Prélèvements monomicrobiens
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Le diagnostic bactériologique DIAGNOSTIC DIRECT : - mise en évidence de la bactérie ellemême, donc culture ou isolement qui permettra l'identification ultérieure ainsi que de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme). - détection des constituants bactériens; proteines, polyosides, capsule) DIAGNOSTIC INDIRECT : mis en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques, le plus souvent sériques ou plus rarement par une réponse d’hypersensibilité, dite allergique. Prélèvements des produits pathologiques • Guidés par la symptomatologie clinique • Le plus tôt possible avant l’antibiothérapie • A la porte d’entrée; dans le sang; dans les organes cibles • De façon stérile; acheminement rapide au laboratoire Prélèvements monomicrobiens ou polymicrobiens • Prélèvements monomicrobiens • provenant de tissus normalement stériles • d’interprétation relativement facile • Prélèvements polymicrobiens . Du revêtement cutanéo-muqueux avec flore commensale (gorg, selles, vagin, peau . Interprétation plus difficile; utilisation de milieux sélectifs • nécessité d’indiquer toute demande particulière (milieux spéciaux) et de donner le maximum d’informations cliniques) diagnostic d’un infection à anaérobie Hémoculture Examen macroscopique • Trouble : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire Hématurique : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire Odeur : on notera celle caractéristique lors d'infections à germes anaérobies stricts dans un liquide pleural Autre coloration anormale Consistance : Exemple d'une selle diarrhéique. Examen microscopique Etat frais (Grossissement de 400, en général): Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte entre lame et lamelle, puis on observe au microscope d'une part, la présence éventuelle de bactéries (coque, diplocoque, chainette, chainette, coccobacille, bacille...), le type de mobilité. Par ailleurs, lors de cette observation, seront évaluées les cellules avec une appréciation semiquantitative (rares, peu nombreux, nombreux, très nombreux...) ou mieux quantitative, exprimée par nombre d'éléments / mm3 ou ml ou par champ. Exemple d'une cellule de Malassez pour LCR, liquides de ponction, urines Examen après coloration violet (G+) rose (G-) Il est alors possible de suspecter en tenant compte de la réponse Gram+ ou et des morphologies observées d'évoquer un probable diagnostic Streptococcus en chainettes Neisseria meningitidis Diagnostic des infections staphylococciques Streptococcus pneumoniae • Réservoir rhinopharyngé • Méningites; pneumonies ; otites ; sinusites Examen après coloration spéciale Ziehl Neelsen May-Grunwald Diagnostic Streptocoques du groupe B +++ infections et méningites néonatales Autres types de microscopie Microscopie à fluorescence Microscopie fond noir Culture-Isolement Milieux solides ; obtention des colonies Incubation Délai d’incubation : 18 h 28 jours Prélèvement de gorge avec de nombreuses colonies ßhémolytiques (gélose au sang frais) Urine avec de nombreuses colonies de deux types d'entérobactéries lactose + (milieu de Drigalski): colonies muqueuses et colonies irrégulières Expectoration avec de nombreuses colonies soit alphahémolytiques et muqueuses évoquant un pneumocoque, soit petites et brillantes évoquant une souche de Haemophilus influenzae (gélose au sang cuit ou gélose chocolat) Urine avec de nombreuses colonies de trois types différents (milieu UTI) Identification - Antibiogramme : L'identification et l'antibiogramme de la majorité des bactéries habituelles sont alors précisés dans un délai de 18-24 h. Staphylococcus aureus Bacillus cereus. Bacillus anthracis. Identification • Test d’orientation rapide ; oxydase, catalase, coagulase • Par ensemencement d’une galerie biochimique adaptée Identification rapide sur culture Agglutination with sensibilized latex beads Staphylococcus aureus Strepto B/A, C, G E.coli O157 Enteropathogene E.coli Chromogenic media + additional testing Urinary E.coli MRSA Strepto B Specific tests Meth R (PLP2a) Antibiogramme par diffusion sur gélose Une paillasse de laboratoire typique Diagnostic; procédure générale J0 : Direct examination, culture J+1-2 : Culture results; (→J+5) J+2-3 : typing Identification Antibiogram Automatisation Cultures quantitatives Septicemia and KT : . Quantitative culture : KT / PF • Growth lag: KT / PF Infection and KT (infection, colonisation /contamination) Numbering Pulmonary infections (infection / colonisation) Numbering: brush, broncho alveolar washing ECBU Bacteriurie (infection / contamination) Autres moyens de diagnostic direct Recherche d’antigènes solubles; urines L. pneumophila et Streptococcus pneumoniae Recherche de toxines de Clostridium difficile dans les selles Diagnostic rapide de l’angine à streptocoque du groupe A; “Strep” Test Streptococcal antigenic extract Antibody Latex beads Antigène de groupe A Sensibilité 95% Méthodes moléculaires Intérêt théorique • Gain de sensibilité • Gain de temps • Gain de spécificité Hybridation Séquençage Intérêt des méthodes moléculaires Diagnostic sur prélèvements • PCR dans LCR; diagnostic méningites à méningocoques; sérogroupage • PCR Coqueluche • PCR Chlamydiae, Mycoplasma et Bartonella Après culture; identification et épidemiologie • Bactéries d’identification difficile; mycobactéries, Nocardia… • Comparaison génotypique; épidémie; toutes espèces Diagnostic indirect : sérologie/réponse immunitaire à l’infection Réaction d’agglutination . En tube . Sur lame Réaction ELISA, déviation du complément Intérêt sérologies bactériennes Important • Brucellose • Rickettsiose et Coxiella • Syphilis • Coqueluche • Tétanos (statut immunitaire) Plus limité • Chlamydiose • Légionellose • Mycoplasmes • Yersiniose et tularémie Réponse immunité cellulaire; Quantiféron Figure 1. Four point-of-care systems. (a) Cepheid, GeneXpert®; (b) Enigma Diagnostic Ltd., PCR-Light®; (c) IQuum Inc., Liat™ Analyzer; and (d) HandyLab™ Inc., portable analyzer. For further details see main text.
