Présentation PowerPoint - Cours en Ligne

Bloc SVM Microbiologie générale : Introduction
Spécificités structurales des procaryotes
1
MICROBIOLOGIE GENERALE
AM Davila, M Naïtali et C Tinsley
1ère année – 2014/2015
Cours et TP de microbiologie générale
2 salles de TP (CBAI, Bioger)
Cours/TP Demi promo A Demi promo B
Cours 1 11 sept 11 sept
Cours 2 11 sept 11 sept
TP 1 18 sept 12 sept
TP 2 19 sept 13 sept
TP 3 20 sept 16 sept
Cours 3 26 sept 26 sept
Cours 4 27 sept 27 sept
Blouse en coton si possible, cheveux attachés
•Enseignement du bloc « Sciences de la Vie et du Milieu ».
•Pré-requis : bases solides en biologie générale, biochimie,
génétique et biologie moléculaire.
•Bases qui seront utilisées dans d’autres parties du tronc
commun et dans les modules intégratifs.
•Structures, génétique, métabolisme et physiologie.
•Interactions avec les autres composants de la biosphère
(biotiques et abiotiques). Rôle dans l’équilibre écologique de
la planète. Importance dans les activités humaines.
Objectifs du cours de microbiologie
•Mettre en pratique quelques unes des principales méthodes
expérimentales utilisées en microbiologie.
•Etude d’un transfert génétique entre bactéries
(conjugaison).
•Identification d’une souche bactérienne, étude de sa
morphologie et de son métabolisme.
Objectifs des TP de microbiologie
Principales références utilisées
•Physiologie de la cellule bactérienne : une approche
moléculaire
FC Neidhardt, JL Ingraham, M Schaechter
•Cours de microbiologie générale
A Meyer, J Deiana, A Bernard
•Microbiologie
LM Prescott , JP Harley, DA Klein
•Molecular genetics of bacteria
L Snyder et W Champness
•Microbial ecology
R Atlas et R Bartha
•Bacterial metabolism
G Gottschalk
•Microbiology webbed out
T Paustian et U Wisconsin
•Microbes-edu.org

Bloc SVM Microbiologie générale : Introduction
Spécificités structurales des procaryotes
2
Programme du cours
•Introduction
•Spécificités structurales des procaryotes
•Spécificités génétiques des procaryotes
•Métabolisme des procaryotes
•Ecologie microbienne
•Le monde microbien et les activités humaines
ANIMAUX
PLANTES
PROTISTES micro-algues
protozoaires
FUNGI levures
moisissures
EUBACTERIES
ARCHAE
EUCARYOTES
PROCARYOTES
Domaine de la
microbiologie
Classification des organismes cellulaires
•Petite taille
Invisibilité
Possibilité de dissémination
Rapport surface/volume élevé, capacités d’échange élevées
Simplicité des structures cellulaires
•Diversité morphologique
•Diversité taxonomique
•Diversité physiologique et métabolique
Grandes caractéristiques
du monde microbien
Méthodes expérimentales
Illustrées dans les travaux pratiques
•Etude des individus isolés : difficile
–Observations microscopiques (photonique, électronique,
après ou non coloration ou marquage)
–Cytométrie de flux (auto-fluorescence, gfp, marqueur de viabilité)
•Etude sans culture préalable
•Etude après propagation : souvent nécessaire
–Techniques de culture, d’isolement et de dénombrement
•Techniques de manipulation aseptique

Bloc SVM Microbiologie générale : Introduction
Spécificités structurales des procaryotes
3
Arbre phylogénétique de Woese
Classification des organismes cellulaires
Bactéries à
Gram -
Firmicutes (Gram + à bas % G+C)
Actinobactéries (Gram + à haut % G+C)
Programme du cours
•Introduction
•Spécificités structurales des procaryotes
–Morphologie bactérienne (taille, forme, arrangement)
–Structures des cellules bactériennes
•Spécificités génétiques des procaryotes
•Métabolisme des procaryotes
•Ecologie microbienne
•Le monde microbien et les activités humaines
Protozoaires
Cellules
sanguines
Levures
Bactéries
Virus
1 mm
10 µm
1 µm
0,01 µm
Spirochètes
0,2 à 0,7 x 5 à 500 µm
Escherichia coli
0,5 x 2 à 3 µm
Mycoplasma pneumoniae
0,1 µm
P = 10-12 g, d=1
Filtration
stérilisante
Taille des microorganismes
Forme et arrangement des microorganismes entre eux
Forme sphérique coque
- diplocoques (b)
- streptocoques (a)
- tétrades (c)
- sarcines (d)
- staphylocoques (e)
Forme en bâtonnet bacille
vibrion
Forme hélicoïdale ou vibroïde
Forme spiralée spirille
spirochète
Forme mycénienne mycobactérie
actinomycète

Bloc SVM Microbiologie générale : Introduction
Spécificités structurales des procaryotes
4
Staphylococcus
Les coques
des streptocoques
Neisseria gonorrhoeae
Lactococcus lactis
Streptococcus thermophilus
Lactobacillus
Pseudomonas
Salmonella
Listeria
Vibrio
Les bacilles
et vibrions
Clostridium
Bacillus
E coli
Les formes
hélicoïdales
Helicobacter pilori
Campylobacter jejuni
Treponema pallidum
Borrelia burgdorferi
Les formes spiralées
spirochète

Bloc SVM Microbiologie générale : Introduction
Spécificités structurales des procaryotes
5
Les formes mycéniennes
actinomycète
Propioni-
bacterium
Programme du cours
•Introduction
•Spécificités structurales des procaryotes
–Morphologie bactérienne (taille, forme, arrangement)
–Structures des cellules bactériennes
•Spécificités génétiques des procaryotes
•Métabolisme des procaryotes
•Ecologie microbienne
•Le monde microbien et les activités humaines
La cellule procaryote
Des éléments
constants et
d’autres non
Sphéroplaste d’ E . coli
Cytosquelette de B. subtilis
Protéines MreB, cytoplasmiques, analogues
aux filaments d’actine des cellules eucaryotes
La paroi bactérienne
Enveloppe caractéristique des procaryotes
Barrière à la diffusion de certaines molécules
Résistance à la pression osmotique (5 à 20 atm)
Forme (exosquelette)