la spectrométrie de masse maldi-tof et le diagnostic microbiologique

LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE
MALDI-TOF
ET LE DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
Cristina Cariello
ICHV, Laboratoire de microbiologie, Sion
Travail de diplôme
2011-2012
Mentor : Lysiane Tissières Lovey
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Sommaire
La spectrométrie de masse MALDI-TOF est une nouvelle technologie apparue ces dernières
années en microbiologie. Si les techniques conventionnelles d’identification des différents
germes se basent sur leurs aspects phénotypiques, il est possible aujourd’hui d’identifier les
microorganismes en analysant directement leurs protéines.
Depuis février 2011, le laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion s’est muni d’un Vitek MS
utilisant la spectrométrie de masse MALDI-TOF. Le but de ce travail est d’analyser les
performances de cet appareil. 1022 souches de diverses espèces ont été testées sur le MS
en comparaison avec les méthodes usuelles d’identification : le Vitek 2 et les galeries de
tests biochimiques.
Les résultats du Vitek MS se sont avérés fiables avec un pourcentage d’identification au
genre de 99%, à l’espèce de 94% et les identifications sans résultats ne représentent que
5.6% des cas. Les atouts majeurs du Vitek MS sont la fiabilité des résultats, la rapidité et le
faible coût de l’analyse.
Mots–clés
Spectrométrie de masse MALDI-TOF
Ionisation douce
Vitek MS
Vitek 2
Galeries de tests biochimiques
Identification de bactéries et de levures
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Summary
MALDI-TOF mass spectrometry is a new technology appeard recently in microbiology.
Conventional techniques of bacterial identification are based on phenotypic
characterizations. Since a few years, it is possible to identify microorganisms by using
protein identification.
Since February 2011, the laboratory of microbiology of the ICHV in Sion, has acquired a
Vitek MS using the MALDI-TOF mass spectrometry method. The aim of this study is to
analyse performances of this apparatus. 1022 isolates of different species have been tested
on Vitek MS in comparison with conventionnal methods : Vitek 2 and inoculated strips tests.
Vitek MS results are reliable, with 99% of correct identifications to the genus level, 94% to
the species level and the percentage of identifications with no results in 5.6% of cases. The
most important benefits of Vitek MS are the fiability, the rapid indentification and the low cost
of analysis.
Keywords
MALDI-TOF mass spectrometry
Soft ionization
Vitek MS
Vitek «2
Inoculated strips tests
Bacterial and yeast identification
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Table des matières
1
2
3
4
5
Introduction .................................................................................................................... 6
1.1
La spectrométrie de masse ..................................................................................... 6
1.2
La spectrométrie de masse MALDI-TOF ................................................................. 7
1.2.1
Principe ............................................................................................................ 7
1.2.2
La matrice ........................................................................................................ 7
1.2.3
Désorption-Ionisation ....................................................................................... 7
1.2.4
La spectrométrie à temps de vol (TOF) ............................................................ 8
1.2.5
Le spectre ........................................................................................................ 9
Objectif de l’étude..........................................................................................................10
Matériel et méthode.......................................................................................................10
3.1
Vitek MS.................................................................................................................10
3.1.1
Présentation de l‘instrument ............................................................................10
3.1.2
Matériel ...........................................................................................................11
3.1.3
Mode opératoire ..............................................................................................12
3.1.4
Traitement des échantillons :...........................................................................12
3.1.5
Préparation des échantillons : .........................................................................13
3.1.6
Lecture et interprétation des résultats .............................................................15
3.2
Vitek 2 ....................................................................................................................15
3.2.1
Principe ...........................................................................................................15
3.2.2
Matériel ...........................................................................................................15
3.2.3
Mode opératoire ..............................................................................................16
3.2.4
Lecture et interprétation ..................................................................................16
3.3
Galeries de tests biochimiques ...............................................................................16
3.3.1
Principe ...........................................................................................................16
3.3.2
Matériel ...........................................................................................................17
3.3.3
Mode opératoire ..............................................................................................18
3.3.4
Lecture et interprétation ..................................................................................18
Analyse des résultats ....................................................................................................19
4.1
Résultats ................................................................................................................19
4.2
Interprétation : points forts et points faibles ............................................................24
4.2.1
Cocci Gram positif ...........................................................................................24
4.2.2
Cocci Gram négatif et Haemophilus ................................................................24
4.2.3
Germes difficiles..............................................................................................25
4.2.4
Bacilles Gram positif aérobies .........................................................................25
4.2.5
Entérobactéries ...............................................................................................25
4.2.6
Campylobacter ................................................................................................26
4.2.7
Non-fermentatifs..............................................................................................26
4.2.8
Germes anaérobies .........................................................................................26
4.2.9
Levures ...........................................................................................................26
4.2.10 Champignons ..................................................................................................26
4.2.11 Mycobactéries .................................................................................................26
Discussion .....................................................................................................................27
5.1
Améliorations de l’identification des germes en routine ..........................................27
5.1.1
Staphylocoques...............................................................................................27
5.1.2
Lactobacillus ...................................................................................................27
5.1.3
Gardnerella vaginalis.......................................................................................27
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
5.1.4
Levures ...........................................................................................................27
5.1.5
Urotubes .........................................................................................................27
5.1.6
Entérocoques ..................................................................................................28
5.1.7
Contaminations ...............................................................................................28
5.1.8
Peudomonas aeruginosa ................................................................................28
5.1.9
Campylobacter ................................................................................................28
5.2
Lacunes du Vitek MS .............................................................................................28
5.2.1
Shigella ...........................................................................................................28
5.2.2
Champignons ..................................................................................................29
5.2.3
Mycobactéries .................................................................................................29
5.3
Avantages et inconvénients du MS ........................................................................29
6 Conclusion ....................................................................................................................31
7 Références bibliographiques .........................................................................................32
8 Lexique .........................................................................................................................34
9 Remerciements .............................................................................................................35
10
Annexes.....................................................................................................................36
10.1 Annexe 1: Résultats des souches testées ..............................................................36
10.1.1 Staphylocoques...............................................................................................37
10.1.2 Entérocoques ..................................................................................................41
10.1.3 Streptocoques .................................................................................................43
10.1.4 Streptococcus pneumoniae traités ..................................................................47
10.1.5 Autres coques Gram positif .............................................................................48
10.1.6 Neisseria/Branhamella ....................................................................................48
10.1.7 Gardnerella vaginalis.......................................................................................49
10.1.8 Corynébactéries ..............................................................................................50
10.1.9 Autres bacilles Gram positif aérobes ...............................................................51
10.1.10
Entérobactéries ...........................................................................................52
10.1.11
Pseudomonas sp .........................................................................................60
10.1.12
Autres non-fermentatifs ...............................................................................62
10.1.13
Germes difficiles ..........................................................................................63
10.1.14
Haemophilus sp ...........................................................................................64
10.1.15
Campylobacter sp ........................................................................................66
10.1.16
Anaérobies ..................................................................................................67
10.1.17
Levures........................................................................................................71
10.1.18
Champignons ..............................................................................................73
10.1.19
Mycobactéries .............................................................................................74
10.2 Annexe 2: Tableau des galeries de tests biochimiques ..........................................75
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
1
Introduction
Ce travail de diplôme a été effectué au laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion et a
pour but d’étudier les performances d’un spectromètre de masse MALDI-TOF dans le
diagnostic microbiologique.
En microbiologie, l’identification traditionnelle des bactéries se fait principalement en étudiant
leurs aspects morphologiques (macro- ou microscopiquement) et leurs caractères
biochimiques. Ces tests requièrent la croissance des bactéries dans des galeries de tests
biochimiques et nécessitent une incubation allant de 4 à 18 heures.
Une nouvelle méthode basée sur la spectrométrie de masse peut être utile au laboratoire de
bactériologie pour l’identification rapide des différents pathogènes. Contrairement aux
méthodes classiques, la spectrométrie de masse analyse directement les macromolécules
des différents germes, notamment les protéines, permettant ainsi d’obtenir des résultats plus
rapidement.
1.1 La spectrométrie de masse
La spectrométrie de masse consiste à séparer et identifier des molécules selon leur masse
et leur charge [12]. Les applications de la spectrométrie de masse sont nombreuses et
touchent divers domaines: en biotechnologies pour l’analyse des peptides1 ou
oligonucléotides, en pharmacologie pour le dosage de médicaments, dans le domaine de
l’environnement pour l’analyse de l’eau, en clinique pour la recherche de drogues [1], etc.
Il existe plusieurs types de spectromètres de masse pouvant séparer des molécules plus ou
moins grandes et leurs méthodes ont toutes en commun les étapes suivantes [7] :
Préparation et introduction de l’échantillon
Ionisation des molécules d’intérêt
Séparation des ions en fonction de leur rapport masse/charge
Détection et amplification du signal
Analyse des données et identification de l’échantillon
Les premiers spectromètres de masse datent du début du 20ème siècle et ont servi en
physique à rechercher les différents isotopes d’un élément chimique. C’est Francis William
Aston qui conçut le premier spectromètre de masse en 1922. Il réussit à démontrer
l’existence des isotopes en les séparant selon leur masse et leur charge [11].
Au cours du 20ème siècle, la spectrométrie de masse prend de plus en plus d’ampleur et de
nombreuses nouvelles techniques d’ionisation et de séparation des ions ont été mises en
place.
Le développement de la méthode MALDI-TOF se fait dans les années 80. À cette période,
l’ionisation se faisait sur des molécules ayant une taille d’environ 1000 Daltons et il était
impensable d’ioniser des molécules excédant 10 000 Daltons car trop fragiles [4]. En 1985,
Koichi Tanaka, chimiste japonais ayant reçu un Prix Nobel en 2002, constate que des
macromolécules peuvent être séparées en mélangeant l’échantillon avec une solution
contenant de la poudre métallique ultrafine et du glycérol [8]. Il réussit à ioniser la molécule
de lysozyme d’une taille de 14 300 Daltons. Durant la même période, Michael Karas et
Franz Hillenkamp réussissent à ioniser l’albumine possédant une taille de 66 600 Daltons [9].
Les différentes recherches menées pas les équipes de K. Tanaka et Karas/Hillenkampf ont
permis de mettre au point la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF utile dans
l’analyse des biomolécules.
1
À partir de ce point, les mots soulignés sont cités dans le lexique.
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
1.2
La spectrométrie de masse MALDI-TOF
1.2.1 Principe
Le spectromètre de masse MALDI-TOF est un spectromètre utilisant une source d’ionisation
laser assistée par une matrice (MALDI = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation) et un
analyseur à temps de vol (TOF = Time-Of-Flight) [10]. La séparation des molécules par cette
technique est plus douce qu’avec les autres méthodes. Elle permet d’ioniser des molécules
de grande taille, peu volatiles et sensibles à la chaleur sans les dégrader [13]. La méthode
MALDI-TOF s’applique aux biomolécules plus fragiles comme les peptides, les protéines, les
glycoprotéines et les oligonucléotides [1].
L’échantillon est mélangé à la matrice et placé sur une lame. Le dépôt (ou spot) formé est
appelé cible. Une source laser est dirigée sur la cible afin d’ioniser les molécules de
l’échantillon. Les ions sont ensuite détectés en mesurant le temps que mettent les différentes
particules à atteindre le détecteur. La vitesse de chaque particule dépend du rapport
masse/charge. Les molécules plus grandes mettront plus de temps à atteindre le détecteur,
tandis que les molécules plus petites arriveront plus vite. Une fois l’ion arrivé au détecteur, le
signal est amplifié et envoyé à un ordinateur qui traite les données et donne les résultats
sous forme de spectre [9].
1.2.2 La matrice
La matrice est constituée de molécules cristallisées dont les plus utilisées sont l’acide 2,5
dihydroxybenzoïque (DHB), l’acide sinapinique et l’acide α-cyano-4-hydroxycinnamique
(CHCA). Ces molécules sont ajoutées à un solvant (acétonitrile, éthanol ou acide
trifluoroacétique) [10]. Le DHB convient pour l’analyse des échantillons organiques
hydrophobes ou des polymères aromatiques, tandis que l’acide sinapinique et l’acide αcyano-4-hydroxycinnamique sont destinés pour l’analyse des protéines [6].
Un solvant composé d’eau et d’acétonitrile est ajouté à la matrice [6] afin de permettre aux
substances de l’échantillon de se dissoudre dans le mélange : les substances hydrophobes
de l’échantillon auront une affinité pour l’acétonitrile et les substances hydrophiles auront une
affinité pour l’eau [10].
Après avoir mélangé la matrice à l’échantillon, le spot est séché à l’air. Le solvant va ainsi
s’évaporer et il ne restera plus que la matrice cristallisée et l’analyte à l’intérieur [10].
Les composants de la matrice doivent avoir plusieurs caractéristiques :
 ils doivent pouvoir se mélanger avec les solvants organiques et l’eau [10]
 ils doivent être assez grands afin de ne pas s’évaporer lors de la préparation de
l’échantillon ou lorsque celui-ci est introduit dans le spectromètre [10], [5]
 ils doivent être assez petits afin d’avoir une bonne volatilité et se vaporiser sous
l’action du rayon laser [5]
 ils doivent être acides afin de transmettre des protons à l’analyte et ainsi l’ioniser [10],
[5]
 ils doivent pouvoir absorber fortement et rapidement les rayons ultra-violets du laser
[10]
1.2.3 Désorption-Ionisation
Un laser UV (337 nm de longueur d’onde) d’azote (N2) est pulsé en direction de la cible. La
matrice ayant une grande réactivité pour l’absorption de la lumière UV absorbe l’énergie du
laser protégeant ainsi les molécules protéiniques de la dégradation. L’énergie du laser
produit deux phénomènes : tout d’abord, la matrice se vaporise libérant les peptides
(désorption), ensuite, elle transfert ses protons à l’analyte qui s’ionise [5].
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Figure 1: Principe d'ionisation par la technique MALDI.
L’analyte (en vert) est cristallisé dans la matrice (en violet).
Les ions peuvent être chargés positivement ou négativement selon leur nature. Les
protéines et peptides ont des groupements accepteurs de protons et sont ionisé
positivement. Les oligonucléotides et les saccharides ont des groupements qui perdent un
proton et sont ionisés négativement [1].
Peptides :
R-NH2 + H+ → R-NH3+ (ionisation positive)
Saccharides :
Acides carboxyliques
Fonction alcoolique
R-CO2H → R-CO2R-OH → R-O-
(ionisation négative)
(ionisation négative)
1.2.4 La spectrométrie à temps de vol (TOF)
La spectrométrie à temps de vol est une technique séparant les substances ionisées en
fonction de leur charge et de leur poids moléculaire. La séparation se fait entre une anode et
une cathode dirigeant ainsi les molécules ionisées vers l’électrode portant la charge inverse
des ions à analyser [5]. Les ions passent ensuite à travers un champ électrique de force
connue accélérant leur progression [9]. Le spectromètre mesure le temps que mettent les
différents ions à atteindre le détecteur. Les grosses molécules mettent plus de temps à
atteindre le détecteur que les petites molécules. Elles sont ainsi séparées en fonction de
leur rapport masse/charge [5].
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Figure 2: Technique Time of flight (TOF)
Le détecteur envoie ensuite les informations enregistrées à l’analyseur qui va traiter les
données et les présenter sous forme de spectre.
1.2.5 Le spectre
Les données enregistrées sont calculées afin de transposer les résultats dans un spectre où
chaque pic correspond à un type de molécule. L’axe des ordonnées représente l’intensité
relative du signal et l’axe des abscisses indique la taille de la molécule en Daltons.
L’appareil intègre les différents pics enregistrés et recherche dans la base de données
l’identification du germe correspondant.
Figure 3: Spectre MALDI-TOF
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
2
Objectif de l’étude
En janvier 2011, le laboratoire de microbiologie a fait l’acquisition d’un spectromètre de
masse, le Vitek MS, utilisant la méthode MALDI-TOF. La spectrométrie de masse est une
toute nouvelle technologie en microbiologie pouvant offrir un gain de temps dans
l’identification des germes pathologiques en routine.
L’objectif de cette étude est de tester différents germes sur le Vitek MS en comparant les
résultats obtenus avec les résultats des méthodes d’identification de références du
laboratoire, notamment l’automate Vitek 2 et les galeries d’identification.
L’analyse des résultats du Vitek MS a pour but de mettre en évidence les points forts et les
points faibles de l’appareil et d’énumérer les avantages et les inconvénients de cette
technologie dans le diagnostic microbiologique.
3
3.1
Matériel et méthode
Vitek MS
3.1.1 Présentation de l‘instrument
Figure 4: Vitek MS
Figure 5 : Fonctionnement du Vitek MS
Face avant, avec la porte (1) qui
permet de charger les échantillons
et des diodes (2), témoins du
fonctionnement de l’appareil.
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
3.1.2 Matériel
Pipettes (0.1-3 µl) et embouts (0.1-10 µl)
Anses jetables de 1µl
Lames DS 48 puits (cibles)
ECAL: Escherichia coli ATCC 8739 pour la calibration
Acide formique 25%
Matrice : CHCA (Acide α-cyano-4-hydroxycinnamique)
Isolats à tester
Pour ce travail, 1022 souches ont été testées sur le Vitek MS. Les souches utilisées
proviennent soit de la souchothèque, soit d’échantillons de la routine. Les souches de la
souchothèque ont été analysées par moi-même, tandis que les souches de la routine ont été
traitées par les techniciennes en analyses biomédicales du laboratoire de microbiologie qui
m’ont ensuite transmis leurs résultats.
Sur l’ensemble des résultats de l’étude, j’ai testé 250 souches provenant de la souchothèque
et récolté 772 résultats de la routine.
Voici une répartition représentant la proportion des différents groupes de germes utilisés :
Plus de la moitié des souches testées concernent des bactéries que l’on rencontre le plus
souvent en routine, c'est-à-dire les entérobactéries, les staphylocoques, les anaérobies et les
streptocoques. Ces germes sont suivis par les non-fermentatifs, constitués par la plupart de
Pseudomonas sp, les Entérocoques et les levures. Les germes difficiles sont composés de
bactéries à culture lente et requérant des milieux de culture spéciaux. Ils sont constitués
majoritairement par des Legionella et des Pasteurella.
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Les « b+ aérobies » sont constitués principalement par des Bacillus, des Lactobacillus et des
Listeria monocytogenes. Les « autres c+ » sont composés par des coques Gram positif,
catalase négative (Aerococcus urinae et Leuconostoc lactis).
3.1.3 Mode opératoire
Calibration
La calibration se fait à l’aide d’une
souche d’Escherichia coli ATCC 8739.
Cette
souche
est
stockée
au
congélateur à une température de 80°C. Une subculture S1 est effectuée
sur gélose au sang et conservée au
frigo durant quatre semaines. La
souche calibrante est obtenue en
repiquant la souche S1 sur gélose au
sang. Celle-ci est repiquée tous les
jours afin d’avoir une souche fraîche
pour la calibration. Une fois par
semaine, la souche calibrante est
repiquée à partir de la souche S1
conservée au frigo.
Après quatre semaines, la souche S1 est repiquée sur gélose au sang pour obtenir la
souche S2, conservée également à son tour au frigo pendant quatre semaines et repiquée 1
fois par semaine pour la souche calibrante.
On procède ainsi de suite jusqu’à la souche S7, après laquelle, on repart à partir de la
souche stockée au congélateur.
En pratique, on a constaté qu’il n’y a pas besoin de changer la souche du frigo tous les mois.
Ainsi, la souche congelée est repiquée seulement s’il y a des problèmes de calibration (on
ne s’arrête pas à la souche S7).
Le dépôt de la souche calibrante se fait sur la lame DS, sur un puits prévu à cet effet. Le
puits est légèrement plus petit que les autres et est situé au milieu de chaque série de 16
échantillons (cf. Figure 7). Le calibrateur est lu avant et après chaque série et le résultat doit
être bon pour pouvoir valider les résultats des échantillons. Si le MS n’arrive pas à intégrer
les pics et à identifier la souche calibrante, il n’analyse pas les échantillons.
3.1.4 Traitement des échantillons :
Les souches provenant de la souchothèque sont traités de la manière suivante :
Les différentes souches sont recherchées dans la souchothèque du laboratoire à
l’aide du logiciel « Access 2002 ».
Les souches choisies sont décongelées et isolées sur une gélose adéquate, puis
incubées pendant 24 heures à l’étuve.
Le 2ème jour, les germes sont testés sur le Vitek MS.
Remarque : Les bactéries testées sur le MS doivent être si possible fraîches. Il est
déconseillé d’utiliser des souches incubées plus de 72 heures car les pics seront décalés
(shift) et les résultats peuvent être faussés. Les conditions de culture ont une influence
sur l’expression des protéines et peuvent ainsi altérer les résultats du MS [2].
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
3.1.5 Préparation des échantillons :
La préparation des échantillons se fait à partir de la Prep Station (Figure 6). C’est un module
constitué d’un ordinateur et d’un scanner optique servant à introduire les différentes données
des échantillons (NLAB, bactérie, levure) et leur emplacement sur la lame. La Prep Station
est reliée au programme Myla qui intègre et gère les résultats du Vitek MS et du Vitek 2
avant leur transfert au SIL (système informatique du laboratoire).
Figure 6: Prep Station
À l’aide d’une anse calibrée de 1 µl, prélever une colonie à tester et la déposer sur les
puits cibles. Tester l’échantillon à double.
Sur les 2 dépôts, ajouter 1µl de matrice CHCA.
Pour les levures et certaines bactéries pour lesquelles une extraction des protéines
est nécessaire (Strepto. pneumoniae), déposer l’échantillon et traiter avec 0.5 µl
d’acide formique. Laisser sécher, puis ajouter 1µl de matrice.
Pour la calibration, faire un dépôt avec la souche E. coli 8739 dans le puits prévu à
cet effet, puis déposer 1µl de matrice.
