Aspects épidémiologiques de la maladie à virus Ebola en Guinée

ÉPIDÉMIOLOGIE / EPIDEMIOLOGY
Aspects épidémiologiques de la maladie à virus Ebola en Guinée
(décembre 2013–avril 2016)
Epidemiological Aspects of Ebola Virus Disease in Guinea (December 2013–April 2016)
R. Migliani · S. Keïta · B. Diallo · S. Mesfin · W. Perea · B. Dahl · G. Rodier
Reçu le 2 mai 2016 ; accepté le 3 mai 2016
© Société de pathologie exotique et Lavoisier SAS 2016
Résumé Le virus Ebola de l’espèce Zaïre variant Makona,
entre son émergence en décembre 2013 et avril 2016, a pro-
voqué en Guinée une épidémie d’une importance et d’une
gravité sans précédent, avec 3 814 cas notifiés, dont
3 358 ont été confirmés (88,0 %) et 2 544 (66,7 %) sont
décédés. L’épidémie a évolué en plusieurs phases : une
phase silencieuse sans identification des cas qui sont tous
décédés jusqu’en février 2014 ; une première recrudescence
à partir de mars 2014, où l’alerte est lancée et le virus iden-
tifié, qui va durer jusqu’en juillet 2014 ; une deuxième recru-
descence, qui va être la plus intense, à partir d’août 2014
jusqu’à janvier 2015 centrée principalement sur la Guinée
forestière et une dernière recrudescence à partir de février
2015 centrée sur la Basse-Guinée et la capitale Conakry.
L’adaptation en 2015 des stratégies de lutte (initiative « Zéro
Ebola en 60 jours », recherche active de cas et de décès
suspects et sensibilisation des préfectures actives, microcer-
clage des dernières localités touchées et ratissage autour de
ces localités) et la vaccination des contacts en ceinture autour
des cas confirmés ont permis de contrôler progressivement
l’épidémie principalement en octobre 2015. Mais un survi-
vant excrétant du virus a été à l’origine en zone forestière
d’une résurgence entre mars et avril 2016, avec dix cas dont
huit sont décédés. Cette épidémie a plus particulièrement
touché la région de la Guinée forestière (44 % des cas et
48 % des décès guinéens), les femmes les plus âgées
(≥50 ans) et les professionnels de santé (211 cas dont
115 décédés), et près du tiers des malades (32,6 %) n’ont
pas été pris en charge dans les centres Ebola. L’épidémie
est marquée actuellement par la résurgence de petits foyers
à partir de sujets guéris excrétant du virus, qui ont été contrô-
lés jusqu’à présent avec succès. Les survivants font l’objet
d’une attention particulière. Il est nécessaire de tirer tous les
enseignements de la riposte afin de mieux préparer l’avenir,
d’améliorer les connaissances sur l’histoire naturelle de la
maladie à virus Ebola et de repenser la communication avec
la population et ses leaders.
Mots clés Ebola · Épidémie · Létalité · Épidémiologie ·
Guinée · Afrique intertropicale
Abstract Ebola Zaire species variant Makona between its
emergence in December 2013 and April 2016, resulted in
an epidemic of Guinea importance and unprecedented gra-
vity with 3814 reported cases of which 3358 were confirmed
(88.0%) and 2544 were died (66.7%). The epidemic has
evolved in phases: a silent phase without identification of
all fatal cases until February 2014; a first outbreak from
March 2014, when the alarm is raised and the virus detected,
which lasted until July 2014; a second increase, which was
the most intense, from August 2014 to January 2015 focused
primarily on the forest Guinea; and a final increase from
February 2015 centered on lower Guinea and the capital
Conakry. Adapting strategies in 2015 (initiative “Zero Ebola
in 60 days”active case search and suspicious deaths and
awareness of active prefectures, microbanding the last affec-
ted communities and raking around these localities) and ring
vaccination of contacts around confirmed cases has allowed
to gradually control the main outbreak in October 2015. But
R. Migliani (*)
École du Val-de-Grâce, 1, place Alphonse-Laveran,
F-75230 Paris cedex 05, France
e-mail : [email protected]
R. Migliani · S. Keïta
Coordination nationale pour la lutte contre le virus Ebola
en Guinée, Conakry, Guinée
B. Diallo · S. Mesfin
Organisation mondiale de la santé, Camayenne corniche Nord,
Dixinn, BP 81, Conakry, Guinée
W. Perea · G. Rodier
Organisation mondiale de la santé, avenue Appia,
CH-201211 Genève 27, Suisse
B. Dahl
Centers for Disease Control and Prevention,
1600 Clifton Rd, Atlanta, GA 30333, États-Unis
Bull. Soc. Pathol. Exot.
