de biologie moléculaire. Je tiens à lui exprimer ma
reconnaissance pour sa grande disponibilité et pour son écoute attentive.
Et delà de sa compréhension, j’ai beaucoup apprécié la confiance qu’elle
m’a toujours accordée, et grâce à laquelle j’ai bénéficié d’une grande
liberté dans mon travail.
A Mr BRANES Zidane pour m’avoir fait l’honneur de présider le jury,
qu’il trouve ici l’expression de ma respectueuse reconnaissance.
Je remercie vivement les membres examinateurs pour avoir accepté
d’évaluer ce travail, particulièrement :
Le professeur ARHAB Rabah (université d’Oum Elbouaghi) pour avoir
accepté de juger ce travail. Qu’il me soit permis de lui exprimer ma
profonde reconnaissance et ma haute considération.