Bases de données – Outils de gestion

11/03/2010
Bases de données – Outils de
gestion
Mise en place d’outils pour gérer,
stocker et utiliser les informations d’une
recherche biomédicale
Document réalisé par L. QUINQUIS
Unité d’épidémiologie et de biostatistique (Pr Coste) - Hôpital Cochin
Qu’est ce qu’une base de données?
„
„
„
Ensemble d’informations avec un objectif commun
(descriptif, analytique…)
Ensemble structuré et organisé
Différents supports (papier, fichier informatique, ecrf)
But d’une base de donnée
„
Récolter des données dans un but spécifique:
{
{
„
„
Suivie médicale du patient (antécédents, traitements
administrés, symptômes observés,…)
Etude clinique : analyse d’une population pour améliorer
le traitement ou le diagnostique d’une maladie, d’un
protocole
Stocker des informations pour faciliter l’exploitation
(ajout, suppression, recherche,…)
Résultat: décrire les données
Place de la base de donnée dans la
recherche médicale
Schéma général d’une étude
Élaboration du projet de recherche
Recueil des données / datamanagement
Analyse descriptive / inférentielle
Interprétation / Rapport / Article
Notions fondamentales
SGBD: Système de gestion des bases de données
„
„
SGBD = ensemble de programme pour gérer et
accéder à une base de donnée
Fonctionnement (client/serveur)
Analyse
Requête
Serveur
Client
Résultat
Notions fondamentales
Objectifs SGBD
„
„
„
„
„
„
„
„
Indépendance physique
Indépendance logique
Accès rapide aux données
Non redondance des données
Administration centralisée des données
Cohérence des données
Partage des données
Sécurité
Notions fondamentales
SGBD utilisés
„
„
„
„
„
„
Postgresql: Apple, Fujitsu, Skype
MySQL: SGBD le plus utilisé dans le monde
Oracle
Microsoft SQL
IBM DB2
Sybase
Libre
Notions fondamentales
SQL: Structured Query Language
„
Langage informatique de type requête
{
LDD: langage de définition de donnée
„
{
Ex: CREATE TABLE table1 (colonne1 INTEGER,
colonne2 INTEGER,
colonne3 DATE,
colonne4 DATE);
LMD: langage de manipulation de donnée
„
Ex: SELECT name, service
FROM employees
WHERE statut='stagiaire'
ORDER BY name;
{
LCD: langage de contrôle
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
„
Toute étude clinique est organisée
autour d’un protocole
{
{
{
{
{
Définition du contexte
Objectifs médicaux et scientifiques
Méthodologie (critères inclusions,
données recueillies, calendrier, méthodes
statistiques,…)
Considérations éthiques et légales
Financement
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Phase 1: Conception
„
1ère étape = retranscription du protocole pour être
utilisable par un SGBD
Modèle entité/association
Entité: objet ou élément
caractérisé par son
unicité
Association: Lien
entre plusieurs entités
Traitement
Patient
N° de dossier
Nom
Prénom
Recevoir
Date administration
Nom traitement
N° flacon
Dose
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Phase 1: Conception
„
Ce modèle entité/association doit être pensé selon les
besoins de l’investigateur et les données nécessaires
à l’analyse (description patient, CJP, EIG,…)
„
Adapté au protocole de l’étude
„
Premier pas vers la conception d’un masque de saisie
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Phase 2: Masque de saisie
„
Créer un cahier électronique pour stocker les
données et en faciliter la gestion
„
Baser sur la formalisation du protocole
„
Interactif pour faciliter la saisie des informations
„
Indiquant tous les paramètres nécessaires pour
répondre aux problématiques posées
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Identifiant patient
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
„
Eléments indispensables dans un e-CRF
{
{
{
{
Description du patient (n° inclusion, bras
randomisation, sexe, âge,…)
Visites & résultat clinique (CJP)
EIG
Bordereau sortie d’étude
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Phase 3: Saisie, cohérence
„
„
Module
Formulaire
Variable
Mise en ligne du e-CRF final (ex: Cleanweb)
Structure du e-CRF:
Module → Formulaire → Variable
Outil pratique (e-CRF): exemple en
recherche clinique
Phase 4: Extraction et analyse
„
Interaction data-manager et biostatisticien
Extraction finale
{
{
{
Nomming des variables
Format des variables (numérique, qualitative,
date,…)
Codage des variables
„
„
Oui/non = coder 1/0
Homme/Femme = 1/2
Résumé
Pubmeb: base de données
bibliographiques
„
PUBMED = moteur de recherche bibliographique
gratuit:
{
{
„
„
Biologie
Médecine scientifique
19 millions de citations depuis 1950 dans 5000
revues biomédicales
Interface donnant accès à la BDD Medline
{
{
{
Citations
Résumés d’articles scientifiques
Textes complets
Pubmeb: base de données
bibliographiques
„
Lien: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Pubmeb: base de données
bibliographiques
„
„
„
„
MeSH (Medical Subject Headings): système de
nomenclature pour indexer les articles (ex: classification de
Dewey)
{ Bibliothèque nationale de médecine
{ Définir une stratégie de recherche
19 catégories (anatomie, maladie, psychiatrie,…)
Sous catégorie maladie (animale, cardiovasculaire,…)
Exemple: Diagnostique des différents stades de la fibrose du
foie par des méthodes non invasives :
Maladie
Système digestif
Maladie du
foie
Cirrhose du
foie
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Saisie du sujet principal
de la recherche
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Arborescence MeSH
(ex.: fibrose foie)
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Pubmeb: base de données
bibliographiques
Fin
„
Si vous souhaitez en savoir ++++ :
{
Base de donnée et langage SQL:
„
„
{
SGBD:
„
„
„
{
Merci de votre attention
Livre: Bases de données de la modélisation au SQL
http://laurent-audibert.developpez.com/Cours-BD/html/index.html
Postgresql: http://www.postgresql.org/
Mysql: http://www.mysql.fr/
Oracle: http://www.oracle.com
Avez vous des questions?
Pubmed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/