DOI 10.1007/s13149-016-0511-4

a survivor was originally resurgence in forest areas between
March and April 2016 with 10 cases including 8 deaths. The
epidemic has particularly affected the forest Guinea region
(44% and 48% of Guinean cases and deaths), elderly women
(≥50 years), and health professionals (211 cases including
115 deaths); however, almost one-third of the patients
(32.6%) was not provided supportive care in the Ebola cen-
ters. The epidemic is currently marked by the resurgence of
small foci, from excreting subjects cured of the virus who
have been controlled so far successfully. The survivors are
the subject of special attention. It is necessary to learn les-
sons from the response to better prepare for the future, to
improve knowledge about the natural history of the Ebola
virus disease, and to rethink communication in this regard
with the public and its leaders.
Keywords Ebola · Outbreak · Case fatality · Guinea · Sub-
Saharan Africa
Introduction
La maladie à virus Ebola (MVE), anciennement dénommée
fièvre hémorragique à virus Ebola, est une zoonose grave à
très mauvais pronostic chez les primates. L’homme se conta-
mine par le contact avec le sang ou les liquides biologiques
de chauves-souris frugivores ou d’autres animaux de forêt
tropicale (singes, antilopes des bois) porteurs du virus,
vivants ou trouvés morts. La transmission est ensuite
humaine par contact direct avec le sang et les liquides bio-
logiques des malades ou des défunts, par contact indirect
avec des surfaces et des matériaux (literie, vêtements) conta-
minés, par injection parentérale avec du matériel contaminé
ou par voie maternelle. Les rites funéraires, pratiqués en
Afrique, sont très favorables à la transmission du virus chez
les parents et les amis par le contact étroit avec le défunt et
ses effets personnels [3,18,36,43].
Après une incubation non contagieuse de 2 à 21 jours, la
MVE, non prise en charge, évolue en quelques jours avec
une phase pseudogrippale fébrile suivie d’une atteinte mul-
tiviscérale, associant troubles cutanéomuqueux, digestifs
avec vomissements et diarrhées profuses, respiratoires et
neurologiques, qui se termine par un tableau clinique où
prédominent des signes neurologiques d’encéphalite et des
manifestations hémorragiques internes et externes. L’évolu-
tion fatale est la règle dans la grande majorité des cas. Le
décès survient dans un état de choc favorisé par les pertes
hydroélectrolytiques liées aux vomissements et à la diarrhée
avec, dans la moitié des cas, une coagulopathie diffuse.
Dans les formes non fatales, la MVE évolue vers la guéri-
son, au fur et à mesure de la disparition du virus dans le sang
sous l’effet de la réponse immunitaire. La prise en charge
thérapeutique symptomatique précoce améliore le pronostic
vital. La convalescence est marquée par une asthénie pro-
longée avec des séquelles rhumatologiques, neurologiques
et oculaires et par des épisodes de rechute de la MVE par
réactivation virale à partir notamment du compartiment neu-
rologique. Ces éléments sont de mieux en mieux documen-
tés avec les survivants de l’épidémie d’Afrique de l’Ouest
[16,18,41,43,72,77].
