4. Diagnostic virologique - Cours de DCEM1 2010/2011 à Amiens

Virologie.
VIRUS ADN
I. Papillomavirus
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Papillomavirus : un seul genre mais plus de 100 génotypes.
Virus à tropisme épithélial.
1. Fiche signalétique
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Genre : papillomavirus.
Espèce : papillovmavirus.
Génome : ADN bicaténaire, circulaire (80 000bp).
Capside : icosédrique.
Enveloppe : non enveloppé (donc résistants dans le milieu extérieur).
Diamètre : 55nm.
2. Caractéristiques
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Virus strictement humain, ne se cultivant pas.
Plus de 120types.
Il y a donc une difficulté dans le diagnostic (du fait de nombre de papillomaviridae de différénts
types).
o De plus ils ne peuvent être mis en culture.
o La recherche d’anticorps par sérologie n’est pas non plus possible (reste dans
l’épithélium).
o Seul un diagnostic par biologie moléculaire peut être possible.
3. Mode de transmission
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Transmission directe : abrasions cutanées, rapports sexuels (IST), néo-natale.
Transmission indirecte : objets contaminés.
Réinfection endogène (état d’immunodéprimé).
4. Types d’HPV et localisation
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Deux branches phylogénétiques majeures, avec des sites d’infection différents :
o Cutané : épithélium malpighien kératinisé.
o Muqueux : épithélium malpighien non kératinisé.
En fonction de la localisation, les signes cliniques seront différents :
o Muqueux : condylomes.
o Cutanés : verrues.
Quand le virus souhaite se multiplier, il suit la différenciation cellulaire de la peau :
o Au niveau des cellules basales on ne retrouve que de l’ADN virale (pas de protéines
virales).
o Quand la cellule basale se différencie, les facteurs de différenciation que la celle hôte
utilise servent également pour le virus qui exprime alors les première protéines virales.
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Virologie.
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C’est uniquement à la surface du derme que se fait l’assemblage des nouvelles particules
virales. Le virus sera alors éliminé dans le milieu extérieur au même moment que la peau
desquame.
La réplication virale se fait uniquement dans les cellules épithéliales : seules les cellules
superficielles différenciées en voie de kératinisation assurent la production.
Virus libérés dans lyse avec la desquamation cellulaire.
Exposition minimale au système immunitaire (pas de synthèse d’anticorps).
L’immunité cellulaire peut contrôler l’infection.
Les anticorps ne sont pas toujours détectables. Il existe cependant des vaccins contre le
papillomavirus (cf. vaccin cancer col utérin) qui favorisent l’immunité spécifique avec des
anticorps.
5. Pouvoir pathogène
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a. Tumeurs bénignes
Tumeurs bénignes de la peau et muqueuses malpighiennes :
o Verrues cutanée (vulgaires, plantaires, planes, etc.).
o Condylomes acuminés ano-génitaux (crête de coq).
o Condylomes plans génitaux.
o Papillomes laryngés (parfois cancérigène, transmission néonatale par transmission
buccale au nourrisson).
Infections HPV des muqueuses
Transmission sexuelle IST.
Fréquence augmentée :
o 1er rapport sexuel avant 16ans (x2 risque à 20ans).
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Virologie.
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o Partenaires multiples (x3risques/1).
Infection souvent asymptomatique et le plus souvent transitoire (moyenne 8 mois) , c’est le
caractère persistant qui fait basculer vers la maladie épithéliale.
Par étude de la fréquence des types d’HPV retrouvés dans la population, on a différencié la
gravité des types d’HPV :
o Non oncogènes (bas risques : infection des muqueuses mais sans pouvoir transformant
important) : 6 et 11.
o Oncogènes (haut risque) : 16, 18, 31 et 33. Une femme porteuse d’un HPV 16 ou 18 a à
terme un risque de développé un cancer du col de l’utérus.
Persistance de l’infection HPV :
o 31% des femmes ont une infection éliminée au bout de 1-3mois.
o 39% de 6-12mois.
o 11% de 12-18mois.
b. Tumeurs malignes
Tueurs malignes d e peau et muqueuses malpighiennes ;
o Condylomes vénériens.
o Papillomes oraux.
o Epidermodysplasie verruciforme (syndrome de Lewwandowsky-Lutz). Maladie génétique
de la peau autosomale très rare, susceptibilité anormale aux HPV (5/8). Risque élevé de
carcinome.
