Les bactéries entomopathogènes du genre Xenorhabdus

Les bact´eries entomopathog`enes du genre Xenorhabdus :
description pathologique et g´enomique de souches `a la
virulence att´enu´ee
Ga¨elle Bisch
To cite this version:
Ga¨elle Bisch. Les bact´eries entomopathog`enes du genre Xenorhabdus : description pathologique
et g´enomique de souches `a la virulence att´enu´ee. Bact´eriologie. Universit´e Montpellier II
- Sciences et Techniques du Languedoc, 2014. Fran¸cais. <NNT : 2014MON20050>.<tel-
01343190>
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Délivré par l’Université de Montpellier 2
Préparée au sein de l’école doctorale
Systèmes intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences,
Hydrosciences et Environnement
Et de l’unité de recherche
Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes – Insectes
(UMR 1333 INRA-UM2)
Spécialité Microbiologie-Parasitologie
Présentée par Gaëlle BISCH
Soutenue le 12 décembre 2014 devant le jury composé de
Frédérique Le Roux, Directrice de recherche, IFREMER
Rapportrice
Eric Duchaud, Directeur de recherche, INRA
Rapporteur
Mathieu Sicard, Professeur, Université Montpellier 2
Examinateur
Estelle Jumas-Bilak, Professeur, Université Montpellier 1
Examinatrice
Sophie Gaudriault, Chargée de recherches, INRA
Directrice de thèse
Les bactéries entomopathogènes du genre
Xenorhabdus
: description pathologique
et génomique de souches à la virulence
atténuée.

Remerciements
Je tiens tout d’abord à remercier tous les membres du jury d’avoir bien voulu prendre de leur temps
pour juger ce travail.
Un énorme merci à Sophie Gaudriault, ma directrice de thèse, d’avoir accepté de me faire confiance
en me confiant ce sujet de thèse il y a trois ans, et de m’avoir guidée dans mes recherches depuis.
Merci pour tes conseils précieux, ta patience et ta gentillesse tout au long de ce travail.
Merci à Jean-Claude Ogier et Sylvie Pagès pour leur aide très précieuse tout au long de ces trois années,
de m’avoir formée, qui à la génomique, qui à la bactériologie et à la nématologie, et d’avoir pris le
temps de répondre à mes questions et de farfouiller dans vos archives quand la situation l’exigeait !
Ce travail a également beaucoup bénéficié des conseils précieux de Bernard Duvic et d’Alain Givaudan.
Merci également à Patrick Tailliez d’avoir été mon directeur de thèse par intérim, et d’avoir continué
à s’intéresser à ce travail même après avoir cédé sa place.
Merci à Anne Lanois de m’avoir initiée aux joies du clonage, et Nadège Ginibre à celles de la patho sur
insectes.
Enfin, merci à tous les autres membres de l’équipe : Jean-Michel Escoubas, Pierre-Alain Girard, Wendy
Levrat, Julien Brillard et Christine Laroui, ainsi qu’aux enseignants : Marie-Hélène Boyer-Lavergne,
Olivier Thaler, Jean-Luc Aymeric et Robert Zumbhil, pour leur bonne humeur constante et toute l’aide
qu’ils ont pu m’apporter. Un merci tout spécial aux indispensables Gaëtan Clabots et Clothilde Gibard,
nos fournisseurs officiels d’insectes, ainsi qu’à Amélie Moulin et Michèle Schoenborn pour leur travail
de secrétariat rapide et efficace.
Merci également à toute l’équipe « du 4è », et tout particulièrement aux doctorants passés et présents,
Fanny, Marion, Tristan, Cécilia et Pascaline. Marion, tu nous auras été d’une aide précieuse dans le
recrutement des coorganisateurs des 5èmes journées SPE : Ashraf, Nadine et Martin, et Annabelle et
moi vous remercions pour tout le travail fourni par vous quatre ! Merci aussi aux doctorants SPE ayant
participé à ce congrès et à celui de Toulouse pour toutes les discussions enrichissantes que nous avons
pu avoir.
Merci enfin à Magali Eychenne, Marie Frayssinet, John G. Mc Mullen II et Safia Guenifi d’avoir été un
peu plus que des collègues, et d’avoir partagé avec moi les moments de joie, de doute et quelques
verres de vin et de bière.
J’en viens à toi, Annabelle, ma copine de thèse durant ces trois années : merci pour les innombrables
discussions plus ou moins professionnelles, et merci de m’avoir supportée au quotidien !
Je n’oublie pas, bien entendu, tous ceux qui ont été de passage dans la salle « Stagiaires » : Christelle,
Jérémie, Sylvain, Chutima, Alicia, Amine, Elodie, Quam, Nour, William, Benjamin, Sophia, Emma, Alban,
Zoé, Muriel et Sylvie. Merci également à « mon » stagiaire, Gérald, de m’avoir aidée à avancer ce
travail, et à Roba d’avoir défriché pour moi ce sujet.

Merci à tous ceux qui ont fait que je me suis sentie chez moi à mon arrivée à Montpellier : Pauline,
Karine, Aude, Nathalie, Rebecca, Armelle, Annabelle, Isabelle, pour les après-midi à papouiller de la
laine en mangeant des pâtisseries, Marie-Pascale, Katia, Andrée, Dominique, pour notre aventure
politico-tricotesque, Olive, Fifi, Luc et Lilia pour m’avoir laissé jouer de l’ukulélé, même mal, lors de nos
après-midi à la cabane. Une petite pensée également pour une certaine communauté-lélé qui aura
représenté pour moi un grand soutien moral durant ces trois années.
Un énorme merci enfin à tous ceux qui sont restés à Strasbourg, en particulier à Laurence et Caro, que
je retrouve avec joie à chacune de mes visites, et à toute ma famille : ma maman pour son écoute
constante et les heures à refaire le monde, même au téléphone, mon frère pour sa philosophie, et
mon père pour son aide précieuse en tous points. Merci à vous pour votre soutien tout au long de ces
trois années. J’ai une pensée également pour celle qui m’aura aidée au début de cette aventure, mais
ne sera pas restée assez longtemps pour en voir la fin.
Il est difficile, en cette heure de bilan, de revenir sur trois années bien remplies sans oublier personne :
ainsi, à toux ceux que j’ai pu oublier : pardon ! Soyez remerciés ici et assurés de ma gratitude.
A vous tous, encore une fois :
Merci !