6-correction-biologie-moleculaire-probleme-type

Correction Sous-Colle – Biologie Moléculaire – Problème type Morel
Question 1 - BE
A – FAUX. La Séquence 1 est une séquence d’ADNc. On ne l’a donc pas obtenu par une méthode de
séquençage mais par une RT-PCR (= Passage d’un ARN à un ADN puis Amplification.)
B – VRAI. On a utilisé cette RT-PCR pour obtenir la séquence 1.
C – FAUX. Il n’y a pas d’exons non codants dans les séquences proposées. Aussi, il suffit simplement
de compter le nombre d’introns visibles sur la séquence 2 (ADN génomique.)
D – FAUX. Il faut faire attention à deux choses dans cet item : La séquence protéique comptabilise le
codon STOP dans la numérotation des acides aminés, il faut donc bien prendre garde à ne pas le
prendre en compte lorsque l’on évalue le nombre d’acides aminés total. De plus, l’item précise qu’on
ne compte pas la Méthionine, on enlève donc un acide aminé. Nous avons donc 23 acides aminés
dans la séquence protéique recherchée.
E – VRAI. Si l’on regarde attentivement les sites accepteurs localisés juste avant les exons totalement
codants (2,3, 4 & 5), on constate que l’on a 2 site « CAG » (Sites forts) et deux autres sites faibles. Il y
a donc bien autant de sites accepteurs forts que faibles.
Question 2 - CD
A – FAUX. Lorsque l’on observe cette mutation, on remarque qu’elle atteint le premier nucléotide
codant pour l’acide aminé 196 (numérotation de la protéine en prenant en compte la Méthionine
initiale.) Cette Mutation n’est donc pas du tout intronique mais bien Exonique.
B – FAUX. Il s’agit d’une substitution de nucléotide qui n’engendre pas de décalage de lecture
contrairement aux délétions ou les insertions.
C – VRAI. Il est possible d’observer cette mutation par DHPLC et par Séquençage. Cependant, ces
techniques sont assez longues et fastidieuses. C’est pourquoi, lorsque l’on est dans le cas d’un
patient chez qui on connait la mutation ponctuelle, il est plus adapté d’utiliser les méthodes telles
que la MLPA ou le Dot-Blot.
D – VRAI. Il s’agit bien d’une mutation ponctuelle (c’est donc un VNP) qui est présent avec une
fréquence supérieure à 1% (énoncé.) Nous sommes donc bien dans le cas d’un SNP.
E – FAUX. Aucune donnée ne nous permet d’affirmer (pour l’instant ^^) que cette mutation induit un
site de restriction. Cet item est surtout là pour rappeler que même si une donnée est délivrée plus
loin dans le problème, dans les données qui vous sont proposées au moment où vous faites la
question 2, rien ne vous informe sur le caractère « RFLP » potentiel de cette mutation.
Question 3 - BCE
- On fait un Dot-Blot. Cette technique nécessite donc :
- Deux amorces pour amplifier le fragment par PCR
- Une Troisième amorce contenant la mutation qui s’hybridera sur le fragment d’ADN,
préalablement amplifié, s’il contient la mutation recherchée.
- On cherche donc 3 Amorces et non pas 2 !!!!!!
- Localisation :
- Amorce « Sens » pour la PCR : Débute au nucléotide 53408 (Proposition E)
- Amorce « Anti-Sens » pour la PCR : Débute au nucléotide 53715 (Proposition C)
- Amorce « Dot-Blot » : Début au nucléotide 53502. On prend bien l’amorce antiparallèle et
complémentaire du fragment muté. (Proposition B et pas D !)
Question 4 - BDE
A – FAUX. Il S’agit de la description de la MLPA.
B – VRAI. Il est nécessaire de faire un Southern Blot car nous allons faire une électrophorèse avec de
l’ADN [et non de l’ARN (Northern) ou des protéines (Western.)]
C – FAUX. On utilise le nitrate d’argent pour révéler des protéines sur un Western Blot.
D – VRAI. Ce BET sera révélé par passage sous lumière UV.
E – VRAI. Seulement, le Dot Blot permettra la révélation de mutations ponctuelles connues alors que
la DHPLC mettra en évidence des mutations ponctuelles inconnues.
Question 5 - AB
- Le patient sain nous montre que :
- Le fragment non muté présente 2 sites de restriction à EcoR1 et aucun site pour CJ2ADN.
- La bande de 287 pb est donc la bande non fragmentée par aucune enzyme, soit la taille de
votre fragment initialement amplifié (On remarque, par la taille de ce fragment, que le fragment
étudié ne contient plus les amorces qui ont servi à son amplification.)
- Le patient malade nous montre que :
- Tout d’abord, EcoR1 a conservé les mêmes sites de restriction que chez le patient sain et
n’en pas de nouveau… En gros, EcoR1 ne sert qu’à vous embrouillez l’esprit, car il est parfaitement
inutile dans cette expérience !
- De plus, vous remarquez qu’à l’inverse du patient sain, le patient muté présente plusieurs
bandes sur le Southern Blot du fragment exposé à CJ2ADN qui sont assez fines. Si on observe de plus
près on constate qu’une des bandes (la plus grosse = celle qui est la plus bas dans le SB) à une taille
identique au fragment complet (287 pb) et que les 2 autres bandes sont inconnus en terme de taille.
- Le couplage des actions des 2 enzymes nous montre une configuration complexe des
bandes.
Comment analyser tout ce Merdier ?
- Et bien en se focalisant sur les deux derniers résultats (les plus complexes) qui nous permettent de
dire que la mutation du fragment engendre la création d’un site de restriction à notre enzyme
CJ2ADN qui ne va couper que le fragment d’ADN muté.
- Cependant, ces informations ne sont pas suffisantes. En effet, on constate sur le SB « CJ2ADN seule
chez le malade » qu’il existe un fragment qui n’est pas coupé par l’enzyme, à l’image du même SB
chez le patient sain. Cette dernière information nous indique donc que chez les patients malades,
seule une certaine proportion des fragments amplifiés par PCR sont mutés et donc induisent un site
de restriction. Pourquoi ? Et bien tout simplement parce que chez le malade, les gènes (des 2
chromosomes homologues) qui codent pour la 5-α-réductase ne disposent pas des mêmes allèles. Un
gène présent un allèle sain tandis que l’autre allèle contient un allèle muté. C’est donc pour cette
raison que l’intensité des bandes est plus faible.
- En vous aidant de la séquence 2, en repérant les sites de restrictions des 2 enzymes dans le cas
muté et dans le cas sain, vous pouvez comprendre comment on a pu obtenir le dernier Southern Blot
(Chez le patient malade, « fragment exposés aux 2 enzymes ».)
A – VRAI. C’est ce que montre le 2° Southern blot chez le patient atteint.
B – VRAI. Comme on peut le constater sur le 1° SB chez le patient atteint.
C – FAUX. La présence de la bande de 285 pb est induite par la présence de 2 allèles qui
n’engendrent pas des mutations sur tous les Fragments. Aussi, l’enzyme de restriction CJ2ADN coupe
bien tous ces sites de restrictions mais ne coupe pas tous les fragments car ceux-ci ne contiennent
pas tous le site de restriction adéquat.
D – FAUX. Aucune information spécifique à ce sujet ne nous est fournie car on ne connait pas la
coupure induite sur le brin anti-sens de l’ADN.
E – FAUX. Au contraire, cette expérience nous montre le caractère Hétérozygote de la mutation de la
5-α-Réductase.