30v/20v/50v (donc plus polaire) ou le mélange butanol/acide acétique/eau 90v/5v/5v (donc moins
polaire).
Mode opératoire pour réaliser les CCM demandées
Réactiver le gel de silice à l'étuve à 105°C pendant 30 minutes. Préparer une cuve de migration. Verser
au fond de la cuve le solvant de migration, jusqu'à ce que le niveau du liquide dans la cuve atteigne 8
mm de hauteur. Refermer la cuve et attendre 30 minutes, pour que l'atmosphère de la cuve soit saturée
(ceci a pour but de limiter l'évaporation de la phase mobile depuis la plaque).
Tracer, très légèrement au crayon graphite, une ligne de dépôt à 1,5 cm du bord inférieur de la plaque.
Marquer les emplacements des dépôts en les espaçant régulièrement et en veillant à laisser au moins 5
mm de chaque coté de la plaque
Pour déposer, utiliser des capillaires préparés par tirage de canne de verre ; on ne conserve que les
capillaires réguliers, de section nette, de diamètre convenable (essayer sur du papier filtre). Un capillaire
ne sert que pour déposer une seule solution. Ou alors, utiliser des pipettes mécaniques réglées à un
volume de 0,5 µL. Un dépôt ne doit pas excéder un diamètre de 3 mm (à cause de l'effet d'étalement
lors de la migration). Pour cette manipulation, a priori, effectuer les dépôts en 3 fois en séchant
soigneusement entre chaque opération à l'air chaud (sèche-cheveux).
Migration : plonger le bord inférieur de la plaque dans le solvant et laisser la migration s'effectuer jusqu'à
ce que le front du solvant soit à quelques mm du bord supérieur de la plaque.
En fin de migration, sortir la plaque, marquer immédiatement le front du solvant au crayon graphite.
Sécher la plaque au four. SOUS UNE HOTTE ASPIRANTE, pulvériser le réactif à la ninhydrine sur la
plaque en position légèrement inclinée, attendre 2 minutes et porter la plaque à l'étuve à 105°C pendant
3 à 4 minutes (il est aussi possible de passer le réactif de révélation au pinceau perpendiculairement à la
direction de migration).
Compte-Rendu :
Pour chaque manipulation réalisée :
- Composition exacte de la phase mobile utilisée ; plan des dépôts, mode opératoire exact de réalisation
des dépôts (en 1, 2, 3, 4 fois ...) ; résultats obtenus (entourer les spots révélés d'un léger trait de crayon
et fournir la plaque ou un calque du résultat. Calculer les Rf (rapport au front de migration) de chaque
tâche)
- Analyse critique. Peut on justifier a posteriori la migration différentielle des acides aminés témoins
testés lors de chaque manipulation (utiliser vos connaissances quant à la nature chimique des chaînes
latérales des acides aminés et éventuellement les données du document annexe)? Quelle phase mobile
est la plus performante? Peut on justifier les différences de migration obtenues par l'analyse de la
composition des 2 phases mobiles différente utilisées? Justification du choix des acides aminés témoins.
Que peut-on dire sur la composition en acides aminés du SARGENOR? Donner la réaction chimique de
révélation.
Document annexe :
Le document expose des résultats publiés par J. Kyte et R. Doolittle dans A simple method for displaying
thé hydropathic character of a protein ; Journal of molecular biology, mai 1982, 157 n°1, 105-132.
Les auteurs on établi une échelle d'hydropathie (hydrophilie ou hydrophobicité plus ou moins
marquée) des chaînes latérales R des aminoacides fondée sur la combinaison de 3 critères :
- un critère enthalpie libre. D'après des données pratiques et des calculs thermodynamiques, l'enthalpie
libre standard de transfert des différentes chaînes carbonées de formule RH depuis la phase solution
aqueuse vers la vapeur condensée est calculée (des valeurs négatives marquent l'hydrophobicité, des
valeurs positives l'hydrophilie) ;
- deux critères statistiques à partir d'une base de données de 12 structures conformationnelles
protéiques globulaires connues. Pour chacune des chaînes latérales des 20 acides aminés, il a été
calculé sa proportion dans la localisation à plus de 95% enfoui dans la structure ainsi que dans la
localisation à 100% enfoui. Plus une proportion est élevée plus l'acide aminé est statistiquement
hydrophobe.
Fanny Demay – BTS BioAnalyses & Contrôles 4/5