Modalités pratiques pour le diagnostic biochimique et moléculaire

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Laboratoire agrée pour le diagnostic de la granulomatose septique chronique
Arrêté n° 08-333 du 07 Août 2008
Modalités pratiques pour le diagnostic biochimique et moléculaire
de la granulomatose septique chronique
Examen effectué sur rendez vous. Téléphoner au Centre Diagnostic CGD au 0476765483 une
semaine à l’avance si possible.
1. Une prescription médicale est nécessaire à toute demande d’analyse.
2. Les prélèvements sont réalisés sur tubes citratés (bouchon bleu ciel) : 2 tubes de 7 ml soit entre 7 et
14 ml de sang total, moins pour les nouveaux-nés (2-5 ml si possible).
3. Nécessité d’un prélèvement témoin prélevé le même jour (7 à 14 ml sur citrate, pas nécessairement
du même âge que le malade), pour constituer un contrôle ayant voyagé dans les mêmes conditions.
4. L’envoi des prélèvements se fait sous 24H maximum en triple emballage à l’adresse postale
suivante (pour chronopost) :
Dr Marie-José Stasia, Centre Diagnostic CGD,
CHU de Grenoble, Institut de Biologie et Pathologie – BEP 1er étage
BP 217, 38043 Grenoble cedex 9
Pour un transporteur type DHL, Fedex, il faut indiquer l’adresse géographique et non postale :
Dr Marie-José Stasia, Centre Diagnostic CGD,
CHU de Grenoble, Institut de Biologie et Pathologie – BEP 1er étage
Parvis Belledonne
38700 La Tronche
5. Il est préférable de confirmer l’envoi le jour même en téléphonant au 0476765483. Demander
Michelle Mollin ou Cécile Martel ou Dr MJ. Stasia.
6. Un consentement pour chacun des membres de la famille subissant un examen génétique est exigé,
(pas nécessaire pour un simple diagnostic fonctionnel).
7. Un diagnostic fonctionnel est réalisé en première intention (Réduction du cytochrome c et test au
NBT). Si l’activité NADPH oxydase est abolie, la recherche de la protéine déficiente est entreprise
(Cytochrome b558, détermination immunochimique des constituants de l’oxydase).
L’immortalisation des lymphocytes par EBV est ensuite réalisée pour pouvoir effectuer le
diagnostic moléculaire et la recherche de mutations sur l’ARN (RT-PCR et séquençage) et contrôlé
sur l’ADN génomique (PCR et séquençage).
8. La facturation sera effectuée selon la cotation ci-jointe. Il est préférable que les prélèvements soient
effectués dans le cadre d’une hospitalisation normale ou de jour.
Pour tout renseignement complémentaire, veuillez joindre le Dr Stasia au 0476765483.

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Laboratoire agrée pour le diagnostic de la granulomatose septique chronique
Arrêté n° 08-333 du 07 Août 2008
Consentement du patient
pour un examen de génétique moléculaire dans un but diagnostique
Je soussigné(e) …………………………………………………………………………………………………………………………..........
Après avoir reçu les informations nécessaires du Docteur……………………………………………………….
Sur la maladie………………………………………………………………………………………………………………………………………
Accepte que soit réalisée sur ma personne / sur mon enfant (1) une recherche par génétique
moléculaire. Cet examen sera réalisé dans un but diagnostique.
Je souhaite / je ne souhaite pas (1) connaître les éventuels résultats le jour où cette étude aboutira.
Je consens / je ne consens pas (1) au recueil, à la saisie et au traitement des données contenues dans
mon dossier médical par des personnes tenues au secret professionnel. Les données qui me
concernent resteront strictement confidentielles. Je n’en autorise la consultation qu’aux personnes
qui collaborent à l’analyse. Je pourrai à tout moment demander à être retiré(e) de l’analyse et à
cette fin les données concernant mon dossier devront être détruites.
Conformément à la loi informatique et liberté, je peux exercer mon droit d’accès aux données qui me
concernent par l’intermédiaire d’un médecin de mon choix.
à
le :
Signature
(1) rayer la mention inutile
Attestation de consultation médicale
Je soussigné(e), Docteur …………………………………………………………….. certifie avoir apporté à :
Madame, Mademoiselle, Monsieur………………………………………………. Les informations sur les
caractéristiques, les moyens de détection, les possibilités de traitement et de prévention
concernant……………………………………………………………………….. et avoir recueilli son consentement dans les
conditions prévues à l’article R145-15-4 et R145-15-5 du code de la santé publique.
à
le :
Signature du médecin prescripteur :