Indiquer les emplacements de chaque échantillons sur la lame en spécifiant s’il s’agit
de bactéries ou de levures car les spectres d’acquisition sont séparés dans deux
bases de données différentes.
Une fois la lame terminée, transférer les données de la Prep Station vers le Vitek MS,
placer la lame (Figure 7) sur le porte-lame (Figure 8), l’introduire dans le Vitek MS et
lancer l’analyse.
Figure 7: Lame DS
Figure 8 : Porte-lames
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Pour les champignons et les mycobactéries, il faut réaliser une étape d’inactivation avant de
faire le dépôt de l’échantillon sur la lame DS afin d’éviter que les spores ne se disséminent
dans l’instrument :
Travailler sous la hotte.
Préparer un microtube de 2 ml pour chaque échantillon contenant 50 µl de TFA
(Trifluoroacetic acid).
Prélever une quantité suffisante de culture de germes et l’introduire dans le tube
contenant le TFA. Il faut prélever assez de matériel pour qu’il soit visible au fond du
tube à l’œil nu.
Mélanger en vortexant le tube durant quelques secondes.
Laisser incuber sous la hotte pendant 30 minutes.
Diluer la suspension à 1/10 en ajoutant 450 µl d’eau déminéralisée dans le microtube.
Vortexer quelques secondes.
Déposer 1 µl de suspension sur le puits.
Bien laisser sécher, puis déposer 1 µl de matrice.
Tester la lame immédiatement.
Schéma : Préparation de l’échantillon
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
3.1.6 Lecture et interprétation des résultats
Une fois l’analyse terminée le MS affiche les résultats dans le programme « Myla » et
indique le pourcentage d’identification. Les résultats sont classés par famille dans des
tableaux Excel (cf. Annexe 1 : Résultats des souches testées) afin de déterminer le
pourcentage d’identification pour les différents germes.
Les souches provenant de la routine, sont testées sur le MS en parallèle avec une méthode
de référence afin de pouvoir confirmer l’identification. En cas de discordance, une troisième
méthode est utilisée pour confirmer le résultat (galeries de tests biochimiques, optochine,
séquençage, Gram, etc.).
Les souches de la souchothèque n’ont pas besoin d’être testées parallèlement avec une 2ème
méthode car elles ont déjà été identifiées au préalable. Seuls les germes présentant des
résultats discordants sont gardés afin de procéder à une confirmation avec une troisième
méthode.
3.2
Vitek 2
3.2.1 Principe
Le Vitek 2 permet d’effectuer de manière automatisée des identifications et des
antibiogrammes à l’aide de cartes contenant des cupules avec différents réactifs ou des
doses précises d’antibiotiques. Pour ce travail, seulement des identifications ont été
réalisées : la procédure des antibiogrammes ne sera donc pas décrite.
Les cartes d’identification sont constituées de cupules étanches contenant différents réactifs
nécessaires pour les tests biochimiques. Une suspension bactérienne de Mac Farland 0.550.65 est effectuée dans un tube en plastique qui est placé sur un portoir spécial. Une paille
accolée à la carte est introduite dans le tube. L’appareil prend ensuite en charge toutes les
dilutions nécessaires, l’aspiration de la suspension dans chaque cupule et l’incubation de la
carte. Le module analytique procède à des lectures toutes les 15 minutes en mesurant le
trouble ou le changement de couleur présent dans chaque cupule. Il donne ensuite une
identification du germe en fonction des profils biochimiques trouvés.
3.2.2 Matériel
Tubes en plastiques
Module de préparation de l’échantillon comprenant :
o Un portoir pour poser les tubes et les cartes
o Un lecteur de code barre pour lire les numéros d’échantillon et les cartes
o Un ordinateur récoltant les informations nécessaires (numéro de
l’échantillon, numéro de la carte, positions sur le portoir…)
o Un densitomètre
Module d’analyse de l’échantillon Vitek 2
Figure 9 : Carte Vitek 2
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
15
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
B
A
Figure 10: Module de préparation de l'inoculum (A) et module analytique (B) du Vitek 2
Le module analytique est relié à un ordinateur permettant d’accéder aux résultats et de les
imprimer.
Les cartes à dispositions sont les suivantes et sont choisies selon le germe à identifier :
Cartes Vitek 2
Germes
GN
Bacilles Gram négatif
GP
Cocci Gram positif
YST
Levures
ANC
Anaérobies
Corynébactéries
3.2.3 Mode opératoire
À partir d’une culture fraîche, prélever à l’aide d’un écouvillon stérile quelques
colonies bien isolées et les dissoudre dans 3 ml d’eau déminéralisée en effectuant un
Mac Farland de 0.55-0.65
Vérifier la pureté de la suspension bactérienne en ensemençant une plaque de
pureté
Placer le tube sur le portoir et introduire la paille de la carte correspondante dans le
tube
Placer le portoir dans le module analytique
3.2.4 Lecture et interprétation
L’analyse dure entre 4 et 10 heures et le programme imprime les résultats obtenus lorsque
l’analyse est terminée. Sur la feuille de résultat, apparaissent le nom du germe identifié ainsi
que le pourcentage de l’identification. S’il y a le message « Low Discrimination », cela
signifie que l’automate hésite entre plusieurs identifications et il faut procéder à des tests
complémentaires afin de choisir le germe adéquat.
3.3
Galeries de tests biochimiques
3.3.1 Principe
Les galeries de tests biochimiques sont utilisées pour étudier les différents caractères
biochimiques des bactéries et ainsi permettre de les identifier à l’aide d’une base de
données. Chaque galerie permet l’identification du genre et de l’espèce d’un certain nombre
de germes indiqués dans la notice d’utilisation.
Les galeries de tests biochimiques sont constituées de microtubes ou de cupules contenant
des substrats réactionnels. En incubant une suspension bactérienne avec les différents
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
16
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
substrats, il se crée un changement de couleur spontané ou révélé à l’aide d’un révélateur.
Chaque galerie a sa méthode d’inoculation et son temps d’incubation.
3.3.2 Matériel
Composition d’un kit :
Galeries de tests biochimiques (microtubes ou cupules) emballées individuellement
avec un déshydratant
Boîtes d’incubation et couvercles
Notice du kit contenant le protocole et les résultats du test
Ampoules contenant un milieu spécial (facultatif)
Figure 11 : Galerie à microtubes (API 20 A)
Figure 12: Galerie à cupules (API ID 32 STAPH)
Matériel non fourni :
Densitomètre
NaCl 0.85% 3 ml
Pipettes en verre
Pipettes calibrées et embouts
Pipettes automatiques et embouts ATB
Galeries de tests biochimiques disponibles au laboratoire :
Plusieurs galeries ont été utilisées pour confirmer l’identification d’une souche testée au
Vitek MS suite à une discordance. Les galeries de tests biochimiques sont choisies selon les
différents groupes auxquels le germe appartient. Voici un tableau des différentes galeries de
tests biochimiques mises à disposition pour ce travail et les groupes de germes pouvant être
identifiés :
Galeries
Germes
Rapid ID 32 E
Entérobactéries
ID 32 E
Entérobactéries
Rapid ID 32 STREP
Streptocoques
ID 32 STAPH
Staphylocoques
ID 32 C
Levures
Rapid ID 32 A
Anaérobies
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La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Galeries
API Coryne
API NH
API 20 NE
Germes
Corynébactéries
Neisseria
Haemophilus
Bacilles Gram négatif
Non-fermentatifs
API 20 E
Entérobactéries
API 20 A
Anaérobies
API 20 STREP
Streptocoques
3.3.3 Mode opératoire
Chaque galerie a un mode opératoire différent. Il faut respecter le protocole pour la
préparation de l’inoculum et le remplissage des galeries de tests biochimiques selon le
tableau « Tableau des galeries de tests biochimiques » (cf. Annexe 2).
3.3.4 Lecture et interprétation
Après incubation, les résultats sont lus à l’aide de la notice fournie avec le kit.
Lire les réactions spontanées en les indiquant comme positives (+) ou négatives (-)
selon le changement de couleur indiqué dans la notice.
Ajouter 1 goutte des réactifs demandés dans les microtubes et lire les résultats en
respectant le temps d’incubation.
Rem : certains microtubes sont bifonctionnels et peuvent permettre la réalisation de 2
réactions dans le même tube en lisant le résultat avant et après adjonction du réactif
demandé.
Une fois les résultats notés, les introduire dans le logiciel Api Web après avoir choisi
la galerie correspondante et ensuite, imprimer le rapport avec l’identification du
germe.
Api Web est un lien internet qui met à disposition la banque de données des
différentes bactéries. Ce service de Biomérieux permet l’identification des
microorganismes testés. Après avoir introduit les résultats obtenus avec les galeries
de tests biochimiques, le logiciel donne l’identification correspondante.
Remarque : parfois le logiciel hésite entre plusieurs identifications. Il faut procéder à des
tests complémentaires afin de déterminer la bonne espèce.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
18
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
4
Analyse des résultats
4.1 Résultats
Ce tableau reprend les résultats obtenus pour la totalité des souches testées sur le Vitek
MS. Les différentes bactéries ont été classées par groupes dans différents tableaux (cf.
Annexe 1: Résultats des souches testées). Pour chaque espèce, le pourcentage
d’identification correcte a été calculé afin de pouvoir comparer les résultats entre les
différentes espèces.
Les discordances au genre représentent des erreurs du MS pour lesquels les identifications
sont mauvaises pour le genre. Ce sont des discordances majeures car le MS a donné un
résultat complètement différent.
Les discordances à l’espèce correspondent aux erreurs d’identification à l’espèce
uniquement. Ces erreurs représentent des discordances mineures car le MS a donné une
identification correcte au genre, mais incorrecte à l’espèce.
La colonne « aucun résultat » représente les cas pour lesquels le Vitek MS n’a pas donné de
résultat. Ces cas peuvent être dues à différentes raisons : mauvaise qualité du spot,
insuffisance du nombre de pics d’intégration, échec de calibration ou absence de l’espèce
dans la base de données du Vitek MS (microorganismes en rouge dans la colonne
« Catégorie »).
Catégorie
Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
126
0
0
2
100
100
1.6
43
7
1
44
8
9
4
3
2
3
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
4.5
0
0
0
0
0
0
0
0
68
0
2
1
100
97
1.5
5
2
1
34
23
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
0
0
0
0
0
0
1
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
100
0
0
0
0
0
0
100
Staphylocoques
S.aureus
S.capitis
S.caprae
S.epidermidis
S.haemolyticus
S.hominis
S.lugdunensis
S.saprophyticus
S.schleiferi
S.simulans
S.warneri
S.xylosus
Entérocoques
E.avium
E.casseliflavus
E.durans
E.faecalis
E.faecium
E.gallinarum
Enterococcus sp
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19
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
110
0
3
9
100
97
8.2
2
23
1
13
9
6
3
2
2
2
10
3
21
23
8
5
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
1
0
2
0
5
1
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
89
83
100
100
50
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
17
0
0
50
0
20
0
24
4.3
0
0
4
0
1
0
100
75
0
3
1
0
0
0
1
0
0
100
100
100
0
100
100
23
0
0
0
100
100
0
9
1
1
5
4
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
Gardnerella vaginalis
17
0
1
0
100
94
0
Corynebactéries
41
3
9
6
93
78
15
2
6
1
1
1
7
15
1
2
1
4
0
0
0
0
1
0
1
0
0
1
0
0
6
0
0
0
0
0
0
0
0
3
0
0
0
1
0
3
1
0
0
0
1
100
100
100
100
0
100
93
100
100
0
100
100
0
100
100
100
100
100
100
100
100
25
0
0
0
100
0
43
6.7
0
0
0
25
Catégorie
Streptocoques
Abiotrophia defectiva
S.agalactiae
S.alactolyticus
S.anginosus
S.constellatus
S.dysgalactiae
S.gallolyticus
S.gordonii
S.infantarius
S.intermedius
S.mitis/oralis
S.parasanguinis
S.pneumoniae
2
S.pneumoniae traîtés
S.pyogenes
S.salivarius
Autres c+ aérobies
Aerococcus urinae
Leuconostoc lactis
Neisseria/Branhamella
B. catarrhalis
M. non-liquefaciens
Moraxella sp
N. gonorrhoeae
N. meningitidis
Neisseria sp
N. zoodegmatis
Arcano. haemolyticum
C.amycolatum
C.diphteriae
C.glucoserum
C.glucuronolyticum
C.jeikeium
C.pseudodiphteriticum
C.striatum
C.urealyticum
Turicella otidis
Corynebacterium sp
2
Streptococcus pneumoniae traités à l’acide formique (ne sont pas comptabilisés dans le nombre de souches totales).
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
20
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Catégorie
Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
20
1
2
1
95
90
5
4
1
7
5
1
1
1
0
0
0
0
0
1
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
100
100
100
100
100
0
100
50
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
100
0
0
226
6
25
4
97
89
1.8
2
4
4
2
1
4
18
1
87
3
11
26
1
5
1
14
1
1
2
12
4
1
1
1
8
1
1
3
2
1
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
3
2
0
0
0
1
0
0
1
0
0
14
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
4
1
1
0
0
1
1
0
0
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
91
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
100
100
100
50
100
100
50
100
100
22
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
50
0
0
0
100
100
0
0
100
100
100
100
50
0
25
50
0
0
0
0
0
0
0
3.8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Autres b+ aérobies
Bacillus sp
Erysipel. rhusiopathiae
Lactobacillus sp
Listeria monocytogenes
Nocardia sp
Rhodococcus equi
Rothia dentocariosa
Entérobactéries
Citrobacter braakii
Citrobacter freundii
Citrobacter koseri
Citrobacter youngae
Edwardsiella tarda
Enterobacter aerogenes
Enterobacter cloacae
Enterobacter sakazakii
Escherichia coli
Hafnia alvei
Klebsiella oxytoca
Klebsiella pneumoniae
Kluyvera ascorbata
Morganella morganii
Plantoa agglomerans
Proteus mirabilis
Proteus penneri
Proteus stuartii
Proteus vulgaris
Salmonella sp
Salmonella enteritidis
Salmonella typhi
Salmonella typhimorium
Serratia liquefaciens
Serratia marcescens
Serratia odorifera
Shewanella putrefaciens
Shigella sp
Shigella sonnei
Vibrio parahaemolyticum
Yers. pseudotuberculosis
Yokenella regensburgei
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
21
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
46
0
1
0
100
98
0
P.aeruginosa
P.fluorescens
P.oryzihabitans
P.pseudoalcaligenes
P.putida
Pseudomonas sp
40
1
2
1
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
-
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
0
100
100
100
100
0
-
0
0
0
0
0
0
Autres non-fermentatifs
Acinetobacter johnsonii
Acinetobacter baumanii
Acinetobacter lwoffii
Acinete. radioresistens
Acinetobacter sp
Alcaligenes faecalis
Bordetella bronchiseptica
Burkholderia cepacia
Rhizobium radiobacter
Steno.maltophilia
22
0
8
1
100
64
4.5
1
2
1
1
2
1
2
8
1
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
8
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
100
100
0
0
0
0
50
0
0
0
0
0
Germes difficiles
39
0
1
11
100
97
28
Bergeyella zoohelcum
Capnocytophaga sp
Cardiobacter hominis
Eikenella corrodens
Kingella denitrificans
Legionella sp
Legionella anisa
Legionella pneumophila
Legionella taurinensis
Pasteurella bettyae
Pasteurella multocida
1
1
1
2
2
6
2
12
2
1
9
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
6
2
0
2
1
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
89
0
0
0
0
0
100
100
0
100
100
0
Haemophilus
49
0
2
2
100
94
4
3
31
2
13
0
0
0
0
1
0
0
1
0
2
0
0
100
100
100
100
67
100
100
92
0
6.5
0
0
20
0
1
0
100
95
0
6
1
13
0
0
0
1
0
0
0
0
0
100
100
100
83
100
100
0
0
0
Catégorie
Pseudomonas
Aggr.aphrophilus
H.influenzae
H. parahaemolyticus
H.parainfluenzae
Campylobacter
C.coli
C.fetus
C.jejuni
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
22
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
122
1
2
13
99
98
10.6
Actinomyces sp
Bacteroides fragilis
Bact. thetaiotaomicron
Bacteroides vulgatus
Bifidobacterium sp
Clostridium difficile
Clostridium perfringens
Clostridium ramosum
Clostridium sordelii
Clostridium sp
Eggerthella lenta
Finegoldia magna
Fusobacter. mortiferum
Fusobact. necrophorum
Fusobact. nucleatum
Parabacter. distanosis
Parvimonas micra
Peptino.asaccharolyticus
Peptostreptococcus sp
Porphyro.asaccharolytica
Prevotella bivia
Prevotella denticola
Prevo.melaninogenica
Propionibacterium acnes
Propionibacterium sp
Staph.saccharolyticus
Veillonella sp
8
21
5
1
1
2
6
2
1
1
7
6
1
6
7
1
6
2
2
1
6
1
1
13
6
6
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
-
8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
1
0
0
0
0
1
0
0
0
1
0
0
1
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
83
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
86
100
100
100
100
100
100
0
100
100
-
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
0
14.3
0
0
0
0
100
0
0
0
7.7
0
0
50
Levures
65
1
0
0
98
100
0
Candida albicans
Candida dubliniensis
Candida glabrata
Candida kefyr
Candida krusei
Candida lusitaniae
Candida parapsilosis
Candida pelliculosa
Candida tropicalis
Candida sp
Crypto.neoformans
Geotrichum capitatum
Rhodo.mucilaginosa
Saccharo.cerevisae
16
1
16
1
2
1
12
1
8
1
1
1
2
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Catégorie
Germes anaérobies
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
23
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Total
souches
Discord. au
genre
Discord. à
l'espèce
Aucun
résultat
% d’id.
correctes
au genre
% d’id.
correctes
à l'espèce
% d’id.
sans
résultat
16
0
0
6
100
100
38
3
4
3
1
4
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
4
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
33
100
100
0
Mycobactéries
8
0
4
1
100
50
13
TOTAL SOUCHES
1022
12
61
57
99
94
5.6
Catégorie
Champignons
Aspergillus flavus
Aspergillus fumigatus
Apergillus niger
Aspergillus terreus
Aspergillus versicolor
Trichosporon mucoides
4.2
Interprétation : points forts et points faibles
4.2.1 Cocci Gram positif
De manière générale, le MS donne une bonne identification des cocci Gram positif, avec
néanmoins des résultats moins satisfaisants pour les pneumocoques.
Il est excellent dans l’identification au genre et à l’espèce des Staphylocoques et des
Entérocoques. Les seules erreurs pour les Staphylocoques concernent l’espèce S.
epidermidis (42/44)3. Pour ce qui concerne les Entérocoques, les erreurs d’identification se
portent sur l’Enterococcus gallinarum (0/2) pour lequel il ne donne pas de bonne
identification à l’espèce.
Concernant les cocci Gram positif, catalase négative, le MS est bon pour l’identification des
Aerococcus urinae (3/3).
En ce qui concerne les Streptocoques, il est très bon pour l’identification des S. agalactiae
(23/23) et S. pyogenes (8/8), un peu moins pour les S. dysgalactiae (4/6). Les autres
Streptocoques sont également bien identifiés même si parfois le MS ne donne pas de
résultat pour les S. mitis/oralis (8/10).
Le point faible du Vitek MS en ce qui concerne les cocci Gram positif sont les
pneumocoques. Parfois, il ne donne pas de résultats (16/21). On a pu constater que ces
erreurs sont dues à l’étalement de la cible : si la colonie est difficile à prélever ou trop
muqueuse, le Vitek MS ne donne aucun résultat. Une étude complémentaire sur les
pneumocoques a été effectuée. 23 souches de la souchothèque ont été reprises et traitées
avec de l’acide formique 25%, avant de rajouter la matrice. Les pneumocoques ont donc été
traités comme des levures. Les résultats se sont avérés très satisfaisants avec seulement
4% d’identifications ne donnant pas de résultat, au lieu de 24% sans traitement. Il est donc
conseillé de traiter les pneumocoques avec l’acide formique pour obtenir de meilleures
identifications.
4.2.2 Cocci Gram négatif et Haemophilus
L’identification des Neisseria et des Branhamella est excellente. La réussite d’identification
au genre et à l’espèce est de 100% (23/23).
Les Haemophilus sont également bien identifiés avec le MS. Dans 2 cas sur 31, il ne donne
pas de résultat pour l’Haemophilus influenzae et n’arrive pas à identifier l’Haemophilus
parainfluenzae à l’espèce dans 1 cas sur 13. Mais dans l’ensemble, les résultats sont très
satisfaisants.
3
Entre parenthèses : score des bonnes identifications au genre et à l’espèce (nbre d’identifications
correctes/nbre de souches testées).
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
24
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
4.2.3 Germes difficiles
Les germes difficiles sont bien identifiés par le MS. Les bactéries du groupe HACEK 4 testées
(Capnocytophaga, Eikenella et Kingella) ont été bien identifiées. Les souches de
Cardiobacter hominis et Bergeyella zoohelcum ont également été correctement identifiées.
Le nombre de souches testées est cependant insuffisant pour s’exprimer sur les
performances du MS concernant ces germes.
La Pasteurella multocida est également bien identifiée (8/9).
Par contre, si le MS identifie très bien les Legionella pneumophila (12/12), il n’en est pas de
même pour les autres Légionelles (L. anisa et L. taurinensis). Le Vitek MS ne possède pas
ces dernières espèces dans sa base de données, ce qui rend l’identification impossible.
4.2.4 Bacilles Gram positif aérobies
Le MS identifie bien les Bacillus au genre, mais pas à l’espèce. Le point positif est que le
Vitek MS peut différencier les différents groupes de Bacillus, notamment le Brevibacillus.
Une souche d’Erysipelothrix rhusiopathiae a été testée et l’identification est correcte pour le
genre et l’espèce.
Les Corynébactéries sont bien identifiées au genre (93%), un peu moins à l’espèce (78%).