Cancer du col de l’utérus
De l’infection à l’HPV au cancer du col utérin :
o Infection HPV (de type 16 ou 18 principalement).
o Infection persistance du fait de la déficience immunologique de l’hôte.
o Apparition d’anomalies cellulaires.
o Certains facteurs co-cancérogénèse permettent l’installation de lésions de haut grade.
o Ces lésions se transforment ensuite en cancer.
Entre l’apparition des lésions de haut grade et l’apparition histologique de cancer il s’écoule
environ 11ans.
L’HPV est une cause nécessaire mais insuffisante.
Risque relatif lié au type d’HPV :
o Si pas d’infection HPV risque multiplié par 1.
o HPV16 x434.
o HPV18 248.
o HPV16 et HPV18 617.
o HPV6 4.3
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ADN HPV est présent dans plus de 99% des cas de cancer du col de l’utérus.
ADN HPV intégré au génome cellulaire.
Expression des gènes E6-E7 (HPV16 et HPV18) :
o Immortalisation de cellules.
o E6 se fixe à la protéine p53.
o E7 se fixe à la protéine pRb (rétinoblastome).
6. Diagnostic
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Prélèvements :
o Biopsie.
o Cellules recueillies en milieu liquide (cytobrosse pour gratter cellules du col utérin).
a. Mise en évidence indirecte
Cytologie (frottis cervico-vaginal, koïlocytes) :
o Cytologie classique :
o Coloration papanicolaou.
o Système Bethesda 2001.
o Système CIN.
o Cytologie monocouche.
Histopathologie :
o Biopsie.
o Hybridation in situ.
o Pour : dysplasie, cancer in situ, cancer invasif.
Koïlocytes : espace clair dans le cytoplasme (habituellement absent).
b. Mise en évidence directe
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Virologie :
o Détection :
o Hybrid-capture (Digene).
o PCR spécfiiques (14 types E6).
o PCR consensus (L1, MY09/11, GP5+/6+).
o Typage :
o Hybridation.
o Séquençage.
o Quantification : PCR (technique ANRS type 16).
o Pas de culture in vitro.
c. Utilité clinique des tests HPV
Identification des ASCUS à risque (Atypical Squamous Cells of Undetermined Signification) :
o Reconnaissance anatomie pathologique de ASCUS.
o Confirmation par la virologie de la présence d’HPV.
o Intensification de la surveillance cytologique de la patiente.
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Virologie.
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Intégration des tests HPV dans le dépistage systématique du cancer du col.
Etude des transmissions.
Surveillance du col utérin :
o Un frottis cervico-vaginal tous les 3ans.
o Recherche et typage HPV en cas de cytologie douteuse.
o Bientôt recherche HPV systématique et contrôle frottis renforcé ou allégé.
Biopsie (coloscopie, lésions) : cytologie + virologie.
Prélèvement urétral : partenaire infecté, expertise, etc.
7. Prévention des infections à HPV
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Modification des comportements sexuels :
o Nombre de partenaires.
o Préservatifs ± antiseptiques locaux.
Vaccin contre les HPV :
o Baisse incidence des infections à HPV.
o Baisse incidence des cancers HPV-induits.
Dépistage et traitement précoce :
o Cryothérapie : évaporation laser, exérèse chirurgicale, électrocoagulation.
o Vaccination. Recommandé chez jeune fille de 14ans, et en rattrapage chez jeune fille de
15 à 23ans n’ayant pas eu de rapport sexuel ou au plus tard dans l’année suivant le
premier rapport sexuel.
8. A retenir
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HPV sont des virus nus résistant dans l’environnement.
Transmission par contact direct.
Tropisme étroit pour la peau et les muqueuses malpighiennes.
Multiplication productive effectuée seulement dans les cellules en phase terminale de
différenciation.
L’immunodépression et la grossesse favorisent l’apparition ou la récidive des infections à HPV.
HPV « haut risque » associés à des tumeurs malignes.
Commercialisation d’un vaccin contre des papillomavirus à haut risque.
II. Parvoridae
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Parvovirus B19.
Tropisme marqué pour les précurseurs des lignées érythrocytaires (donc atteinte des globules
rouges à l’origine d’une anémie).
