Nom Description 3D-Labeling Logiciel qui permet de détecter et d
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Nom 3D-Labeling @Web @Webv0 Agmial AGScan Alfis alpha.analyse AlvisAE AlvisCrawler AlvisIR AlvisNLP/ML amap ANALYS-APL anapuce Anovarray Description Logiciel qui permet de détecter et d'étiqueter les cellules contenues dans un tissu biolologique 3D observé au moyen d'un microscope confoncal. Intégré au logiciel Quant3D, il permet de visualiser et analyser la distribution spatiale des cellules. Logiciel d'extraction et d'annotation sémantique de tableaux provenant du Web. Totale refonte d'@Webv0. Logiciel d'extraction et d'annotation sémantique de tableaux provenant du Web Chaîne d'annotation de génomes microbiens Logiciel d'analyse d'image de puces à ADN basé sur ImageJ Alfis est un système d'information scientifique dédié à l'étude de la fermentation alcoolique. Il permet l'acquision, l'annotation, la consultation des mesures en ligne ou hors ligne. Alfis gère également les données complexes (par exemple des comptages) ainsi que la desciption fine des opérations oenologiques. Fonction qui regroupe les principales commandes Splus utilisées pour l'analyse en modèle mixte d'un plan en carré semi-latin. Elle a été écrite pour faciliter l'analyse d'essais variétés. Editeur web collaboratif d'annotation de documents. AlvisCrawler permet de télécharger automatiquement les articles en réponse à une requête sur Web of Science. Le texte intégral des articles sont sauvegardés au format PDF ou HTML lorsqu'ils sont disponibles. Les métadonnées ainsi qu'une conversion au format texte non mis en forme peuvent aussi être sauvegardés. AlvisIR est un outil pour l'indexation de documents et la recherche sémantique. Il supporte des fonctions avancées telles que la synonymie, la désambigüisation et la recherche sémantique. Chaine automatique et modulaire de traitement linguistique et sémantique. Package R d'analyse multidimensionelle Analyse approfondie de plans fractionnaires avec détection des confusions d'effets, méthode de Box et Meyer, etc... package R rassemblant des outils pour l’analyse de microarrays. Il permet : - d’effectuer la normalisation de puces deux couleurs : normalisation globale par une loess + soustraction de la médiane par bloc - d’effectuer l’analyse différentielle : variance spécifique / variance homogène / une variance par groupe de gènes (méthode proposée par P. Delmar) + prise en compte de la multiplicité des tests via l’utilisation de la fonction p.adjust. - de calculer un FDR local à partir de pvalues brutes. AnovArray permet la quantification des facteurs biologiques et des biais techniques, ainsi que l'identification des gènes différentiellement Nom ApolloRNA APPROZUT AQCEL AQUAE Aqweb Asium Bacteria Biotopes Corpus Bacteria Gene Interactions Corpus Base constituant Base Contaminant BasyLiCA Description exprimés entre plusieurs conditions expérimentales (deux et plus) pour des expériences transcriptomiques issues de macroarray et microarray dans la cadre d'un plan d'expérience factoriel équilibré et d'un modèle complet. ApolloRNA is an extension for ncRNA identification of the Apollo environment, a genome annotation viewer and editor. ApolloRNA allows: Modèle d’ approvisionnement d’ une unité de traitement de lisier de porcs Module permettant l'enrichissement de la base de données relationnelles utilisée par le MIEL à l'aide de feuilles Excel Logiciel de simulation de stratégies optimales et viables, sous contraintes de soutenabilité, pour des systèmes hydriques présentant un retard important entre l'utilisation de la ressource et sa régénération. Ce logiciel est le fruit des recherches menées conjointement par l'INRA et et le CEMAGREF dans l'action structurante 'AQUAE' pour le projet intitulé "Durabilité et gestion quantitative de la ressource en eau: Commande de systèmes à retard". Module d'enrichissement semi-automatique de l'entrepôt de données par des données extraites du Web Asium construit des hiérarchies conceptuelles (ontologies) à partir de texte analysé. Bacteria Biotopes Corpus est un ensemble de documents dont les relations entre espèces