Certaines espèces ne donnent pas de résultats car elles ne sont pas dans la base de
données comme C. glucoserum, C. glucurolonyticum et Turicella otidis. Le MS ne différencie
pas le C. amycolatum du C. xerosis et n’identifie que la moitié des C. jeikeium (4/7). Par
contre, l’identification du C. pseudodiphteriticum (13/15) et C. striatum (2/2) sont très
satisfaisantes.
Les Nocardia autres que N. asteroïdes et Rhodococcus equi ne peuvent pas être identifiés
par le MS car la base de données ne contient pas ces espèces.
Un point fort et utile pour la routine, est l’excellente identification des Lactobacillus (7/7) et
des Gardnerella vaginalis (16/17). La seule mauvaise identification pour les Gardnerella
vaginalis comporte une discrimination entre Gardnerella vaginalis et Bifidobacterium sp.
4.2.5 Entérobactéries
Les entérobactéries sont bien identifiées par le MS de manière générale.
Parmi les Citrobacter, c’est le C. freundii qui est le mieux identifié à l’espèce (4/4), suivi par
le C. koseri (3/4). Les Citrobacter braakii et C. youngae sont mal identifiés par le MS. Pour
ce genre d’entérobactéries, on peut dire que le Vitek 2 est plus performant.
En ce qui concerne les Enterobacter, le MS ne différencie pas l’E. asburiae de l’E. cloacae
(4/18). Le Vitek 2 identifie mieux ce genre de bactéries que le MS.
Par contre, le MS identifie mieux les Klebsiella que le Vitek 2. Il différencie très bien les K.
pneumoniae des K. oxytoca. L’identification des Klebsiella présente parfois quelques
problèmes. Parfois, elles sont difficiles à prélever et à obtenir un dépôt homogène. Dans ce
cas, le Vitek MS ne donne aucun résultat.
L’identification des E. coli, des Morganella morganii et des Proteus est très bonne.
Les salmonelles sont bien identifiées au genre, mais pour l’identification à l’espèce, il faut
recourir à la sérologie (recherche des antigènes O, H et, Vi).
Le point négatif le plus problématique est l’identification des Shigella. Le MS fausse
complètement le diagnostic : à la place de Shigella, il donne le résultat Escherichia coli. Il ne
faut donc pas utiliser le MS en cas de suspicion de Shigella.
4
Bactéries responsables d’endocardites sur valves lésées ou prothétiques. Le groupe HACEK est constitué des
germes suivants : Haemophilus spp, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Capnocytophaga spp,
Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens, Kingella kingae.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
25
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
4.2.6 Campylobacter
Les résultats sont très bons en ce qui concerne les Campylobacter. L’identification est fiable
pour le genre et l’espèce (19/20) que ce soit pour le C. coli ou le C. jejuni.
4.2.7 Non-fermentatifs
Les non-fermentatifs sont bien identifiés au genre et à l’espèce. Les erreurs d’identification
sont peu nombreuses et ne concernent que quelques espèces précises.
Par exemple, il identifie très bien les Pseudomonas (44/46), les Stenotrophomonas
maltophilia (3/3) et les Acinetobacter (6/7).
Par contre, il ne différencie pas les différentes espèces de Burkholderia et n’identifie pas
bien le Pseudomonas putida à l’espèce.
4.2.8 Germes anaérobies
De manière générale, les résultats d’identification des germes anaérobies sont satisfaisants.
Le MS est excellent pour l’identification au genre et à l’espèce des Bacteroides (27/27), des
Clostridium (12/12) et Parvimonas micra (6/6) où les résultats sont meilleurs que le Vitek 2. Il
identifie également très bien les Eggerthella lenta (7/7), Finegoldia magna (6/6) et
Propionibacterium (18/19).
Les Prevotella sont bien identifiés (7/8). Il reconnaît également moins bien les
Fusobacterium (10/14) et ne reconnaît pas les Actinomyces car ils ne sont pas présents
dans la base de données.
4.2.9 Levures
Les identifications des levures sont excellentes au genre et à l’espèce (64/65). Le Vitek MS
donne de meilleurs résultats que le Vitek 2 (52/65).
4.2.10 Champignons
Les résultats obtenus ne sont pas très bons (63%). Le MS identifie bien l’Aspergillus flavus,
l’A. fumigatus, et le Trichosporon mucoides.
Par contre, il identifie moyennement bien les Aspergillus niger (2/3) et mal les Aspergillus
terreus (0/1) et A. versicolor (0/4).
4.2.11 Mycobactéries
Les résultats sont mauvais pour les mycobactéries car la base de données du MS reste
limitée. L’appareil n’a identifié correctement que l’espèce M. fortuitum (3/3) car elle figure
dans la base de données. Les autres espèces n’y figurant pas (M. goodii et M. gordonae)
n’ont pas pu être correctement identifiées.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
26
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
5
5.1
Discussion
Améliorations de l’identification des germes en routine
5.1.1 Staphylocoques
En routine, il est important de distinguer les Staphylocoques aureus des autres
Staphylocoques. Le laboratoire utilise plusieurs tests pour différencier ces deux groupes : la
DNase et le Slidex Staph Plus.
La fiabilité du Vitek MS en ce qui concerne l’identification des Staphylocoques, permet de ne
plus effectuer de DNase et ainsi gagner 24 heures dans le diagnostic. Il peut également être
utile en cas de Slidex Staph Plus douteux, pour confirmer ou infirmer le résultat.
De plus, le Vitek MS permet d’obtenir rapidement l’identification à l’espèce de tous les
Staphylocoques non-aureus. Ce dernier point est très utile pour l’identification des
Staphylocoques non-aureus responsables d’infections nosocomiales dues à des corps
étrangers (prothèses osseuses, valves cardiaques, cathéters…) ou à des infections urinaires
(Staphylococcus saprophyticus).
On peut dire que le Vitek MS est un atout majeur dans l’identification des Staphylocoques.
Sa rapidité d’analyse permet de prendre les dispositions nécessaires (antibiogramme,
recherche de MRSA…) de manière plus fiable et rapide, utile surtout pour l’identification des
germes dans les hémocultures positives.
5.1.2 Lactobacillus
Avant d’avoir le MS, cette bactérie ne pouvait pas être identifiée autrement que par le Gram
et la résistance à la vancomycine. L’identification des Lactobacillus est utile lorsque le germe
est présent dans les hémocultures. Avec le MS, on peut avoir une identification du genre et
de l’espèce sans envoyer la souche pour le séquençage.
5.1.3 Gardnerella vaginalis
Ce germe ne peut être identifié que par sa morphologie au Gram. Le Vitek MS permet une
identification plus fiable, surtout pour les prélèvements autre que vaginaux, comme le
sperme par exemple.
5.1.4 Levures
Auparavant, les levures étaient repiquées sur CAN2 (milieu chromogène) afin de distinguer
les différentes espèces de Candida. Leur croissance peut prendre entre 48 et 72 heures
(Candida glabrata). De plus, pour les Candida autres que C. albicans, on effectuait
également une identification au Vitek 2, ce qui prend 24 heures supplémentaires au
diagnostic.
L’identification des levures par le MS est très bonne. La différenciation des différentes
espèces de Candida permet d’avoir des résultats fiables en peu de temps sans devoir
repiquer les germes sur CAN2.
5.1.5 Urotubes
Les urotubes permettent de différencier les germes urinaires par plusieurs moyens : ils sont
sélectifs grâce aux milieux de culture CLED et Mac Conkey, et différentiels de part la couleur
que prennent les colonies sur les différents milieux. Les urotubes aident à l’identification des
germes urinaires, mais nécessitent des tests supplémentaires pour leur identification (Vitek
2, repiquage sur un milieu de culture).
Le Vitek MS permet une identification rapide des germes sans devoir attendre le lendemain.
Par exemple, pour l’identification du Staphylococcus saprophyticus, il fallait lancer une carte
au Vitek 2 et le résultat était obtenu le lendemain matin. Avec le Vitek MS, l’identification se
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
27
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
fait le jour même. De même pour les Entérobactéries, l’identification des Escherichia coli ne
nécessitent plus la confirmation de l’aspect morphologique sur Mac Conkey et le spot indole,
ce qui permet de gagner 24 heures.
5.1.6 Entérocoques
Avant le MS, l’identification des Entérocoques dans l’urine ne se faisait qu’au genre car cela
suffisait pour effectuer l’antibiogramme. Avec le MS, l’identification systématique à l’espèce
est utile en cas de septicémie pour savoir si le germe retrouvé dans l’urine est le même que
celui retrouvé dans le sang.
5.1.7 Contaminations
Le Vitek MS permet également d’identifier des bactéries dont on a un doute sur leur
pathogénécité. Le Vitek MS permet d’identifier les éventuelles contaminations d’un
prélèvement et ainsi ne pas continuer les recherches inutilement (économie de cartes Vitek 2
ou galeries de tests biochimiques).
5.1.8 Peudomonas aeruginosa
Le Vitek MS est très bon pour l’identification des Pseudomonas. Il permet ainsi d’éliminer
l’utilisation de la gélose PAID pour le Pseudomonas aeruginosa.
Il est également pratique dans la différenciation des Pseudomonas des autres nonfermentatifs, oxydase positive (Schewanella, Agrobacterium, Alcaligenes). Cette
différenciation est nécessaire pour l’antibiogramme : l’antibiogramme des Pseudomonas se
fait sur le Vitek 2, alors que pour les autres non-fermentatifs, l’antibiogramme se fait
manuellement avec la méthode de Kirby-Bauer.
5.1.9 Campylobacter
Les Campylobacter sont des bactéries à croissance lente (48 heures). Leur identification se
fait à l’aide du Gram, du test de l’hippurate et de la résistance à l’acide nalidixique. Le
Campylobacter jejuni ne peut être identifié qu’après avoir effectué un Gram et le test à
l’hippurate (positif) qui prend 4 heures. Pour les Campylobacter coli, il faut confirmer
l’identification par un disque d’acide nalidixique (sensible). Si le germe est résistant, on
l’envoie à Zürich pour l’identification à l’espèce.
Le Vitek MS permet non seulement une identification rapide des Campylobacter, mais il évite
d’envoyer les souches à Zürich pour le séquençage.
5.2
Lacunes du Vitek MS
5.2.1 Shigella
Non seulement le MS n’identifie pas les Shigella au genre, mais en plus, il donne comme
résultat Escherichia coli. Les résultats du MS faussent complètement le diagnostic. D’ailleurs
ce problème est bien connu par le fournisseur et la remarque suivante apparaît dans le
logiciel Myla lorsqu’un E. coli est identifié :
Attention!: Escherichia coli identifié, possibilité de Shigella spp ou Escherichia coli O157.
Les Shigella sont des entérobactéries extrêmement proches des E. coli [3] et peuvent parfois
être confondues avec les tests biochimiques en cas de présence d’E. coli immobiles (indole
négatif et ne fermentant pas le lactose en 24 heures).
Les ressemblances génotypiques des Shigella et des E. coli expliquent la confusion du MS à
les distinguer. Par contre, dans le diagnostic microbiologique, il est très important de ne pas
les confondre et de ne pas passer à côté d’une Shigella de part son pouvoir de
pathogénécité. L’utilisation du MS est donc déconseillée en cas de suspicion de Shigella.
Dans ce cas, il faut recourir aux méthodes d’identification habituelles.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
28
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
5.2.2 Champignons
Le MS ne convient pas pour l’identification des champignons. La principale difficulté réside
dans la formation du dépôt. Les champignons sont très friables et secs, il est difficile
d’obtenir un dépôt homogène et les filaments mycéliens ne se mélangent pas facilement
avec la matrice. On a constaté qu’on obtient de meilleurs résultats si on n’effectue pas
l’étape d’inactivation et qu’on traite les champignons avec de l’acide formique à 25% avant
de laisser sécher le dépôt et d’ajouter la matrice.
5.2.3 Mycobactéries
Le MS n’identifie bien que M. fortuitum. Les autres espèces sont mal différenciées ou
incorrectement identifiées, car elles sont absentes de la base de données. Le séquençage
reste la meilleure méthode d’identification des Mycobactéries.
5.3
Avantages et inconvénients du MS
Avantages :
Rapidité de l’identification
Le Vitek MS est la technique d’identification la plus rapide. Alors qu’il faut entre 4 et 8
heures pour les identifications sur le Vitek 2 et entre 4 et 18 heures sur les galeries de
tests biochimiques, avec le Vitek MS, une demi-heure suffit pour lire une lame contenant
24 échantillons.
Simplicité de l’analyse
La préparation de l’échantillon est simple à réaliser. Contrairement au Vitek 2 ou aux
galeries, il n’y a pas besoin de faire de suspension du germe à analyser ou de plaque de
pureté.
Petit volume d’échantillon nécessaire
Il faut très peu de matériel pour effectuer le dépôt. En général, une colonie bien isolée
suffit, parfois plusieurs si elles sont très petites. Avec le Vitek 2 ou les galeries, il faut
assez de colonies pour effectuer un Mac Farland de 0.5, voire plus pour certains germes
ayant du mal à pousser (cf. Annexe 2).
Coûts
Voici trois tableaux représentant approximativement les coûts pour une analyse
effectuée sur le Vitek MS, le Vitek 2 et avec les galeries d’identification.
N.B : Les prix des automates et des maintenances n’ont pas été pris en considération pour
l’évaluation du coût de l’analyse.
Vitek MS
Désignation du
matériel
Lame DS
Embouts 0.1-10 µl
Anses 1 µl
Matrice CHCA
Acide formique 25%
Prix en
CHF
Unités
14.40
98.20
125.80
98.30
98.30
48 puits
960
1000
2.5 ml
2.5 ml
Unité/analyse
Prix/analyse
Bactéries
Levures
Bactéries
Levures
2
2
2
2 µl
-
2
4
2
2 µl
1 µl
0.60
0.20
0.25
0.08
-
0.60
0.40
0.25
0.08
0.04
Total
1.15
1.35
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
29
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Vitek 2
Désignation du
matériel
Prix en CHF
Cartes Vitek 2
Plaque de pureté
179.50
26.30
Unités
Unité/analyse
Prix/analyse
20
20
1
1
9.00
1.30
Total
10.30
Galeries d’identification
Désignation du matériel
Galerie
NaCl 0.85% (3 ml)
Plaque de pureté
Prix/analyse en CHF
7.00 (Entérobactéries) à 12.50 (Corynébactéries)
1.20
1.30
Total
9.50 à 15.00
Les analyses sur le Vitek 2 ou les galeries nécessitent du matériel (cartes, galeries) et des
réactifs (révélateurs pour les tests biochimiques en galeries qui n’ont pas été pris en
considération dans les calculs). On peut constater que les analyses sur le Vitek MS
requièrent peu de réactif et du matériel moins cher. De plus, ces tableaux montrent qu’une
analyse du MS coûte presque dis fois moins cher qu’une analyse au Vitek 2 ou avec les
galeries.
Inconvénients :
Ne convient pas pour certaines espèces qui ne sont pas dans la base de données du Vitek
MS, notamment les Actinomyces et les Legionella autre que pneumophila.
En revanche, la liste de la base de données est exhaustive est peut être mise à jour afin
d’élargir le panel des espèces pouvant être identifiées par le MS.
Hémocultures :
Dans les bouteilles d’hémoculture, il y a du charbon. Lorsqu’on a des petites colonies, le
Vitek MS ne donne aucun résultat. Il semblerait que le charbon interfère avec l’analyse. Le
Vitek MS ne convient donc pas pour les hémocultures lorsque les colonies sont très petites.
Il est préférable d’utiliser dans ce cas le Vitek 2.
Urotubes :
Il est important de noter que certaines bactéries sur urotube sont difficiles à prélever,
notamment les entérobactéries, et que par conséquent, l’étalement des colonies sur la lame
est mauvais rendant l’identification difficile.
Germes difficiles à prélevés ou trop muqueux :
Les bactéries trop muqueuses (Klebsiella, pneumocoques) ou difficiles à prélevées
(Haemophilus parainfluenzae) ne sont pas bien identifiées par le MS. Ce problème n’est pas
dû à l’appareil, mais à la qualité de l’étalement. L’échantillon doit être bien étalé sur le puits
et mélangé à la matrice de façon homogène. Si ce n’est pas le cas, le MS ne peut pas
identifier le germe. La qualité de l’étalement est un point important à respecter pour
l’identification correcte des germes.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
30
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
6
Conclusion
Malgré certains points faibles du MS (Shigella, bactéries granuleuses ou muqueuses), la
spectrométrie de masse MALDI-TOF est une technique donnant des résultats fiables et dans
un délai plus court que les méthodes habituelles (Vitek 2 et galeries). Les avantages du Vitek
MS sont la rapidité d’identification, le peu d’échantillon nécessaire et le faible coût de
l’analyse.
L’acquisition du Vitek MS a modifié le processus analytique du laboratoire. Auparavant, les
identifications et les antibiogrammes étaient lancés en même temps dans la matinée et on
attendait le lendemain pour avoir les résultats et lancer éventuellement les analyses
complémentaires. Avec le MS, comme les identifications sont obtenues le jour même, il faut
accorder du temps l’après-midi pour gérer les résultats et effectuer les tests
complémentaires.
En conclusion, cet étude montre que la spectrométrie de masse MALDI-TOF a une grande
utilité dans le diagnostic microbiologique.
Conclusion personnelle
Ce travail m’a permis tout d’abord de connaître une toute nouvelle technologie en
microbiologie qu’est la spectrométrie de masse MALDI-TOF.
J’ai également eu l’occasion de travailler avec un grand nombre d’espèces de bactéries
différentes et de mettre en pratique plusieurs méthodes d’identification. Les bactéries qui
m’étaient inconnues, m’ont permis d’apprendre à faire des recherches de façon autonome
afin de pouvoir étudier leurs caractéristiques biochimiques et les identifier.
Perspectives
Il serait intéressant de mettre en place un protocole utile à l’identification des germes
directement à partir de bouteilles d’hémocultures positives. En effet, il serait possible
d’obtenir des bouteilles d’hémoculture exemptes de charbon afin d’avoir des identifications
avec le Vitek MS sans interférences. Ceci permettrait de gagner du temps dans le
diagnostic.
Une autre perspective serait également de mettre à jour la base de données afin d’élargir le
nombre de germes pouvant être identifiés par le Vitek MS et de poursuivre les tests avec les
nouveaux microorganismes rajoutés.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
31
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
7
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Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
32
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
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Figure 3 : Logiciel Myla
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Figures 6, 7 et 8 : Biomérieux. Vitek MS Workflow. In Société luxembourgeoise de biologie clinique
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Figure 9: Yunycom : Medical Equipment and Diagnostic Materials. (2008). Yunycom : Medical
Equipment and Diagnostic Materials [Page Web]. Accès :
http://www.yunycom.rs/program/img/test_kit.jpg (page consultée le 23 août 2011)
Figure 10 : Les laboratoires Bioxa [Page Web]. Accès : http://unibioreims.pagespersoorange.fr/Images/Vitek 2.jpg (page consultée le 23 août 2011)
Figure 11 : Philippon, A.,Oghina, G & Prots, L. Campus de Microbiologie médicale [Page Web].
Accès : http://www.microbes-edu.org/diagnostics/db31/api20A-a.jpg (page consultée le 12 mars 2012)
Figure 12 : , A.,Oghina, G & Prots, L. Campus de Microbiologie médicale [Page Web]. Accès :
http://www.microbe-edu.org/professionel/diag/imgsapro/apisapro.jpg (page consultée le 12 mars)
Table des illustrations :
Figure 1: Principe d'ionisation par la technique MALDI. ......................................................... 8
Figure 2: Technique Time of flight (TOF) ............................................................................... 9
Figure 3: Spectre MALDI-TOF ............................................................................................... 9
Figure 4: Vitek MS ................................................................................................................10
Figure 5 : Fonctionnement du Vitek MS ................................................................................10
Figure 6: Prep Station...........................................................................................................13
Figure 7: Lame DS ...............................................................................................................13
Figure 8 : Porte-lames ..........................................................................................................13
Figure 9 : Carte Vitek 2.........................................................................................................15
Figure 10: Module de préparation de l'inoculum (A) et module analytique (B) du Vitek 2 ......16
Figure 11 : Galerie à microtubes (API 20 A) .........................................................................17
Figure 12: Galerie à cupules (API ID 32 STAPH) .................................................................17
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
33
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
8
Lexique
Anode :
Électrode vers laquelle se dirige les anions (ions négatifs).
Biomolécule :
Molécule entrant dans les processus métaboliques des organismes
vivants (glucides, lipides, protéines et acides nucléiques).
Cathode :
Électrode vers laquelle se dirigent les cations (ions positifs).
Dalton (Da):
Unité de masse des atomes utilisé en biochimie pour mesurer la masse
des molécules. Un Dalton correspond à la masse d’un atome
d’hydrogène. Á titre d’exemple, un acide aminé représente 110 Da, tandis
qu’un nucléotide (base d’ADN+désoxyribose+phosphate) est égal à 330
Da.
Désorption :
Rupture des liaisons ioniques entre les molécules et le substrat, ce qui
libère les molécules du substrat.
Électrode :
Dispositif conduisant le courant électrique ou ionique.
Ion :
Molécule chargée électriquement, soit positivement après avoir perdu un
électron (cation), soit négativement en gagnant un électron (anion).
Ionisation :
Transformation
électriquement.
Isotope :
Groupes d’atomes correspondant au même élément chimique, mais ayant
des masses atomiques différentes. Les isotopes d’un élément possèdent
dans leur noyau un nombre de neutrons différent.
Matrice:
En biologie, la matrice est une matière englobant des éléments plus
spécifiques. Dans notre cas, la matrice est un réactif utilisé pour
« englober » les molécules fragiles d’intérêt afin d’éviter leur dégradation
sous l’action du laser durant l’analyse.
d’une
molécule
neutre
en
molécule
chargée
Oligonucléotide : Segment court d’un brin d’ADN ou ARN.
Organique :
Molécule composée d’atomes de carbone et qui entre dans les processus
du monde du vivant.