Virus retrouvés aussi dans le monde animal sauf pour le B19 strictement humain.
1. Fiche signalétique
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Famille : parvoviridae.
Genre : érythrovirus.
Espèce : parvovirus B19.
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Virologie.
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Acide nucléique : ADN monocaténaire linéaire (5,5kb).
Capside icosaédrique.
Non enveloppé.
Diamètre du virion 18 – 26nm.
2. Epidémiologie
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Mode de transmission : virus ubiquitaire.
o Voie respiratoire : par contact direct entre les personnes.
o Voie indirecte : objets contaminés.
o Transmission in utero dans 1/3 des cas, mortalité fœtale estimée à 9% et répercussion au
niveau du développement du fœtus.
o Contamination transfusionnelle : 60 à 80% des adultes présentent des anticorps.
Physiopathologie : affinité élective pour les précurseurs érythroïdes (érythroblastes).
3. Pouvoir pathogène
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Manifestations inapparentes : la plupart du temps. Manifestations cliniques léies à l’apparition
des anticorps (éruption, arthrites, etc.).
Manifestations cutanées symptomatique : Mégalérythème épidémique enfant (5ème position des
maladies infantiles).
o Eruption congestive épidémique, aspect en aile de papillon (2jours).
o 1 à 4 jours après, propagation au tronc et aux membres.
o Disparition du rash entre 5 et 9 jours, atteintes articulaires rares < 10%.
Manifestations articulaires :
o Plus fréquentes chez les femmes.
o Polyarthrites peu sévères (adultes) ;
o Petites articulations touchées en premier.
o Amélioration entre 2 et 3semaines.
Manifestations hématologiques :
o Crises d’érythroblastopénie, hémolyse constitutionnelle (drépanocytose, β-thalassémie,
sphérocytose).
o Anémies chroniques, immunodépression.
Atteinte fœtale : anasarque foeto-placentaire (œdèmes généralisés sous-cutanés et viscéraux),
anémie, myocardites.
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Virologie.
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Infection foetale
Passage transplacentaire.
Replication massive dnas les précurseurs de la lignée rouge (moelle osseuse, foie).
A l’origine d’une anémie arégérative, atteinte myocardique et ± hépatique.
Œdèmes et épanchements.
Anasarque qui apparait 3 à 12 semaines après le début de la primo-infection maternelle :
o Mort in utero fréquente en cas d’anasarque.
o Guérison (d’autant plus qu’il est possible de faire une transfusion in utero).
4. Diagnostic
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Direct : recherche du génome viral (amplificationà ?
o Crises d’érythroblastopénie.
o Anémies chroniques.
o Anémies fœtales.
Indirect : recherche des IgM et IgG (ELISA).
o Rashs.
o Artralgies.
o Crises éryhtroblastopénie.
a. Parvovirus B19 et grossesse
Exposition d’une femme enceinte au virus : recherché des IgG.
o Positif : infection ancienne, pas de primo-infection, donc pas de problème STOP.
o Négatives : contrôler 15 jours plus tard et les IgM :
o Négatives : STOP.
o Positives : renforcer la surveillance échographique.
Eruption maternelle rubéoliforme au deuxième trimestre ::
o Recherche des IgG et des IgM :
o IgG positives, IgM négatives : infection ancienne, aucun risque pour grossesse et
fœtus
o IgM positifs et IgG +/- : renforcer la surveillance échographiques.
o Faire une PCR sur le sérum maternel :
o Virémie massive mais brève.
o PCR en général positive (renforce le diagnostic, mais pas essentiel).
b. Parvovirus B19 CAT
Découverte d’un anasarque au deuxième trimèstre.
Doser les IgG maternelles : négatives exclut le parvo.
Doser les IgM : en général négatives au stade d’anarsaque.
Faire une PCR sur sérum maternel :
o Peut être déjà négative.
o Positive dans 50 à 70% des cas.
Amniocentèse pour PCR :
o Possible dès 17SA.
o PCR positive dans 90% des infections à parvovirus car réplication virale prolongée chez le
fœtus.
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Virologie.
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Prise en charge par transfusion in utero chez le fœtus.
5. A retenir
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Le diagnostic classique repose sur la mise en évidence des IgM.
