INFORMATION GENETIQUE ET SYNTHESE PROTEIQUE I. LE SUPPORT DE L’INFORMATION GENETIQUE L’information génétique détermine la fonction des cellules qui dépend du type de protéines qu’elle contient. Le support de l’information génétique est l’ADN. L’ADN est composé de deux chaînes nucléotidiques complémentaires entre elles. Il y a quatre types de nucléotides : Adénine, Guanine, Cytosine, Thymine. L’information génétique qui détermine la synthèse d’une protéine est portée par le gène (portion d’ADN caractéristique d’un type de protéine). L’ADN est constitué d’un très grand nombre de gènes. Le gène est formé d’une séquence de nucléotides. Cette séquence est un code qui détermine la séquence des acides aminés qu’il faudra associer pour former la protéine. Le codage d’un acide aminé se fait par une séquence de trois nucléotides, ce que l’on appelle le « mot de code ». Avec 4 nucléotides différents, il y a 64 mots de code possibles. Parmi ces 64 mots de code possibles, seuls 61 serviront au codage des acides aminés, les 3 autres correspondant à des mots de terminaison qui indiquent la fin d’un gène. Dans la nature, il existe une vingtaine d’acides aminés différents, cela signifie donc qu’un acide aminé peut être déterminé par plusieurs mots de code. Quel que soit le type de cellule vivante (musculaire, nerveuse, …), on trouvera le même type de codage. ORGANISATION DES GENES DE L’ADN Gène A mot de terminaison Gène B mot de code ACG – TAA – … – GTA – CTG – ACT – GTA – TCC – … – ACG – CCA – ATT Cys – Ileu – … – His – Asp His – Arg – … – Cys – Gly Protéine A Protéine B Sur les chaînes d’ADN, en dehors des gènes, on trouve des séquences de nucléotides qui vont servir aux régulations des synthèses de protéines. 582678123 -1- II. LA SYNTHESE PROTEIQUE Cette synthèse protéique se fait en deux étapes car l’ADN ne peut pas traverser l’enveloppe nucléaire, or les protéines sont synthétisées dans le cytoplasme de la cellule : - La transcription de l’ADN se déroule dans le noyau de la cellule. Cette étape permet de copier l’information portée par le gène sur une chaîne d’ARN, l’ARNm. Cet ARNm pourra passer dans le cytoplasme afin que la deuxième étape de la synthèse protéique puisse se faire. - La deuxième étape correspond à la traduction de l’ARNm en protéine. A. TRANSCRIPTION DE L’ADN L’ARN, contrairement à l’ADN, ne contient qu’une seule chaîne de nucléotides, le sucre est le ribose et la Thymine est remplacée par l’Uracile. L’ARN est formé dans le noyau à partir de nucléotides triphosphates (ils possèdent deux groupements phosphates supplémentaires par rapport aux nucléotides qui forment l’ADN). Ces nucléotides triphosphates sont formés dans le noyau de la cellule à partir de nucléotides et de phosphates inorganiques. La transcription de l’ADN nécessite également la mise en jeu d’une enzyme, l’ARN polymérase. Cette enzyme devient active quand elle se fixe sur une séquence particulière de nucléotides qui se trouve en début de gène et que l’on appelle le promoteur ou encore le gène opérateur. La fixation de l’enzyme sur le gène opérateur va modifier la forme de l’ADN. Cette modification aboutit à l’ouverture de la double chaîne d’ADN. Par l’ouverture de cette double chaîne, les bases du gène sont accessibles et les nucléotides triphosphates vont venir se placer en face de ces bases par complémentarité structurale. Ces nucléotides triphosphates étant mis en place, l’ARN polymérase va progressivement se déplacer pour relier les différents nucléotides triphosphates entre eux, ce qui permettra de terminer la chaîne d’ARNm. Quand les nucléotides triphosphates s’associent, les groupements phosphates supplémentaires se détachent et libèrent l’énergie nécessaire pour former les liaisons entre les nucléotides. En fin de chaîne, l’ARN polymérase rencontre un mot de terminaison et elle se détache donc de l’ADN qui reprend sa forme initiale. 582678123 -2- –T–A–C–G–T–G–C–C–A–T–…–G–A–C–A–A–C–G–C– –A–T–G–C–A–C–G–G–T–A–…–C–T–G–T–T–G–C–G– promoteur séquence de terminaison ------------ Gène à transcrire ------------ARN polymérase A–T–…–G –T–A–C–G A–A–C–G–C– –A–T–G–C–A–C–G–G–T–A–…–C–T–G–T–T–G–C–G– ARN polymérase U G C C A U … G A C A P P P P P P P P P P P P P P P P P P P P –A–T–G–C–A–C–G–G–T–A–…–C–T–G–T–T–G–C–G– U–G–C–C–A–U–…–G–A–C–A ARN polymérase P–P P–P P–P P–P P–P P–P P P P P P P P–P Au niveau de l’ARNm, on retrouve des séquences de trois nucléotides qui sont des codons. MATURATION DE L’ARN On trouve des portions inutiles, les introns et des portions utiles, les exons. La phase de maturation sélectionne les portions utiles. A la suite de la phase de maturation, les ARNm restent volumineux (pour une protéine de 100 acides aminés, il faut 300 nucléotides). 