Introduction aux bases de données

introduction
l’exemple de la bioinformatique
SGBD: Système de Gestion de Base de Données
Les différents modèles de base de données
SGBD relationnel (SGBDR): historique.
Le stockage des données: les tables
Introduction aux bases de données: application en
biologie
D. Puthier1
1ERM206/Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique,
http://tagc.univ-mrs.fr/staff/Puthier,
[email protected]
ESIL, 2009
D. Puthier BDD

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l’exemple de la bioinformatique
SGBD: Système de Gestion de Base de Données
Les différents modèles de base de données
SGBD relationnel (SGBDR): historique.
Le stockage des données: les tables
introduction
Toute activité humaine génère des données:
Ex: Au sein d’une entreprise, les données manipulées ont souvent la
même structure: nom, prénom, sexe, date de naissance...
Si ces données sont générées par des moyens informatiques: base de
données (BDD – Database)
Définition: Une base de données est un ensemble structuré de données,
géré à l’aide d’un ordinateur.
Capable de gérer des volumes très importants.
Exhaustivité: la base contient toutes les informations requises pour le
service que l’on en attend
Unicité: la même information n’est présente qu’une seule fois
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SGBD: Système de Gestion de Base de Données
Les différents modèles de base de données
SGBD relationnel (SGBDR): historique.
Le stockage des données: les tables
Motivation
Accumulation des données biologiques
Séquences génomiques
Données de génomique fonctionnelle
Organisation et intégration des données
Annotations fonctionnelles
Modélisation explicative et prédictive
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SGBD: Système de Gestion de Base de Données
Les différents modèles de base de données
SGBD relationnel (SGBDR): historique.
Le stockage des données: les tables
Rapide historique
Nombreuse DB apparues dans les années 80.
EMBL Nucleotide Sequence Database, Hamm GH et al (1986) Nucleic
Acids Res., 19, 5-9
GenBank genetic sequence databank, Bilofsky HS et al (1986) Nucleic
Acids Res., 14, 1-4.
Face aux nombreuses applications des banques moins généralistes ont
vu le jour (PROSITE, BLOCKS, TRANSFAC,...).
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SGBD: Système de Gestion de Base de Données
Les différents modèles de base de données
SGBD relationnel (SGBDR): historique.
Le stockage des données: les tables
Quelques bases de données.
Séquences nucléiques: EMBL, GenBank, DDBJ (DNA Data Bank),...
Séquences protéiques: SwissProt,...
Motifs protéiques: PROSITE, Pfam,...
Motifs nucléiques: TRANSFAC, JASPAR,...
Génomes annotés: NCBI, ENSEMBL,...
Structures: PDB, DALI,...
Métabolisme: KEGG, iPath (EMBL),...
Annotation: Gene Ontology,...
Transcriptome: ArrayExpress, GEO, TranscriptomeBrowser,...
Signalisation: KEGG, BIOCARTA,GenMAPP,...
Interaction: BIND, DIP, HPRD, APID, STRING...
Proteomics: ExPASy,...
D. Puthier BDD