Lors de son émergence chez l’homme en 1976 au Zaïre,
actuelle République démocratique du Congo (RDC), la
MVE était due au filovirus Ebola de l’espèce Zaïre ebolavi-
rus (EBOV), responsable d’une létalité très élevée, la plus
forte parmi l’ensemble des cinq espèces connues de filovirus
[7,32,63,76]. Durant cette première épidémie, en effet,
318 malades furent recensés, dont 280 décédèrent (88 %)
[63]. Quatorze épisodes épidémiques (1 à 318 cas) avec l’es-
pèce EBOV sont survenus au total en Afrique centrale avant
l’émergence en 2013 en Guinée d’un variant de la même
espèce dénommé Makona (EBOV/Mak) [32]. Trois pays
étaient concernés par ces épidémies : la RDC, le Gabon et
le Congo. Le cas d’Afrique du Sud était lié à un malade
évacué du Gabon ayant contaminé une infirmière
[5,19,20,23,25,28,31,36,44,49,51,62,63,78-82] (Tableau 1).
La létalité moyenne de ces épidémies était de 79,2 %
(médiane : 78,0 % ; extrêmes : 46,9 à 100,0 %), malgré
des mesures de lutte de mieux en mieux codifiées mises en
œuvre au fil du temps et une extension géographique limitée
des foyers épidémiques. La proportion moyenne de cas
confirmés pour ces 14 épisodes était égale à 16,9 % (extrê-
mes : 6,3 à 100,0 %). Le délai moyen d’alerte était de
39 jours, et le délai médian de 23 jours (extrêmes : 9 à
115 jours).
En Guinée, 3 814 cas ont été déclarés durant l’épidémie
entre son émergence en décembre 2013, dans le village de
Méliandou près de la ville de Guéckédou en Guinée fores-
tière, la fin de la principale flambée le 29 décembre 2015 et
la résurgence de mars-avril 2016 [8,43,85,87]. La létalité
globale était égale à 66,7 % (2 544 décès) malgré toutes les
mesures mises en œuvre, confirmant la gravité de la MVE
due à l’espèce EBOV, même s’il s’agissait d’un variant [2].
Elle était toutefois inférieure à la létalité moyenne observée
en Afrique centrale de plus de 10 %. La proportion de cas
confirmés était beaucoup plus élevée que celle des épidémies
précédentes, égale à 88,0 % [43,87]. La MVE était inconnue
en Guinée lorsqu’elle a émergé. L’alerte par les autorités
sanitaires locales a été lancée le 10 mars 2014, deux mois
et demi (74 jours) après le début de la maladie chez le cas
index (Tableau 1) [43].