En cas d’infection fœtale, seule la recherche d’ADN viral dans le sang fœtale est pertinente.
En cas d’anémie fœtale, exsanguino-transfusion partielle in utero sauve 50% des fœtus.
III. Polymaviridae
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Virus JCV et BKV.
Virus opportunistes, pathogènes chez l’immunodéprimé.
1. Fiche signalétique
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Genre : polyomavirus.
Espèces :
o JCV (atteinte neurologique).
o BKV (atteinte rénale)
Génome : Adn bicaténaire circulaire (5kpbp) réplication dans le noyau.
Capside : icosédrique.
Non envelopé.
Diamètre : 45nm.
Infection latente dans les cellules épithéliales rénales et cellules mononuclées sanguines.
2. Epidémiologie
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Virus ubiquitaires :
o Transmission supposée : respiratoire ou digestie.
o Primo-infection inapparente, enfnce ou adolescence.
o Largement répandu : 60 à 90% des adultes présentent des anticorps.
3. Pouvoir pathogène
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a. JC virus
JC virus : initiales du patient atteint de leucoencéphalite multifocale progressive (LEMP), 1er
isolement viral (cerveau).
Maladie démyélinisante (LEMP) : Leucoencéphalite multifocale progressive.
o Débutant par des troubles visuels et du comportement.
o Evolution vers syndrome démentiel associé à des déficits neurologiques variés.
o Complication rare et terminale d’états d’immunodépression cellule prolongée (LLC,
Hodgkin, greffes allogéniques, SIDA, etc.).
b. BK virus
BK virus : initiales d’un patient transplanté rénal, virus isolé (urines).
Virus opportuniste affectant les greffés de rein et de moelle.
Sténoses urétrales et cystites hémorragiques.
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Virologie.
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Néphropathie tubulo-interstitielle chez les receveurs de greffon rénal (plusieurs années après la
greffe).
Chez l’enfant, on peut observer une glomérulonéphrite.
4. Diagnostic virologique
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Diagnostic virologique :
o Isolement viral dans laboratoire spécialisé (cellules particulières).
o Amplification génique : examen essentiel en pratique.
LEMP : recherche de l’ADN viral JC dans le liquide céphalo-spinal.
Néphropathie : recherche de l’ADN viral BK dans les urines (ou dans le sang).
Diagnostic direct, pas de diagnostic sérologique (indirect) qui n’a pas d’intérêt.
Pas de traitement.
5. A retenir
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JCV BKV sont des virus opportunistes (chez immunodéprimés).
Primo-infection asymptomatique : épisode de réaction symptomatique chez les patients
immunodéprimés.
JCV : agent de la LEMP au cours du SIDA.
BKV : agent de la néphropathie interstitielle avec perte de fonction du greffon.
Le diagnostic repose sur un faisceau d’arguments (clinique, radiologique, virologique et
anatomo-pathologique).
IV. Adenoviridae
1. Fiche signalétique
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Famille : adenoviridae.
Sous groupes : 6 chez l’homme (de 1 à F) avec 51 sérotypes. Complique le diagnostic.
Acide nucléique : ADN bicaténaire 35,9kb.
Capside icosaédrique.
Non enveloppé.
Diamètre : 80 à 110 nm.
Structure du virus :
o Capside icosaédrique 252 capsomères.
o 240hexons, 12pentons avec fibrilles au sommet.
Virus ayant une affinité pour le tissu lymphoïde.
Possibilité d’infection latente. Adéno : tissu adénoïdien (amygdales).
Site de multiplication :
o Arbre respiratoire.
o Œil (conjonctivite à adénovirus).
o Tube digestif.
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Virologie.
2. Pouvoir pathogène varié
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a. Atteintes respiratoires
Rhino-pharyngites, angine, otite moyenne, laryngite, bronchite, pneumonie.
Pharyngites : aigue congestive.
Broncho-pneumopathies : frome curable et forme grave (pour adénovirus de type 7).
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b. Atteintes occulaires
Conjocntivites : fivères adéno-pharyngo-conjonctivale.
Epidémies souvent d’origine hydrique (piscines).
Kérato-conjonctivite épidémie (adénovirus types 8) : superficielles.
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c. Atteintes intestinales
Invaginations intestinales aigues : adénite mésentérique chez l’enfant.
