Les prélèvements bactériologiques : lesquels, quand et

1/23 Les prélèvements bactériologiques : lesquels, quand et comment ? Dr. Oana DUMITRESCU Faculté de Médecine « Lyon Sud Charles Mérieux » oana.dumitrescu@chu-­‐lyon.fr 05/09/2016 2/23 ObjecWfs des recherches bactériologiques •  DiagnosWc d’infecWon •  OpWmisaWon et suivi du traitement •  PrévenWon d’une infecWon 05/09/2016 3/23 L’importance de la qualité du prélèvement Bons prélèvements -­‐  Souvent difficiles à obtenir -­‐  Leurs résultats influencent la conduite à tenir Mauvais prélèvements -­‐  Faciles à obtenir -­‐  Souvent plusieurs espèces bactériennes (flore commensale) -­‐  Sans valeur pour la conduite à tenir Ex : écouvillons de peau, expectoraWons… 05/09/2016 4/23 Le prélèvement 1.  LocalisaWon 2.  Moment 3.  Fréquence 4.  RéalisaWon proprement dite 5.  QuanWté 05/09/2016 5/23 1. Localisa+on Définit le type de prélèvement, un des points les plus importants, son caractère inapproprié peut donner : ü  un faux négaWf ü  pire un faux posiWf par isolement de commensaux ou de contaminants 05/09/2016 6/23 2. Moment •  Fonc+on de la pathologie •  Premier jet d’urine : IST •  Mi-­‐jet urine : infecWon urinaire •  Si possible avant toute an+biothérapie •  Bien défini : •  Hémocultures après la poncWon d’une collecWon •  Hémoculture à tout moment pour diagnosWquer une EI : relargage +++ à chaque systole 05/09/2016 7/23 3. Fréquence -­‐  Bactériémie : 2 paires d’hémocultures en 1 fois -­‐  Plaie, urines, selles : 1 seul -­‐  Pneumopathie : 1 seul -­‐  Tuberculose avant diagnosWc : 3 crachats -­‐  Selles -­‐  parasitologie : 3 -­‐  en bactériologie : 1 05/09/2016 8/23 4. Réalisa+on proprement dite •  AnWsepsie ou toileie locale •  Eviter les risques de contaminaWon ü  Plaies et bactéries peau ü  SécréWons bronchiques et contaminaWon oropharyngée ü  ECBU et flore vaginale ou périnéale ü  Hémocultures et flore cutanée du paWent ou du préleveur ou de l’environnement 05/09/2016 9/23 5. Quan+té suffisante •  Pour effectuer un examen direct •  Pour ensemencer tous les milieux nécessaires •  Pour rechercher les Ag, faire PCR (recherche ADN) •  Cas parWculier des hémocultures : ü  92 % de détecWon maximale avec 40 ml ü  63 % avec 20 – 30 ml ü  chez adulte ä de 3 % / ml de sang collecté 05/09/2016 10/23 Comment diagnosWquer …. ? 1. 
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InfecWon urinaire (IU) InfecWon respiratoire Tuberculose Endocardite infecWeuse (EI) InfecWon sur cathéter Urétrite (IST) 05/09/2016 11/23 Stratégie diagnosWque de l’infecWon urinaire 05/09/2016 12/23 • Prélèvement urinaire  importance de la qualité du prélèvement
.
Contamination fréquente par de la flore périnéale, digestive,
cutanée non impliquée dans l’infection rendant l’interprétation de l’ECBU complexe. Voire impossible!!