Les objectifs de cet article sont de décrire l’importance,
l’évolution et les principales caractéristiques épidémiolo-
giques de l’épidémie en Guinée entre décembre 2013 et avril
2016. La résurgence de la MVE survenue en mars 2016 dans
la préfecture de N’Zérékoré, en Guinée forestière, était liée
2 Bull. Soc. Pathol. Exot.

Tableau 1 Principales caractéristiques des épidémies d’Ebola dues à l’espèce Zaïre (EBOV) en Afrique centrale de 1976 à 2009 et au variant Makona (EBOV/Mak) en Guinée de 2013 à 2016 / Characteristics of Ebola epidemics due to the species Zaire (EBOV) from 1976 to 2009 and variant Makona (EBOV/Mak) in Guinea from 2013 to 2016. Pays Districts
(villages)
Période de survenue (cas index– dernier cas
a
)
Cas index Origine
delacontam- ination
Délai d’alerte (cas index– alerte
b
)
[en jours]
Nombre de cas (a)
Nombre de cas confirmés (b)
Nombre de décès (c)
Létalité (c/a)
%decas confirmés (b/a)
Références
Zaïre (RDC) Bumba
(Yambuku), Abumonbazi, Kinshasa
01/09/1976- 05/11/1976
M44ans DC
Inconnue 20 318 38 280 88,1 % 11,9 % [62,63]
Zaïre (RDC) Talanda ??/06/1977 F 9 ans
DC
Inconnue 1 1 1 100,0 % 100,0 % [28]
Gabon Mékouna,
Andock, Minbéké
13/11/1994- 09/02/1995
Chimpanzé, gorille
35 51 19 31 60,8 % 37,3 % [20,44]
RD Congo Kikwit,
Mosaango
06/01/1995- 16/07/1995
M42ans DC
Inconnue 115 315 82 255 81,0 % 26,0 % [25,31]
Gabon Makokou
(Mayibout 2)
31/01/1996- 12/03/1996
Chimpanzé 13 31 2 21 67,7 % 6,5 % [44,79,81]
Gabon Booué, Balimba,
Lastourville, Libreville
13/07/1996- 18/01/1997
M39ans DC
Chimpanzé 84 60 4 45 75,0 % 6,7 % [44,78]
Afrique du Sud
Johannesburg 02/11/1996-
26/11/1996
F46ans DC
Homme malade
12 1 1 1 100,0 % 100,0 % [44,80]
Gabon La Zadié
(Mékambo), Ivondo, Impassa, Oyem
25/10/2001- 22/03/2002
M44ans DC
Gorille, chimpanzé, céphalophe
23 65 28 53 81,5 % 43,1 % [44,49,82]
Congo Mbomo, Kéllé 28/10/2001-
18/03/2002
M44ans DC
Gorille, chimpanzé, singe
21 59 9 44 74,6 % 15,3 % [82]
Congo Mbomo, Kéllé 25/12/2002-
22/04/2003
1 DC Gorille,
céphalophe
34 143 13 128 89,5 % 9,1 % [19]
Congo Mbomo,
Mbandza
11/10/2003- 02/12/2003
4DC Singe,
céphalophe
13 35 17 29 82,9 % 48,6 % [5]
Congo Etoumbi,
Mbomo
18/04/2005- 26/05/2005
M36ans DC
Inconnue 9 12 1 10 83,3 % 8,3 % [50]
(Suite page suivante)
Bull. Soc. Pathol. Exot. 3

au virus ayant circulé dans cette région entre fin 2014 et
début 2015. La transmission était très probablement liée à
un sujet guéri excrétant du virus. Cette résurgence a été en
Guinée, à la date du 28 avril 2016, à l’origine de dix cas,
dont huit sont décédés [8,85, 87]. Par ailleurs, une femme,
ayant participé aux funérailles d’un des cas de Guinée, est
morte de la MVE à Monrovia. Deux de ses enfants ont éga-
lement été contaminés [85].
Matériels et méthodes
Guinée
La Guinée est un pays d’Afrique de l’Ouest de 245 857 km
2
avec environ 11 millions d’habitants, dont 1,7 million
en 2014 dans la capitale Conakry située à l’ouest sur la côte
atlantique du pays [47]. On distingue quatre zones ou
régions naturelles : une zone côtière ou Guinée maritime
sur la façade atlantique à l’ouest, une zone montagneuse ou
Moyenne-Guinée, qui comprend le massif du Fouta-Djalon,
une zone de savane au nord ou Haute-Guinée et une zone de
forêt au sud-est ou Guinée forestière. Le pays est subdivisé
en 34 préfectures administratives dont la capitale qui se com-
pose de cinq communes. La Guinée est limitée au nord-ouest
par la Guinée-Bissau (lusophone), au nord par le Sénégal
(francophone), à l’est par le Mali (francophone), au sud-est
par la Côte-d’Ivoire (francophone) et au sud par le Liberia
(anglophone) et la Sierra Leone (anglophone). Les principa-
les religions sont l’islam (84,4 %) et le christianisme
(10,9 %).
Surveillance épidémiologique
La notification des cas et des décès confirmés et probables est
un élément important pour suivre l’évolution de l’épidémie et
guider la riposte. Elle s’appuyait en Guinée sur un système
d’alerte par la communauté et les structures de santé face à des
cas suspects ou probables, un système de confirmation par les
laboratoires et un système numérisé de recueil, de contrôle et
d’analyse des informations collectées sur les cas de MVE
dans les centres de prise en charge spécialisés Ebola : centre
de transit (CDT), centre de traitement Ebola (CTE) et centre
de traitement des soignants (CTS) [43].
