UNIVERSITE TOULOUSE 3 Référence GALAXIE : 4302

Poste ouvert aux personnes'Bénéficiaires de l'Obligation d'Emploi' mentionnée à l'article 27 de la loi n° 84-16 du 11
janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat (situations de handicap).
Le profil détaillé se trouve en page 2 et suivantes
UNIVERSITE TOULOUSE 3 Référence GALAXIE : 4302
Numéro dans le SI local :
Référence GESUP : 0213
Corps : Professeur des universités
Article : 46-1
Chaire : Non
Section 1 : 65-Biologie cellulaire
Section 2 :
Section 3 :
Profil : Biotechnologie microbienne
Job profile : Microbiology has been revolutionized by the development of technologies that permit
the collection of large data sets ranging from the scale of the molecule to the scale of the
organism (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics) and their integration
into multiscale analyses.
Research fields EURAXESS : Other
Implantation du poste : 0311384L - UNIVERSITE TOULOUSE 3
Localisation : TOULOUSE
Code postal de la localisation : 31062
Etat du poste : Vacant
Adresse d'envoi du
dossier : DRRH - POLE CARRIERE 118, RTE DE NARBONNE - BAT. 3R1
31062 - TOULOUSE CEDEX 9
Contact
administratif :
N° de téléphone :
N° de Fax :
Email :
LAETITIA LAVIGNAC / MARIE-JO CHOIZIT
GESTIONNAIRE / RESPONSABLE POLE CARRIERE
05.61.55.87.65 05.61.55.87.61
00.00.00.00.00
[email protected]
Date de prise de fonction : 01/09/2015
Mots-clés :
Profil enseignement :
Composante ou UFR :
Référence UFR : Faculte des Sciences d'Ingenierie ( FSI )
Profil recherche :
Laboratoire 1 : UMR5100 (199911662K) - LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE ET GENETIQUE
MOLECULAIRES
Laboratoire 2 : A ( ) - Laboratoire non reference
Laboratoire 3 : A ( ) - Laboratoire non reference
Laboratoire 4 :
Laboratoire 5 :
Dossier Papier NON
Dossier numérique physique (CD,
DVD, clé USB) NON
Dossier transmis par courrier
électronique NON e-mail gestionnaire
Application spécifique OUI URL application https://appli-gestion.univ-tlse3.fr/RPM

FICHE DE POSTE
UFR : FSI Section CNU : 65 Corps : PR N° de poste : 0213
__________________________________________________________________________________
Intitulé du profil : Biotechnologie microbienne
Profil en anglais :
Microbiology has been revolutionized by the development of technologies that permit the collection of large data sets
ranging from the scale of the molecule to the scale of the organism (genomics, transcriptomics, proteomics,
metabolomics) and their integration into multiscale analyses. The application of these technologies to the study of
bacteria has numerous applications in biotechnology and food sciences. In this context, the Toulouse microbiology
laboratories would like to reinforce the studies of mechanisms that are the basis for the organization and evolution of
prokaryotic genomes. The successful candidate will apply his/her competences in the molecular genetics and genomics
of prokaryotic organisms to develop a research project in this thematic.
The successful candidate will be affected to either the LISBP or the LMGM, two laboratories that are strongly
committed to integrative microbial biology. The LISBP, which is a mixed INSA/INRA/CNRS laboratory, explores by
coordinated approaches biotechnology and its domains of application: health, water and environment, food sciences
and chemistry. The laboratory houses two platforms implicated in the ‘France Genomics’ and ‘Metabolomics Hub’
programs (national infrastructure programs in Biology and Health Sciences). A convention with the UPS has recently
been signed permitting university personnel to be housed in the LISBP. In particular, Team 4 (EAD4, Metabolic
Engineering of Prokaryotes) headed by M. Cocaign-Bousquet, studies mechanisms of adaptive responses of bacteria
with applications in biotechnology by phenotypic analyses (transcriptome to metabolome) and would like to develop
an integrated approach combining data at the level of molecular phylogeny, comparative genomics and molecular
genetics.
The LMGM, which is a mixed UPS/CNRS laboratory and member of the CBI (Center of Biology Integrative), studies
processes involved in the organization, expression and evolution of genomes of prokaryotic organisms by integrative
approaches ranging from the analysis of single molecules to whole cells. In particular, the ‘Genetic Recombination and
Cell Cycle’ team headed by F. Cornet studies mechanisms of stable transmission of genetic material in model bacterial
organisms. The team has recently extended its studies to organisms of interest for biotechnology and would like to
reinforce this area of research.
Enseignement
Ø Filières de formation concernées :
LICENCE SCIENCES DE LA VIE - MASTER MABS
Ø Objectifs pédagogiques et besoin d'encadrement :
Le parcours de licence puis la mention de Master MABS (Microbiologie - Agrobiosciences - Biologie des Systèmes),
constituent un ensemble de formations bien identifié en microbiologie à l'université Paul Sabatier.
Les enseignements mis en place en Licence et Master, avec notamment deux parcours de master (M2 « Diagnostic
microbiologique : approches innovantes » et M2 « Microbiologie ») couvrent les nombreux champs thématiques de la
discipline, de la microbiologie générale à la microbiologie moléculaire et aux biotechnologies. Le recrutement d’un(e)
Professeur(e) permettra de maintenir le potentiel d’enseignement et d’encadrement de l'équipe pédagogique de
Microbiologie. La personne recrutée prendra en charge les
nouveaux enseignements de Licence et Master axés sur la génétique et la physiologie des bactéries d'intérêt
agroalimentaire ou biotechnologique. Une grande partie de cet enseignement sera basée sur les nouvelles méthodes
d'analyse des microorganismes (diagnostic moléculaire, approches « omiques », microbiologie intégrative et
synthétique). La personne interviendra également dans les modules en lien avec le monde industriel (élaboration de
projets scientifiques tutorés, stages en entreprise,…) du M2 « Diagnostic microbiologique : approches innovantes ».
Dans le cadre de la mise en place de la nouvelle accréditation la personne recrutée participera activement à la
promotion d'une filière professionnalisante en microbiologie au sein du département de Biologie & Géosciences de la
Faculté des Sciences et Ingénierie (FSI).

