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Université de Sherbrooke
Dépistage des infections du tractus urinaire par méthode moléculaire
Par
Laurie Vingataramin
Département de Microbiologie et Infectiologie
Mémoire présenté à la Faculté de médecine et des sciences de la santé
en vue de l’obtention du grade de maitre ès sciences (M. Sc.)
en Microbiologie et infectiologie
Sherbrooke, Québec, Canada
Octobre, 2014
Membres du jury d’évaluation
Eric H.Frost, Ph.D., Microbiologie Directeur de recherche
Brendan Bell, Ph.D., Microbiologie Membre du jury interne
Claude Déry, Ph.D., dép.biologie, Faculté des Sciences Membre du jury externe
© Laurie Vingataramin, 2014

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À mes parents France et Léo et mes frères Johan et Noham, pour vos encouragements vos
appuis à Kassy pour ta présence à mes cotés et Bruno.

iv
« Pour réussir, retenez bien ces trois maximes : voir c’est savoir, vouloir c’est pouvoir,
oser c’est avoir. »
Alfred de Musset

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RÉSUMÉ
Dépistage des infections du tractus urinaire par méthode moléculaire
Par
Laurie Vingataramin
Département de Microbiologie et infectiologie
Mémoire présenté à la Faculté de médecine et des sciences de la santé en vue de l’obtention
du diplôme de maitre ès sciences (M.Sc.) en Microbiologie et infectiologie, Faculté de
médecine et des sciences de la santé, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, Québec,
Canada, J1H 5N4
Chaque année, environ 175 millions de personnes souffrent d’infection du tractus urinaire
(ITU) dans le monde. Pour diagnostiquer une ITU, une culture d’urine est réalisée mais
nécessite un long délai. Pendant ce temps les patients sont souvent traités avec un
antibiotique à large spectre qui peut entrainer des complications et contribuer à
l’augmentation du nombre de bactéries résistantes. La plupart des échantillons reçus au
laboratoire sont négatifs (10
5
ufc /mL) ou contiennent Escherichia coli. Nous avons mis
au point une méthode de dépistage rapide des échantillons positifs afin de sauver des coûts
et éviter des complications.
D’abord un protocole d’extraction d’ADNg a été élaboré avec la même efficacité pour tous
les microorganismes. Cette méthode, appelé EtNa, chauffe le microorganisme dans une
solution de 70 % éthanol et NaOH. Cette solution permet l’adsorption de l’ADN
directement sur une colonne de silice afin de favoriser sa purification par un robot pipeteur.
Elle a été comparée favorablement avec d’autres méthodes retrouvées dans la littérature et
trousses commerciales, mais a l’avantage d’extraire les bactéries Gram positifs, Gram
négatifs et levures avec une efficacité similaire et ce, avec un même protocole simple et
sans produits chimiques toxiques.
La deuxième étape du projet a été de mettre au point une méthode pour dépister les
microorganismes pouvant causer les ITU en utilisant la PCR en temps réel pour amplifier le
gène d’ARNr 23S des bactéries et 28S des levures. Grâce à une stratégie innovatrice de
dénaturation des sondes, le pathogène peut être détecté et partiellement identifié. Une
valeur seuil permettant de distinguer les échantillons positifs a été évaluée et correspond à
un Cp de 26 (10
5
ufc/mL). Un témoin interne est utilisé et permet de contrôler l’extraction
et l’amplification. La méthode de dépistage a été éprouvée in vitro avec des souches de
bactéries et levures, puis essayée avec quelques échantillons d’urines en provenance de la
clinique. Puisque les résultats obtenus étaient très encourageants, l’analyse d’autres
échantillons est importante pour faire une validation complète.
Mots clés : infection urinaire, bactéries, levures, PCR en temps réel, extraction d’ADN,
urine, ARNr 23S, ARNr 28S.