Compréhension des mécanismes impliqués dans l

Ecole doctorale :
‘’Agroscience et Science’’
Thèse
Pour obtenir le titre de
Docteur de l’Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse
Discipline : Biotechnologie et Microbiologie
Julien Le Lay
Compréhension des mécanismes impliqués dans l’activité réductrice et dans
les adaptations métaboliques à pH acide de Bacillus cereus : implication des
thiols exofaciaux
Soutenue publiquement le 9 décembre 2014 devant le jury composé de :
Rapporteurs M. Jean-Francois CAVIN Professeur, Université de Dijon
M. Hervé PREVOST Professeur, Université de Nantes
Examinateurs M. Remy CACHON Professeur, Université de Dijon
M. Didier MAJOU Directeur général de l’ACTIA
Mme Catherine DUPORT Professeur, Université d’Avignon
M. Michel JOBIN MCF, Université d’Avignon
Directeur de thèse M. Philippe SCHMITT Professeur, Université d’Avignon
Thèse réalisée au sein de l’UMR A408, Sécurité et Qualité des Produits d’Origine Végétale,
INRA PACA Avignon / Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse.

Un peu d’esprit
Le succès c'est être capable d'aller d'échec en échec sans perdre son enthousiasme.
Winston Churchill
Même l’affaire la plus facile se confrontera à des imprévus qui rendront, au final, son
application difficile.
Carl Von Clausewitz. Théorie de la friction
L’oreille des sages cherche la science
Auteur anonyme

Remerciements
Je tiens en premier lieu à remercier Jean-Francois Cavin et Hervé Prevost pour avoir accepté
d'être les rapporteurs de ce travail de thèse, ainsi que Catherine Duport, Didier Majou et
Remy Cachon pour avoir accepté de faire partie de mon jury de thèse.
Je remercie également madame Catherine Renard pour m'avoir acceuillie dans son
laboratoire.
Mes remerciements vont ensuite à Monsieur Philippe Schmitt pour m’avoir soutenu et fait
entièrement confiance durant cette thèse. Merci Philippe pour tes conseils, tes connaissances,
ta disponibilité et pour la liberté que tu m’as accordé tout au long de ce projet.
Je remercie également Michel Jobin pour ses conseils avisés et sa gentillesse. Merci Michel
de m’avoir permis de découvrir le monde de l’enseignement à l’IUT d’Avignon, j’en garde un
souvenir impérissable.
Merci également à Luc Dedieux pour son regard neuf sur le projet de thèse et ses remarques
judicieuses lors de la correction de ce manuscrit. Bon courage pour la suite Luc, j’espère que
tes projets de recherches seront couronnés de succès.
Je tiens à chaleureusement remercier touts les acteurs du projet Food-Redox, en particulier
Monsieur Remy Cachon, pour son implication et ses excellents conseils et les voyages à
travers la France lors des comités ANR. Merci également à Messieurs Philippe Gaudu, Yvan
Leguerinel, Hervé Prevost, Didier Majou, Eric Beuvier, Stephane Gavoye, Erwann Hamon et
Mesdames Catherine Denis, Valérie Stahl, Joëlle De Coninck, Karine Le Barillec et
Dominique Ibarra.
Merci également à Célia et Anne pour les prises de notes conjointes et la rédaction des
comptes rendus de comité ANR. Bon courage pour la suite Célia et merci pour ta gentillesse.
Merci a tous ceux qui ont également participé directement à ce travail, Sylvie Sérino de l'unité
PSH pour l'HPLC, Alain Guillot de l'unité PAPPSO pour la spectro de masse et Clément
Trunet de l’unité LUBEM pour m’avoir initié à la cytométrie en flux. Merci enfin à B. cereus
lui même pour s'être laissé (contre sa volonté) sacrifier sur l'autel de la science.
Cette thèse est également l'aboutissement de 8 ans d'étude et je tiens a remercier tout ceux qui
m'ont entouré en licence et en master et qui sont maitenant aux quatre coins de la France ou
du monde. Merci Thomas et Céline (Spielberg !), Thib, Yaya, Claire,Clothilde, Emilie, Julien
(padre !) et à tout ceux que j'aurais pu oublier. Merci également à Sandrine Castella qui m'a
fait découvrir les joies du Western blot et de la co-IP il ya quelques années à Jussieu et qui
m'a donné goût à la science.
Au cours de cette thèse j'ai rencontré un grand nombre de personne au laboratoire SQPOV qui
m'on chacune apporté beaucoup sur le plan intellectuel et personnel. Merci à tous les
chercheurs du laboratoire SQPOV, Thierry, Frederic, Marie-Hélène, Véro, Julien, Christophe,