582678123 -3- Exon Intron Exon Intron Exon Intron Exon Intron Gène d’ADN Transcription ARNm Maturation ARNm traité enveloppe nucléaire pore nucléaire ARNm traité dans le cytoplasme B. TRADUCTION DE L’ARNm La traduction de l’ARNm en protéine se passe dans le cytoplasme. Pour effectuer cette étape, on a besoin de deux éléments différents : le ribosome et l’ARN de transfert (ARNt). 1. LE RIBOSOME Le ribosome est le lieu de synthèse des protéines. Ce sont de petits granules (environ 20nm de diamètre) que l’on retrouve soit sous forme libre dans le cytoplasme, soit lié à la surface du Réticulum Endoplasmique. Dans une cellule, le nombre de ribosomes dépend de son niveau d’activité (en phase de croissance, la densité en ribosomes est plus importante). Les ribosomes sont formés par un type d’ARN particulier, l’ARN ribosomique, et aussi par environ 70 molécules protéiques différentes. Ces protéines sont notamment des enzymes qui serviront à la traduction de l’ARNm. Le ribosome est subdivisé en deux parties qui enveloppent l’extrémité gauche de la chaîne d’ARNm quand celui-ci arrive dans le cytoplasme. La traduction sera permise par le déplacement progressif du ribosome vers la droite de la chaîne. Schéma du ribosome 582678123 -4- 2. L’ARN DE TRANSFERT L’ARNt permet de traduire les codons en acides aminés et de les associer entre eux par des liaisons peptidiques. L’ARNt est le plus petit des ARN (environ 80 nucléotides). Il a la forme d’un trèfle dont chaque boucle porte un codon particulier. Schéma d’un ARNt AAx Reconnaissance et activation de l’aminoacyl ARNt synthétase correspondante Fixation sur le ribosome Anticodon ARNm La deuxième boucle comporte un anticodon complémentaire de l’ARNm. Il existe une vingtaine d’ARNt différents qui portent un anticodon spécifique à un acide aminé. Au niveau des anticodons de l’ARNt, on trouve des bases particulières qui peuvent être complémentaires de plusieurs bases d’ARNm. C’est le cas de l’Iosine qui peut se lier par complémentarité à l’Adénine, à l’Uracile ou à la Cytosine. Cet anticodon peut donc s’associer à trois codons différents qui codent pour le même acide aminé. Il existe une vingtaine d’enzymes qui font partie des enzymes du ribosome, et chacune de ces enzymes est spécifique pour la fixation d’un seul acide aminé sur son ARNt correspondant. 3. ASSEMBLAGE DES PROTEINES La première étape est le déclenchement, processus complexe qui implique les protéines du ribosome et l’ARN ribosomial. C’est un mécanisme qui a pour but d’identifier le codon initiateur porté par l’ARNm. C’est l’étape la plus lente de la synthèse protéique ; sa vitesse peut être modifiée en jouant sur l’activité des protéines ribosomiales. La deuxième étape est la lecture de la chaîne d’ARNm. Cette lecture s’effectue toujours de gauche à droite ; on commence la synthèse de la protéine par l’acide aminé qui est situé à l’extrémité amine libre. 582678123 -5- Schéma de l’assemblage des protéines Le ribosome possède deux sites de fixation pour l’ARNt. Ces ARNt viennent se placer face à leurs codons complémentaires. L’acide aminé porté par le premier ARNt le plus à gauche va se fixer sur l’acide aminé porté par le second ARNt. Il y a ensuite formation d’une liaison peptidique. Une fois la liaison peptidique formée, le ribosome se déplace d’un codon vers la droite. Le premier site du ribosome porte l’ARNt sur lequel est fixé le dipeptide. Sur le second site vient se placer un ARNt spécifique au troisième codon. Cet ARNt porte lui-même un acide aminé. Et ainsi de suite… On obtient donc une vitesse d’assemblage de 2 à 3 acides aminés fixés par seconde. Quand le ribosome atteint le codon terminal, la chaîne polypeptidique se détache et elle se retrouve soit libre dans le cytoplasme, soit dans le Réticulum Endoplasmique si le ribosome était lié à ce dernier. Cette synthèse protéique nécessite beaucoup d’énergie : il faut environ 28 Kcal. pour former une liaison peptidique. La chaîne d’ARNm peut être utilisée plusieurs fois pour former plusieurs molécules d’une même protéine. C’est pour cela que dans la cellule on peut trouver des