bactériennes et leurs biotopes et habitats ont été annotés manuellement. L'annotation a été répétée deux fois en double aveugle et arbitrée collégialement. Ce corpus est idéal pour entrainer des systèmes automatiques d'extraction d'information. Il fait partie du Bacteria Track du challenge international BioNLP Shared Tasks. Bacteria Gene Interactions est un ensemble de phrases extraites de résumés PubMed concernant Bacillus subtilis dont les interactions géniques ont été annotées manuellement. L'annotation a été révisée deux fois par des experts du domaine et des professionnels du traitement automatique de la langue. Ce corpus est idéal pour entrainer des systèmes automatiques d'extraction d'information. Il fait partie du Bacteria Track du challenge international BioNLP Shared Tasks. Base de données centralisant les résultats de mesures de contamination chimiques et de teneurs en nutriments provenant de différents organismes et études Base de données centralisant les résultats de mesures de contaminations chimiques provenant de différents organismes et études internes The Live Cell Array (LCA) technology allows acquisition of highresolution time-course profile of bacterial gene expression by systematic assessment of fluorescence in living cells carrying either Nom BD Filière BDcave BDColza Beluga BIOMAS C-Mixnet Cadixe CaliFloPP CARAT CarthaGene CellLabeling cghseg CGH_segmentation ChIPmix CIM Class2g Description transcriptional or translational fusions with fluorescent proteins. However, direct estimation of promoter activities by time-dependent derivation of the fluorescence datasets generates high levels of noise. Here we present BasyLiCA, a user-friendly open-source interface and database dedicated to the automatic storage and standardized treatment of LCA data. This tool is a knowledge management system designed to help prediction for the durum wheat processing chain. Système d'information dédié à la coloration du vin Base de données contenant les caractéristiques des populations spontanées et des champs de colza dans un bassin de production situé autour de Selommes La démarche centrale est basée sur les techniques emanant de l'apprentissage automatique (classification) et le traitement automatique des langues mais aussi d'une methode sociologique appelée GST (Graphe SocioTechnique) de facon a construire des indices d'evolution de l'innovation grace a la terminology utilisée au cours du temps Simulation de la gestion des effluents d’ élevage à l’ échelle d’ un territoire (transferts entre exploitations) Programme matlab nécessitant la toolbox optimization. Modèle basé sur l'existence de K sommets extremes hypothetiques Editeur XML spécialisé dans l'annotation de textes en langue naturelle. Calcul intégré du Flot de Particules entre Polygones (Calculation of the Integrated flow of Particles between Polygons) Logiciel de calcul statistique d'exposition au risque alimentaire lié aux contaminants chimiques. La dernière version permet de mener des analyses risques/bénéfices Carthagene est un logiciel de cartographie génétique et d'hybrides irradiés. Un logiciel développé en Java qui permet de classifier les cellules et de les localiser et compter à partir des images 3D acquises au moyen d'un microscope confocal. R package dedicated to the analysis of CGH profiles using segmentation models analyse des données de microarrays CGH par des méthodes de segmentation. routine R permettant d'analyser des données de ChIP-chip issues de puce 2 couleurs outil d'aide à l'alimentation et à l'interrogation de la base constituant Class2G permet de classer les gènes en deux groupes en utilisant un modèle de mélange. Les principales caractéristiques sont d'une part Nom ClustHaplo CoCitations CODA CompaGB CON'FLEX Crane ctc DESIRR DIESE documair DomainSieve DOMIRE Description l'affectation des gènes est associée à une probabilité, et d'autre part l'analyse d'un macroarray est indépendante d'une référence. Class2G est intégrée au système BASE (BioArray Software Environment) par l'intermédiaire d'un plug-in perl, et est développé dans l'environnement statistique R. ClustHaplo propose le regroupement