Gastro-entérites : infantiles, virus non cultivables.
ADV constituent 5 à 10% des étiologies des diarrhées nécessitant une hospitalisation (ADV de
type 40 et 41).
Diarrhée, fièvres, signes respiratoire (80%), vomissements (50%).
d. Autres localizations
Cystites hémorragies : chez l’enfant (ADV 11°.
Exanthèmes : éruptions macula-papuleuses (rougeoliforme).
Méningo-encéphalites (atteintes sévères).
Infections chez l’immunodéprimé : infections sévères multifocales.
Maladie disséminée à ADV : atteinte multi-organe rare.
Grand nombre d’infections inapparentes.
3. Moyens diagnostics
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a. Direct
Culture cellulaire : sf 40, 41 ++.
Immunofluorescence : plupart +++.
Agglutination au latex : tous +++.
Amplification génique : tous ++.
Sécrétions pharyngées, bronchiques, frottis, conjonctivaux, virus excrétés plusieurs moins dans
urines e selles.
Diagnostic direct à privilégier, à faire dès la suspicion de l’infection par le virus.
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b. Indirect
Sérodignostic de groupe.
Indications : cas d’épidémie, forme grave.
Adénovirus : vecteur de thérapie génique (type 5).
Diagnostic indirect a peut d’intérêt.
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Virologie.
4. A retenir
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ADV sont des virus résistant, à transmission souvent manuportée.
Infections ADV très fréquentes, banales chez l’enfant en pratique de ville : diagnostic virologique
peu utile.
Pneumonie à ADV peut être grave avec certains sérotypes ou chez l’immunodéprimé.
Recherche d’antigène ou génomes viraux est à privilégier chez le sujet hospitalisé.
Un prélèvement positif de selles ou gorges isolé en dehors d’une immunodéprimé n’a pas de
signification (portage asymptomatique par l’ADV mais infection causé par un autre virus).
V. Poxviridae
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Poxvirus.
Virus enveloppés, structure complexe.
Résistants en milieu extérieur.
1. Fiche signalétique
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Famille : Poxviridae.
Espèce : Poxvirus.
o Virus de la variole.
o Virus de la vaccine.
o Virus du nodule du troyeur.
o Virus du molluscum contagiosum.
Diamètre du virion : 300 à 450nm (plus grosà.
ADN bicaténaire linéaire (186kb, 338 protéines).
Structure unique :
o Symétrie complexe.
o Double enveloppe (coque interne épaisse).
o Deux corps latéraux.
o Résistance importante (malgré la présence d’une enveloppe).
Particularité : multiplication dans le cytoplasme (malgré que ce soit un virus à ADN).
1. Variole
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Variole: seule maladie virale éradiquée (1980).
Anciennement épidémique en Afrique - Inde.
Transmission aérienne, malade mis en quarantaine.
Incubation: 8-15 jrs
Clinique:
o Macule-papule (j3).
o Vésicule (j7).
o Pustule (j10).
o Croûte (j40)
La vaccination contre la variole est le premier vaccin trouvé (variolisation par Jenner).
En Egypte : présence de cicatrice de variole sur la momie de Ramsès V.
Complications de la vaccine (vaccin contre la variole) :
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Virologie.
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Au point d’injection du vaccin : cicatrisation.
Vaccin mal calibré, on contrôlé mal leur pouvoir pathogène : formes de nécroses dans le
point d’injection.
2. Molluscum contagiosum
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Poxvirus qui existe toujours.
A l’origine de vésicules cutanées transparentes individualisées (au niveau des flancs, des bras,
des cjambes) très fréquentes chez les enfants.
Pathologie dermatologique qui n’était pas visible jusqu’aux années 80. En effet les personnes
vaccinées contre la variole étaient protégés par le molluscum contagiosum.
3. A retenir
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Poxviridae sont de gros virus à ADN , enveloppés mais résistants dans le milieu extérieur (8
genres).
Genre Orthopoxvirus: + important en pathologie humaine (variole, vaccine, cowpox,
monkeypox).
Variole éradiquée de la planète en 1977, abandon de la vaccination variolique début 80.
Diminution de l’immunité des populations vis à vis des Orthopoxvirus.
Molluscum contagiosum, antiviral actif : le cidofovir en gel dermique.
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