Peptide :
Molécule composée d’au moins deux acides aminés liés par une liaison
peptidique. À partir de dix acides aminés, la molécule forme un
polypeptide.
Polymère aromatique : Composé chimique formé par plusieurs monomères de forme
cyclique (ex : polystyrène).
Protéine :
Molécule formée par de très longues chaînes d’acides aminés. Les
protéines sont des constituants essentiels des organismes vivants.
Saccharide :
Synonyme de sucre.
Spectre:
Graphique sur lequel sont classés les différents ions d’une molécule selon
leur masse et leur charge.
Volatile [16]:
Qui a la capacité de se vaporiser.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
34
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
9
Remerciements
Je souhaite remercier tout d’abord le Dr. Gérard Praz, médecin chef du laboratoire de
bactériologie, qui m’a permis de réaliser ce travail au sein du laboratoire de bactériologie de
l’ICHV à Sion.
Je remercie également toute l’équipe du laboratoire de bactériologie pour leur disponibilité,
leur patience, leurs conseils et pour avoir contribué à la partie pratique de cette étude.
Je remercie tout particulièrement Mme Lysiane Tissières Lovey, laborantine cheffe du
laboratoire de bactériologie et mentor de mon travail de diplôme, pour m’avoir accordé son
temps et ses précieux conseils tout au long de mon travail théorique et pratique.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
35
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
10 Annexes
10.1 Annexe 1: Résultats des souches testées
Les différents germes testés ont été classés par catégories dans plusieurs tableaux. Dans
chaque tableau, figurent le nombre de souches testées, le numéro NLAB pour la traçabilité
des échantillons, le résultat du Vitek MS avec le pourcentage d’identification, le résultat de la
deuxième méthode utilisée ainsi que la méthode utilisée entre parenthèses et l’identification
rendue au final. La colonne « Confirmation » indique le résultat d’une éventuelle troisième
méthode utilisée en cas de discordance entre le Vitek MS et la deuxième méthode.
Pour les germes provenant de la souchothèque, une deuxième méthode a été effectuée
uniquement pour les résultats présentant une discordance. Pour les souches provenant de la
routine, signalées en gras, la deuxième méthode d’identification a été effectuée en parallèle
avec l’analyse du Vitek MS afin de pouvoir comparer les résultats rendus par celui-ci.
On peut constater en regardant les tableaux des Staphylocoques et des Entérocoques que
certains résultats ont été rendu à l’espèce sans avoir effectué de tests approfondis. Par
exemple, il a été rendu Enterococcus faecium en ayant uniquement un test de PYR positif. Il
est important de préciser qu’il n’a pas été possible d’effectuer des analyses sur le Vitek MS
pour la totalité des ces bactéries et que les identifications rendues sont fiables car ils
correspondent aux résultats rendus par la technicienne en analyse biomédicale en routine.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
36
10.1.1 Staphylocoques
N°
1
NLAB
Vitek MS
%
2ème
méthode
S.aureus
87.7
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
21103-19299
S.aureus
2
5
6
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(Vitek2)
99
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(Vitek2)
99
Staphylococcus
aureus
S.aureus
(Vitek2)
99
21103-24015
21103-25164
S.aureus
8
21103-36667
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
21103-33000
10
21103-33814
11
21104-03926
12
13
14
15
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
21104-23915
S.aureus
99.9
S.aureus
(Vitek2)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
21104-22819
21104-23140
21104-23516
Staphylococcus
aureus
99.9
S.aureus
9
99.8
S.aureus
NLAB
Identification
Staphylococcus
aureus
21103-25185
21103-21477
Confirmation
S.aureus
(slidex+)
21103-27348
7
%
99.6
S.aureus
4
93.2
21103-19450
S.aureus
3
N°
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
Vitek MS
%
2ème
méthode
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99.9
St.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99.9
St.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99.9
St.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99
St.aureus
(Vitek2)
100
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99
St.aureus
(Vitek2)
95
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99
St.aureus
(Vitek2)
95
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99.9
St.aureus
(Vitek2)
99
Staphylococcus
aureus
St. aureus
99.9
St.aureus
(slidex+)
Sta. aureus
99.9
Sta.aureus
(Vitek2)
Sta.aureus
77.7
Sta.aureus
(slidex+)
21104-22325
21104-22817
21104-20276
Confirmation
Identification
21103-30884
21103-35257
21103-34427
21104-06664
21104-06522
21104-05895
21104-04317
Staphylococcus
aureus
21103-41161
100
Staphylococcus
aureus
21103-02723
21103-16125
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
37
Staphylococcus
aureus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
2ème
Vitek MS
%
%
Confirmation
NLAB
méthode
N°
29
30
21103-20483
Sta.aureus
98
Sta.aureus
(slidex+)
Sta.aureus
99
Sta.aureus
(Vitek2)
21103-20745
St.aureus
31
21104-25580
Sta.aureus
32
39
21005-12046
40
21105-14596
42
43
Staphylococcus
aureus
Staph. aureus
Staph. aureus
99.9
Staph. aureus
99.9
Staph. aureus
98.3
Staph. aureus
21006-10775
Staph. aureus
41
Staph. aureus
21007-04980
Staph. aureus
38
Staphylococcus
aureus
21010-31331
Staph. aureus
37
99.9
99.9
Staph. aureus
Staphylococcus
aureus
Staphylococcus
aureus
Staphylococcus
aureus
Staphylococcus
aureus
Staphylococcus
aureus
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
S.aureus
99.9
S.aureus
(slidex+)
Staphylococcus
aureus
21105-27192
21105-21206
Staphylococcus
aureus
Sta.aureus
(slidex+)
21101-08517
Staph. aureus
36
88.2
99
Staphylococcus
aureus
21102-01075
Staph. aureus
35
99.9
21106-16011
N°
NLAB
Staphylococcus
aureus
Sta.aureus
(slidex+)
21103-02607
Staph. aureus
34
99.9
21105-01971
Staph. aureus
33
99.9
Identification
44
45
46
47
48
49
50
51
52
2ème
méthode
%
Sta.capitis
96.7
Sta.capitis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
capitis
Sta.capitis
99.6
Staphylococcus
capitis (Vitek2)
99
Staphylococcus
capitis
Sta.capitis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.capitis
99.9
Sta.capitis
(Vitek2)
Staphylococcus
capitis
99.9
Staphylococcus
capitis
Staphylococcus
capitis
Sta.capitis
99.9
Sta.capitis
Sta.caprae
(Vitek2)
Staphylococcus
capitis
Sta.capitis
99.9
Sta.capitis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
capitis
Sta.caprae
99.9
Sta.caprae
(Vitek2)
99
Staphylococcus
caprae
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
S.epidermidis
72.8
Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
S.epidermidis
99.9
Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
S.epidermidis
63.9
Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
S.epidermidis
95.9
Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta. coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.2
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
21103-32175
21105-00344
21104-35262
21103-01417
21105-34326
21105-04648
21105-35638
21105-26396
21103-19347
54
21103-19730
55
21103-20793
56
21103-19300
57
21104-25127
21103-18102
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
21103-25973
53
58
Vitek MS
38
Confirmation
Identification
Staphylococcus
capitis
98
99
Staphylococcus
capitis
Staphylococcus
epidermidis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
2ème
Vitek MS
%
%
Confirmation
NLAB
méthode
N°
99.9
98
21103-19833
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
94.4
99
21103-19972
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
98.4
99
21103-25973
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
Pas de résultat
99
21103-22717
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
Pas de résultat
98
21103-25311
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
Sta.epidermidis
59
Sta.epidermidis
60
Sta.epidermidis
61
62
63
66.2
Sta.coag.neg
(slidex-)
97.1
99
21103-27727
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99.9
99
66
21104-15189
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
67
21104-25023
68
21104-19033
Sta.epidermidis
64
21103-27896
Sta.epidermidis
65
Sta.epidermidis
69
71
21104-20276
72
73
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
21104-19401
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
21104-22012
70
Identification
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
epidermidis
S.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.epidermidis
95.7
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
epidermidis
21103-34672
21103-36174
Staphylococcus
epidermidis
N°
74
75
76
77
78
79
80
NLAB
87
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
95
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
100
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
epidermidis
Sta.epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
Sta.epidermidis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.epidermidis
99.9
Staphylococcus
epidermidis
(Vitek2)
21104-35441
21104-30846
21105-37394
21105-26391
21105-20060
21105-11040
21105-03698
22105-05781
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Sta.epidermidis
21104-17755
21105-38801
86
%
21104-35266
82
85
2ème
méthode
21105-02088
21105-32723
84
%
21104-12031
81
83
Vitek MS
39
Confirmation
Identification
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
93
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
98
Staphylococcus
epidermidis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
2ème
Vitek MS
%
%
Confirmation
NLAB
méthode
N°
Sta.epidermidis
88
21105-02401
99.9
98
21105-39683
Staph.
epidermis
(Vitek2)
99.9
99
21105-03382
Staph.
epidermis
(Vitek2)
21105-03675
Sta.epidermidis
91
92
93
94
20909-02453
20908-04900
21101-30921
95
21106-14920
96
21103-21477
Staphylococcus
epidermis
99.9
Staphylococcus
epidermis
98
99
Staphylococcus
epidermidis
Staphylococcus
epidermidis
Vitek MS
%
2ème
méthode
Sta.haemolyticus
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
98
Staphylococcus
hominis
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
88
Staphylococcus
hominis
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
98
Staphylococcus
hominis
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
98
Staphylococcus
hominis
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
94
Staphylococcus
hominis
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
95
Staphylococcus
hominis
Staphylococcus
hominis
99.9
Staphylococcus
hominis
Staphylococcus
hominis
99.9
Staphylococcus
saprophyticus
98
Sta.hominis
99.9
Sta.hominis
(Vitek2)
93
Staphylococcus
hominis
Sta.lugdunensis
99.9
Sta.lugdunensis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
lugdunensis
Sta.lugdunensis
99.9
Sta.lugdunensis
(Vitek2)
99
Staphylococcus
lugdunensis
Sta.lugdunensis
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.lugdunensis
99.9
Sta.lugdunensis
(Vitek2)
S.saprophyticus
99.9
S.saprophyticus
(Novo: R)
103 21106-06379
104 21103-14493
105 21103-25310
106 21104-04400
99.9
Staphylococcus
epidermis
Staphylococcus
epidermis
99.9
Staphylococcus
epidermis
Staphylococcus
epidermis
Sta. epidermidis
99.9
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
Staphylococcus
epidermis
110 21103-12048
Sta.haemolyticus
99.7
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
haemolyticus
111 21012-06407
68.4
Sta.coag.neg
(Novo: S)
Staphylococcus
haemolyticus
Sta.haemolyticus
99.9
Staph.
haemolyticus
(Vitek2)
Sta.haemolyticus
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
haemolyticus
Sta.haemolyticus
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
haemolyticus
Staphylococcus
haemolyticus
Staphylococcus
haemolyticus
107 21104-21714
108 21105-01016
Staphylococcus
epidermis
21104-16225
21105-00552
101 21101-29296
Staphylococcus
epidermidis
NLAB
Staphylococcus
epidermis
21103-35066
100 21104-35470
Staphylococcus
epidermidis
N°
Staphylococcus
epidermis
Sta.haemolyticus
97
95
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.epidermidis
90
Staph.
epidermidis
(Vitek2)
98.5
Sta.epidermidis
89
99.9
Identification
Staphylococcus
haemolyticus
99.9
109 21105-02076
99
95
Staphylococcus
haemolyticus
112 21105-03617
113 21104-03781
114 21104-00465
115 21104-22363
116 21105-27022
Sta.haemolyticus
102 21105-20060
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
haemolyticus
117 21103-17872
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
40
%
Confirmation
Identification
Staphylococcus
haemolyticus
Staphylococcus
hominis
Staphylococcus
hominis (Vitek2)
Staphylococcus
hominis
Staphylococcus
lugdunensis
99
Staphylococcus
lugdunensis
Staphylococcus
saprophyticus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
2ème
Vitek MS
%
%
Confirmation
NLAB
méthode
N°
Sta.saprophyticus
99.9
Staph.
saprophyticus
(Novo: R)
Staphylococcus
saprophyticus
Sta.saprophytucus
99.9
Staph.
saprophyticus
(Novo: R)
Staphylococcus
saprophytucus
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Staphylococcus
schleiferi
99
Staph. schleiferi
(Vitek2)
93
Staphylococcus
schleiferi
99.9
Sta.simulans
(Vitek2)
94
Staphylococcus
simulans
Sta.simulans
99.9
Sta.coag.neg
(slidex-)
Sta.simulans
99.9
Sta.simulans
(Vitek2)
98
Staphylococcus
simulans
Sta.warneri
99.9
St. warneri
St.lugdunensis
(Vitek2)
50
50
Staphylococcus
warneri
Staphylococcus
xylosus
99.9
Staphylococcus
xylosus
118 21103-08993
119 21103-26758
Sta.schleiferi
120 21104-25383
Staph. schleiferi
121 21103-13209
Sta.simulans
122 21105-00307
123 21106-01220
124 21106-06220
125 21103-02930
126 21101-27100
Identification
Staphylococcus
simulans
Staphylococcus
xylosus
N°
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Ent.avium
99.9
Ent.avium
(Vitek2)
99
Enterococcus
casseliflavus
99.9
Enterococcus
casseliflavus
Enterococcus
casseliflavus
Enterococcus
casseliflavus
99.9
Enterococcus
casseliflavus
Enterococcus
casseliflavus
Enterococcus
durans
99.9
Enterococcus
durans
Enterococcus
durans
Ent.faecalis
90.2
Ent.faecalis
(Vitek2)
99
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99
Ent.faecalis
(Vitek2)
99
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
92.5
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.8
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
96.5
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
21105-32013
20902-08335
20809-27226
21012-02892
21103-09162
21103-10394
21103-19481
21103-12285
21103-20335
21103-28659
10.1.2 Entérocoques
N°
1
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
Ent.avium
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
21103-32682
3
4
99.9
Ent.avium
(Vitek2)
En.avium
99
Ent.avium
(Vitek2)
Enterococcus
avium
97.1
Enterococcus
avium
21104-23810
Identification
15
21103-28771
Enterococcus
avium
86
Enterococcus
avium
99
Enterococcus
avium
17
21104-11944
21101-12332
Confirmation
16
Ent.avium
2
%
Enterococcus
avium
21103-29398
21103-31949
18
21103-31772
19
21103-34435
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
41
Confirmation
Identification
Enterococcus
avium
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
20
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
21104-15933
Ent.faecalis
21
21104-16292
Ent.faecalis
22
21104-19453
28
21105-03925
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
36
37
38
39
40
41
21101-25338
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
21104-34076
99.9
21106-01351
99.9
21106-02182
21105-39657
99.9
Ent.faecalis
(Vitek2)
99
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
46
47
48
49
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Ent.faecalis
(Vitek2)
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Ent.faecalis
99.9
Ent.faecalis
(Vitek2)
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecalis
Enteroccocus
faecium
99.9
Enteroccocus
faecium
Enterococcus
faecium
E.faecium
99.9
E.gallinarum
(Vitek2)
Ent.faecium
99.7
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
99.7
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
99.5
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
21103-13002
21103-16419
21103-18917
21103-27911
21103-32233
21003-32682
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Enterococcus
faecalis
21106-06040
43
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
21106-05889
Enterococcus
faecalis
45
99.9
21106-08178
Enterococcus sp
(PYR+)
21104-36213
Ent.faecalis
21105-03863
99.9
99.9
2ème méthode
21105-11076
Ent.faecalis
44
%
21105-24570
21106-04829
21104-35700
Vitek MS
21105-36374
42
Ent.faecalis
34
99
35
NLAB
Enterococcus
faecalis
Ent.faecalis
33
Enterococcus
faecalis
N°
Enterococcus sp
(PYR+)
Ent.faecalis
32
Identification
99.9
Ent.faecalis
31
Ent.faecalis
(Vitek2)
Confirmation
Ent.faecalis
Ent.faecalis
30
99.9
21104-22050
27
29
99.9
21104-22130
Ent.faecalis
26
99.9
21104-22325
Ent.faecalis
25
99.9
21104-21952
Ent.faecalis
24
99.9
21104-22325
Ent.faecalis
23
99.9
%
42
%
Confirmation
Identification
Enterococcus
faecalis
99
Enterococcus
faecalis
Enterococcus
faecalis
99
99
E.faecium (Rapid
ID 32 Strep)
Enterococcus
faecium
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
50
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
Ent.faecium
99.9
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
Enterococcus sp
(PYR+)
Enterococcus
faecium
21104-25029
Ent.faecium
51
21104-25025
Ent.faecium
52
54
55
57
58
59
Ent.faecium
Ent.faecium
(Vitek2)
Enterococcus
faecium
99
98.8
Enter.faecium
Enterococcus
faecium
Enter.faecium
99.9
Ent.faecium
(Vitek2)
90
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
99.9
Ent.faecium
(Vitek2)
96
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
99.9
Ent.faecium
(Vitek2)
96
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
(Vitek2)
96
21003-10248
21103-07446
21105-30452
99.9
21105-31077
99.9
E.gallinarum
99
21105-12622
65
66
67
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Ent.faecium
99.9
Ent.faecium
(Vitek2)
96
Enterococcus
faecium
E.gallinarum
L. mesent.
99.9
99.9
Ent.gallinarum
(Vitek2)
98
Enterococcus
gallinarum
Enterococcus
faecium
99.9
64.4
Enterococcus
gallinarum
54
21106-16270
21105-35642
20907-11597
68
Confirmation
Rapid ID 32
STREP
Enterococcus sp
(PYR+)
Pas de résultat
21103-35280
99.9
Enterococcus
faecium
Ent.faecium
(Rapid ID
32STREP)
N°
1
2
3
4
5
Ent.sp (PYR+)
Ent.faecium
(Vitek2)
99.9
Ent.faecium
(Vitek2)
21105-08100
6
97
Enterococcus
faecium
99
Enterococcus
faecium
8
21105-37414
21102-26680
21007-03820
21103-21365
21103-21364
21103-30377
Enterococcus
faecium
7
99.9
NLAB
21103-21849
Enterococcus
faecium
21105-20135
Ent.faecium
64
99.9
21104-31167
Ent.faecium
63
N°
Identification
Enterococcus
gallinarum
Enterococcus sp
10.1.3 Streptocoques
Ent.faecium
62
Enterococcus
faecium
97
Enterococcus
faecium
21104-31733
21105-28584
Identification
Enterococcus sp
(PYR+)
Ent.faecium
61
Ent.faecium
(Vitek2)
Confirmation
Ent.faecium
Ent.faecium
60
99.9
21105-00553
Enter.faecium
56
98.6
21003-30578
Ent.faecium
53
99.9
%
9
21103-27277
21103-28901
21103-33805
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
43
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
Abiotrophia
defectiva
99.9
Abiotrophia
defectiva
Abiotrophia
defectiva
Abiotrophia
defectiva
99.9
Abiotrophia
defectiva
Abiotrophia
defectiva
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.1
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
91.5
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
98.1
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
10
11
12
13
14
15
16
17
NLAB
21104-01105
21104-03926
21104-15282
21105-02416
21103-08812
21103-08778
21103-08782
21103-15566
Vitek MS
%
2ème méthode
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
99.4
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
98.2
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
19
20
21
22
Streptococcus
agalactiae
98.2
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
Identification
99.8
99.7
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
21011-22853
20908-29404
21103-07806
N°
24
25
26
27
29
86.2
Streptococcus
agalactiae
99.9
Streptococcus
agalactiae
99.9
Str.agalactiae
99.9
21105-38912
21105-40499
99.9
%
2ème méthode
Str.agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Str.agalactiae
99.9
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
alactolyticus
99.9
Streptococcus
alactolyticus
Streptococcus
alactolyticus
S.anginosus
99.6
S.anginosus
(Vitek2)
S.anginosus
99.9
Streptococcus
anginosus
21105-01595
S.anginosus +
autres
(Vitek2)
Str. anginosus
62
Streptococcus
anginosus
21103-10033
Str. anginosus
Str. gordonii
Str. sanguis
(Vitek2)
Str.anginosus
99
Str.gordonii
Str.sanguinis
(Vitek2)
Streptococcus
anginosus
Str.anginosus
99.9
Str.anginosus
(Vitek2)
94
Streptococcus
anginosus
Str.anginosus
99.9
Str.anginosus
(Vitek2)
93
Streptococcus
anginosus
Str.anginosus
99.9
Str.anginosus
Str.sanguinis
(Vitek2)
Streptococcus
anginosus
Str.anginosus
77
Str.anginosus
Str. grodonii
(Vitek2)
Streptococcus
anginosus
Strepto. anginosus
97
Strepto.
anginosus
(Vitek2)
Streptococcus
anginosus
99.9
Streptococcus
anginosus
Streptococcus
anginosus
St.anginosus
99.9
Str.anginosus
Str.gordonii
(Vitek2)
Streptococcus
anginosus
21105-19536
21106-15043
21102-22815
21103-15240
30
21103-25071
31
21104-00326
32
Streptococcus
agalactiae
Vitek MS
NLAB
Streptococcus
agalactiae
21103-15320
Str.agalactiae
23
Confirmation
28
Streptococcus
agalactiae
18
%
Strepto. Groupe
B
Streptococcus
agalactiae
Strepto. gr. B
(Agglut gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
Streptococcus
agalactiae
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Streptococcus
agalactiae
33
34
35
36
37
21104-00470
21104-11915
21003-18197
21103-06723
21103-18197
21105-33381
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
44
%
97
97
Confirmation
Identification
Streptococcus
anginosus
Streptococcus
anginosus
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
Vitek MS
St.anginosus
38
21104-21656
43
21104-21639
45
46
48
49
99.9
21104-07719
21104-12034
Str.constellatus
(Vitek2)
51
Str. anginosus
(Poss. Str.
constellatus)
(Agglut gr.C
+RapID 32
STREP)
Strepto.
constellatus
999
Str.constellatus
99.9
21105-35638
99.9
21105-12475
20810-16500
21103-06955
Streptococcus
constellatus
Strepto.
dysgalactiae
911-27322
Strepto.
dysgalactiae/
equisimilis
Pas de résultat
(Vitek2)
98
Str.constellatus
pharyngis
(Vitek2)
85
Str.constellatus
(Vitek2)
86
99.9
Streptococcus
morbillorum
99.7
Strepto. gr. B
(Agglut. Gr. B+)
Str.dysgalactiae
(Vitek2)
21103-24138
95.6
Streptococcus
constellatus
Strepto.
dysgalactiae
61
Strepto.
constellatus (Api
20 Strep)
Streptococcus
constellatus
Strepto.
constellattus
(Api 20 Strept)
Streptococcus
constellatus
Streptococcus
constellatus
Vitek MS
NLAB
21104-25491
55
09-00948
912-26526
56
21010-19728
57
2080418428.2
58
21103-31678
59
21103-23608
60
Rapid ID 32
STREP
Streptococcus
constellatus
Streptococcus
dysgalactiae
Streptococcus
dysgalactiae
61
62
63
64
2ème méthode
99.9
Streptococcus
dysgalactiae ssp
equisimilis
Str. dysgalactiae
ssp equisimilis/ssp
dysgalatiae
99.9
Streptococcus
gr. G
Streptococcus
dysgalactiae ssp
equisimilis/ssp
dysgalatiae
Strepto.
dysgalactiae ssp
dysgalaciae/ ssp
equisimilis
60
Streptococcus
gr. G
Streptococcus
dysgalactiae/
equisimilis
Str.gallolyticus
99.9
Str.gallolyticus
(Vitek2)
99.9
Streptococcus
gallolyticus
Streptococcus
gallolyticus
99.9
Streptococcus
gallolyticus
Streptococcus
gallolyticus
Str. gordonii
99.1
Str. mitis/oralis
(Vitek2)
Streptococcus
gordonii
99.9
Streptococcus
gordonii
Str. dysgalactiae
ssp dys./ssp equi.