Trois niveaux de définition standardisée des cas, s’ap-
puyant sur des critères cliniques, épidémiologiques et biolo-
giques, élaborés par l’Organisation mondiale de la santé
(OMS), ont été utilisés pour surveiller l’épidémie : cas sus-
pect, cas probable et cas confirmé [43,53]. Tous les cas cli-
niquement suspects ou probables ont été testés en Guinée
pour être confirmés biologiquement dans les laboratoires
des centres de traitement (CTE, CTS). Ces laboratoires ont
utilisé comme technique de confirmation sur sérum, pour les
Tableau 1 (suite) Pays Districts
(villages)
Période de survenue (cas index– dernier cas
a
)
Cas index Origine
delacontam- ination
Délai d’alerte (cas index– alerte
b
)
[en jours]
Nombre de cas (a)
Nombre de cas confirmés (b)
Nombre de décès (c)
Létalité (c/a)
%decas confirmés (b/a)
Références
RD Congo Luebo 15/05/2007-
10/10/2007
H VV Chauve-
souris frugivore
98 264 17 186 70,5 % 6,4 % [23,36]
RD Congo Luebo, Mweka 27/11/2008-
01/01/2009
F18ans DC
Inconnue 28 32 2 15 46,9 % 6,3 % [23,51]
Tous pays de 1976 à 2009 39
c
23
d
1 388 235 1 099 79,2 %
c
78,0%
d
16,9 %
c
13,6%
d
Guinée 27 préfectures/
34
26/12/13-20/ 04/16
M 2 ans DC
Chauve- souris (?)
74 3 814 3 358 2 544 66,7 % 88,0 % [2,8,43,
65,87]
a
Date de début des signes du cas index et date de guérison ou de décès du dernier cas ;
b
Date de début des signes du cas index et date d’alerte ;
c
Moyenne ;
d
Médiane.
RDC : République démocratique du Congo ; DC : décédé ; VV : vivant.
4 Bull. Soc. Pathol. Exot.

cas suspects et probables vivants et sur écouvillonnage buc-
cal (« SWAB ») pour les sujets décédés, la RT-PCR avec le
kit Filovirus, et à partir de 2015 le kit Zaïre ebolavirus [70].
En Guinée : les décès non testés biologiquement ayant un
lien épidémiologique avec un cas confirmé ont été considé-
rés comme des cas probables ; les cas testés non confirmés
biologiquement ont été définis comme non infectés et n’ont
pas été comptabilisés dans le total des cas de l’épidémie
(~24 500 cas suspects et décès testés négatifs pendant toute
l’épidémie) ; pour les communautés, l’alerte rapide vers les
équipes préfectorales de coordination était essentielle, avec
des critères de définition des cas et des décès suspects adap-
tés et simples [43]. Des lignes téléphoniques dédiées, dont le
numéro « 115 » au niveau national, ont été mises en place à
cet effet [34].
Suivi des personnes contacts
La surveillance épidémiologique des cas et des décès confir-
més et probables était complétée par le suivi médical quoti-
dien à domicile des sujets contacts (contact tracing) pendant
21 jours, durée maximale d’incubation de la MVE. Les
objectifs de ce suivi étaient de prendre en charge, dans un
centre spécialisé Ebola, un contact dès qu’il présentait les
premiers symptômes de la maladie et donc devenait conta-
gieux, afin de confirmer le diagnostic et, point capital, d’évi-
ter la transmission du virus à ses proches en cas de positivité.