Recherche
Ø Activités de recherche :
Mise en place d'un projet dans la thématique génétique moléculaire et génomique des procaryotes.
Laboratoire(s) d'accueil :
Type (UMR, EA, JE, ERT) N° Nbre de chercheurs Nbre d'enseignants-chercheurs
(LMGM) UMR 5100 14.0 10.0
(LISBP) -UMR CNRS/INSA
-UMR INRA/INSA
-Convention d’accueil de personnel UPS-INSA T
-5504
-792
-Avril 2009 78
Retraite :
Ø nombre de départs à la retraite prévisibles dans les 2 ans pour la (ou les) équipe(s) concernée(s) :
Informations complémentaires
Enseignement :
Département d’enseignement : Biologie Géosciences
Lieu(x) d’exercice : Université Paul Sabatier - Toulouse
Equipe pédagogique : Champ disciplinaire de microbiologie
-resp Pascal Le Bourgeois - tel : [phone]
Nom directeur département : Eric CLOTTES
Tel directeur dépt. : 0561556631
Email directeur dépt. : [email protected]
URL dépt. : -
Recherche :
Lieu(x) d’exercice : LMGM ou LISBP
Nom directeur labo : Agamemnon Carpousis / Nic LINDLEY
Tel directeur labo : 05.61.33.58.55/05 61 55 94 01
Email directeur labo : [email protected]/ [email protected]
URL labo : https://www-lmgm.biotoul.fr/ http://www.lisbp.fr/
Descriptif labo :
Le LISBP est un laboratoire de recherche situé sur le campus de l’Institut
National des Sciences Appliquées (INSA) de Toulouse. Reconnu
internationalement et récompensé quatre fois dans le cadre des Investissements
d'Avenir (TWB, Synthacs, Probio3, MetaboHUB), le LISPB se positionne de
façon novatrice à l’interface entre sciences du vivant et sciences des procédés.
Il est également un des laboratoires labellisé de l'Institut Carnot 3BCar. Ses
travaux ont des applications dans les secteurs de la santé, des biotechnologies,
de l'eau et de l'environnement, de l'agro-alimentaire et des agro-industries, des
éco-industries ainsi que de la chimie.
Le LMGM étudie les processus régissant l’organisation, l’évolution et
l’expression des génomes des bactéries et des bactériophages. Nos recherches
vont des molécules uniques aux cellules vivantes bactériennes et à leurs
interactions avec l’environnement, et reposent sur la génétique moléculaire, la
biochimie, la génomique et la bioinformatique. Les bactéries et les phages que
nous étudions sont des organismes modèles intéressants aussi bien pour la
recherche fondamentale que pour les applications dans les domaines des
biotechnologies, de l’industrie alimentaire et de la santé.
Fiche AERES labo : LMGM :
http://www.aeres-evaluation.fr/content/download/13938/231050/file/EVAL-0311384L-S2110043413-UR-RAPPORT.pdf

