Résumé et jury

Soutenance de thèse IMBE (équipe ECIB)
Mercredi 5 juin 2013, 14h30 - Europôle du Petit Arbois, Amphithéâtre du Cerege
Diane Zarzoso-Lacoste (Aix-Marseille Université)
Vers une meilleure compréhension des interactions trophiques directes et
indirectes entre prédateurs invasifs et espèces natives au sein
des écosystèmes insulaires.
Jury :
M. Jean-Louis CHAPUIS
M. François POMPANON
M. Thierry TATONI
M. Olivier LORVELEC
Mme. Caroline COSTEDOAT
M. Eric VIDAL
Résumé
Les invasions biologiques représentent la première cause d’érosion de la biodiversité dans les
écosystèmes insulaires de la planète. Les prédateurs, particulièrement les chats (Felis silvestris
catus) et les rats (Rattus spp.), comptent parmi les espèces les plus largement introduites sur
les îles du globe et constituent à l’heure actuelle un facteur majeur de raréfaction et
d’extinction d’espèces d’oiseaux insulaires passées et futures. Les analyses de régimes
alimentaires sont considérées comme un moyen incontournable pour étudier les interactions
trophiques entre espèces natives et introduites, et en particulier, pour évaluer l’impact des
prédateurs. L’impact de la prédation sur les populations d’oiseaux est le plus souvent
démontré et quantifié grâce à l’identification morphologique des macro-restes non digérés
d’oiseaux dans les échantillons alimentaires de prédateurs. Cependant, une synthèse
bibliographique réalisée dans le cadre de ce
travail à mis en lumière les biais qualitatifs et quantitatifs liés à la difficulté de détecter et
d’identifier les espèces d’oiseaux consommées à partir de restes très fragmentés et dégradés
dans les échantillons alimentaires de prédateurs, en particulier chez les rongeurs. Le récent
développement de l’écologie moléculaire permet maintenant de détecter et d’identifier avec
précision l’ADN de proies cibles dans le régime alimentaire des prédateurs. Néanmoins, avant
d’être utilisées en routine, ces méthodes moléculaires nécessitent une phase primordiale
d’optimisation de protocole afin de maximiser le rendement de l’amplification PCR de l’ADN
des proies, et donc leur probabilité de détection et d’identification. Une grande partie de ce
travail de thèse a donc consisté à optimiser le protocole moléculaire et en particulier les étapes
clés de la sélection et de l’optimisation des couples d’amorces taxon-spécifiques ainsi que
de l’extraction de l’ADN contenu dans les échantillons alimentaires de prédateurs. De plus,
une étude comparée des performances de la méthode morphologique et de la méthode
moléculaire a mis en évidence la puissance de cette dernière dans la détection et
l’identification des espèces de proies consommées par les chats et les rats au cours
d’une étude s’attachant à analyser la prédation sur la communauté d’oiseaux de l’île de Niau
(Polynésie Française) par ces prédateurs introduits. Enfin, nous nous sommes attachés à
étudier les interactions trophiques directes (par prédation) et indirectes (par compétition
exploitative pour la ressources alimentaire) entre trois prédateurs invasifs (R. exulans,

R. rattus et F. s. catus) et une espèce d’oiseau terrestre en danger critique d’extinction, le
Martin-chasseur des Gambier (Todiramphus gambieiri), endémique de l’île de Niau.
L’utilisation combinée des méthodes morphologiques et moléculaires d’analyse de régime
alimentaire a démontré un très faible impact des chats et rats sur la population de Martin-
chasseur de Niau par prédation, mais un fort potentiel de compétition alimentaire entre cet
oiseau et les 2 espèces de rats, en particulier pour des proies telles que les lézards Scincidae et
les arthropodes terrestres (Dictyoptères et Coléoptères). Finalement, des perspectives de
gestion sont proposées concernant la conservation du Martin-chasseur des Gambier et des
pistes d’investigations nouvelles sont suggérées afin d’améliorer les études d’écologie
trophique menées dans le cadre d’études en biologie de la conservation, ainsi que notre
compréhension des interactions entre espèces indigènes et introduites au sein des écosystèmes
insulaires.
Mots clés : Invasions biologiques, Biologie de la conservation, Ecologie trophique, Ecologie
moléculaire, Compétition alimentaire, Prédation, Felis silvestris catus, Rattus rattus, Rattus
exulans, Todiramphus gambieri.