Développement d`une librairie Python pour l`analyse spectrale de la

Titre du stage: Développement d’une librairie Python pour l’analyse spectrale de la surface
du cortex cérébral
Durée: 5-6 mois
Niveau: dernière année d'école d'ingénieur, ou master
Dates envisagées: 1er ou deuxième semestre 3017
Encadrant(s): Hamed Rabiei ([email protected]), Julien Lefèvre ([email protected]), Olivier Coulon ([email protected])
Descriptif:
L’équipe MeCa développe, entre autres, des méthodes d’analyse de la forme du cortex cérébral,
généralement représentée par un maillage triangulaire modélisant la surface du cortex. Ces
méthodes servent à effectuer des études de neurosciences ayant pour objectif par exemple de
mesurer les changements de formes du cortex pendant son développement et sa croissance, ou
de déterminer des motifs de forme liés à une pathologie neuro-développementale (par exemple
autisme ou schizophrénie). Les méthodes développées sont en général implémentées dans un
cadre logiciel précis : la plateforme BrainVisa (http://brainvisa.info), dont une part importante est
développée avec le langage Python.
Récemment l’équipe a proposé une méthode ayant pour objectif de caractériser localement la
forme du cortex en s’intéressant à la complexité locale du plissement de la sa surface. Cette
complexité est quantifiée à l’aide de méthodes spectrales permettant de caractériser la fréquence
spatiale des plis du cortex. La méthode a déjà été développée dans le langage Matlab. L’objectif
de ce stage est de développer les outils nécessaires à cette méthode dans le langage Python
afin de pouvoir l’intégrer dans la plateforme Brainvisa et de pouvoir la faire interagir avec d’autres
méthodes. Les outils développés seront testés, optimisés, et validés sur de grandes bases de
données d’images cérébrales disponibles à l’Institut de neurosciences de La Timone.
Compétences requises:
bonne connaissance du langage Python essentielle. Notions de traitement du signal et
mathématiques appliquées requises.
I N S T I T U T
N E U R O S C I E N C E S D E L A
Campus Santé Timone
27, boulevard Jean Moulin
13385 Marseille Cedex 5
www.int .univ- amu.fr
D E
T I M O N E
Contexte: L'Institut de Neurosciences de la Timone (INT, http://www.int.univ-amu.fr ) est une
unité mixte de recherche qui a pour objectif de développer des recherches interdisciplinaires en
neuroscience. Situé sur le Campus de la Faculté de Médecine d'Aix Marseille Université, il est
doté de plateformes technologiques de haut niveau au service d'équipes de recherche en
neurosciences théoriques et expérimentales.
Gratification : ce stage donnera lieu à une gratification au niveau du standard légal.
Envoyer CV + lettre de motivation à [email protected]
I N S T I T U T
N E U R O S C I E N C E S D E L A
Campus Santé Timone
27, boulevard Jean Moulin
13385 Marseille Cedex 5
www.int .univ- amu.fr
D E
T I M O N E