face à la réalité des prédictions bioinformatiques…
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www.atelier-drug-design.ch face à la réalité des prédictions bioinformatiques… Si le point rouge est dans le ‘blanc de l’œuf’, la molécule possède les propriétés d’un médicament à prendre par voie orale; pour qu’une molécule soit prédite active dans le cerveau, il faut qu’elle soit dans le ‘jaune d’oeu’f, et prédite Pgp négative (voir plus bas) * Valeurs importantes SMILE: un des formats utilisés pour représenter informatiquement une molécule Quelques propriétés physicochimiques de base dont ‘TPSA’ = la surface polaire de la molécule estimation de la répartition de la molécule entre l’eau et l’octanol (l’octanol est un solvant qui possède des propriétés similaires à celles de la membranes des cellules): logPo/w : valeur positive: propriété hydrophobe valeur négative: propriété hydrophile * Les molécules solubles dans l’eau peuvent plus facilement être prises par voie orale * Probabilité que la molécule soit absorbée au niveau de la peau: une molécule passe la peau si le score est supérieur à -5 (valeurs positives) Similarité avec un médicament existant (pris par voie orale); MW le poids moléculaire; SLOG et XLOGP: hydrophilicité (voir ci-dessus) Une ‘alert’ signifie que la molécule contient des fragments connus pour être toxiques, instables ou induisant de ‘fausses’ propriétés biologiques (par exemple: liaison non spécifique aux protéines) * Si la molécule est un substrat de la protéine P-gp, elle sera éjectée du cerveau * ** Probabilité que la molécule soit absorbée au niveau du tractus digestif (high or low) Lorsque plusieurs médicaments sont substrats de la même CYP, la métabolisation de chaque molécule peut être ralentie si elles sont administrées en même temps. La concentration de ces molécules dans le corps du patient peut alors être beaucoup plus importante que prévue, et mener à des effets secondaires. * * La synthèse d’une molécule doit être la plus simple possible pour optimiser les coûts de production: plus le score est élevé (1 à 10), plus la synthèse est complexe. Rofecoxib Paracetamol Thalidomide Caféine Bisphenol (plastiques) Nicotine THC molécule active du cannabis www.swisstargetprediction.ch Séquence ADN … ggt gat ttt ggt cta gct aca gag aaa tct cga tgg … Code génétique ggt -> gat -> Séquence protéine Protéine Quel médicament cible votre protéine ? Dessinez un médicament qui cible encore mieux votre protéine... Activité proposée par www.atelier-drug-design.ch [email protected] G D www.atelier-drug-design.ch face à la réalité des prédictions bioinformatiques… Si le point rouge est dans le blanc de l’œuf, la molécule possède les propriétés d’un médicament à prendre par voie orale; pour qu’une molécule soit prédite active dans le cerveau, il faut qu’elle soit dans le jaune d’oeuf, et prédite Pgp négative (voir plus bas) * Valeurs importantes SMILE: un des formats utilisés pour représenter informatiquement une molécule Quelques propriétés physicochimiques de base dont ‘TPSA’ = la surface polaire de la molécule estimation de la répartition de la molécule entre l’eau et l’octanol (l’octanol est un solvant qui possède des propriétés similaires à celles de la membranes des cellules): logPo/w : valeur positive: propriété hydrophobe valeur négative: propriété hydrophile * Les molécules solubles dans l’eau peuvent plus facilement être prises par voie orale * Probabilité que la molécule soit absorbée au niveau de la peau: une molécule passe la peau si le score est supérieur à -5 (valeurs positives) Similarité avec un médicament existant (pris par voie orale); MW le poids moléculaire; SLOG et XLOGP: hydrophilicité (voir ci-dessus) Une ‘alert’ signifie que la molécule contient des fragments connus pour être toxiques, instables ou induisant de ‘fausses’ propriétés biologiques (par exemple: liaison non spécifique aux protéines) * Si la molécule est un substrat de la protéine P-gp, elle sera éjectée du cerveau * ** Probabilité que la molécule soit absorbée au niveau du tractus digestif (high or low) Lorsque plusieurs médicaments sont substrats de la même CYP, la métabolisation de chaque molécule peut être ralentie si elles sont administrées en même temps. La concentration de ces molécules dans le corps du patient peut alors être beaucoup plus importante que prévue, et mener à des effets secondaires. * * La synthèse d’une molécule doit être la plus simple possible pour optimiser les coûts de production: plus le score est élevé (1 à 10), plus la synthèse est complexe. Rofecoxib Paracetamol Thalidomide Caféine Bisphenol (plastiques) Nicotine THC molécule active du cannabis www.swisstargetprediction.ch Séquence ADN … ggt gat ttc ggt cta gct aca gag aaa tct cga tgg … Code génétique ggt -> gat -> Séquence protéine Protéine Quel médicament cible votre protéine ? Dessinez un médicament qui cible encore mieux votre protéine... Activité proposée par www.atelier-drug-design.ch [email protected] G D www.atelier-drug-design.ch face à la réalité des prédictions bioinformatiques… Si le point rouge est dans le blanc de l’œuf, la molécule possède les propriétés d’un médicament à prendre par voie orale; pour qu’une molécule soit prédite active dans le cerveau, il faut qu’elle soit dans le jaune d’oeuf, et prédite Pgp négative (voir plus bas) * Valeurs importantes SMILE: un des formats utilisés pour représenter informatiquement une molécule Quelques propriétés physicochimiques de base dont ‘TPSA’ = la surface polaire de la molécule estimation de la répartition de la molécule entre l’eau et l’octanol (l’octanol est un solvant qui possède des propriétés similaires à celles de la membranes des cellules): logPo/w : valeur positive: propriété hydrophobe valeur négative: propriété hydrophile * Les molécules solubles dans l’eau peuvent plus facilement être prises par voie orale * Probabilité que la molécule soit absorbée au niveau de la peau: une molécule passe la peau si le score est supérieur à -5 (valeurs positives) Similarité avec un médicament existant (pris par voie orale); MW le poids moléculaire; SLOG et XLOGP: hydrophilicité (voir ci-dessus) Une ‘alert’ signifie que la molécule contient des fragments connus pour être toxiques, instables ou induisant de ‘fausses’ propriétés biologiques (par exemple: liaison non spécifique aux protéines) * Si la molécule est un substrat de la protéine P-gp, elle sera éjectée du cerveau * ** Probabilité que la molécule soit absorbée au niveau du tractus digestif (high or low) Lorsque plusieurs médicaments sont substrats de la même CYP, la métabolisation de chaque molécule peut être ralentie si elles sont administrées en même temps. La concentration de ces molécules dans le corps du patient peut alors être beaucoup plus importante que prévue, et mener à des effets secondaires. * * La synthèse d’une molécule doit être la plus simple possible pour optimiser les coûts de production: plus le score est élevé (1 à 10), plus la synthèse est complexe. Rofecoxib Paracetamol Thalidomide Caféine Bisphenol (plastiques) Nicotine THC molécule active du cannabis www.swisstargetprediction.ch Séquence ADN … ggt gat ttt ggt cta gct aca gtg aaa tct cga tgg … Code génétique ggt -> gat -> Séquence protéine Protéine Quel médicament cible votre protéine ? Dessinez un médicament qui cible encore mieux votre protéine... 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