Strepto.
gallolyticus ssp
pasteurianus ssp
gallolyticus
Strepto.
gallolyticus ssp
pasteurianus/ ssp
gallolyticus
21103-19691
Identification
Agglut gr. G
RapID 32 STREP
Streptococcus
dysgalactiae ssp
equisimilis
Streptococcus
gallolyticus
96
Connu pour
gordonii
Streptococcus
gordonii
Streptococcus
gordonii
Str. bovis/Str.
infantarius ssp
infantarius/Str.
infantarius ssp
coli=lutetiensis
99.9
Streptococcus
gr. bovis
Str.intermedius
99.9
S.intermedius
S.constellatus
(Vitek2)
Str.intermedius
99.9
Str.intermedius
Str.gordonii
(Vitek2)
Streptococcus
intermedius
Strepto.
mitis/oralis
98.4
Strepto. alphahémol.
Streptococcus
mitis/oralis
21105-29543
45
99
Confirmation
Strepto.
infantarius
(Vitek2)
21103-14784
21104-02059
%
Pas de résultat
21103-19691
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
21104-20282
Streptococcus
constellatus
Streptococcus
dysgalactiae
99
54
Streptococcus
constellatus
97
Pas de résultat
(Vitek2)
52
53
Streptococcus
constellatus
87.3
N°
Streptococcus
anginosus
94
Streptococcus
constellatus
Str.constellatus
97.9
Identification
Str.alphahémolytique
Str.constellatus
(Vitek2)
Strept.
constellatus
Confirmation
Streptococcus
anginosus
Streptococcus
constellatus
99.9
84.3
Pas de résultat
50
Str.anginosus
(Vitek2)
Str.constellatus
Str.anginosus
Str.constellatus
47
99.9
21104-34833
42
44
99.9
%
21104-24556
Str. constellatus
41
99.9
Str.anginosus
Str.gordonii
(Vitek2)
21105-30924
Streptococcus
constellatus
40
2ème méthode
21105-35621
Str.anginosus
39
%
Streptococcus
infantarius
97
97
Streptococcus
infantarius ssp
infantarius
(Vitek2)
Streptococcus
infantarius ssp
infantarius
Str.intermedius
(Rapid ID 32
Strep)
Streptococcus
intermedius
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
65
66
67
68
69
NLAB
Vitek MS
21103-02716
Strepto.
mitis/oralis
%
2ème méthode
71.8
Strepto
mitis/oralis
Streptococcus
mitis/oralis
Pas de résultats
21101-39772
Strepto
mitis/oralis
Streptococcus
mitis/oralis
Pas de résultat
21103-27815
Strepto.
mitis/oralis
(Vitek2)
99
21104-13157
Strepto.
mitis/oralis
Strepto.
mitis/oralis
(Vitek2)
Granulicatella
adjacens
(Vitek2)
93
21104-10349
Strepto.
mitis/oralis
Strepto.
mitis/oralis
70
73
74
75
76
77
99.9
21105-37221
Strepto.
mitis/oralis
(Vitek2)
99.9
21105-18630
Strepto.
mitis/oralis
(Vitek2)
21103-02716
21103-17736
21008-37598
21005-02678
21103-21693
Streptococcus
mitis/oralis
Streptococcus
mitis/oralis
Streptococcus
mitis/oralis
Streptococcus
mitis/oralis
99
82
21007-04972
83
20807-01044
86
20711-21440
Streptococcus
mitis/oralis
87
20711-14070
S.pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
98.1
99
88
20710-30013
99.9
Streptococcus
parasanguinis
Streptococcus
parasanguinis
Streptococcus
parasanguinis
99.9
Streptococcus
parasanguinis
Streptococcus
parasanguinis
99
97
Streptococcus
pneumoniae
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
89
90
91
92
93
94
20706-04719
21104-33987
21104-29303
21104-29337
21104-22058
21104-19204
Cristina Cariello
46
%
Confirmation
Identification
Strepto.
pneumoniae
98.4
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
85.8
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
84.2
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Pas de résultats
Streptococcus
parasanguinis
Travail de diplôme 2011-2012
2ème méthode
20808-29759
Streptococcus
mitis/oralis
99
21104-10478
%
21104-22058
20801-09812
S.parasanguinis
99.9
Vitek MS
21104-12235
85
Streptococcus
parasanguinis
21103-21622
81
84
S.parasanguinis
(Vitek2)
S.pneumoniae
(Vitek2)
80
NLAB
Streptococcus
mitis/oralis
Streptococcus
oralis
Pas de résultat
N°
Pas de résultats
Streptococcus
oralis
S.pneumoniae
79
Identification
99.9
Pas de résultat
78
Confirmation
Pas de résultat
Strepto.
mitis/oralis K.
kristinae
(Vitek2)
99.9
Str.mitis/oralis
72
99.9
21103-35480
Str.mitis/oralis
71
99.9
%
Strepto.
pneumoniae
68.6
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Strepto.
pneumoniae
99.1
Strepto.
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
95
96
97
NLAB
21104-01166
21104-01049
21103-30389
Vitek MS
%
2ème méthode
Streptococcus
pneumoniae
99.9
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Str.pyogenes
98
99.9
99.9
21105-01892
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
S.pneumoniae
(OPT S)
Streptococcus
pneumoniae
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
Strepto.pyogenes
99.9
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
Strepto.pyogenes
99.9
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
Strepto. pyogenes
98.7
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
Streptococcus
pyogenes
99.9
Streptococcus
pyogenes
Streptococcus
pyogenes
Str.pyogenes
99.9
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Streptococcus
pyogenes
101 21103-39876
102 21103-35421
104 21006-02081
Str.pyogenes
99.9
99.9
Str.salivarius
(Vitek2)
99.9
Str.salivarius
(Vitek2)
Strepto. salivarius
Str.salivarius
Str.salivarius
99
Streptococcus
salivarius
97
Streptococcus
salivarius
99.9
Leuconostoc
(Vitek2))
89
Streptococcus
salivarius
99.9
Leuconostoc
(Vitek2)
91
99.9
Streptococcus
salivarius
106 21103-17736
Str.salivarius
107 21104-21328
108 21104-17965
109 21105-08327
110 21102-28953
Streptococcus
pneumoniae
99.9
100 21103-39877
105 21105-35691
Identification
Streptococcus
pyogenes
21105-01697
103 21102-29418
Confirmation
Strepto. gr. A
(Agglut gr. A+)
Str.pyogenes
99
99.9
%
Streptococcus
salivarius ssp
salivarius
Vanco: S
Streptococcus
salivarius
10.1.4 Streptococcus pneumoniae traités
N°
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
Vitek MS
NLAB
21007-04972
20808-29759
20807-01044
20801-09812
20711-21440
20711-14070
20710-30013
20706-04719
21203-04579
21202-41531
21202-38970
21202-35233
21202-30386
Streptococcus
salivarius
14
21202-20746
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
47
%
2ème méthode
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
%
Confirmation
Identification
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
15
16
17
18
19
20
21
22
NLAB
21202-12098
21110-30741
21110-30665
21110-17503
21110-15528
21110-12074
21109-35072
21109-32205
Vitek MS
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
Pas de résultat
23
%
2ème méthode
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
99.9
Streptococcus
pneumoniae
(OPT: S)
Streptococcus
pneumoniae
99.9
99.9
99.9
21109-31914
%
Confirmation
Identification
10.1.6 Neisseria/Branhamella
N°
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Vitek MS
NLAB
21104-16521
21103-21110
21103-36840
21103-34427
21105-37225
21006-10768
20810-25854
20708-30360
20506-09614
10.1.5 Autres coques Gram positif
Nbre
NLAB
1
21103-22722
2
21104-35440
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Aerococcus urinae
99.8
Aerococcus
urinae (Vitek2)
93
99.9
Pas de résultat
(Vitek2)
Aerococcus urinae
99.9
Granulicatella
adjacens
(Vitek2)
Leuconostoc lactis
Leuc.
mesenteroïdes
99.9
Leuconostoc
lactis
Aerococcus urinae
3
4
21106-12586
21012-13672
Confirmation
Identification
Aerococcus
urinae
10
11
21011-12835
21103-17729
Aerococcus
urinae
Aerococcus
urinae (Rapid ID
32 Strep)
12
21008-03092
Aerococcus
urinae
13
21101-15911
Leuconostoc
lactis
14
21007-03488
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
48
%
2ème méthode
%
Branhamella
catarrahalis
99.9
Branhamella
catarrahalis
(Vitek2)
Confirmation
Identification
100
Branhamella
catarrahalis
Branhamella
catarrahalis
99.9
Branhamella
catarrahalis
(API NH)
100
Branhamella
catarrahalis
Branhamella
catarrahalis
99.9
Branhamella
catarrahalis
(API NH)
Branhamella
catarrahalis
Branhamella
catarrahalis
99.9
Branhamella
catarrahalis
(API NH)
Branhamella
catarrahalis
Branhamella
catarrahalis
99.9
Branhamella
catarrahalis
(API NH)
Branhamella
catarrahalis
Branhamella
catarrhalis
99.9
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
99.9
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
99.9
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
99.9
Branhamella
catarrhalis
Branhamella
catarrhalis
Moraxella nonliquefaciens
99.9
Moraxella nonliquefaciens
Moraxella nonliquefaciens
Moraxella
osloensis
93.6
Moraxella sp
Moraxella sp
Neisseria
gonorrhoeae
99.9
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
99.9
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
99.9
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
15
16
17
18
19
20
21
NLAB
21106-15904
20910-33086
21101-35517
21101-35347
21101-35252
21103-02711
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Neisseria
gonorrhoeae
99.9
Neisseria
gonorrhoeae
(API NH)
99
Neisseria
gonorrhoeae
99.9
Neisseria
meningitidis
99.9
Neisseria
meningitidis
99.9
Neisseria
meningitidis
99.9
Neisseria
meningitidis
99.9
Neisseria mucosa
99.9
23
Identification
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
gonorrhoeae
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria
meningitidis
Neisseria sp
Neisseria sp
21104-15835
99.9
Neisseria sp
1
2
NLAB
21011-12295
21103-11266
3
21104-03829
4
21104-05598
6
7
8
9
10
12
Neisseria
zoodegmatis
99.9
Neisseria
zoodegmatis
Neisseria
zoodegmatis
Vitek MS
%
2ème méthode
Gardnarella
vaginalis
99.9
Gardnarella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
13
14
10.1.7 Gardnerella vaginalis
N°
5
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
NLAB
21104-13647
21104-13160
21104-15114
21104-16504
21104-22536
21104-32347
21104-33703
Neisseria sp
21104-22303
20911-14399
N°
11
Neisseria subflava
22
Confirmation
%
Confirmation
21104-35304
21105-12909
21105-30811
Identification
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
15
21105-31861
16
21105-04914
17
21100614394
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
49
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
G.vaginalis
Bifido. sp
99.9
99.4
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
Gardnerella
vaginalis
99.9
Gardnerella
vaginalis (Gram)
Gardnerella
vaginalis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
10.1.8 Corynébactéries
N°
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
NLAB
Souche BM
Souche BM
21103-16303
Vitek MS
%
2ème méthode
Arcano.
haemolyticum
99.9
Arcano.
haemolyticum
Arcanobact.
haemolyticum
99.9
Arcano.
haemolyticum
Arcanobact.
haemolyticum
C. amycolatum
C. xerosis
20911-14393
21102-05026
Coryn.
amycolatum
Coryn. xerosis
21008-24775
Coryn.
amycolatum
Coryn. xerosis
21104-06365
20909-34793
Souche BM
Souche BM
C.amycolatum
C.xerosis
99.9
99.9
99.9
99.9
99.9
99.9
C. xerosis
C. amylocatum
Corynebacterium
diptheriae
99.9
99.9
14
Souche BM
C. amycolatum
(Vitek2)
91
Corynebact.
amycolatum
Corynebact.
amycolatum
Corynebact.
amycolatum
Corynebact.
amycolatum
Corynebact.
amycolatum
C.amycolatum
(Vitek2)
Corynebact.
amycolatum
Corynebact.
amycolatum
89
Corynebact.
amycolatum
C. amylocatum
(Vitek2)
98
Corynebact.
diptheriae
Corynebact.
amylocatum
Corynebact.
diptheriae
Coryne.
glucoserum
Plusieurs résultats
autres (pas dans la
base de données)
Coryne. glucuronolyticum
Corynebact.
glucuronolyticum
Coryne.
jeikeium
Corynebact.
jeikeium
15
16
17
18
19
20
21
Corynebact.
jeikeium
(Vitek2)
Corynebact.
jeikeium
Corynebact.
glucoserum
22
23
24
25
26
99.9
Pas de résultat
21104-07135
Identification
Pas de résultat
(pas dans la base
de données)
Souche BM
13
Confirmation
Vitek MS
%
2ème méthode
Pas de résultats
99.9
Corynebact.
jeikeium
Corynebact.
jeikeium
Corynebact.
jeikeium
Corynebact.
jeikeium
20906-14113
21101-34941
21006-30034
21104-07208
21104-05810
Corynebact.
jeikeium
99.9
Corynebact.
jeikeium
27
92
Corynebact.
jeikeium
21104-26991
21101-31679
21008-09708
21105-26382
Corynebact.
jeikeium
C. jeikeium
99.8
Low discrimin.
Corynebact.
(Vitek2)
Corynebact.
jeikeium
Corynebacterium
peudodipht.
97.3
Corynebact.
peudodipht.
(Vitek2)
99
Corynebact.
pseudodipht.
Corynebacterium
peudodipht.
99.9
Corynebact.
peudodipht.
(Vitek2)
91
Corynebact.
peudodipht.
Corynebacterium
peudodipht.
99.9
Corynebact.
peudodipht.
(Vitek2)
95
Corynebact.
pseudodipht.
Corynebact.
pseudodipht.
(Vitek2)
91
Corynebact.
pseudodipht.
Travail de diplôme 2011-2012
Corynebact.
pseudodipht.
96.4
Corynebact.
pseudodipht.
(Vitek2)
99
Corynebact.
pseudodipht.
Coryne.
pseudodipht.
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
99
Corynebact.
pseudodipht.
Corynebacterium
pseudodiphteriticum
99.9
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Plusieurs résultats
autres
99.9
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Coryne.
pseudodipht.
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
99.9
Low discrimin.
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
Coryne.
pseudodipht.
28
21105-27966
Cristina Cariello
50
Identification
Corynebact.
jeikeium
21103-13129
21103-26742
Confirmation
99.9
21106-01220
21103-05632
%
Corynebacterium
jeikeium
Pas de résultat
Coryne.jeikeium
12
%
NLAB
Pas de résultats
Arcano.
haemolyticum
Coryne
amycolatum
Coryne. xerosis
21106-26885
N°
99
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Corynebact.
pseudodiphteriticum
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
29
30
31
32
33
NLAB
21106-03541
21105-25604
21105-07679
21105-11512
21106-23993
Vitek MS
%
2ème méthode
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
Coryne.
pseudodipht.
35
36
37
38
39
40
41
21105-34045
21106-15690
Souche BM
Souche BM
10.1.9 Autres bacilles Gram positif aérobes
N°
NLAB
99
Corynebact.
pseudodiphteriticum
1
21008-23499
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
99
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Coryne.
pseudodipht.
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
99
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Coryne.
pseudodipht.
99.9
Coryne.
pseudodipht.
(Vitek2)
99
Corynebact.
pseudodipth.
Coryne.
pseudodipht.
C. amycolatum
C. xerosis
99.9
99.9
C.pseudodiph.
C.xerosis
C.amycolatum
Coryne. sp
(Gram)
Corynebact. sp
Coryne. sp
(Vitek2)
Corynebact. sp
Pas de résultat
(Vitek2)
Corynebact. sp
Corynebact. sp
C.xerosis
C.amycolatum
99.9
99.9
Low discrimin.
Corynebact.
(Vitek2)
Coryne.striatum
99.9
Coryne.
striatum
(Vitek2)
Coryne.
urealyticum
99.9
Coryne.
urealyticum
Corynebact.
urealyticum
99.9
Corynebact.
urealyticum
Corynebact.
urealyticum
21105-23044
Souche BM
Identification
99
Coryne.
pseudodipht.
21103-41437
21105-00344
Confirmation
Corynebact.
pseudodiphteriticum
Pas de résultat
34
%
Corynebact.
urealyticum
Plusieurs résultats
autres (pas dans la
base de données)
95
2
3
4
5
6
7
8
Corynebact.
striatum
9
21011-25628
Souche BM
21105-04633
21106-05322
21103-41446
21101-30103
21009-30782
11
21003-13267
21001-15536
Turicella otitidis
13
5
21103-41613
2ème méthode
Bacillus pumilus
99.9
Bacillus
Bacillus pumilus
99.9
Bacillus
Bacillus sp
99.9
Bacillus
Bacillus sp
Brevibacillus5 spp
99.9
Bacillus
Brevibacillus spp
Erysipelothrix
rhusiopathiae
99.9
Erysipelothrix
rhusiopathiae
Erysipelothrix
rhusiopathiae
Lactobacillus
acidophilus
97.9
Lactobacillus sp
(Gram)
Lactobacillus sp
Lactobacillus
fermentum
99.9
Lactobacillus sp
(Gram)
Lactobacillus sp
Lactobacillus
rhamnosus
99.9
Lactobacillus sp
(Vanco R)
Lactobacillus sp
Lactobacillus
rhamnosus
99.9
Lactobacillus sp
Lactobacillus sp
Lactobacillus
rhamnosus
99.9
Lactobacillus sp
Lactobacillus sp
Lactobacillus
rhamnosus
99.9
Lactobacillus sp
Lactobacillus sp
Lactobacillus
rhamnosus
99.9
Lactobacillus sp
Lactobacillus sp
Listeria
monocytogenes
99.9
Listeria
monocytogenes
(Vitek2)
Bacillus cereus
Bacillus
thuringiensis
Bacillus mycoïdes
Bacillus cereus
Bacillus
thuringiensis
Bacillus mycoïdes
%
99
Le genre Bacillus est divisé en plusieurs groupes dont Brevibacillus.
