Etude de l`implication des polymorphismes des gènes de réparation

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie
Département de Génétique Moléculaire Appliquée
Spécialité : Génétique moléculaire et cellulaire Option : Biologie moléculaire
THESE
Présentée par
Mademoiselle MOGHTIT Fatima Zohra
En vue de l’obtention du
Diplôme de DOCTORAT
Thème
Etude de l’implication des polymorphismes des gènes de
réparation de l’ADN dans la survenue du cancer colorectal
dans la population de l’Ouest Algérien
Soutenue le 30 /11 / 2014 devant la commission d’examen composée de:
Qualité
Nom et Prénom
Grade
Etablissement d’origine
Présidente
Mme SAIDI-MEHTAR Nadhira
Professeur
USTOMB (Oran)
Examinateur
Mr BOUDJEMA Abdallah
Professeur
USTOMB(Oran)
Examinateur
Mr BOUROUBA Mehdi
Maître de conf. A
USTHB(Alger)
Examinateur
Mr CHEBA Benamar
Maître de conf. A
USTOMB (Oran)
Directrice de thèse
Mme ABERKANE Meriem Samia
Maître de conf. A
Université d’Oran
République Algérienne Démocratique Populaire
Ministère de l’Enseignement Supérieure et de la Recherche Scientifique
Université des Sciences et de la Technologie d’Oran « Mohamed Boudiaf »

Remerciements
J’adresse mes vifs remerciements au Pr. SAÏDI-MEHTAR Nadhira ; professeur en
biologie moléculaire à l’université des sciences et de la technologie d’Oran-Mohamed
Boudiaf- (USTO-MB) ; qui a eu la bonté d’accepter d’être présidente de ce jury. Assurée de
l’intérêt que vous portez à ce travail, je reste convaincue que votre présence m'assurera de la
valorisation et de la teneur de notre projet .Veuillez croire en mon éternel respect et ma
sincère gratitude.
Mes remerciements au Pr. BOUDJEMA Abdallah ; professeur en biologie
moléculaire à l’université des sciences et de la technologie d’Oran-Mohamed Boudiaf-
(USTO-MB) ; pour l'honneur qu'il m’a fait en acceptant d'examiner ce travail et de l’enrichir
de ses éminentes compétences scientifiques dont son enseignement et sa passion resteront des
exemples pour moi. Veuillez accepter ce travail, en gage de mon grand respect et ma
profonde reconnaissance.
Je remercie également Dr. BOUROUBA Mehdi ; maître de conférences classe A à
l’université des sciences et de la technologie Houari Boumediene d’Alger (USTHB) ; d’avoir
accepté avec une grande amabilité de faire partie de ce jury pour examiner cette thèse et pour
m’avoir fait l’honneur de votre présence à ma soutenance. Soyez assuré de ma profonde
reconnaissance et de ma considération respectueuse.
Mes remerciements les plus respectueux vont au Dr. CHEBA Benamar ; maître de
conférences classe A à l’université des sciences et de la technologie d’Oran-Mohamed
Boudiaf- (USTO-MB) ; qui a accepté d’examiner ce travail. Veuillez accepter Monsieur le
témoignage de ma reconnaissance et de mon respectueux hommage.
Je remercie tout particulièrement ma directrice de thèse Dr. ABERKANE Meriem
Samia ; maître de conférences classe A à l’Université d’Oran ; pour la confiance qu’elle m’a
accordée en acceptant d'encadrer ce travail doctoral. Je lui suis reconnaissante pour sa
patience, ses encouragements, sa sympathie et sa disponibilité à tout moment. Ses conseils,
ses commentaires, ses corrections et ses qualités scientifiques ont été très précieux pour
mener à bien ce travail. Enfin, j’ai été extrêmement sensible à ses qualités humaines, à sa
rigueur, à son professionnalisme et à son ouverture d'esprit. Je suis infiniment heureuse et
honorée d’avoir fait ma thèse sous sa direction. Aucune expression de gratitude ne sera
suffisante pour vous exprimer mon respect et ma reconnaissance.
Je tiens à exprimer mes remerciements les plus sincères à Mr. LOUHIBI Lotfi ;
maître assistant classe A à l’université des sciences et de la technologie d’Oran-Mohamed
Boudiaf- (USTO-MB) ; de m’avoir orienté et m’encouragé au cours de mon travail,
également pour sa gentillesse, sa grande compétence et sa disponibilité continue. Malgré
toutes ses journées surchargées, merci d’avoir toujours trouvé un moment pour discuter
quand je frappais à sa porte. Il a su me faire partager ses nombreuses connaissances, sa
vision toujours claire et synthétique. Ma sincère gratitude et un grand respect vous sont
personnellement adressés, pour m’avoir fait confiance, pour m’avoir beaucoup appris.