Prélèvements à réaliser pour le diagnosWc d’IU • Différents types de prélèvement urinaire
• Méthode à la volée = urine « mi-jet »
• Poches collectrices pour les enfants
• Prélèvements sur sonde à demeure chez les patients sondés
ATTENTION ≠ du sondage itératif = sondage aller-retour dont l’interprétation est équivalente à celle d’une urine « mit-jet »
• Ponction sus-pubienne (Gold standard mais très invasive)
Pour réaliser : -­‐  Bandeleie urinaire réacWve (recherche de leuco, nitrites …) -­‐  Examen cyto-­‐bactériologique des urines (ECBU) 05/09/2016 ECBU : seuils de significativité
13/23 Pour
urine « mi-jet
», sondage
poche(1) InterprétaWon des résultats itératif,
de l’ECBU collectrice
•
•
Cytologie : Seuil significatif : ≥ 104/mL = 10 M/L
ATTENTION : IU sans leucocyturie si nourrisson < 3 mois et patient
aplasique
•
Bactériologie
Espèces bactériennes
Seuil de significativité
Sexe
E. coli, S. saprophyticus
103 UFC/mL
homme ou femme
Entérobactéries autres que E. coli,
entérocoques, P. aeruginosa,
S. aureus
103 UFC/mL
homme
104 UFC/mL
femme
05/09/2016 14/23 InterprétaWon de l’ECBU (2) ECBU
: seuilsdes derésultats significativité
• Pour urine sur sonde à demeure
• Cytologie : pas de seuil de significativité pour les leucocytes car la
sonde entraînant une inflammation locale, il peut y avoir une
leucocyturie sans infection urinaire
• Bactériologie : seuil de 105 UFC/mL
• Pour urine prélevée par ponction sus-pubienne
• Normalement stérile
• Bactériologie : seuil de 102 UFC/mL
• Antibiogramme systématique
05/09/2016 15/23 Stratégie diagnosWque des infecWons respiratoires 05/09/2016 16/23 Quels sont les prélèvements possibles ? •  Aucun –  Bronchite aiguë du sujet sain (infecWon virale) –  PAC du sujet jeune (bactéries intracellulaires) •  ExpectoraWon / crachats : mauvaise sensibilité •  AspiraWons naso-­‐pharyngées –  Coqueluche •  Prélèvements invasifs –  AspiraWon trachéo-­‐bronchique –  LBA •  Urines : Ag solubles Legionella 05/09/2016 17/23 Comment interpréter les résultats ? •  AienWon ! Prélèvement issu de site non-­‐stérile –  NoWon de flore commensale (streptocoque viridans, staphylocoque à coagulase négaWve) / pathogène (pneumocoque, Haemophilus, etc) –  No+on de seuil •  Expectora+on 107 UFC/mL •  Aspira+on trachéo-­‐bronchique 105 UFC/mL •  LBA 104 UFC/mL •  Brossage distal protégé 103 UFC/mL –  Certaines bactéries toujours pathogènes : Legionella, M.tuberculosis (Mtb) 05/09/2016 18/23 Stratégie diagnosWque dans la tuberculose 05/09/2016 19/23 Que prélever pour diagnosWquer une TB maladie pulmonaire ? •  Réaliser 3 prélèvements, en privilégiant les produits de l’expectoraWon spontanée •  !!! Ne jamais rincer la bouche à l’eau du robinet : mycobactéries atypiques dans l’eau (M. gordonae, M. chimaera) •  En cas de difficulté d’expectoraWon, prélever le contenu gastrique par tubage gastrique •  Après 3 prélèvements négaWfs, si forte suspicion -­‐> fibroscopie bronchique (aspiraWon des sécréWons bronchiques) 05/09/2016 20/23 Que prélever pour diagnosWquer une TB maladie extra-­‐pulmonaire ? •  LocalisaWon rénale : urines si leucocyturie asepWque (3 jours de suite, micWons cumulées de la nuit) •  LocalisaWon méningée : LCR •  Forme disséminée (immunodépression sévère) : hémoculture sur flacon spécifique, •  Adénopathie : exérèse ou poncWon ggl •  Autres localisaWons (plèvre, péritoine, os, etc) : poncWon biopsie 05/09/2016 Analyse bactériologique des prélèvements respiratoires ? 21/23 •  Adresser une demande spécifique au laboratoire •  ED : recherche des BAAR •  Mise en culture •  Recherche de l’ADN MTB par PCR –  Les kits commercialisés sont validés pour les pvts respiratoires –  Le principal apport est de confirmer Mtb si ED+ •  Si suspicion de TB MDR -­‐> recherche couplée d’ADN MTB et mutaWons gène RpoB 05/09/2016 22/23 Le diagnosWc de la TB latente •  TB latente = infecWon Mtb réduit à un état quiescent par la défense immunitaire –  absence de maladie clinique et radiologique –  posiWvité des tests immunologiques IGRA = mesurent la libéraWon de l’IFNg après sWmulaWon avec un anWgène spécifique Mtb (absent du vaccin BCG) •  IndicaWons des tests IGRA HAS 2011 : –  pour réaliser l’enquête autour d’un cas, uniquement chez les adultes (de plus de 15 ans) ; –  pour les professionnels de santé lors de leur embauche, et pour ceux travaillant dans un service à risque, –  paWents infectés par le VIH ou devant être mis sous traitement par anW-­‐TNF alpha 05/09/2016 23/23 05/09/2016 24/23 05/09/2016 25/23 05/09/2016 26/23 05/09/2016 27/23 Pourcentages de positivité
de 4 flacons ?
