demande d`allocation de recherche

DEMANDE D’ALLOCATION DE RECHERCHE
Septembre 2006 *
Nom de l’équipe d’accueil : Génomique évolutive et environnementale du phytoplancton
Direction scientifique : Hervé Moreau
Thématique de recherche : Biodiversité et dynamique des souches d'Ostreococcus et
leurs virus
Intitulé du sujet de thèse : Spécificité et coévolution entre Ostreococcus spp. et virus
Directeurs de thèse : Nigel Grimsley (DR CNRS) et Yves Desdevises (MC UPMC)
Unité de recherche du Directeur de thèse (intitulé, adresse, tel, mail) :
Observatoire Océanologique de Banyuls, UPMC, UMR 7628
BP 44, 66651 Banyuls-sur-Mer Cedex
04 68 88 73 96, [email protected]
Département : Modèles en biologie cellulaire et évolutive
Sujet résumé :
Les virus sont des acteurs majeurs de la régulation des populations phytoplanctoniques (1).
Les algues phytoplanctoniques du genre Ostreococcus (2), ont une répartition mondiale, et
comprennent plusieurs souches récemment caractérisées (3). Différents éléments indiquent
clairement qu’Ostreococcus est parasité par plusieurs souches de virus (4). Nos observations
prélimaires montrent que des virus d'Ostreococcus sont présents en Méditérranée et dans
différents étangs côtiers et qu'ils peuvent être isolés et cultivés en laboratoire. L'objectif de la
thèse est de caractériser (incluant séquençage et annotation) ces différentes souches de virus et
d'établir leur patrons de spécificité envers les différentes souches d'Ostreococcus (5). Par
l'établissement de réseaux phylogénétiques pour les hôtes (le génome d’Ostreococcus est
connu) et leurs virus, il sera possible d'étudier la coévolution de cette association à l'aide de
méthodes analytiques dédiées. Cela permettra de comprendre l'histoire évolutive de ce
système picoalgue-virus et les facteurs qui contrôlent la spécificité des souches virales.
1. Suttle C. 2005. Nature 437:356-461
2. Courties et al. (1994). Nature 370:255
3. Rodriguez et al. 2005. Env. Microbiol. 7:853-9
4. O'Kelly et al. C. 2003. J. Phycol. 39:850-4
5. Schroeder et al. 2003. Appl. Environ. Microbiol. 69:2484-90
Principales références récentes des Directeurs de thèse :
Desdevises et al. 2002. Biol J. Linn. Soc. 77:431-43
Desdevises et al. 2002. Evolution 56:2459-71
Gal et al. 1991. EMBO J. 10:1571-1578.
Gal S et al. 1992. Virology 187:525-533.
Makarenkov et al. 2004. Zool. Script. 33:89-96
Legendre et al. 2002. Syst. Biol. 51:217-34