J'aimerais remercier également :
Tous les patients qui ont accepté de participer à cette étude.
Le staff hospitalier qui a contribué à la réalisation de cette étude. Je pense plus
particulièrement à :
Monsieur, le professeur BOUSAHBA Abdelkader, chef de service d’oncologie adulte au
CAC de Misserghine.
Madame, le docteur MEGAIZ Ahlem, service d’oncologie adulte au CAC de Misserghine.
Monsieur, le professeur LARBAOUI Blaha, service d’oncologie médicale de CHU d’Oran.
Ce travail est le résultat d’une collaboration avec le laboratoire de Pharmacologie
des Agents anticancéreux, Institut Bergonié, Bordeaux (France). Je tiens à remercier
vivement Pr. ROBERT Jacques pour m’avoir permis de réaliser la majeure partie
expérimentale de génotypage dans son laboratoire et pour m’avoir conseillée et guidée avec
bienveillance. Je remercie chaleureusement tous les membres de son équipe pour leur grande
disponibilité et l'ambiance décontractée qui m’a facilité le travail, et tout particulièrement
Dr. LE MORVAN Valérie et Mr BELLOT Ricardo pour m’avoir formée à l’utilisation du
pyroséquenceur, pour leur simplicité, leurs précieux conseils et pour leur suivi et l’aide
précieuse qu’ils m’ont apporté tout au long de mon stage.
Je souhaite remercier également Pr.MEDIENE-BENCHEKOR Sounnia ;
professeur en biologie moléculaire à l’université d’Oran ; et Mr.FODIL Fayçal ; maître
assistant classe A à l’université des sciences et de la technologie d’Oran-Mohamed Boudiaf-
(USTO-MB); d’avoir mis à ma disposition leurs banques d’ADN des témoins. Trouvez ici le
témoignage de ma gratitude et de ma profonde considération.
Mes remerciements les plus sincères vont également à l’équipe du laboratoire de
Génétique Moléculaire appliquée, Université des Sciences et de la Technologie d’Oran
(Mohamed BOUDIAF), ainsi que mes amis, je ne saurai de les nommer de peur d’en oublier.
Vous m’avez apporté beaucoup de joie et de soutien. Vous avez été une équipe formidable
avec laquelle j’ai partagé des moments extraordinaires.
Je remercie tous ceux qui par leurs encouragements, leur aide, leurs conseils ou leurs
critiques, ont contribué à la réalisation de ce travail.
A toutes et tous, un grand merci !

Résumé
En Algérie, le cancer colorectal (CCR) représente un réel problème de santé publique.
Celui-ci combine l’implication de facteurs génétiques et environnementaux. De nombreux
gènes sont associés au risque de survenue de cette pathologie dont certains codent pour des
protéines intervenant dans les mécanismes de réparation de l’ADN.
Afin de rechercher une éventuelle association entre les polymorphismes des gènes de
réparation et la survenue du CCR sporadique dans la population de l’Ouest Algérien, nous
avons développé une étude d’association cas/témoins portant sur les variants génétiques
suivants : le SNP c.1196G>A du gène XRCC1 (p.Arg399Gln, rs25487), le SNP c.722C>T du
gène XRCC3 (p.Thr241Met, rs861539), le SNP c.354C>T du gène ERCC1 (p.Asn118=,
rs11615) et le SNP c.2251A>C du gène ERCC2 (p.Lys751Gln, rs13181). Cette étude
préliminaire est la première du genre sur une population algérienne.
Cette étude de type cas/témoins a concerné 129 sujets atteints de CCR et 148 sujets
normaux non apparentés. Le génotypage des différents polymorphismes a été réalisé par
pyroséquençage. La comparaison des fréquences alléliques, génotypiques et haplotypiques
entre les deux groupes a été établie par le calcul de l’odds ratio avec un intervalle de
confiance à 95%.
L’analyse statistique a montré qu’il n’existait aucune différence significative de
distribution des fréquences alléliques et génotypiques des polymorphismes explorés entre les
cas et les contrôles (p>0,05). Par ailleurs, nous avons noté une association significative entre
le génotype combiné XRCC3 (CT) et ERCC2 (CC) avec le risque du CCR (OR = 7,33,
p = 0,02).
En conclusion, il serait intéressant d’explorer d’autres polymorphismes des gènes de
réparation de l’ADN afin de caractériser d’une manière plus précise le déterminisme
génétique du CCR dans notre population. De plus, des études ultérieures sur l’implication des
facteurs environnementaux au sein d’une population à effectif plus large seront nécessaires
afin de proposer les stratégies de prévention du CCR les mieux adaptées à notre population.
Mots clés : CCR- XRCC1- XRCC3- ERCC1- ERCC2- polymorphisme- association- Ouest Algérien.

Abstract
In Algeria, colorectal cancer (CRC) constitutes a real problem of public health. Both
genetic and environmental factors are involved in the etiology of CRC. Several genes have
been associated with increased risk of CRC; such as those encoding DNA repair proteins.
To search for a possible association between DNA repair genes polymorphisms and
the occurrence of sporadic CRC in the West Algerian population, a case/control study was
conducted exploring the following genetic variants: SNP c.1196G> A of the XRCC1 gene
(p.Arg399Gln, rs25487) SNP c.722C>T gene XRCC3 (p.Thr241Met, rs861539) SNP
c.354C>T of the ERCC1 gene (p.Asn118=, rs11615) and SNP c.2251A> C ERCC2 gene
(p.Lys751Gln, rs13181). This preliminary study is the first of its kind conducted on an
Algerian population.
A total of 129 patients with CRC and 148 unrelated normal subjects were enrolled in
our case/control study. The genotyping was performed by pyrosequencing method. The allele,
genotype and haplotype distributions were compared between cases and controls by the
calculation of the odds ratio with a confidence interval of 95%.
Statistical analysis showed that there were no significant differences in the distribution
of allele and genotype frequencies between cases and controls (p> 0.05). Furthermore, a
significant association was found between the combined heterozygous of XRCC3 and
homozygous variant of ERCC2 gene and CRC (OR = 7.33, p = 0.02).
In conclusion, it would be very interesting to explore other polymorphisms of DNA
repair genes in order to fully characterize the genetic determinism of the CRC in our
population. In addition, further studies examining the role of environmental factors on a larger
sample size will be needed to propose the best preventive strategies for CRC in our
population.
Keywords: CRC- XRCC1- XRCC3- ERCC1- ERCC2- polymorphism- association- West Algerian.