100
80
60
40
20
0
05/09/2016 28/23 ü  Pratiquer la désinfection de l’opercule du flacon et l’antisepsie cutanée
de la zone à ponctionner
05/09/2016 29/23 05/11/16 05/09/2016 30/23 de 4 flacons
05/09/2016 31/23 Stratégie diagnosWque des infecWons sur disposiWf intra-­‐vasculaire (DIV) 05/09/2016 32/23 Cas unique autorisant la réalisation des hémocultures à
travers un DIV
05/09/2016 33/23 InterprétaWon des hémocultures appariées •  Concept : concentraWon bactérienne dans sang prélevé sur DIV >
concentraWon bactérienne dans sang veineux périphérique Signe la responsabilité du DIV dans la bactériémie •  Mesure du délai de posiWvité (plus vite dans les flacons prélevés sur DIV infecté) •  DifférenWel du délai de posiWvité > 2H significaWf en faveur d’une infecWon DIV 05/09/2016 34/23 05/09/2016 35/23 Stratégie diagnosWque dans l’EI 05/09/2016 36/23 Les 5 groupes d’EI à selon le résultat des hémocultures •  EI à hémoculture habituellement posi+ves (80%) •  EI à hémocultures néga+vées par les anWbioWques •  EI à hémocultures souvent néga+ves –  Germes exigeants et/ou déficients •  EI à hémocultures toujours néga+ves –  Bactéries intracellulaires •  EI sans diagnos+c é+ologique 36 05/09/2016 37/23 Pour les EI à hémoculture posiWve •  Hémocultures –  3 paires soit 60 ml sang (3 flacons aérobies + 3 flacons anaérobies) –  Prélevées au même moment –  Prélevées par poncWon veineuse périphérique unique –  IncubaWon prolongée (10 jours au lieu de 5) 05/09/2016 38/23 Les EI à hémoculture toujours négaWve •  Bactéries à tropisme intracellulaire: –  monocyte-­‐macrophage : Coxiella (2 à 5% des cas) –  érythrocytes : Bartonella (2 à 3%) –  hisWocytes : Tropheryma whipplei (< 1%) •  Moyens diagnosWques : –  cultures cellulaires -­‐> sang périphérique sur tube EDTA –  sérologies (Coxiella) -­‐> sang périphérique sur tube sec –  Prélèvements pour PCR spécifiques ou 16S (« universelle »): •  Sang périphérique sur tube EDTA •  Tissu valvulaire (peropératoire) 05/09/2016 39/23 Kit diagnosWc pour l’EI aux HCL •  Kit contenant la totalité des supports de prélèvement pour les échanWllons nécessaires au diagnosWc de 95% des éWologies •  Fiche de transmission ð( averWr le microbiologiste –  ProlongaWon de la durée d’incubaWon des hémocultures –  GesWon appropriée de la stratégie des examens microbio 39 05/09/2016 40/23 DiagnosWc des urétrites bactériennes (IST) 05/09/2016 41/23 Cas symptoma+ques Cas asymptoma+ques hip://lasirenagrill.wordpress.com 05/09/2016 42/23 Principaux agents éWologiques d’urétrite bactérienne (IST) –  Neisseria gonorrhoeae : germe culWvable sur milieux classiques, mais fragile –  Chlamydia trachoma>s : germe non-­‐culWvable sur milieux classiques –  Mycoplasma genitalium : germe non-­‐culWvable sur milieux classiques à Intérêt du diagnos+c moléculaire (PCR) 05/09/2016 43/23 Quels prélèvements réaliser ? • 
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Avant tout traitement et si possible au laboratoire Homme : urètre, urine 1er jet Femme : urètre, endocol, urine 1er jet Transport immédiat au laboratoire car fragile 05/09/2016 Pour quel type d’analyse ? 44/23 •  Recherche par examen direct et par culture de gonocoque (pvt urétral, endocol) –  diplocoques à Gram négaWf accolés « en grain de café » –  bactérie aérobie exigeante et fragile –  culture sur milieux enrichis contenant du sang cuit, du fer, des vitamines, sous une atmosphère enrichie en CO2 •  Recherche par PCR (gonocoque, C. trachoma>s, M. genitalium) –  Urines 1er jet, endocol, pvt. urétral 05/09/2016 45/23 que dois-­‐je prélever et comment ? ….tout existe dans le « catalogue Biobook des examens de biologie » 05/09/2016