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
Confirmation
Identification
21009-11977
10
12
Turicella otitidis
21011-36003
Vitek MS
51
Listeria
monocytogenes
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
14
15
16
17
18
NLAB
21104-19598
21105-32571
21105-34550
20910-33063
21102-01065
Vitek MS
Listeria
monocytogenes
Listeria
monocytogenes
Listeria
monocytogenes
Listeria
monocytogenes
%
2ème méthode
%
99.9
Listeria
monocytogenes
(Vitek2)
95
99.9
Listeria
monocytogenes
(Vitek2)
99
99.9
Listeria
monocytogenes
(Vitek2)
99
99.9
Listeria monocytogenes
Confirmation
Identification
N°
Listeria
monocytogenes
5
Nocardia spp
Plusieurs résultats
(pas dans la base
de données)
Rhodococcus
equi
6
19
7
Nocardia spp
9
20
20911-14398
10.1.10
N°
NLAB
99.9
Vitek MS
%
21103-25974
2
Citrobacter
freundii
21104-21878 Citrobacter braakii
Citrobacter
freundii
3
4
21105-27900
%
Confirmation
95
Citrobacter
braakii
99
Citrobacter
braakii
Citrobacter
freundii
15
Citrobacter
braakii
(Vitek2)
99.6
Citrobacter
freundii
(Vitek2)
98
99.9
Citrobacter
freundii
(Vitek2)
99
16
17
Citrobacter
freundii
Citrobacter
freundii
99.9
Citrobacter
freundii
(Vitek2)
97
Citrobacter
freundii
Citrobacter
freundii
99.9
Citrobacter
freundii
(Vitek2)
99
Citrobacter
freundii
Citrobacter
koseri
(Vitek2)
99
Citrobacter
koseri
Citrobacter
koseri
(Vitek2)
99
Citrobacter
koseri
Citrobacter koseri
99.9
Citrobacter
koseri
(Vitek2)
98
Citrobacter
koseri
Citrobacter koseri
99.9
Citrobacter
koseri
(Vitek2)
89
Citrobacter
koseri
Citrobacter
youngae
(Vitek2)
95
Citrobacter
youngae
21003-36840
18
Citrobacter
youngae/freundii
99.9
Citrobacter
youngae
(Vitek2)
99
Citrobacter
youngae
Edwarsiella tarda
99.9
Edwarsiella
tarda
95
Edwardsiella
tarda
Enterobacter
aerogenes
99.9
Enterobacter
aerogenes
(Vitek2)
98
Ent.aerogenes
Enterobacter
aerogenes
99.7
Enterobacter sp
Enterobacter
aerogenes
99.9
Enterobacter
aerogenes
(Vitek2)
99
Enterobacter
aerogenes
Enterobacter
aerogenes
99.9
Enterobacter
aerogenes
(Vitek2)
98
Enterobacter
aerogenes
Enterobacter
cloacae
99.8
Enterobacter
cloacae
21106-09633
21105-02000
09-35463
21102-31183
21105-30452
21104-21904
52
Identification
91.7
21105-40385
21106-10145
Confirmation
Citrobacter koseri
21104-11187
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
21103-28588
Identification
14
99.3
99.9
21104-22325
Citrobacter
freundii
2ème méthode
Citrobacter
braakii
(Vitek2)
Pas de résultat
1
12
13
Entérobactéries
2ème méthode
Pas de résultat
11
Rothia
dentocariosa
%
21103-25983
Rhodococcus
equi
Rothia
dentocariosa
Vitek MS
Pas de résultat
Listeria monocytogenes
21001-12289
Rothia
dentocariosa
21105-30860
Listeria
monocytogenes
10
99.9
21105-27973
Listeria
monocytogenes
8
Pas de résultats
(seulement
N.asteroides dans
la base de
données)
NLAB
Enterobacter
aerogenes
Enterobacter
cloacae
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
19
20
NLAB
21103-29267
21103-29272
Vitek MS
22
23
24
25
26
27
28
29
21103-26166
21103-08264
Ent.cloacae
Ent.asburiae
Enterobacter
cloacae (Vitek2)
99
Enterobacter
cloacae (Vitek2)
94
Enterobacter
cloacae
Enterobacter
asburiae
Enterobact.
cloacae
Enterobact.
asburiae
99.9
21103-20483
21104-21709
21105-12161
Identification
Enterobacter
cloacae
99
Enterobacter
cloacae
Enterobacter
cloacae
Enterobacter
cloacae
(Rapid 32E)
Enterobacter
cloacae
Enterobacter
cloacae
80.1
Enterobacter
cloacae
Ent.cloacae
99.9
Enterobacter
cloacae (Vitek2)
Enterobacter
cloacae
Ent.cloacae
Ent.asburias
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
98
Enterobacter
cloacae complex
98
Enterobacter
cloacae complex
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
Ent.asburiae
Ent.cloacae
Ent.asburiae
Ent.cloacae
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
Enterobacter
cloacae complex
Ent.cloacae
Ent.asburias
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
Enterobacter
cloacae complex
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
99
N°
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
99
21105-03698
21104-03711
99.9
Plusieurs
résultats
Enterobacter
(Vitek2)
NLAB
21106-17541
21106-15944
21106-06716
21104-33876
11-12293
Enterobacter
cloacae complex
45
%
2ème méthode
%
Ent.cloacae
Ent.asburias
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
99
Enterobacter
cloacae complex
Ent.cloacae
Ent.asburias
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
99
Enterobacter
cloacae complex
Ent.cloacae
Ent.asburias
99.9
99.9
Ent.cloacae
complex
(Vitek2)
98
Enterobacter
cloacae complex
Ent.asburiae
Ent.cloacae
99.9
99.9
Ent. cloacae
complex
(Vitek2)
99
Enterobacter
cloacae complex
Cronobacter
sakazakii
98.4
Enterobacter
sakazakii
Enterobacter
sakazakii
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
98
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
21105-28203
21105-30516
21105-09954
21105-35733
21105-27165
21105-24862
21105-13138
21105-21910
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Vitek MS
21105-29203
Enterobacter
cloacae complex
44
Enterobacter
cloacae/asburiae
31
92.4
92.4
Plusieures
résultats
Enterobacter
(Vitek2)
Plusieures
résultats
Enterobacter
(Vitek2)
Confirmation
Enterobacter
complex cloacae
(Vitek2)
Enterobacter
cloacae
Ent.cloacae
Ent.asburias
30
99.3
21105-21092
21105-03385
%
Enterobacter
cloacae (Vitek2)
21103-28136
21103-08020
2ème méthode
Ent.cloacae
Ent.asburiae
Ent.cloacae
21
%
53
Confirmation
Identification
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
46
21105-21883
Vitek MS
%
2ème méthode
%
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
47
21105-21628
E.coli
48
59
60
99.9
21106-06335
E.coli
58
99.9
21105-05821
E.coli
57
99.9
21105-05773
E.coli
56
99.9
21105-04072
E.coli
55
99.9
21105-11898
E.coli
54
99.9
21105-11355
E.coli
53
99.9
21105-15239
E.coli
52
99.9
21105-15674
E.coli
51
99.9
21105-21331
E.coli
50
99.9
21105-21370
E.coli
49
99.9
99.9
21106-06530
99
E.coli
(indole+)
E.coli
(Vitek2)
E.coli
(Vitek2)
96
99
E.coli
(Vitek2)
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
11-29492
62
09-09346
63
08-03100
64
06-10736
65
04-14622
66
03-03028
67
03-04004
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
E. coli
99.9
E. coli
Escherichia coli
E. coli
97.9
E. coli
Escherichia coli
E. coli
92.4
E. coli
Escherichia coli
E. coli
99.5
E. coli
Escherichia coli
E. coli
92.9
E. coli
Escherichia coli
E. coli
99.9
E. coli
Escherichia coli
E. coli
99.8
E. coli
Escherichia coli
E.coli
99.6
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
89.4
E.coli
(Vitek2)
93
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
98
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
87
E.coli
(Vitek2)
98
Escherichia coli
E.coli
99.8
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
98
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
96
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
99
Escherichia coli
69
97
21103-08666
Escherichia coli
70
98
21103-08991
21103-16247
Escherichia coli
71
21103-14349
Escherichia coli
72
21103-17503
73
21103-18288
74
21103-19794
75
21103-20335
Escherichia coli
99
Escherichia coli
Escherichia coli
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
Escherichia coli
68
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
(Vitek2)
61
Escherichia coli
Vitek MS
Escherichia coli
E.coli
(L+, indole+)
99.9
NLAB
Escherichia coli
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
(Vitek2)
N°
Escherichia coli
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
(Vitek2)
Identification
Escherichia coli
E.coli
(indole+)
E.coli
21106-17541
21106-06712
E.coli
(Vitek2)
Confirmation
54
Escherichia coli
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
76
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
21103-27421
E.coli
77
21103-27368
E.coli
78
99.9
21104-03407
E.coli
89
99.9
21104-05835
E.coli
88
99.9
21104-04774
E.coli
87
83.7
21103-35710
E.coli
86
99.9
21103-35935
E.coli
85
99.9
21103-33135
E.coli
84
78.1
21103-31818
E.coli
83
99.9
21103-31583
E.coli
82
65.2
21103-31665
E.coli
81
93.9
21103-31772
E.coli
80
98.1
21103-25804
E.coli
79
99.9
21104-06963
99.9
%
Confirmation
Identification
N°
NLAB
Escherichia coli
90
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(Vitek2)
97
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
93
94
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(Vitek2)
97
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
97
98
99
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(Vitek2)
97
E.coli
(Vitek2)
98
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
96
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
99
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
97
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
21104-04904
21104-03606
21104-05240
21104-23810
21104-23352
21104-22531
Escherichia coli
100 21104-22039
Escherichia coli
101
21104-2250
Escherichia coli
102 21104-20856
Escherichia coli
103 21104-20194
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
99.9
21104-04115
Escherichia coli
96
E.coli
21104-02490
Escherichia coli
95
2ème méthode
21103-41232
Escherichia coli
92
%
21103-41136
Escherichia coli
91
Vitek MS
55
%
Confirmation
Identification
Escherichia coli
Escherichia coli
99
Escherichia coli
Escherichia coli
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
%
E.coli
99.8
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(Vitek2)
98
E.coli
(Vitek2)
99
104 21103-07051
E.coli
93.5
105 21103-19702
E.coli
99.9
106 21103-20987
E.coli
99.9
107 21103-27362
E.coli
99.8
108 21103-30144
E.coli
73.5
109 21103-27818
E.coli
99.9
110 21104-21160
E.coli
99.9
111 21104-22191
E.coli
99.9
112 21104-26324
E.coli
99.9
113 21104-21033
E.coli
99.9
114 21104-33373
E.coli
99.9
115 21104-34193
E.coli
99.9
116 21104-33930
E.coli
117 21104-33794
99.9
NLAB
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
Escherichia coli
%
2ème méthode
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
99.9
E.coli
(Vitek2)
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
E.coli
99.9
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
Hafnia alvei
99.9
Hafnia alvei
(Vitek2)
Hafnia alvei
99.9
Hafnia alvei
Hafnia alvei
99.9
Hafnia alvei
(Vitek2)
95
Hafnia alvei
K.oxytica
99.9
K.oxytoca
(Vitek2)
99
Klebsiella
oxytoca
K.oxytica
99.9
K.oxytoca
(Vitek2)
99
Klebsiella
oxytoca
K.oxytica
99.9
K.oxytoca
(Vitek2)
99
Klebsiella
oxytoca
Klebs.oxytoca
99.9
Klebs.pneumo.
Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella
oxytoca
(indole +)
Klebsiella
oxytoca
Klebs.oxytoca
99.9
Klebs.pneumo.
Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella
oxytoca
(indole +)
Klebsiella
oxytoca
121 21105-02620
Escherichia coli
122 21105-01436
E.coli
(Vitek2)
99
E.coli
(Vitek2)
95
Escherichia coli
123 21104-35550
Escherichia coli
124 21103-02620
Escherichia coli
%
Confirmation
Identification
Escherichia coli
99
Escherichia coli
96
Hafnia alvei
Hafnia alvei
125 03-02620
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
126 21106-14327
95
Escherichia coli
127 21104-15924
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
128 21104-22064
99
Escherichia coli
129 21104-22067
E.coli
(L+, indole+)
Escherichia coli
130 21104-07208
99
Escherichia coli
131 21104-04341
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Vitek MS
120 21105-03384
99
E.coli
(Vitek2)
N°
119 21105-01790
E.coli
(Vitek2)
E.coli
(Vitek2)
Identification
118 21104-35423
E.coli
(L+, indole+)
E.coli
(Vitek2)
Confirmation
56
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
Klebs.oxytoca
99.9
Confirmation
Identification
Klebs.pneumo.
Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella
oxytoca
(indole +)
Klebsiella
oxytoca
99.9
Klebs.oxytoca
(Vitek2)
100
Klebsiella
oxytoca (Rapid
ID 32E)
Klebsiella
oxytoca
Raoultella
ornithinolytica
99.9
Raoultella
planticola
(Vitek2)
99
indole+
Klebsiella
oxytoca
K.oxytoca
99.9
K.oxytoca
(Vitek2)
95
99.9
K.oxytoca
(Vitek2)
99
99.6
K. oxytoca
K. pneumoniae
(Vitek2)
132 21104-04344
Klebs.oxytoca
133 21104-04320
134 21104-03486
135 21106-14327
K.oxytoca
136 21106-14429
K. oxytoca
137 21103-20693
K.pneumoniae
99
K. pneumoniae
(Vitek2)
99
K. pneumoniae
(Vitek2)
99
98.8
K. pneumoniae
(Vitek2)
99
99.9
K.pneumoniae
K.oxytoca
(Vitek2)
74.3
139 91103-06578
K. pneumoniae
99.6
140 21103-08386
K. pneumoniae
141 21103-26751
K.pneumoniae
142 21104-12058
Klebsiella
oxytoca
Klebsiella
oxytoca
Klebsiella
oxytoca
(Indole+)
K.pneumoniae
(Vitek2)
99.9
138 21105-25228
K. pneumoniae
%
Klebsiella
oxytoca
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
(Indole-)
Klebsiella
pneumoniae
99.6
K.pneumoniae
(Vitek2)
99.9
144 21104-15005
Klebs.pneumo.
Klebs.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella
pneumoniae
(Indole-)
Klebsiella
pneumoniae
99.4
145 21103-26496
K.pneumoniae
K.oxytoca
(Vitek2)
Klebsiella
pneumoniae
(indole-)
Klebsiella
pneumoniae
K.pneumoniae
143 21104-23046
Kl.pneumoniae
Klebs.pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
99
N°
NLAB
%
2ème méthode
%
Klebs.pneumoniae
92.2
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
Klebs.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
Klebs.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
Klebs.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
97
Klebsiella
pneumoniae
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
94
Klebsiella
pneumoniae
146 21103-28490
147 21103-31887
148 21104-11272
149 21104-04774
Pas de résultat
150 21104-04774
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
Klebs.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
97
Klebsiella
pneumoniae
Klebs. pneumoniae
95.6
Klebs.
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebs. pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebs.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
K.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
K.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
K.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
K.pneumoniae
99.9
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99
Klebsiella
pneumoniae
153 03-02731
154 10-31335
155 21103-31982
156 21105-36374
157 21105-12867
158 21105-21895
57
Identification
99.9
152 21104-02621
159 21105-21410
Confirmation
Klebs.pneumoniae
151 21104-03022
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Vitek MS
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Vitek MS
%
2ème méthode
%
K.pneumoniae
99.9
99
160 21105-21405
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99.9
99
161 21105-03925
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99.9
99
162 21105-05337
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99.9
99
163 21106-15069
Klebs.
pneumoniae
(Vitek2)
99.9
97
164 21106-05004
Kluyvera
ascorbata
(Vitek2)
Morganella
morganii
99.9
Morganella
morganii
(Vitek2)
95
Morganella
morganii
99.9
Morganella
morganii
(Vitek2)
95
99.9
Morganella
morganii
(Vitek2)
95
99.9
Morganella
morganii
(Vitek2)
95
99.9
Morganella
morganii
(Vitek2)
92
Pantoea
agglomerans
99.9
Pantoea
agglomerans
(Vitek2)
95
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
99
P.mirabilis
(Vitek2)
99
P.mirabilis
(Vitek2)
99
N°
NLAB
K.pneumoniae
K.pneumoniae
K.pneumoniae
165 21103-11855
166 21104-01835
167 21104-32042
168 21105-02214
169 21106-00413
170 21106-04777
Kluyvera
ascorbata
Morganella
morganii
Morganella
morganii
Morganella
morganii
171 21104-24874
P.mirabilis
99.9
172 21104-23915
P.mirabilis
173 21103-16295
99.9
Confirmation
Identification
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
Kluyvera
ascorbata
Morganella
morganii
Morganella
morganii
Morganella
morganii
Morganella
morganii
Morganella
morganii
Pantoea
agglomerans
Proteus
mirabilis
Proteus
mirabilis
Proteus
mirabilis
N°
NLAB
%
2ème méthode
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(indole-)
Proteus
mirabilis
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(indole-)
Proteus
mirabilis
Proteus mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
99
Proteus
mirabilis
Proteus mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
98
Proteus
mirabilis
Proteus mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
99
Proteus
mirabilis
Proteus mirabilis
99.8
Salmonella sp
Proteus mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(indole-)
Proteus
mirabilis
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(indole-)
Proteus
mirabilis
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
99
Proteus
mirabilis
P.mirabilis
99.9
P.mirabilis
(Vitek2)
99
Proteus
mirabilis
Proteus penneri
99.9
Proteus penneri
(Vitek2)
100
Proteus penneri
P.stuartii
99.9
P.stuartii
(Vitek2)
95
Proteus stuartii
P. vulgaris
99.9
P. vulgaris
(Vitek2)
99
Proteus vulgaris
174 21105-02013
175 21105-00805
176 21104-05674
177 21104-16302
178 21104-20137
%
180 21102-35230
181 21105-32663
182 21105-12765
183 21105-03309
184 21105-04211
185 21103-08699
186 21103-41313
187 21103-20832
58
Confirmation
P.mirabilis
(gélose SM2)
179 02-05504
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Vitek MS
99
Identification
Proteus mirabilis
Proteus
mirabilis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
Vitek MS
%
2ème méthode
P.vulgaris
P.penneri
99.9
P.vulgaris
(indole+)
Proteus vulgaris
Salmonella group
95.7
Salmonella
enteritidis
Salmonella
enteritidis
Salmonella
enteritidis
Salmonella
enteritidis
Salmonella
enteritidis
Salmonella
enteritidis
80.4
Salmonella
enteritidis
Salmonella
enteritidis
62.7
99
193 21103-25667
Salmonella
group
(Vitek2)
99.9
93
194 21104-33834
Salmonella
group
(Vitek2)
99.9
91
195 21105-12765
Salmonella
group
(Vitek2)
99.9
91
196 21105-39774
Salmonella
group
(Vitek2)
99.9
91
197 21106-02718
Salmonella
group
(Vitek2)
99.9
91
198 21106-14595
Salmonella
group
(Vitek2)
Acineto.sp
(Vitek2)
86
N°
NLAB
188 21104-23810
189 08-04907
Salmonella group
98.5
190 04-12246
Salmonella group
92.1
191 904-17336
Salmonella group
192 702-05825
Salmonella group
Salmonella group
Salmonella group
Salmonella group
Salmonella group
Salmonella group
Salmonella sp
99.9
199 21104-13589
Salmonella group
99.9
Salmonella sp
%
Confirmation
Identification
N°
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
Salmonella group
99.2
Salmonella sp
Salmonella sp
201 08-03096
Salmonella sp
Salmonella group
97.7
Salmonella sp
Salmonella sp
Salmonella group
95.4
Salmonella sp
Salmonella sp
Salmonella group
99.9
Salmonella typhi
Salmonella typhi
Salmonella group
90.7
Salmonella
typhimorium
Salmonella
typhimorium
S.liquefaciens
99.9
S.liquefaciens
group
(Vitek2)
95
Serratia
liquefaciens
group
S.marcescens
99.9
S.marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
S.marcescens
99.9
S.marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
S.marcescens
96.1
S.marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
Serratia
marcescens
99.9
Serratia
marcescens
(Vitek2)
Serratia
marcescens
99.9
Serratia
marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
S.marcescens
99.9
S.marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
S.marcescens
99.9
S.marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
S.marcescens
99.9
S.marcescens
(Vitek2)
99
Serratia
marcescens
204 21011-21611
205 06-04709
206 701-07683
Salmonella sp
207 21104-22014
Salmonella sp
208 21104-06738
Salmonella sp
209 21103-40859
Salmonella sp
210 21103-19676
Salmonella sp
211 21104-25408
Salmonella sp
212 21101-33449
Salmonella
(ID 32E)
Salmonella sp
213 21105-38524
Salmonella sp
Salmonella sp
215 21105-06736
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Identification
203 09-34795
214 21105-15256
99.6
Confirmation
202 05-12044
200 02-01068
Salmonella group
%
59
Serratia
marcescens
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
216 21105-08347
Vitek MS
%
2ème méthode
%
S.odorifera
S.liquefac.