polyribosomes, c’est-à-dire que quand un ribosome s’éloigne de l’extrémité gauche de l’ARNm, un second ribosome peut se placer pour commencer une nouvelle traduction de cet ARNm. Sur une même chaîne d’ARNm, on peut trouver jusqu’à 70 ribosomes (les ribosomes les plus à droite portent bien sûr les chaînes polypeptidiques les plus longues). Schéma de polyribosomes 582678123 -6- Une fois formée, cette chaîne polypeptidique peut subir des modifications. Par exemple, elle peut être formée sous une forme inactive et au moment où cela est nécessaire, elle est activée. Cette activation se fait le plus souvent par phosphorylation. La forme de la molécule change et celle-ci devient inactive. Par ailleurs, ces chaînes initiales peuvent être coupées en plusieurs parties, ce qui veut dire qu’à partir d’un même gène, on peut avoir la synthèse de plusieurs protéines, protéines qui auront des fonctions différentes mais complémentaires. Par exemple, cela peut être un transporteur membranaire du glucose et en même temps l’enzyme qui permet de dégrader le glucose. L’ARNm n’est pas éternel ; il est détruit par des enzymes du cytoplasme, ce qui interrompt la synthèse de la protéine. Pour réguler la synthèse protéique, il faut jouer sur la transcription de l’ADN, c’est-à-dire activer ou inactiver la synthèse d’ARNm. III. REGULATION DE LA SYNTHESE DES PROTEINES On régule la synthèse protéique pour assurer uniquement les besoins de la cellule. Pour réguler cette synthèse protéique, on contrôle la transcription de l’ADN en ARNm. Deux mécanismes sont connus : mécanisme d’induction et mécanisme de répression. Dans le cas de l’induction, c’est un substrat qui va activer la transcription d’un gène. Pour la répression, c’est un composé qui inactive ou inhibe la transcription d’un gène. Schéma de la répression 582678123 -7- Schéma de l’induction On considère ce qu’on appelle l’opéron l’ensemble formé par le gène opérateur, qui est le site de fixation de l’ARN polymérase, et par le gène structural, qui sert réellement pour la synthèse de l’ARNm. Au niveau de l’ADN, on peut trouver des gènes répresseurs qui sont à la base de la synthèse d’une protéine dite répressive. Si cette protéine répressive est active, elle se place devant le gène opérateur qui devient donc inaccessible pour l’ARN polymérase. Elle bloque donc la transcription du gène. Ensuite le jeu des inducteurs et des répresseurs est de rendre active ou inactive cette protéine répressive. Dans le cas de la répression, le répresseur active la protéine répressive qui bloque le gène opérateur ; l’ARN polymérase ne peut pas se fixer, ce qui empêche la synthèse protéique. Dans le cas de l’induction, l’inducteur inhibe la protéine répressive, c’est-à-dire la rend inactive. Le gène opérateur est donc libre ; il peut donc y avoir transcription du gène et donc synthèse protéique. 582678123 -8- RESUME DU COURS : support info. génétiq = ADN : 2 chaînes nucléotidiqs complémentaires (A-T ; C-G). Gène (=port d’ADN) détermine synthèse d’1 protéine. 1 m gène existe sous allèles. individu possède 2 allèles id. homozygote. ‘’ hétérozygote. pour 1 individu hétérozygote, l’allèle peut ê dominant (il s’exprime) ou récessif. Mot de code = séquence de 3 nucléotides codant pour 1 a.a. (mots de terminaison fin d’1 gène). ARN : 1seule chaîne de nucléotides (A-U ; C-G) ; sucre = ribose. Synthèse protéiq en 3 étapes car ADN ne peut pas traverser enveloppe nucléaire. - transcript de l’ADN en ARNm (ds noyau) : ARN polymérase se fixe sur gène promoteur (voisin du gène à transcrire), ouvre double hélice d’ADN par rupture des liaisons hydrogènes entre les bases, lit mots de code & associe nucléotides libres. - maturat de l’ARN = épissage (ds noyau) : sélect des ports utiles = exons (éliminat des introns). - traduct de l’ARNm en protéine (ds cytoplasme) : 1ere étape = déclenchemt = identificat du codon initiateur. Puis l’ARNt amène son a.a. (lié par 1 enzyme = aminoacyl-ARNt synthétase) en face de son codon (grâce à la spécificité de son anticodon) ; le ribosome se déplace de codon en codon (vers la droite) et « traduit le code » ; les a.a. s’associent par des liaisons peptidiqs. Après traduc, les protéines adoptent leur conformat propre grâce aux protéines chaperons. Elles peuvent ensuite subir des modifs. Régulat synthèse protéiq par 1 contrôle de la transcript de l’ADN : mécanismes d’induct (activat) & de répress (inhibit). 582678123 -9-