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10e Congrès National de la Société Française de Microbiologie - Livre des résumés
31 mars - 1er avril 2014, Institut Pasteur, Paris
COMMUNICATIONS ORALES SELECTIONNEES

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10e Congrès National de la Société Française de Microbiologie - Livre des résumés
31 mars - 1er avril 2014, Institut Pasteur, Paris
CO1. Réservoirsnaturelsdebactériesproductricesdecarbapénémasesettransmissionàl’homme
Laurens C.1, Jean-Pierre H.1, Vittecoq M.2, Renaud F.2, Martinez O.3, Godreuil S.1,4, Jumas-Bilak E.5
1 Laboratoire de Bactériologie, CHU ADV Montpellier
2 M.I.V.E.G.E.C. - UMR (CNRS/IRD/UM) 5290, Montpellier
3 Réanimation Polytraumatisés, pôle Urgences Lapeyronie, Montpellier
4 INSERM U1058 ; Laboratoire de Bactériologie, CHU ADV
5 Equipe Pathogènes et Environnements UMR 5119 ECOSYM Unité de Bactériologie, UFR Pharmacie Montpellier
L’isolement de bactéries productrices de carbapénémases (BPC) est de plus en plus fréquent en médecine humaine.
La diusion mondiale de ces BPC est une préoccupation majeure en santé publique alors que leurs réservoirs naturels
restent peu explorés. Nous avons recherché et étudié les BPC dans diérents réservoirs naturels potentiels du
pourtour méditerranéen (deux colonies de goélands et un euve côtier, l’Orb) et évalué le risque de transmission à
l’homme.
Les écouvillonnages du cloaque de poussins goélands leucophées (n=93) et railleurs (n=65) ont été ensemencés sur
gélose sélective. Les marqueurs de résistance des souches ont été étudiés grâce à une puce à ADN (Check Point).
D’autre part, nous avons réalisé une investigation environnementale autour d’un cas de bactériémie à Enterobacter
asburiae produisant une carbapénémase (gène blaIMI-2) après un accident de noyade : comparaison des communautés
aquatiques et humaines par PCR-Temporal Temperature Gel Electrophoresis, typage moléculaire en électrophorèse
en champ pulsé et rep-PCR, caractérisation du marqueur génétique de la résistance et de son support.
Les microbiotes respiratoires et digestifs de la patiente ont été remplacés par la communauté bactérienne résidante
du euve, et en particulier par des bactéries résistantes aux carbapénèmes (E. asburiae, Pseudomonas du groupe
uorescens et Aeromonas veronii). Le génotypage des souches d’E. asburiae blaIMI-2 démontre que l’implantation
digestive de la souche environnementale est le point de départ de la bactériémie. Les bactéries impliquées portaient
un gène blaIMI-2 plasmidique. De plus, nous avons démontré la présence et la forte prévalence (19 % des oiseaux) de
la carbapénémase VIM dans la population de goélands leucophées. Nous avons mis en évidence 25 isolats exprimant
blaVIM, correspondant aux espèces Escherichia coli (n=23) et Klebsiella pneumoniae (n=1). Les goélands railleurs
n’étaient pas porteurs de BPC.
Cette étude montre l’importance des réservoirs environnementaux de BPC et décrit un cas de transmission à l’homme.
L’implantation digestive chez la patiente et le support plasmidique du gène de résistance suggère un risque de
transfert de cette résistance vers le microbiote humain. La carbapénémase VIM, retrouvée dans une des colonies de
goélands, suggère une pression de sélection particulière selon l’anthropisation de l’écosystème ou le mode de vie de
l’oiseau. Le risque infectieux lié aux BPC impose une meilleure connaissance des réservoirs environnementaux pour
comprendre les mécanismes d’émergence et de diusion.