99.9
99.9
S.odorifera
(Vitek2)
99
Shewanella algae
99.9
Shewanella
putrefasciens
97
Shigella sp
99
217 03-02632
E. coli
99.9
218 21004-14616
E. coli
99.9
Shigella sp
99
219 907-16192
E. coli
99.9
Shigella sp
99
220 808-29763
E. coli
99.9
Shigella sonnei
221 10-31325
E. coli
99.8
Shigella sonnei
99
222 911-14395
223
Souche BM
Vibrio. Parahaemolyticum
99.9
225 11-29481
226 21104-04138
10.1.11
N°
NLAB
Shewanella
putrefasciens
(ID 32 E)
Shewanella
putrefasciens
Shigella group
(Vitek2)
Shigella group
Shigella group
(Vitek2)
Shigella group
Shigella group
(Vitek2)
Shigella group
Shigella sonnei
(Vitek2 + Rapid
ID 32 E)
Shigella sonnei
Shigella sonnei
(ID 32 E)
Shigella sonnei
Yersinia pseudotuberculosis
99.9
Yersinia sp
Yokenella
regensburgei
99.9
Yokenella
regensburgei
(Vitek2)
99
%
2ème méthode
99.8
Ps.aeruginosa
Ps. putida
(Vitek2)
21103-15433
21103-29134
98.9
Ps.aeruginosa
(Vitek2)
%
8
9
Yokenella
regensburgei
Confirmation
Ps.aeruginosa
(42 °C)
96
4
7
Pseudomonas sp
Vitek MS
3
6
Yersinia pseudotuberculosis
99
N°
5
Yersinia peudotuberculosis
99.9
Ps. aeruginosa
2
Serratia
odorifera
Vibrio. parahaemolyticum
Yersinia
pseudotuberculosis
(Vitek2)
Ps. aeruginosa
1
Identification
Vibrio. parahaemolyticum
(Vitek2)
Yersinia pseudotuberculosis
224 21106-09629
Confirmation
10
11
12
13
NLAB
21103-5820
21103-09824
21103-30510
21103-31846
21103-36343
21103-41021
21104-01975
21107-16454
21104-15863
21104-25445
21104-25379
%
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
Pseudo.
aeruginosa
99.5
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.8
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.8
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Pseudo.
aeruginosa
(Vitek2)
99
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Pseudo.
aeruginosa
(Vitek2)
99
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.8
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
14
21104-02623
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
21104-35728
Pseudo.
aeruginosa
99.9
15
16
21105-01698
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Pseudo.
aeruginosa
(Vitek2)
Identification
Ps. aeruginosa
Ps. aeruginosa
17
21104-23907
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Vitek MS
60
99
Ps. aeruginosa
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
18
19
20
21
22
23
24
NLAB
21104-26911
21104-33938
21104-20264
21104-35028
21009-00959
21005-12048
20908-04900
25
20906-11059
26
2110537184.1
27
2110537184.2
28
29
30
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudomonas
aeruginosa
99.9
Pseudomonas
aeruginosa
Ps. aeruginosa
Pseudomonas
aeruginosa
99.9
Pseudomonas
aeruginosa
Ps. aeruginosa
Pseudomonas
aeruginosa
99.9
Pseudomonas
aeruginosa
Ps. aeruginosa
Pseudomonas
aeruginosa
99.9
Pseudomonas
aeruginosa
Ps. aeruginosa
33
34
35
36
37
38
39
40
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
41
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
21105-29044
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
21106-02959
Pseudo.
aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
31
2110513912.1
32
2110513912.2
NLAB
21105-30452
21105-18837
21105-12729
21105-03589
21105-5773
21106-04234
21106-14512
42
43
44
%
2ème méthode
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Pseudo.
aeruginosa
(Vitek2)
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
99.9
Ps.aeruginosa
(42°C, PAID)
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
93.1
Ps.aeruginosa
Ps.fluorescens
Ps.putida
(Vitek2)
Ps.fluorescens
99.9
Ps.aeruginosa
Ps.fluorescens
(Vitek2)
Ps. putida
99
P.aeruginosa
P. fluorescens
P.putida
Pseudo.
oryzihabitans
99.9
Pseudo.
oryzihabitans
(Vitek2)
Pseudomonas
oryzihabitans
99.9
Pseudomonas
oryzihabitans
21104-22014
21103-19833
21103-24134
20810-33696
45
20010661598
46
20607-17824
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Vitek MS
21103-27521
Ps. aeruginosa
Pseudo.
aeruginosa
21105-29434
N°
61
%
Confirmation
Identification
Ps. aeruginosa
94
Ps. aeruginosa
Ps. aeruginosa
(42 °C, PAID)
Ps. aeruginosa
Ps. fluorescens
PS.putida
Ps.fluorescens
(séquençage)
Pseudomonas
sp
Ps.
oryzihabitans
95
Ps. oryzihabitans
Pseudomonas
pseudo-alcaligenes
99.9
Pseudomonas
alcaligenes
56
Possibilité de
Pseudo.
pseudoalcaligenes (API 20
NE)
Ps. putida
Ps. stutzeri
99.9
84.9
Pseudomonas
putida
60
Ps.putida
(API 20 NE)
Ps. pseudoalcaligenes
Ps. putida
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
10.1.12
N°
NLAB
2
Vitek MS
3
4
5
6
21105-09681
21005-29174
21103-27461
Acinetobacter
baumanii
Acineto.baumannii
complex
Acinetobacter
lwoffii
8
9
10
11
12
2ème méthode
99.9
Alc.faecalis
Achromo sp
Acineto. sp
(Vitek 2)
99.9
99.9
99.9
21104-15717
21009-09350
21105-14601
21001-12265
14
16
Acinetobacter
lwoffii
17
99
Acinetobacter
lwoffii
99
Acinetobacter
radioresistens
Acinetobacter
sp
Acineto sp
Alcaligenes
faecalis (Vitek2)
Acineto.
radioresistens
(API NE)
Acinetobacter
sp
21105-29707
99.9
Oxydase nég.
Acinetobacter
johnsonii
13
Acineto.baumannii
complex (Vitek2)
Pas de résultat
Alcaligenes
faecalis
Identification
Acinetobacter
baumannii
complex
Acineto.
haemolyticus/
lwoffi (Vitek2)
99.9
Confirmation
Acinetobacter
baumanii
Acineto lwoffi
(Vitek2)
21103-05980
%
Acinetobacter
baumanii
Acineto.
radioresistens
Acineto.lwoffi
7
%
21104-25735
21009-09333
20805-26803
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
99.9
99.7
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
99.9
20607-17737
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
20607-14520
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
98.5
78.1
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
20607-21140
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
99.9
92.8
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
multivorans
99.9
Burkholderia
cepacia
(Vitek
2)
Rhizobium
radiobacter
99.9
Rhizobium
radiobacter
Rhizobium
radiobacter
Stenotrophomonas
maltophilia
99.9
Stenotrophomonas maltophilia
Stenotrophomonas
maltophilia
S.maltophilia
99.9
S. maltophilia
(Vitek2)
95
Stenotrophomonas
maltophilia
S. maltophilia
99.9
S. maltophilia
(Vitek2)
91
Stenotrophomonas
maltophilia
Autres non-fermentatifs
Acineto.
johnsonii
1
20806-05906
Vitek MS
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
Burk. stabilis
NLAB
99
Alcaligenes
faecalis
Bordetella
bronchiseptica
99.9
Bordetella
bronchiseptica
Bordetella
bronchiseptica
Bordetella
bronchiseptica
99.9
Bordetella
Bronchiseptica
(Vitek2)
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
99.9
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
Burk. cepacia
Burk.
vietnamiensis
Burk. gladioli
95.9
99.9
70.3
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
99
15
18
19
20
21
22
20511-00391
21003-04015
21102-01063
2ème méthode
99.9
Burkholderia
cepacia
Burkholderia
cepacia
21106-05878
21106-14457
Bordetella
bronchiseptica
20905-35019
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
62
%
100
Confirmation
Burkholderia
cepacia
(API 20 NE)
Identification
Burkholderia
cepacia
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
10.1.13
N°
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
NLAB
Souche BM
Souche BM
Souche BM
Souche BM
Souche BM
21003-04013
20706-06178
Germes difficiles
Vitek MS
Bergeyella
zoohelcum
Capnocytophaga
sputigena
Cardiobact.
hominis
Eikenella
corrodens
Eikenella
corrodens
Kingella
denitrificans
Kingella
denitrificans
2ème méthode
99.9
Bergeyella
zoohelcum
99.9
99.9
99.9
99.9
99.9
99.9
Capnocytophaga sp
Cardiobact.
hominis
Eikenella
corrodens
Eikenella
corrodens
Kingella
denitrificans
Kingella
denitrificans
%
Confirmation
Bergeyella
zoohelcum
Capnocytophaga sp
Cardiobacter
hominis
Eikenella
corrodens
Eikenella
corrodens
Kingella
denitrificans
Kingella
denitrificans
2001-04cl
Legionella anisa
2001-09cl
Pas de résultat
(pas dans la base
de données)
Pas de résultat
Legionella autre
que
pneumophila
Legionella sp
Legionella autre
que
pneumophila
Legionella sp
Legionella autre
que
pneumophila
Legionella sp
Aigle 1
Aigle 2
Aigle 3
Legionella anisa
14
15
16
17
18
19
20
21
22
Pas de résultat
13
Aigle 4
Martigny 2
Martigny 3
St-Amé 1
St-Amé2
St-Amé 3
21101-08514
23
24
25
2002-1
2001-11.1s
2001-1s
2001-06s
Legionella sp
27
2001-20m
63
%
Confirmation
Identification
Pas de résultat
L Legionella sp
Pas de résultat
Legionella autre
que
pneumophila
Legionella sp
St-Amé 4
Martigny 1
2ème méthode
Legionella autre
que
pneumophila
Aigle 5
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophila
2-14
Legionella
pneumophilia
99.9
Legionella
Legionella
pneumophilia
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila gr.
1
Legionella
pneumophila gr.
1
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila gr.
10
Legionella
pneumophila gr.
10
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila gr.
10
Legionella
pneumophila gr.
10
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila gr.
4
Legionella
pneumophila gr.
4
Legionella
pneumophila
99.9
Legionella
pneumophila gr.
8
Legionella
pneumophila gr.
8
Legionella anisa
26
Legionella autre
que
pneumophila
Vitek MS
NLAB
Identification
Legionella anisa
Pas de résultat
12
%
Pas de résultat
(pas dans la base
de données)
Pas de résultat
11
N°
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
28
29
30
NLAB
2001-19s
2001-11.2s
20704-32392
Vitek MS
32
33
34
35
36
37
38
39
21105-03415
Legionella
taurinensis
Pas de résultat
(pas dans la base
de données)
Legionella
taurinensis
Pas de résultat
(pas dans la base
de données)
Souche BM
21009-00948
20809-05235
21006-27254
20708-30532
20708-18634
%
Confirmation
Identification
10.1.14
N°
Legionella
taurinensis
Legionella
taurinensis
Pasteurella
bettyae
1
Pasteurella
bettyae
H.parahaemolyticus
99.9
96.6
P.multocida
(Vitek2)
97
P.multocida
99.9
P.multocida
(Vitek2)
98
Pasteurella
multocida
99.9
Pasteurella
multocida
(Vitek2)
93
Pasteurella
multocida
99.9
Pasteurella
multocida
99.9
Pasteurella
multocida
99.9
Pasteurella
multocida
99.9
Pasteurella
multocida
99.9
Pasteurella
multocida
99.9
21104-38075
21103-06564
2ème méthode
Pas de résultat
(pas dans la base
de données)
P.multocida
31
%
2
Pasteurella
multocida
3
Pasteurella
multocida
4
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
Pasteurella
multocida
5
6
7
8
Haemophilus sp
NLAB
20409-06843
2041004426
Vitek MS
%
Aggreg.
aphrophilus
Aggreg.actinomycetemcomitans
99.9
94.3
10
11
12
Pasteurella canis
91.0
(Vitek2)
Identification
Haemophilus
aphrophilus6
94
API NH /oxy+ /
cat- / XV+ / V+
dép. en facteurs
en subculture
Haemophilus
paraphrophilus5
94
API NH /cat /oxyd +/dép. en
fact.V
Haemophilus
paraphrophilus5
Aggregatibacter
aphrophilus
99.9
Haemophilus
aphrophilus
H. influenzae
80.7
H. influenzae
(facteurs XV+)
H. influenzae
97.7
Past.canis
Actino.ureae
(Vitek2)
H. influenzae
99.4
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H. influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H. influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
21103-06317
21103-19629
21103-30817
21103-30483
21103-35931
21103-36792
Haemophilus
influenzae
Facteurs XV+
Haemophilus
influenzae
H. influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H. influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H. influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
21104-01968
21104-03692
6
Confirmation
API NH
oxy+/ cat- /pas
de dép. en
facteurs en
suculture
99.9
97-726126
21104-01977
%
Haemophilus
parainfluenzae
(facteurs XV)
Aggregatibacter
aphrophilus
Pas de résultat
9
2ème méthode
H.aphrophilus et H.parapharophilus forment une seule espèce depuis 2006: Aggregatibacter
aphrophilus
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
64
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
13
21104-01980
Vitek MS
%
2ème méthode
H. influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
21140-14270
21104-37193
17
21104-27849
21011-29488
18
21010-31314
19
21003-03016
20
21
22
23
24
25
20911-29374
20911-29361
20907-16207
20809-05238
20711-21440
32
21105-16058
H.influenzae
27
21105-03925
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
39
40
Souche BM
Souche BM
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
99.9
H.influenzae
(facteurs XV+)
Haemophilus
influenzae
Haemophilus
parahaemolyticus
99.9
Haemophilus
parahaemolyticus
Haemophilus
parahaemolyticus
Haemophilus
parahaemolyticus
99.9
Haemophilus
parahaemolyticus
Haemophilus
parahaemolyticus
H. parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
H. parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
H.parainfluenzae
99
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
H. parainfluenzae
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
(API NH)
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
21104-25436
21104-25425
42
20302-04837
65
Identification
H.influenzae
(facteurs XV+)
21104-14722
21104-22303
Confirmation
99.9
21104-13870
41
%
H.influenzae
21105-32329
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
H.influenzae
21105-31238
21106-06370
38
99.9
2ème méthode
21106-05874
34
37
21105-21086
%
21106-23690
21106-16178
36
Haemophilus
influenzae
Vitek MS
21105-23517
33
35
Haemophilus
influenzae
NLAB
Pas de résultat
31
Haemophilus
influenzae
H.influenzae
26
N°
30
H.influenzae
16
Identification
29
H.influenzae
15
Confirmation
28
H.influenzae
14
%
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
43
44
45
46
NLAB
Vitek MS
20111-00731
Haemophilus
parainfluenzae
%
2ème méthode
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
Haemophilus
parainfluenzae
H. influenzea
H. haemolyticus
99.9
99.9
Haemophilus
parainfluenzae
(facteurs XV)
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
21105-14128
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
21105-18140
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
99.9
21105-04961
Haemophilus
parainfluenzae
(facteur V+)
Haemophilus
parainfluenzae
99-10464933
97-742718
99-10642069
H.parainfluenzae
49
10.1.15
N°
1
2
3
4
5
6
NLAB
21105-08915
21105-24686
21105-01455
21105-24090
N°
9
71
API NH
10
11
12
13
Campylobacter sp
Vitek MS
%
14
2ème méthode
%
Confirmation
99.9
Campylobacter
coli
Campylobacter
coli
Campylo.coli
Campylo.jejuni
99.9
99.9
Campylo.coli
(Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
99.9
Campylo.coli
(Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
Campylobacter
coli
Campylobacter
coli
Campylobacter
coli
Campylobacter
coli
99.9
Campylo.coli
(Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
99.9
Campylo.coli
(Gram, Hipp-)
Campylobacter
coli
99.9
Campylo.coli
(Gram, Hipp-)
NLAB
21105-02076
21103-30841
21103-30126
21104-02581
21104-14464
21104-12038
21104-20180
21105-00600
Identification
Campylobacter coli
20603-12337
21105-38751
Identification
8
H.parainfluenzae
48
Confirmation
7
Haemophilus
parainfluenzae
H.parainfluenzae
47
%
Campylobacter
coli
15
16
17
18
19
20
21103-02718
21011-12298
20707-02736
20607-03216
20511-07635
21105-04872
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
66
Vitek MS
%
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
Campylobacter
fetus
99.9
Campylo.fetus
(séquençage)
Campylobacter
fetus
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
Campylobacter
jejuni
99.9
Campylo. jejuni
(Gram, Hipp+)
Campylobacter
jejuni
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
10.1.16
N°
1
2
3
4
5
6
7
8
Anaérobies
NLAB
Vitek MS
21104-10349
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21102-36028
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21103-20038
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21106-04074
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21105-23539
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21103-15499
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21103-02628
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
21105-08239
Pas de résultat (pas
dans la base de
données)
Bacteroides fragilis
9
12
Actinomyces
meyeri (Vitek2)
Actinomyces
meyeri (Vitek2)
Actinomyces
naeslundii
(Vitek2)
Actino.neuii
(Vitek2)
Actino sp ?
99.9
99.9
99.9
99.9
99.9
20803-03666
Bacteroides fragilis
14
Actinomyces
meyeri (Vitek2)
20603-07984
Bacteroides fragilis
13
Pas de résultat
(Vitek2)
20906-11079
Bacteroides fragilis
20610-23324
2ème méthode
%
Confirmation
Actino.
naeslundii
(Vitek2)
20909-02440
Bacteroides fragilis
11
%
21009-35437
Bacteroides fragilis
10
N°
99.9
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Identification
Actinomyces
naeslundii
56
Actino.meyeri
(Rapid ID 32 A)
Actinomyces
meyeri
Actinomyces
meyeri
89
Actinomyces
meyeri
99
Actinomyces
meyeri
89
Actinomyces
naeslundii
95
Actinomyces
neuii
100
Actino.neuii
(séquençage)
Vitek MS
NLAB
Actinomyces
neuii
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
Bacteroides
fragilis
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
2ème méthode
%
Confirmation
Identification
Bacteroides
fragilis
Bacteroides fragilis
99.9
Bacteroides
capillosus
91
Bacteroides
fragilis
(Vitek2)
Bacteroides fragilis
99.9
Bacteroides sp
98
Bacteroides
fragilis
(Vitek2)
Bacteroides
fragilis
Bact.fragilis
99
Bact. stercoris
(Vitek2)
88
Stercoris =
groupe fragilis
Bacteroides
fragilis
Bact.fragilis
99.9
Bact.fragilis
Bacteroïdes fragilis
99.9
Prevotella oralis
(Vitek2)
93
Bacteroïdes fragilis
90.1
Bacteroïdes
fragilis
(Vitek2)
96
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes fragilis
99.9
Bacteroïdes
fragilis
(Vitek2)
98
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes fragilis
99.9
Bacteroïdes
fragilis
(Vitek2)
99
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes fragilis
99.9
Prevotella oralis
(Vitek)
93
Bacteroïdes fragilis
99.5
Bacteroïdes
fragilis
(Vitek2)
95
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes fragilis
99.9
Bacteroïdes
fragilis
(Vitek2)
98
Bacteroïdes
fragilis
Bact.fragilis
99.9
Bact.fragilis /
thetaiotao.
(Vitek2)
Bacteroïdes fragilis
99.9
Bacteroïdes
stercoris
(Vitek2)
Bact.fragilis
99.9
Bact.fragilis
Bactéroïdes fragilis
99.9
Bactéroïdes
fragilis (Vitek2)
21010-01100
21101-28458
21105-35644
Bacteroides
fragilis
21105-36370
21103-06572
21103-05694
21103-10460
21103-10444
21103-09644
21103-09644
21104-20851
21106-04821
27
21104-18806
28
21105-37694
29
21104-22158
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
67
Bacteroïdes
fragilis
(Rapid ID 32 A)
Bacteroïdes
fragilis
(Rapid ID 32A)
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes
fragilis
95
B.stercoris =
groupe fragilis
Bacteroïdes
fragilis
Bacteroïdes
fragilis
95
Bactéroïdes
fragilis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
%
2ème méthode
99.9
21103-15700
Bact.
thetaiotaomicron
99.9
21003-35694
Bacteroides
thetaiotaomicron
Bacteroides
thetaiotaomicron
99.9
Bacteroides
thetaiotaomicron
Bacteroides
thetaiotaomicron
99.9
99
21105-37201
Bact.
thetaitaomicron
(Vitek2)
Bacteroides
thetaitaomicron
99.9
97
21105-37202
Bact.
thetaitaomicron
(Vitek2)
Bacteroides
thetaitaomicron
NLAB
Vitek MS
Bact.thetaiotaomicron
30
31
32
20911-09573
Bacteroides
thetaiotaomicron
Bacteroides
thetaiotaomicron
Bact.thetaitaomicron
33
Bact.thetaitaomicron
34
Bac.vulgatus
35
39
40
41
42
21008-03088
20906-11084
Bacteroides
vulgatus
Clostridium
difficile
99.9
94
Clostridium
perfringens
99.9
Clostridium
perfringens
99.9
Clos.perfringens
99.9
Clostridium
difficile (Vitek2)
Clostridium
difficile
Clostridium
perfringens
Clostridium
perfringens
Clostridium
perfringens
Clostridium
perfringens
Clostridium
perfringens
Pas de résultat
(Vitek2)
Clos.
perfringens
(Camp Test+)
N°
44
45
Vitek MS
NLAB
21010-12827
47
21104208887
49
Clostridium
perfringens
(Camp Test+)
Clostridium
perfringens
51
52
99.9
98
Clostridium ramosum
99.9
Clostridium
ramosum
Clostridium
ramosum
Clostridium ramosum
99.9
Clostridium
ramosum
Clostridium
ramosum
Clostridium sordelii
99.9
Actino.meyeri
(Vitek2)
85
Clost.sordelii
(rapid ID32A)
Clostridium
sordelii
Clostridium tertium
99
Francisella
tularensis !!