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Laboratoire agrée pour le diagnostic de la granulomatose septique chronique
Arrêté n° 08-333 du 07 Août 2008
Centre CGD - Nomenclature des analyses
établie selon la nomenclature de Montpellier - version du 19-01-2010
ANALYSES
Mnémoniques
Informatiques
Techniques
B
BNN
Codes
DIAGNOSTIC FONCTIONNEL CGD
Traitement des neutrophiles et des
lymphocytes à partir du sang total
Purification des lymphocytes et des
neutrophiles
Immortalisation des lymphocytes par EBV
Congélation des lymphocytes
PREP
CULLB
CONLB
Numération cellulaire
Isolement des polynucléaires
Isolement des leucocytes
1250
35
150
200
50 x 6
G188
G181
E004
4030
G183
Activité NADPH Oxydase
dans les neutrophiles
Réduction du Cytochrome C
CYT C
Prod. d’anions superoxyde
Stimulation au Zymosan
Stimulation au fMLP
800
200
200
G073
G069
G069
Test de réduction du NBT et phagocytose
sur lame de billes de latex opsonisé
NBT
Réduction du NBT
Stimulation des PN au latex
Stimulation des PN au PMA
380
200
200
G075
G069
G069
Luminescence (luminol/isoluminol)
LUMIN
Chimioluminescence
Stimulation des PN au zymos
Stimulation des PN au fLMP
300
300
300
G076
G077
G077
Fluorimétrie - Amplex RedR
AR
Prod. H
2
O
2
Stimulation au Zymosan
Stimulation au PAF/fMLP
400
200
200
G074
G069
G069
Cytométrie en flux –Dihydrorhodamine
(DHR)
CYTOF
Mesure de la prod. H
2
O
2
Marquage Ac
Perméabilisation cellulaire
400
100
20
G074
G065
G066
SER80
CULOT
Sérothèque
Conservation des PMNs
20
35
G187
G185
DIAGNOSTIC BIOCHIMIQUE CGD
Détermination immunochimique
des constituants de la NADPH-oxydase
dans les neutrophiles et lymphocytes
Préparation extrait soluble Triton X100
EXTRI
200
G086
Dosage des protéines
DPROT
70
1634
Prep. membrane et cytosol cellulaires
MBCYT
200
G086
Western-blot
WBPN
gp91
p22
p67
p47
p40
Rac
NADPH oxydase WB
Western blot des composants
du complexe NADPH
oxydase (5)
Petite G Protéine
800
300
G072
G146
Quantification du Cytochrome b
558
CYTOB
Spectrophotométrie
différentielle
1000
G070
Q

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Laboratoire agrée pour le diagnostic de la granulomatose septique chronique
Arrêté n° 08-333 du 07 Août 2008
Mnémoniques
Informatiques
Techniques
B
BNN
Codes
DIAGNOSTIC GENETIQUE CGD
Etude d’un des 4 gènes impliqués dans la
CGD
CYBB
→
gp91phox – CGD liée à l’X
CYBA
→
p22 phox – CGD Autosomale
Récessive
NCF1
→
p47 phox– CGD Autosomale
Récessive
NCF2
→
p67 phox– CGD Autosomale
Récessive
Gène de rac – Déficit immunitaire
héréditaire sévère
PAT
Contrôle préanalytique du
dossier (consentement,
indication)
Enregistrement des données
du patient dans les bases
informatique (Hors SGL)
Discussion clinico-biologique
30
50
100
N200
N206
N207
Cotation valable pour chaque gène étudié
ARN
ARNT
Extraction d’ARN
+Dosage d’acides nucléiques
200
10
N010
N014
ARNM
Préparation des ARNs
messagers
50
N018
RTARN
RT Réverse transcription
100
N011
NORB
Southern ou Northern blot
(par puits nécessaire pour
l’étude d’un patient)
300
N037
SSCP
SSCP (par puits-exclu PCR)
200
N030
ADN génomique
ADN
Extraction d’ADN
+Dosage d’acides nucléiques
80
10
N008
N014
PCR
PCR et analyse directe par
migration sur gel
+ Séquençage double brin
130
340
N902
N906
SOUB
Southern ou Northern blot
(par puits nécessaire pour
l’étude d’un patient)
300
N037
Microsatellites
MSAT
PCR
+Séquençage
+Etude de microsatellites
130
340
120
N902
N906
N926
Analyse de variants non classés
NMUT
Etude par des logiciels
standards de prédiction
Recherche dans les bases de
données
Intégration des données
clinico-biologiques
Saisie d’un nouveau variant
50
100
500
50
N210
N211
N215
N216
Quantification de transcrit
PR ARN
+ RT
+ PCR
+Couple d’amorces supplém.
210
100
130
20
N011
N902
N025

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Laboratoire agrée pour le diagnostic de la granulomatose septique chronique
Arrêté n° 08-333 du 07 Août 2008
Mnémoniques
Informatiques
Techniques
B
BNN
Codes
DEFICIT EN CHIMIOTACTISME DU
NEUTROPHILE
Chimiotactisme Fluorimétrie à 37°C
SERAC
PEPCH
PEPAF
Chimiotactisme des PN
Stimulation au sérum activé
Stimulation au fMLF
Stimulation au PAF
800
200
200
200
G067
G069
G069
G069
ETUDE DU POUVOIR BACTERICIDE
DES NEUTROPHILES
Bactéricidie avec Pseudomonas Aeruginosa
BACTE
950
G078
Bactéricidie avec Eschericha Coli
BACTE
950
G078
ETUDE DE LA DEGRANULATION DES
NEUTROPHILES
Dégranulation ou exocytose des
neutrophiles
DEGR
Activation des PN par fMLP
Activation des PN par PMA
Dosage dans le surnageant
d’exocytose :
LDH
MMP9
TIMP1
ADA
Lysosyme (par assimilation)
Elastase leucocytaire
MPO des PN
Cathepsine G
MMP 8
Lactoferrine
20
200
200
120
120
50
60
140
50
60
120
140
G069
G069
1521
J018
J018
J081
J017
E028
G063
J017
J018
E028
ETUDE DE L’ACTIVATION DES TLR
SUR LES PBMC
Tri cellulaire par billes magnétiques
1-Activation au Pam3
Dosage de TNFα
2- Idem LTA
3- Idem LPS
4- Idem peptidoglycane
5- Idem poly U
6-Activation par la flagelline
Dosage de IL6
7- Idem R837
8- Idem CPG
9- Idem TNFα
10- Idem IL1β
300
150
140
150
140
G092
G082
K054
G082
K054
Populations lymphocytaires en cytométrie
de flux
100
G093