LISBP :
http://www.aeres-evaluation.fr/content/download/14251/234112/file/EVAL-0310152X-S2110042737-UR-RAPPORT.pdf
Descriptif projet : La microbiologie vie une révolution grâce au développement des
technologies permettant l’acquisition de données moléculaires à l’échelle
des organismes entiers (génome, transcriptome, protéome, métabolome) et
leur intégration dans des approches multi-échelles. L’application de ces
technologies chez les bactéries est porteuse de nombreuses applications en
biotechnologie et agroalimentaire. Dans ce cadre, les laboratoires de
microbiologie toulousains souhaitent renforcer l’étude des mécanismes qui
sous-tendent l’organisation et l’évolution des génomes procaryotes. Par ses
compétences en génétique moléculaire et en génomique des procaryotes,
le(la) professeur(e) aura la responsabilité de la mise en place d’un projet
dans cette thématique.
L'affectation pourra se faire au LISBP ou au LMGM, deux unités fortement
engagées dans la biologie intégrative des microbes. Le LISBP (unité mixte
INSA Toulouse/INRA/CNRS) explore, par une approche concertée, les
biotechnologies et leurs domaines d'application : santé, eau et
environnement, alimentaire, chimie. Il héberge 2 plateformes impliquées
dans les projets "France Génomique"et "Metabohub" (programme
Infrastructures Nationales en Biologie et Santé). En particulier, l'équipe
EAD4 (Génie du métabolisme des procaryotes, dirigée par M.
Cocaign-Bousquet), étudie les mécanismes de la réponse adaptative des
bactéries d'intérêt biotechnologiques par une analyse phénotypique (du
transcriptome au métabolome) et souhaite développer une approche intégrée
combinant les données de phylogénie moléculaire, de génomique
comparative et de génétique moléculaire pour l'étude des mécanismes de la
réponse adaptative des bactéries modèles ou d'intérêt biotechnologiques. Le
LMGM (unité mixte UPS/CNRS, membre du Centre de Biologie Intégrative
de Toulouse) étudie les processus régissant l’organisation, l’évolution et
l’expression des génomes des procaryotes par des approches intégrées allant
de l’analyse de molécules isolées aux cellules entières. En particulier,
l’équipe "Recombinaison génétique et cycle cellulaire", dirigée par F.
Cornet, étudie les mécanismes de transmission stable du matériel génétique
chez des bactéries modèles. Elle a récemment étendu ses études à des
organismes d’intérêt biotechnologique et souhaite renforcer cet axe.
Description activités complémentaires :
Moyens :
Moyens matériels :
Les deux laboratoires proposent un environnement scientifique et matériel de renommée internationale
dans les domaines de la microbiologie avec un accès aux différentes plateformes (génomique et
transcriptomique, protéomique, métabolomique, bioinformatique et biostatistique, imageries,
sociétale,…) du GIS GENOTOUL. Le LISBP propose également un environnement de renommée
internationale dans les domaines de la biocatalyse et des bioprocédés, incluant certains systèmes
expérimentaux uniques dans le paysage français. Le LMGM est équipé en matériel de purification
automatisée de protéines, en microscopie à champ large (fluorescence), cytomètrie de flux, et pour
l’étude des interactions moléculaires (Biacore).
Moyens humains :
LISBP : 82 chercheurs et enseignant-chercheurs, 58 ITA/BIATS, 97 doctorants et post-doctorants
LMGM : 24 chercheurs et enseignant-chercheurs, 21 ITA/BIATS, 12 doctorants
Moyens financiers :
LISBP : environ 8,5 M€ / an. Financements provenant de fonds institutionnels (CNRS, INRA, INSA,
région Midi-Pyrénées), de l’Union Européenne, et de contrats ANR. 25% de ces financements sont en

lien avec le monde industriel.
LMGM : environ 900 k€ / an. Financements institutionnels (CNRS, Université Paul Sabatier, région
Midi-Pyrénées) et contrats ANR.
Autres moyens :
Le LISBP possède une forte implication dans le démonstrateur préindustriel TWB (Toulouse White
Biotechnology), ainsi que dans le GIS GENOTOUL (hébergement de 3 des 10 plateformes)
Autres informations :
Compétences particulières requises :
Expertise en phylogénie et génétique moléculaire, ainsi qu’en génomique des organismes modèles et
d’intérêt biotechnologique (bactéries lactiques).
Evolution du poste : Après une période d’intégration dans l’équipe d’accueil, la personne recrutée aura
la responsabilité de la mise en place de la caractérisation de la diversité génétique et génomique des
bactéries lactiques, de l'identification des éléments responsables de l'évolution et de l'adaptation de ces
bactéries à leurs différents écosystèmes, et de l'étude des mécanismes qui sous-tendent ce potentiel
adaptatif.
Rémunération (€) : 36560