(Vitek2)
96
Clostridium sp
(Rapid ID ANA II)
Clostridium sp
E.lenta
99.9
Eggerthella
lenta
(Vitek2)
99
Eggerthella
lenta
E.lenta
99.9
Eggerthella
lenta
(Vitek2)
99
Eggerthella
lenta
Egg.lenta
99.9
Eggerthella
lenta
(Vitek2)
99
Eggerthella
lenta
Eggerthella lenta
99.9
Eggerthella
lenta
(Vitek2)
99
Eggerthella
lenta
Eggerthella lenta
99.9
Bacteroides
ureolyticus
100
Eggerthella lenta
99.9
Eggerthella lenta
Eggerthella lenta
Eggerthella lenta
99.9
Eggerthella lenta
Eggerthella lenta
Finegoldia magna
97.7
Finegoldia
magna
(Vitek2)
99
Finegoldia
magna
Finegoldia magna
99.7
Finegoldia
magna
(Vitek2)
99
Finegoldia
magna
21104-29152
21103-16203
21103-31901
54
21103-31901
55
21103-16203
21103-11938
Clostridium
perfringens
21103-19440
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
Clos.perfringens
21103-10444
21005-14714
57
%
Clos.
perfringens
(Vitek2)
21103-39856
53
56
2ème méthode
21012-33656
46
48
%
21105-22956
Bifidobact. sp
Clostridium
difficile
Clostridium
perfringens
21105-31077
Vitek2
Bacteroides
thetaiotaomicron
50
Clostridium
perfringens
(Vitek2)
99.9
Identification
91
99
21105-27053
Confirmation
Bac.vulgatus
(Rapid ID 32A)
Clostridium
difficile
20811-20213
21104-12736
93
99.9
Clos.perfringens
43
99.9
20809-26092
Clostridium difficile
38
99.9
Bifidobacterium
sp
(Vitek2)
21105-21649
Clostridium difficile
37
Pas de résultat
(Vitek2)
21105-19621
Bifidobacterium sp
36
99.9
%
68
Confirmation
Identification
Clostridium
perfringens
Eggerthella lenta
(RapID ANA II)
Eggerthella lenta
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
Vitek MS
Finegoldia magna
58
62
63
64
65
67
69
70
71
99.9
Finegoldia
magna
(Vitek2)
99.9
99
Fusobacterium
mortiferum
Fusobacterium
necrophorum
Fusobacterium
necrophorum
(Vitek2)
21011-37453
21103-06723
99.9
Identification
Finegoldia
magna
99
Finegoldia
magna
Fingegoldia
magna
Fusobacterium
mortiferum
99
Fusobacterium
necrophorum
Fusobacterium
necrophorum
Fusobacterium
necrophorum
99.9
Fusobacterium
necrophorum
Fusobacterium
necrophorum
99.9
21106-03393
Fuso.
necrophorum
(Vitek2)
Fusobacterium
necrophorum
99.9
21106-16937
Fusobacterium
necrophorum
(Vitek2)
99.9
Fuso.
necrophorum
(Vitek2)
Fusobacterium
necrophorum
207-30383
21102-34188
Plusieurs résultats
autres
Confirmation
Finegoldia
magna
Pepto.sp (Gram)
Pas de résultats
Fusobacterium
necrophorum
Fusobacterium
necrophorum
Fuso.necrophorum
68
Finegoldia
magna (Gram)
%
21105-08974
Fuso.necrophorum
66
99.9
21104-36717
Fingegoldia magna
61
99.9
Finegoldia
magna
(Vitek2)
21103-01023
Finegoldia magna
60
2ème méthode
21103-38649
Finegoldia magna
59
%
21106-03393
20906-11083
21102-22497
21010-27556
99
Fusobacterium
necrophorum
Fusobacterium
nucleatum
99.8
Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium
nucleatum
Fusobact. nucleatum
Bacillus thuringensis
Bacillus mycoides
Bacillus cereus
99.9
71.2
71.2
71.2
Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium
nucleatum
99.9
Fusobacterium
nucleatum
N°
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
84
85
21105-06736
20912-12385
Identification
Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium
nucleatum
Fuso.nucleatum
99.9
Fuso.sp
(Gram)
Fusobacterium
nucleatum
Fusobacterium
nucleatum
96.1
Fusobacterium
nucleatum
(Vitek2)
Fusobacterium
nucleatum
Parabacterium
distanosis
99.9
Parabacterium
distanosis
Parvimonas micra
99.9
Parvimonas
micra
Parvimonas
micra
Parvimonas micra
99.9
Parvimonas
micra
Parvimonas
micra
Parvimonas micra
99.9
Parvimonas
micra (Vitek2)
91
Parvimonas
micra
Parvimonas micra
99.9
Parvimonas
micra (Vitek2)
99
Parvimonas
micra
Parvimonas micra
99.9
Parv.micra
Fin.magna
(Vitek2)
Parvimonas micra
99.9
Parvimonas
micra
(Vitek2)
Peptinophilus
asaccharolyticus
99
Fin.magna
Peptinophilus
asaccharolyticus
(Vitek2)
Peptinophilus
asaccharolyticus
Peptinophilus asacch.
99.9
Pepto.sp
(Gram)
Peptinophilus
asaccharolyticus
Peptostreptococcus
anaerobius
99.9
Peptostreptococcus
Peptostreptococcus
21102-16938
21105-13783
21106-08204
21104-21662
21104-35095
21103-11938
21106-04107
69
99
Confirmation
Fuso.sp
(Gram)
21102-10563
20906-11074
%
Fusobacterium
nucleatum
(Vitek2)
99.9
21106-12803
21103-18913
2ème méthode
Fuso.nucleatum
21106-10078
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
Pas de résultat
83
Fusobacterium
nucleatum
Vitek MS
NLAB
99
Parabact.
distanosis
(Vitek2)
Parabacterium
distanosis
Parvimonas
micra
98
Parvimonas
micra
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
Vitek MS
Pepto.anaerobius
86
89
21103-15320
90
21105-14422
97
99
99
Prevotella bivia
(Rapid ID 32 A)
Prevotella bivia
P.bivia
Prevotella bivia
21106-03393
Prev.bivia
(Vitek2)
105 20906-11081
99
Prevotella bivia
99.9
21105-00504
P.oralis
P.melanino
(Vitek2)
Prevotella
denticola
99.9
21103-08702
Prevotella
melaninogenica
(Vitek2)
Prevotella
melaninogenica
99.8
21103-12548
21003-13039
P.acnes
99.9
21102-37288
100 21103-01372
Propionibacterium
acnes
98.8
91.2
94
95
Propionibact.
acnes
(Vitek2)
Propionibact.
acnes
(Vitek2)
Pigment noir
Propionibact.
acnes
Propionibact.
acnes
P.acnes
Propionibact.
acnes
(Vitek2)
21103-05396
Propionibacterium
acnes
P. acnes
(Vitek2)
%
Propionibact.acnes
99.9
Propionibact.
acnes
(Vitek2)
92
Propionibact.
acnes
Propionibact.acnes
99.9
Propionibact.
acnes
(Vitek2)
97
Propionibact.
acnes
Propionibact.acnes
99.9
Propionibact.sp
(Gram)
Propionibact. sp
Propionibact.
acnes
Propionibact.
acnes
Propionibact.
acnes
97
99
97
Propionibact.
acnes
Propionibact.
acnes
Propionibact.
acnes
Propionibacterium
acnes
Confirmation
99.9
Propionibact.
acnes
Propionibact.acnes
99.9
Propionibact.
acnes (Vitek2)
92
Propionibact.
acnes
Propionibact.acnes
99.9
Propionibact.
acnes (Vitek2)
99
Propionibact.
acnes
Propionibact.acnes
99.9
Propionibact.
acnes
(Vitek2)
93
Propionibact.
acnes
P.acnes
99.9
Propioni.sp
(Gram)
P.acnes
99.9
P.acnes (Vitek2)
P.acnes
99.9
Popioni.sp
(Gram)
Propionibact. sp
P.acnes
99.9
Popioni.sp
(Gram)
Propionibact. sp
Prop.avidum
Prop.granulosum
99.9
99.7
Pas de résultat
(Vitek2)
Propioni.avidum/
granulosum
99.9
Popioni.sp
(Gram)
Propionibact. sp
Sta.saccharolyticus
99.9
Pas de résultat
(Vitek2)
Staphylococcus
saccharolyticus
107 21104-28615
108 21104-25099
109 21105-21335
Propionibact. sp
Propionibact.
acnes
93
110 21105-03481
111 21105-03149
112 21106-20941
113 21105-35454
114 21105-21411
115 21105-05762
70
Identification
Propionibacterium
acnes
106 21104-25140
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
2ème méthode
102 21103-32054
21105-12154
99.9
%
101 21103-35370
104 21009-35433
Prevotella bivia
99.9
Vitek MS
NLAB
103 21104-28243
P.bivia
(Vitek2)
21105-12082
N°
Prevotella bivia
99.9
Pas de résultat
98
Porphyromonas
asaccharolytica
P.bivia
P.acnes
96
99
Prevotella bivia
Prevotella bivia
95
Peptostreptococcus
anaerobius
Porphyromonas
asaccharolytica
Prevotella bivia
(Vitek2)
Identification
P.bivia
(connu)
P.denticola
94
99.9
Confirmation
99.9
Prev.bivia
93
99.9
%
P.bivia
P.bivia
92
99.9
21103-15687
Prevotella bivia
91
99.9
Pepto.
anaerobius
(Vitek2)
21004-21350
Prevotella bivia
88
2ème méthode
21105-12642
Pas de résultats
87
%
Propioni.sp
(Gram)
Propionibact. sp
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
NLAB
Vitek MS
Sta.saccharo.
%
2ème méthode
99.9
Peptostr.sp
Sta.saccharo.
(Vitek2)
Staphylococcus
saccharolyticus
Staphylococcus
saccharolyticus
Staphylococcus
saccharolyticus
Staphylococcus
saccharolyticus
Staphylococcus
saccharolyticus
Pas de résultat
Staphylococcus
saccharolyticus
116 21104-33637
117 21101-37819
118 21101-29298
Staphylococcus
saccharolyticus
99.9
Staphylococcus
saccharolyticus
99.9
Sta.saccharolyticus
99.9
%
Confirmation
119 21105-13688
Sta.saccharolyticus
99.9
120 21104-35173
Veillonella parvula
99.9
Sta.
saccharolyticus
(Vitek2)
Identification
Staphylococcus
saccharolyticus
95
Veillonella sp
Veillonella sp
121 21008-35361
Pas de résultats
Veillonella sp
Veillonella sp
N°
6
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
Candida albicans
75.7
C.albicans
(CAN2)
Candida
albicans
Candida albicans
98.4
C.albicans
(CAN2)
Candida
albicans
Candida albicans
99.9
Candida albicans
Candida albicans
Candida albicans
99.9
Candida albicans
Candida albicans
Candida albicans
99.9
Candida albicans
Candida albicans
Candida albicans
99.9
Candida albicans
Candida albicans
Candida albicans
99.9
C.albicans
(CAN2)
Candida
albicans
Candida albicans
99.9
C.albicans
(CAN2)
Candida
albicans
Candida albicans
99.9
C.albicans
(CAN2)
Candida
albicans
Candida albicans
99.9
C.albicans
(Vitek2)
96
Candida
albicans
Candida albicans
99.9
C.albicans
(Vitek2)
96
Candida
albicans
Candida
dubliniensis
99.9
Pas de résultat
(Vitek2)
Candia glabrata
99.9
Candia glabrata
(Vitek2)
99
Candida
glabrata
Candia glabrata
99.9
Candia glabrata
(Vitek2)
99
Candida
glabrata
Candia glabrata
99.9
Candia glabrata
(Vitek2)
99
Candida
glabrata
21103-08264
7
21103-13865
8
21103-15433
9
21103-10431
10
21012-30064
11
21012-14531
12
21105-38455
13
21105-40082
122 21006-17304
14
10.1.17
N°
1
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
%
C.albicans
88.5
C.albicans
(Vitek2)
99
C.albicans
(Vitek2)
99
C.albicans
(Vitek2)
98
99
21103-25080
C.albicans
2
4
5
99.9
21103-24306
C.albicans
3
21105-37204
Levures
99.9
21103-28940
C.albicans
99.9
C.albicans
(Vitek2)
C.albicans
99.9
C.albicans
(CAN2)
Confirmation
Identification
Candida
albicans
Candida
albicans
Candida
albicans
Candida
albicans
15
16
17
18
19
21105-15590
21106-04246
21105-37258
21106-05931
21105-26316
21104-24735
21104-38092
Candida
albicans
21
21105-08234
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
71
%
Confirmation
Identification
Candida
dubliniensis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
22
23
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
%
C.glabrata
99.9
Candia glabrata
(Vitek2)
C.glabrata
99.9
Candia glabrata
(Vitek2)
21103-18881
21104-10349
Confirmation
Identification
N°
NLAB
99
Candida
glabrata
35
21103-04146
99
Candida
glabrata
36
21010-29966
C.glabrata
21103-15421
Low
discrimation
(Vitek2)
C.glabrata
(ID32C)
Candida
glabrata
Candida glabrata
21103-07594
Candida
sphaerica
(Vitek2)
Candida glabrata
(ID 32 C)
Candida
glabrata
Candida glabrata
99.9
21103-41446
Candida
glabrata
(Vitek2)
99.9
21104-01171
Candida
glabrata
(Vitek2)
99.9
21104-04852
Candida
glabrata
(Vitek2)
99.9
21103-37676
C.glabrata
C.magnoliae
(Vitek2)
Candida
glabrata
99.9
96
21104-20198
Candida
glabrata
(Vitek2)
Candida
glabrata
99
30
21104-20256
Candida
glabrata
(Vitek2)
31
21005-11550
24
25
26
Candida glabrata
27
Candida glabrata
28
Candida glabrata
29
Candida glabrata
29
Candida glabrata
Candida glabrata
Candida glabrata
32
99.9
99.9
21105-26554
Candida kefir
34
99.9
21104-12598
Candida glabrata
33
99.9
21104-00995
99.9
99
Candida
glabrata
99
Candida
glabrata
95
Candida
glabrata
Candida glabrata
Candida glabrata
C.lipolytica
C. famata
C.sake
(Vitek2)
Candida
glabrata
Pas de résultat
(Vitek2)
Candida kefir
(Vitek2)
Candida
glabrata
37
38
39
40
41
21106-24012
21106-04260
21106-13626
21105-07904
21103-05784
43
21104-16517
45
46
21104-04056
21103-37676
48
21007-04643
Candida kefir
21105-37781
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
Candida krusei
99.9
Candida krusei
(Vitek2)
99
Candida krusei
99.9
Candida krusei
Candida lusitaniae
99.9
Candida
lusitaniae
(Vitek2)
99
Candida
lusitaniae
Candia
parapsilosis
99.9
Candia
parapsilosis
(Vitek2)
97
Candida
parapsilosis
Candia
parapsilosis
99.9
Candia
parapsilosis
(Vitek2)
96
Candida
parapsilosis
Candia
parapsilosis
99.9
Candia
parapsilosis
(Vitek2)
97
Candida
parapsilosis
Candia
parapsilosis
99.9
Candia
parapsilosis
(Vitek2)
99
Candida
parapsilosis
C. parapsilosis
96.8
C. famata
C. parapsilosis
(Vitek2)
C.parapsilosis
99.9
C.parapsilosis
(Vitek2)
95
Candida
parapsilosis
C.parapsilosis
99.9
Stephanoascus
ciferri
(Vitek2)
88
Candida
parapsilosis
C.parapsilosis
98.7
C.haemulonii
C.parapsilosis
(Vitek2)
Candida
parapsilosis
99.9
Candida
parapsilosis
(Vitek2)
95
Candida
parapsilosis
Candida
parapsilosis
99.9
Candida
parapsilosis
(Vitek2)
93
Candida
parapsilosis
Candida
parapsilosis
99.9
Candida
parapsilosis
Candida
parapsilosis
99.9
Candida
parapsilosis
(Vitek2)
21103-21206
47
49
2ème méthode
21104-18810
Candida glabrata
99
%
21106-03000
42
44
Vitek MS
72
Confirmation
Identification
Candida krusei
Candida krusei
Candida
parapsilosis
Candida
parapsilosis
Candida
parapsilosis
97
Candida
parapsilosis
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
50
NLAB
Vitek MS
%
2ème méthode
%
C.pelliculosa
99.9
C.pelliculosa
(Vitek2)
90
21104-31163
Low
discrimation
(Vitek2)
S.cerevisiae
51
21003-13759
C.tropicalis
52
21104-19038
Candida tropicalis
53
60
61
63
C.tropicalis
(Vitek2)
99
C.tropicalis
(Vitek2)
99.9
99
21105-08404
99.9
99
21106-04236
Candida
tropicalis
(Vitek2)
99.9
Souche BM
Cryptococcus
neoformans
(Vitek2)
99.9
Geotrichum
capitatum
(Vitek2)
99.9
21103-17744
Rhod.
mucilaginosa
Rhod.glutinis
(Vitek2)
99.9
21106-08215
Rhod. glutinis /
mucilaginosa
(Vitek2)
21103-35821
Rhodotorula
mucilaginosa
NLAB
Candida
pelliculosa
64
21106-22638
Candida sp
Candida
tropicalis
Candida
tropicalis
Candida
tropicalis
(Vitek2)
Geotrichum
capitatum
N°
Candida
tropicalis
C.tropicalis
(Vitek2)
21105-27050
Cryptococcus
neoformans
Identification
Candida
tropicalis
99
99.9
Rhodotorula
mucilaginosa
62
98
Candida
tropicalis
(Vitek2)
21007-16583
Candida tropicalis
59
C.tropicalis
(Vitek2)
Candida
tropicalis
Candida tropicalis
58
Candida sp
(ID 32C)
99.9
Candida tropicalis
57
99.9
21104-21001
Candida tropicalis
56
99
21104-10190
Candida tropicalis
55
95.4
21103-29237
Candida tropicalis
54
99.9
Confirmation
Candida
tropicalis
Candida
tropicalis
96
Candida
tropicalis
Candida
tropicalis
Cryptococcus
neoformans
96
65
1
2
3
NLAB
S.cerevisiae
99.9
S.cerevisiae
(Vitek2)
95
S.cerevisiae
99.9
Low
discrimination
(Vitek2)
Saccharomyces
cerevisiae
Saccharomyces
cerevisiae
2ème méthode
Aspergillus flavus
99.9
Aspergillus
flavus
Aspergillus
flavus
Aspergillus flavus
99.9
Aspergillus
flavus
Aspergillus
flavus
Aspergillus flavus
99.9
Aspergillus
flavus
Aspergillus
flavus
Aspergillus
fumigatus
99.9
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
99.9
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
99.9
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
99.9
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus
fumigatus
Aspergillus niger
99.9
Aspergillus
niger
Aspergillus
niger
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Aspergillus niger
Aspergillus
terreus
Aspergillus
terreus
902-04596
5
CQ 2110205525
CQ 702-05830
21003-03024
Geotrichum
capitatum
8
CQ 603-12330
Rhodotorula
mucilaginosa
9
603-12330
10
809-26073
Aspergillus niger
Rhodotorula
mucilaginosa
11
Identification
%
Pas de résultat
Rhod.
mucilaginosa
(ID 32C)
Confirmation
Vitek MS
706-04725
21102-01079
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
CQ 902-04596
CQ 501-15832
7
2ème méthode
Champignons
4
6
%
21106-26515
10.1.18
N°
Vitek MS
73
Pas de résultats
(pas dans la base
de données)
99.9
%
Confirmation
Identification
La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique
N°
12
13
14
15
16
NLAB
1
2
3
4
5
6
%
21104-15136
21102-11941
21103-00599
Identification
Pas de résultat
Aspergillus
versicolor
Aspergillus
versicolor
Pas de résultats
Aspergillus
versicolor
Aspergillus
versicolor
Pas de résultat
Aspergillus
versicolor
Aspergillus
versicolor
Trichosporon
mucoides
Trichosporon
mucoides
21103-37974
21104-34222
Confirmation
Aspergillus
versicolor
802-06455
NLAB
%
Aspergillus
versicolor
CQ 2008-2720
909-34841
2ème méthode
Pas de résultat
CQ 906-18909
10.1.19
N°
Vitek MS
Trichosporon
mucoides
97.4
N°
7
NLAB
21102-09866
%
2ème méthode
Mycobact.
fortuitum
99.9
Mycobact.
Fortuitum
(envoi CHUV)
%
Confirmation
Mycobact.
fortuitum
Mycobact.
fortuitum
99.9
Mycobact.
fortuitum
(envoi CHUV)
Mycobact.
fortuitum
Mycobact.
fortuitum
99.9
Mycobact.
fortuitum
(envoi CHUV)
Mycobact.
fortuitum
M.tuberculosis
M. bovis
M.scrofulaceum
(pas dans la base
de données)
99.9
99.9
99.9
Mycobact.
goodii
(envoi CHUV)
Mycobact.
goodii
M.kansasii
(pas dans la base
de données)
99.9
Mycobact.
gordonae
(envoi CHUV)
Mycobact.
gordonae
M.tuberculosis
M. bovis
(pas dans la base
de données)
99.9
99.9
Mycobact.
gordonae
(envoi CHUV)
Mycobact.
gordonae
8
21104-20871
Identification
21103-09866
21103-13868
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
%
2ème méthode
M.tuberculosis
M. bovis
(pas dans la base
de données)
99.9
99.9
Mycobact.
Gordonae
(envoi CHUV)
Mycobact.
gordonae
Mycobact. sp
(envoiCHUV)
Mycobact. sp
Pas de résultat
Mycobactéries
Vitek MS
Vitek MS
74
%
Confirmation
Identification
10.2 Annexe 2: Tableau des galeries de tests biochimiques
Temp/Atm.
Vol. cupule
Tests
complémentaires
0.5
35°C Aérobie
55 µl
IND : James
NaCl
0.5
35°C Aérobie
55 µl
IND : James
Streptococcus
NaCl
4
35°C Aérobie
55 µl
VP : VP A + VP B
HIP : NIN
APPA à GTA : FB
24-48 h
Levures
Susp. Medium
2
30°C Aérobies
135 µl
-
Rapid ID ANA
ll System
4h
Anaérobies
Liquide d’inoc.
RapID
3
35°C Aérobie
-
Réactif RapID ANA
Rapid ID 32 A
4-5 h
Anaérobies
NaCl
4
35°C Aérobie
55 µl
ID 32 STAPH
24 h
Staphylococcus
NaCl
0.5
35°C Aérobie
55 µl
>6
35°C
Aérobie/Hum.
-
4
35°C
Aérobie/Hum.
-
ProA, GGT : ZYM B
IND : James
30°C
Aérobie/Hum.
-
NO3 : NIT1 + NIT2
Si NO3 Θ : Zn
TRP : James
35°C
Aérobie/Hum.
-
35°C
Aérobie/Hum.
-
Galerie
Incubation
Bactéries
Suspension
Mc farland
Rapid ID 32 E
4-5 h
Entérobactéries
NaCl
Id 32 E
18-24 h
Entérobactéries
Rapid ID 32
STREP
4-5 h
ID 32 C
API Coryne
24 h
Corynebactéries
Susp. Medium
3 ml
API NH
2h
Neisseria
Haemophilus
NaCl
API 20 NE
24-48 h
Bacilles GramNon-fermentatifs
NaCl
0.5
API 20 E
18-24 h
Entérobactéries
H2O dist.
5 ml
1 colonie
Streptococcus
Susp. Medium
2 ml
API 20 STREP
4-24 h
4
Volume
transféré
250 µl
500 µl
200 µl
500 µl
Milieu d’inoc.
C Medium
NIT → GEL :
idem milieu
susp. GP
Medium
NO3 → PNPG :
idem milieu
susp. AUX
Medium
VP → ADH :
idem milieu
susp. GP
Medium
Cristina Cariello
Travail de diplôme 2011-2012
75
NIT: NIT1 + NIT2
IND: James
PAL → SerA : FB
NIT : NIT1 + NIT2
VP : VP A + VP B
βGAL → PyrA : FB
NIT : NIT1 + NIT2
PYZ : PYZ
PyrA → βNAG :
ZYM A + ZYM B
TDA : TDA
IND : James
VP : VP1 + VP2
VP : VP1 + VP2
HIP : NIN
PyrA → LAP : ZYM
A + ZYM B