Approche informationnelle de l`imagerie de contraste de phase par

Numéro d’ordre :
2015ISAL0094 Année 2015
THÈSE
Présentée devant
L’INSTITUT NATIONAL DES SCIENCES APPLIQUÉES DE LYON
Pour obtenir
Le grade de docteur
Spécialité : Ingénierie Biomédicale
École Doctorale : Interdisciplinaire Sciences Santé
Hugo Rositi
Approche informationnelle de
l’imagerie de contraste de phase par
rayonnement synchrotron.
Applications précliniques à l’imagerie
du cerveau du petit animal.
Soutenue publiquement le 23 Octobre 2015, devant la commission d’examen
Jury
Alain Dieterlen Professeur des Universités, Université de Haute-Alsace Rapporteur
Daniel Sage Chercheur, École Polytechnique Fédérale de Lausanne Rapporteur
Jean-Christophe Directeur de recherche, Institut Pasteur, Paris Examinateur
Olivo-Marin
Marlène Wiart Directeur de recherche, CNRS, CREATIS Directeur de thèse
Carole Frindel Maître de Conférences, INSA Lyon, CREATIS Co-encadrante
David Rousseau Professeur des Universités, Université Lyon 1, CREATIS Co-encadrant
Françoise Peyrin Directeur de recherche, INSERM, ESRF Invitée
Cette thèse est accessible à l'adresse : http://theses.insa-lyon.fr/publication/2015ISAL0094/these.pdf
© [H. Rositi], [2015], INSA Lyon, tous droits réservés

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Remerciements
En premier lieu, je tiens à remercier Messieurs Alain Dieterlen et Daniel Sage pour avoir
accepté de rapporter ces travaux et de participer au jury de cette thèse. Je tiens également
à remercier Monsieur Jean-Christophe Olivo-Marin pour avoir accepté de participer au
jury de cette thèse. Qu’ils trouvent ici le sentiment de ma plus sincère reconnaissance. Je
voudrais remercier à double titre Madame Françoise Peyrin pour avoir accepté de participer
au jury de cette thèse mais également pour tous les conseils qu’elle a pu m’apporter sur
ces travaux ainsi que son aide précieuse durant les trois dernières années.
Je tiens à remercier mes deux directrices de thèse, Marlène Wiart qui a toujours su
être disponible et m’a apporté de nombreux conseils, ainsi que Carole Frindel que je ne
saurais trop remercier pour m’avoir donné le goût de l’enseignement et m’a apporté une
aide toujours pédagogique.
Pour m’avoir accueilli au sein du laboratoire CREATIS, je témoigne ici de ma pro-
fonde reconnaissance à Madame Isabelle Magnin. Pour m’avoir accueilli dans son équipe,
je remercie Monsieur Norbert Nighoghossian auquel j’exprime également ma profonde gra-
titude pour sa grande disponibilité et pour m’avoir fait partager le quotidien d’un service
clinique. J’en profite pour remercier Monsieur Yves Berthezène qui a toujours fait preuve
d’intérêt pour ces travaux et a toujours été de bons conseils.
Ces travaux auraient été difficilement réalisables sans l’aide permanente et précieuse
de nos collègues grenoblois de l’ESRF, Max Langer, Cécile Olivier et Loriane Weber, je
les remercie et leur témoigne ma profonde reconnaissance.
Pour m’avoir accompagné au quotidien sur ces trois dernières années dans leur globa-
lité ou en partie, je souhaite exprimer ma sincère gratitude aux collègues du B13 : Salem,
Gabriel, Cyril, Radu, Jean-Baptiste, Anne, Tae-Hee, Monica, Violaine sans oublier Lise-
Prune et Élodie. Du côté du campus de la DOUA, je souhaite saluer et remercier mes
co-doctorants Elisa, Mathilde et Simon pour leur bonne humeur constante, avec une men-
tion spéciale pour Sylvaine qui en plus de son plaisir d’apprendre m’a apporté une aide
précieuse. Je tiens à adresser ici un remerciement tout particulier à Fabien Chauveau qui
a toujours suivi avec intérêt mes travaux de thèse, a pris le temps de me former à l’expé-
rimentation animale et a toujours su répondre à mes différentes questions, je lui témoigne
ma profonde gratitude et lui exprime mes chaleureux remerciements.
Pour conclure, je voudrais remercier une personne sans qui ces travaux de thèse n’au-
raient tout simplement pas pu exister, Monsieur David Rousseau. Sa bonne humeur constante,
sa soif de découverte, son enthousiasme en font une personne des plus agréables avec qui
travailler. Il se bat contre vents et marées pour produire une recherche de qualité et m’a
accompagné dans ces travaux, guidé et conseillé depuis le début. Je lui suis extrêmement
reconnaissant de m’avoir encadré mais également de m’avoir transmis son plaisir de l’en-
seignement et de la transmission des connaissances. Je lui souhaite tout le succès possible
dans la suite de ses travaux.
iii
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© [H. Rositi], [2015], INSA Lyon, tous droits réservés

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INSA Direction de la Recherche - Ecoles Doctorales – Quinquennal 2011-2015
SIGLE ECOLE DOCTORALE NOM ET COORDONNEES DU RESPONSABLE
CHIMIE
CHIMIE DE LYON
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Sec : Renée EL MELHEM
Bat Blaise Pascal 3e etage
04 72 43 80 46
Insa : R. GOURDON
[e-mail]
M. Jean Marc LANCELIN
Université de Lyon – Collège Doctoral
Bât ESCPE
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69622 VILLEURBANNE Cedex
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ELECTRONIQUE,
ELECTROTECHNIQUE, AUTOMATIQUE
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MICROBIOLOGIE, MODELISATION
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43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE Cédex
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Sylvie.reverchon-pe[email protected]
fabrice.cordey@ univ-lyon1.fr
EDISS
INTERDISCIPLINAIRE SCIENCES-
SANTE
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Bat Atrium – UCB Lyon 1
04 72 44 83 62
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[email protected]
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INSERM U1060, CarMeN lab, Univ. Lyon 1
Bâtiment IMBL
11 avenue Jean Capelle INSA de Lyon
696621 Villeurbanne
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INFORMATIQUE ET
MATHEMATIQUES
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3e etage
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LIRIS – INSA de Lyon
Bat Blaise Pascal
7 avenue Jean Capelle
69622 VILLEURBANNE Cedex
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Matériaux
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PM : 71.70 –Fax : 87.12
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MATEIS
Bâtiment Saint Exupéry
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CIVIL, ACOUSTIQUE
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69621 VILLEURBANNE Cedex
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ScSo
ScSo*
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Université Lyon 2
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69365 LYON Cedex 07
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*ScSo : Histoire, Géographie, Aménagement, Urbanisme, Archéologie, Science politique, Sociologie, Anthropologie
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© [H. Rositi], [2015], INSA Lyon, tous droits réservés