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10e Congrès National de la Société Française de Microbiologie - Livre des résumés
31 mars - 1er avril 2014, Institut Pasteur, Paris
CO2. Listeria monocytogenes dans les lagunes de stockage d’euents d’élevages porcins
Boscher E.1, Pourcher A.-M.2, Ziebal C.2, Perrot M.1, Denis M.1
1 Anses
2 Irstea
Listeria monocytogenes est un pathogène ubiquiste largement représenté dans l’environnement. Sa présence dans les
euents de lagune, liquide surnageant des lisiers de porc décantés, suggère que ces bassins de stockage, utilisés pour
l’irrigation ou l’arrosage des cultures, sont favorables à sa survie.
Cette étude a pour but d’améliorer les connaissances sur ce germe dans les stations de traitement du lisier de porc.
Lors d’une enquête terrain sur un an réalisé par l’Irstea, 252 isolats de L. monocytogenes ont été isolés de prélèvements
de lisier, d’euents de lagune et de sol de deux stations de traitement du lisier (S1 et S2). Les souches de L.
monocytogenes ont été sérotypées par PCR et génotypées par RFLP-PFGE. Les isolats se répartissent dans trois
sérogroupes : IIa, IIb et IVb. Dans la station S1, 35% des isolats appartiennent au sérogroupe IIa, 35% au IIb et 30% au
IVb. Dans la station S2, le sérogroupe dominant est le IVb (62% des isolats) suivi des sérogroupes IIa (35%), et IIb (22%).
Le sérogroupe IIa prédomine dans les lisiers et le sérogroupe IIb dans les euents de lagune. Les 252 isolats se
répartissent en 44 pulsotypes ApaI-AscI ; la diversité génétique est élevée (D=0,95). Le nombre de sérotypes mis en
évidence dans les deux stations s’élève à 28 (S1) et à 24 (S2). Neuf pulsotypes (A5-C7, A37-C39, A4-C8, A4-C3, A19-C13,
A26C33, A40-C13, A15-C12, A3-C12) sont retrouvés dans les lisiers et les euents de lagune suggérant une origine
porcine de ces souches. Dix-sept (A1-C41, A33-C1, A34-C42, A39-C2, A24-C16, A27-C35, A35-C11, A21-C17, A34-C4, A36-C5,
A4-C40, A7-C2, A11-C22, A28-C29, A35-C11, A28-C34, A12-C40) sont retrouvés uniquement dans les euents de lagune
suggérant une autre origine de contamination.
Cependant, neuf de ces pulsotypes partagent 90% de similarité génétique avec des pulsotypes d’origine porcine issus
de la collection de l’Anses.
La présence de trois pulsotypes (A28-C34, A33-C1, A4-C8) à diérents temps dans les lagunes semble conrmer la
capacité de survie de ces souches dans ces euents qui peuvent donc contribuer à leur dissémination dans
l’environnement.

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10e Congrès National de la Société Française de Microbiologie - Livre des résumés
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CO3. Genomic epidemiology of high-risk clonal groups of Klebsiella pneumonia and automated extraction of their
resistance and virulence genes
Brisse S.
Institut Pasteur
Multidrug resistant or highly virulent Klebsiella pneumoniae isolates are currently emerging, but the clonal groups (CG)
corresponding to these high-risk strains remain imprecisely dened based on the current standard seven-gene MLST.
We aimed to dene K. pneumoniae clonal groups based on genome-wide sequence variation and to provide a simple
bioinformatics tool to extract virulence and resistance genes from genomic data. A 694-gene core-genome multilocus
sequence typing (cgMLST) system was developed. It allowed precise denition of hypervirulent (CG23, CG86, CG375
and CG380) and multidrug resistant (CG258, CG14, CG15) clonal groups. Detection of virulence and antimicrobial
resistance-associated genes demonstrated that resistant and virulent K. pneumoniae populations are largely non-
overlapping. A database (BIGSdb-Kp) was created to allow rapid extraction of medically and epidemiologically relevant
information from genomic sequences of K. pneumoniae.