Alain, Caroline et à tous les chimistes. Merci également aux techniciennes, Claire (oui oui on
fera un jour ce fameux bivouac !), les deux stephanie, Sabine et Bénédicte. Je tiens aussi à
remercier tous les thésards croisés au cours de ces trois ans, Benoit (Petit poney !), Geremy,
Sabrina, Amina, Loïc, Alyzée, Cécile, Christelle, Katerina, Refka et Oana. Merci également
aux différents stagiaires rencontrés ces dernières années, Nico, Elodie, Ouria, Afsouati,
Hadrien, Djidji, Guillaume, Jean-Luc, Jordane, Florian, Mickael, Christian, Adeline...
Pensée spéciale pour mes deux stagiaires de choc Halim et Kélétigui. Sans votre engagement
et votre curiosité, ce travail n'aurais jamais été aussi aboutti. J'espère que vous aussi vous
pourrez bientôt vous mesurer à la thèse.
Merci également à Hélène pour toutes les aventures vécues à Avignon en Italie ou à la Grande
Motte. Bon courage pour la suite !
Comment ne pas parler de petit Jean-Paul. Merci Mad pour ton amitié, les fous rire, l'initiation
à la musculation (oui il y a encore du boulout !), et nos débats éclectiques. Courage pour la fin
de ta thèse, en Septembre prochain c'est ton tour !
Il me faudrait bien plus que la taille de cette thèse pour avoir la place d'écrire tous les
remeriements que j'adresse à Sara. Merci pour avoir été là tout au long de cette thèse. Merci
pour tes encouragements, ton soutien, ton humour et surtout pour tout l'amour que tu m'as
donné tout au long de ces trois années. Ton rire résonnera pour toujours dans les couloirs de
SQPOV et tintera à jamais dans mon coeur. Black pearl tu as su me remonter le moral quand
rien ne marchais, tu m'as tiré vers le haut quand rien n'allais. Ton beau sourire a illuminé ces
longues journées, ton caractère bien trempé m'a remotivé. Ensemble on a traversé les Pays-
bas (sans batterie et sans carte !), l'Allemagne, l'Italie, l'Espagne, la Belgique, la Côte d'Ivoire.
Côte à Côte on a gravi le ventoux, fait du ski de fond à Briançon, roulé en vélo à deux sur un
seul vélo à Wageningen, fait du cheval sous l'équateur, déménagé en bus, passé notre code de
la route et cartonné à Food-Micro. La vie à tes côtés est une merveilleuse aventure, une joie et
un bohneur renouvellé chaque jour. Tu es le soleil de ma vie, un ciel sans nuage ou jamais la
nuit ne tombe, une étoile incandescante qui illumine mon univers, ma Khaleesi, ma princesse,
mon amour. Je t'aime.
Enfin merci à ma famille. Merci à mes parents, Maman, Gégé, Papa et Catherine, et mes
grands parents pour tous vos encouragements, pour m'avoir soutenu tout au long de mes
études et avoir toujours cru en moi. Merci tout particulièrement à mes soeurs, Emilie,
Caroline, Victoria et à mes frères Nicolas et Vincent pour la super famille que nous formons.