Le diagnostic bactériologique Gérard Lina (gerard.lina@chu

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Le diagnostic bactériologique
Gérard Lina ([email protected])
Année universitaire 2016 -2017.
1. Je resitue le cours dans son contexte : Le diagnostic bactériologique
 Identification bactérienne est indispensable pour la bonne prise en charge,
diagnostique, pronostique et thérapeutique du patient lors d’infection
 Diagnostic direct nettement plus informatif que le diagnostic indirect
 Condition de croissance bactérienne dépend de l’espèce, rendant
indispensable le signalement de suspicion d’infection par les bactéries
difficilement cultivables
 Informations rendues par le laboratoire ne sont pas immédiates mais
segmentées en fonction de l’avancement de l’analyse
2. Croissance bactérienne
 Correspond à la multiplication cellulaire
 Mise en évidence par l’apparition d’un trouble dans les milieux liquides et de
colonies sur les milieux gélosés
 Temps de croissance variable d’une espèce à l’autre
 Exigence nutritive pour la croissance variable d’une bactérie à l’autre
o 37°C
o Atmosphère aérobie, anaérobie
o Besoin en nutriment plus ou moins complexe nécessitant, lors de la
prescription, l’indication de la recherche pour certaines bactéries
(mycobactérie, Légionelle, Mycoplasme, Chlamydia, Rickettsie)
o Agent de la Syphilis et de la lèpre ne se cultive pas
3. Identification bactérienne
 Indispensable pour l’interprétation des résultats car, à chaque espèce est
associée un certain panel d’infections, un degré de virulence et un spectre de
sensibilité aux agents anti-infectieux
 Nécessite la culture de la bactérie dans la majorité des cas
 Identification phénotypique
o Morphologique (valeur d’orientation uniquement)
 Mobilité
 Forme et arrangement : cocci, bacille, virion, spirochète
 Coloration de Gram : positif violet, négatif rose
o Biochimique
o Antigénique, test d’agglutination et test immuno-chromatographique
o Antibiogramme
 Identification génotypique par biologie moléculaire
o Recherche ciblée, détection de gènes spécifiques d’espèce, de virulence
de résistance aux antibiotiques

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o Recherche sans apriori, mise en évidence de gènes conservés au sein
des procaryotes
4. Chronologie de l’analyse bactériologique, diagnostic direct
 Prélèvement (t=0)
 Transport du prélèvement au laboratoire (t=2h max)
 Examen direct (t=1h)
o microscopie optique : mobilité, coloration de Gram (forme
arrangement, couleur)
o +/- test immunologique
o +/- test moléculaire
 Culture (t=24h)
o Ensemencement, lecture le lendemain
 Identification bactérienne (t=24-/48h)
o méthode rapide (t=24h)
o méthode nécessitant une nouvelle culture (t=48h)
 Antibiogramme (t=48h)
o Bactérie pathogène, induit une infection même chez le sujet sain
o Bactérie opportuniste, induit une infection chez les sujets aux défenses
immunitaires altérées
 Type d’infection
o Infection suppurative, symptomatologie là où se trouvent les bactéries,
site de prélèvement
o Infection toxinique, symptomatologie liée à une toxine se trouvant à
distance des bactéries, site de prélèvement
5. Diagnostic indirect
 Réponse immunitaire humorale, sérologie
o Réservée à l’étiologie, l’examen direct est difficile
o Syphilis, Lyme (maladie), Brucellose, Rickettsiose – Coxiella,
Légionellose, Mycoplasme, Chlamydiose, Leptospirose
 Réponse immunitaire cellulaire T, quantiféron
o Tuberculose (Mycobacterium tuberculosis complex)
5. Investigation d’épidémie
 Suspicion d’épidémie quand plusieurs cas d’infection sont provoqués par la
même bactérie
 Importance médico-légale, cas des infections liées au soin
 Outils de comparaison des souches
o phénotypique : biotype, antibiogramme, sérotype…
o Génotypiques par biologie moléculaire : électrophorèse de l’ADN
bactérien, séquençage de gènes cibles, génome entier…

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