Le diagnostic bactériologique Gérard Lina (gerard.lina@chu

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Le diagnostic bactériologique
Gérard Lina (gerard.lina@chu-lyon.fr)
Année universitaire 2016 -2017.
1. Je resitue le cours dans son contexte : Le diagnostic bactériologique
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Identification bactérienne est indispensable pour la bonne prise en charge,
diagnostique, pronostique et thérapeutique du patient lors d’infection
Diagnostic direct nettement plus informatif que le diagnostic indirect
Condition de croissance bactérienne dépend de l’espèce, rendant
indispensable le signalement de suspicion d’infection par les bactéries
difficilement cultivables
Informations rendues par le laboratoire ne sont pas immédiates mais
segmentées en fonction de l’avancement de l’analyse
2. Croissance bactérienne
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Correspond à la multiplication cellulaire
Mise en évidence par l’apparition d’un trouble dans les milieux liquides et de
colonies sur les milieux gélosés
Temps de croissance variable d’une espèce à l’autre
Exigence nutritive pour la croissance variable d’une bactérie à l’autre
o 37°C
o Atmosphère aérobie, anaérobie
o Besoin en nutriment plus ou moins complexe nécessitant, lors de la
prescription, l’indication de la recherche pour certaines bactéries
(mycobactérie, Légionelle, Mycoplasme, Chlamydia, Rickettsie)
o Agent de la Syphilis et de la lèpre ne se cultive pas
3. Identification bactérienne
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Indispensable pour l’interprétation des résultats car, à chaque espèce est
associée un certain panel d’infections, un degré de virulence et un spectre de
sensibilité aux agents anti-infectieux
Nécessite la culture de la bactérie dans la majorité des cas
Identification phénotypique
o Morphologique (valeur d’orientation uniquement)
 Mobilité
 Forme et arrangement : cocci, bacille, virion, spirochète
 Coloration de Gram : positif violet, négatif rose
o Biochimique
o Antigénique, test d’agglutination et test immuno-chromatographique
o Antibiogramme
Identification génotypique par biologie moléculaire
o Recherche ciblée, détection de gènes spécifiques d’espèce, de virulence
de résistance aux antibiotiques
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o Recherche sans apriori, mise en évidence de gènes conservés au sein
des procaryotes
4. Chronologie de l’analyse bactériologique, diagnostic direct
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Prélèvement (t=0)
Transport du prélèvement au laboratoire (t=2h max)
Examen direct (t=1h)
o microscopie optique : mobilité, coloration de Gram (forme
arrangement, couleur)
o +/- test immunologique
o +/- test moléculaire
Culture (t=24h)
o Ensemencement, lecture le lendemain
Identification bactérienne (t=24-/48h)
o méthode rapide (t=24h)
o méthode nécessitant une nouvelle culture (t=48h)
Antibiogramme (t=48h)
o Bactérie pathogène, induit une infection même chez le sujet sain
o Bactérie opportuniste, induit une infection chez les sujets aux défenses
immunitaires altérées
Type d’infection
o Infection suppurative, symptomatologie là où se trouvent les bactéries,
site de prélèvement
o Infection toxinique, symptomatologie liée à une toxine se trouvant à
distance des bactéries, site de prélèvement
5. Diagnostic indirect
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Réponse immunitaire humorale, sérologie
o Réservée à l’étiologie, l’examen direct est difficile
o Syphilis, Lyme (maladie), Brucellose, Rickettsiose – Coxiella,
Légionellose, Mycoplasme, Chlamydiose, Leptospirose
Réponse immunitaire cellulaire T, quantiféron
o Tuberculose (Mycobacterium tuberculosis complex)
5. Investigation d’épidémie
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Suspicion d’épidémie quand plusieurs cas d’infection sont provoqués par la
même bactérie
Importance médico-légale, cas des infections liées au soin
Outils de comparaison des souches
o phénotypique : biotype, antibiogramme, sérotype…
o Génotypiques par biologie moléculaire : électrophorèse de l’ADN
bactérien, séquençage de gènes cibles, génome entier…
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