Le diagnostic bactériologique Gérard Lina ([email protected]) Année universitaire 2016 -2017. 1. Je resitue le cours dans son contexte : Le diagnostic bactériologique Identification bactérienne est indispensable pour la bonne prise en charge, diagnostique, pronostique et thérapeutique du patient lors d’infection Diagnostic direct nettement plus informatif que le diagnostic indirect Condition de croissance bactérienne dépend de l’espèce, rendant indispensable le signalement de suspicion d’infection par les bactéries difficilement cultivables Informations rendues par le laboratoire ne sont pas immédiates mais segmentées en fonction de l’avancement de l’analyse 2. Croissance bactérienne Correspond à la multiplication cellulaire Mise en évidence par l’apparition d’un trouble dans les milieux liquides et de colonies sur les milieux gélosés Temps de croissance variable d’une espèce à l’autre Exigence nutritive pour la croissance variable d’une bactérie à l’autre o 37°C o Atmosphère aérobie, anaérobie o Besoin en nutriment plus ou moins complexe nécessitant, lors de la prescription, l’indication de la recherche pour certaines bactéries (mycobactérie, Légionelle, Mycoplasme, Chlamydia, Rickettsie) o Agent de la Syphilis et de la lèpre ne se cultive pas 3. Identification bactérienne Indispensable pour l’interprétation des résultats car, à chaque espèce est associée un certain panel d’infections, un degré de virulence et un spectre de sensibilité aux agents anti-infectieux Nécessite la culture de la bactérie dans la majorité des cas Identification phénotypique o Morphologique (valeur d’orientation uniquement) Mobilité Forme et arrangement : cocci, bacille, virion, spirochète Coloration de Gram : positif violet, négatif rose o Biochimique o Antigénique, test d’agglutination et test immuno-chromatographique o Antibiogramme Identification génotypique par biologie moléculaire o Recherche ciblée, détection de gènes spécifiques d’espèce, de virulence de résistance aux antibiotiques 1 2 TAPEZ LE TITRE DU DOCUMENT o Recherche sans apriori, mise en évidence de gènes conservés au sein des procaryotes 4. Chronologie de l’analyse bactériologique, diagnostic direct Prélèvement (t=0) Transport du prélèvement au laboratoire (t=2h max) Examen direct (t=1h) o microscopie optique : mobilité, coloration de Gram (forme arrangement, couleur) o +/- test immunologique o +/- test moléculaire Culture (t=24h) o Ensemencement, lecture le lendemain Identification bactérienne (t=24-/48h) o méthode rapide (t=24h) o méthode nécessitant une nouvelle culture (t=48h) Antibiogramme (t=48h) o Bactérie pathogène, induit une infection même chez le sujet sain o Bactérie opportuniste, induit une infection chez les sujets aux défenses immunitaires altérées Type d’infection o Infection suppurative, symptomatologie là où se trouvent les bactéries, site de prélèvement o Infection toxinique, symptomatologie liée à une toxine se trouvant à distance des bactéries, site de prélèvement 5. Diagnostic indirect Réponse immunitaire humorale, sérologie o Réservée à l’étiologie, l’examen direct est difficile o Syphilis, Lyme (maladie), Brucellose, Rickettsiose – Coxiella, Légionellose, Mycoplasme, Chlamydiose, Leptospirose Réponse immunitaire cellulaire T, quantiféron o Tuberculose (Mycobacterium tuberculosis complex) 5. Investigation d’épidémie Suspicion d’épidémie quand plusieurs cas d’infection sont provoqués par la même bactérie Importance médico-légale, cas des infections liées au soin Outils de comparaison des souches o phénotypique : biotype, antibiogramme, sérotype… o Génotypiques par biologie moléculaire : électrophorèse de l’ADN bactérien, séquençage de gènes cibles, génome entier… 2 3 4 TAPEZ LE TITRE DU DOCUMENT 4