Dès qu’un cas ou un décès confirmé ou un décès probable
était identifié, une enquête était réalisée. Elle permettait de
recueillir les informations sur l’exposition de toutes les per-
sonnes ayant eu un contact avec ce cas ou ce décès et leurs
fluides corporels [43,58]. Les informations sur l’exposition
devaient être vérifiées, puis leur cohérence et leur exhausti-
vité revérifiées lors des visites ultérieures, les enquêteurs
s’exposant à deux biais potentiels dans leur recherche :
l’oubli ou biais de mémorisation et la dissimulation ou biais
de prévarication, la MVE étant particulièrement stigmati-
sante et la population souvent réticente à accepter les métho-
des de lutte. Ces deux derniers éléments avaient également
un effet délétère sur la qualité du suivi des contacts.
Analyse des données
Les analyses des cas notifiés ont été réalisées à partir de la
base nationale de données, validée le 28 avril 2016. Après
une phase de vérification de la base, les variables utilisées
ont été les principales caractéristiques démographiques (âge
en années, sexe), l’appartenance à un métier de santé et le
type de métier de santé, le lieu de résidence et celui de sur-
venue de la MVE (préfecture, sous-préfecture), les principa-
les variables descriptives de la MVE (date de début de la
MVE [8,6 % de dates estimées], date de décès, résultat de
la PCR Ebola Zaïre, catégorie épidémiologique [quatre caté-
gories : sujet confirmé guéri, sujet confirmé décédé en centre
de prise en charge, sujet décédé confirmé non pris en charge,
sujet décédé dans la communauté non pris en charge en lien
épidémiologique avec un cas confirmé]). Les dates de début
de maladie et de décès prises en compte dans cet article sont
celles figurant dans la base nationale. Pour les sous-
préfectures de début de la MVE non indiquées dans la base
nationale (~10 %), la sous-préfecture de résidence a été uti-
lisée lorsqu’elle était indiquée dans la base, car les sous-
préfectures de début de maladie et les sous-préfectures de
résidence étaient les mêmes dans la grande majorité des
cas (~92 %). Les sous-préfectures de début de la MVE non
identifiées étaient au total peu nombreuses (1 %). L’erreur
introduite par cette méthode a été sans doute très faible.
Deux groupes ont été générés pour les besoins de l’analyse
de la létalité : les malades pris en charge dans les structures
de soins spécialisées (CDT/CTE/CTS) et les sujets décédés
dans la communauté témoins d’un échec de la prise en
charge (décès communautaires confirmés et décès probables
avec lien épidémiologique). De même, la variable concer-
nant les régions naturelles a été générée à partir des préfec-
tures de survenue de la MVE. La létalité mensuelle cumulée
correspond à la proportion de décès cumulés rapportés aux
cas cumulés chaque mois depuis le début de l’épidémie.
Les données démographiques pour le calcul des taux
d’incidence sont issues du recensement de la population gui-
néenne de 2014 [47]. La répartition de la population selon
l’âge et le sexe a été obtenue à partir du site des Nations
unies en charge de la démographie mondiale [71]. L’effectif
total des personnels de santé (public et privé), fin 2011,
était de 11 529 travailleurs dont 84 % de professionnels.
La répartition des catégories professionnelles utilisée pour
le calcul des taux d’incidence a été fournie par le ministère
de la Santé [45].
Les logiciels Excel, PowerPoint et Épi-Info
™
6 ont été
utilisés pour la réalisation des graphiques, de la carte et des
comparaisons statistiques. Le seuil de signification des tests
statistiques a été fixé à 5 %.
La description des activités et des stratégies développées
tout au long de l’épidémie a été faite à partir des rapports
quotidiens de la situation épidémiologique et des comptes
rendus de la Coordination nationale de Guinée et de l’OMS,
complétés par des publications scientifiques.
Résultats
Importance de l’épidémie de MVE en Guinée
Le 28 avril 2016, date de fin de la résurgence de MVE en
Guinée, la coordination nationale avait recensé 3 814 cas,
avec 3 358 cas confirmés (88,0 %), dont 1 270 sortis guéris
des centres de prise en charge Ebola, 1 300 décédés dans
Bull. Soc. Pathol. Exot. 5