d'haplotypes sur la base d'un similarité génétique locale le long du génome. CoCitation est une base de données contenant les citations de noms de gènes bactériens dans une collection d'abstracts PubMed. Une interface Web permet d'interroger les abstracts mentionnant un gène donné, les gènes co-cités avec un gène donné. La recherche peut-être restreinte à une espèce bactérienne. Conserved Domain Architectures : extension du projet DomainSieve à la recherche d'architectures conservées de domaines protéiques. CompaGB est une ressource web inspiré de QSOS pour comparer les fonctionnalités des génomes browsers CON'FLEX est un outil de résolution de problèmes de type CSP (Constraint Satisfaction Problems) Comparaison et recherche d'Architecture pour réseaux de neurones Package R de conversion de format d'arbres DESIRR permet d'organiser, de capitaliser, de partager et de valoriser des fonctions écrites dans le langage de programmation statistique R. Environnement de modélisation/simulation de systèmes de production, comprenant une bibliothèque de classes C++ (BASIC DIESE) pour la modélisation et la simulation à événements discrets de systèmes dynamiques, une extension CONTROL DIESE dédiée aux systèmes dynamiques pilotés , une interface de développement (Solfege) de simulateurs fondés sur BASIC DIESE et CONTROL DIESE, une interface d'utilisation (Mi_DIESE) des simulateurs développés sous Solfege. Production of R packages from tagged comments introduced within the code and a minimum of additional documentation files. Interface Web pour la recherche de domaines protéiques spécifiques à certains ensembles d'espèces bactériennes. The DOMIRE Web site implements a novel, automatic, protein structural domain assignment procedure based on common threedimensional (3D) substructures of a query with protein structures of a non-redundant database. These common 3D substructures are transformed into a co-occurrence matrix that offers a global view of the protein domain organization (as a heat map or contour plot). Using this co-occurrence matrix, three different algorithms are employed to define Nom Description structural domain boundaries. For each domain, a list of structural neighbors and their alignments are provided. DRIMM is a software dedicated to the estimation of Drifting Markov Models. DRIMM provides four programs : 1. DRIMM : Estimation of DMM by different methods. 2. PVALUEdmm : Compute the p-value of a word under a DMM. This program needs a configuration file DRIMM generated by DRIMM and a markov file generated by Spatt. 3. PROBAword : Compute, at each position in the sequence, the probability that a word appears. This program needs a configuration file generated by DRIMM. 4. Dynamocell allows the visualization of the metabolic pathway and its Dynamocell enzymatic and genetic regulations. It can also integrate the major available tools used for the analysis of the metabolic networks. Efp est une interface de navigation intégrée sur le génome de Lactcoccus lactis permettant la visualisation simultanée et conviviale des données issues de Micado (Genbank, informations sur la séquence EFP Lactococcus lactis nucléique), Prose (Uniprot, infoirmations sur les séquences protéiques), Pareo (Kegg, informations sur les voies metaboliques) et Base (données d'experience de transcriptomique). Cette application permet d'organiser des réunions en fixant des dates et Entremetteur de des créneaux possibles. Elle permet de définir une liste ouverte ou réunions définie de participants avec pondération de VIP possible. L'Entremetteur de réunions est déployé sur Montpellier SupAgro-INRA EnvDonnéesDynamiques- Environnement pourla gestion de procédés de dépollution. LBE EnvEnvironnement pour la gestion de cuves de fermentation de l'UMR DonnéesDynamiquesSPO et de Pech-Rouge. SPO programme de prédiction de la conformation de boucles dans les ESAP protéines. Il est basé sur une technique de Monte-Carlo dans l'espace des angles dièdres. ESSA/SAPSSARN Prédiction et édition de structures secondaires d'ARN EuGène logiciel de prédiction de gènes protéiques chez les eucaryotes FaMoz est un logiciel écrit en C et en Tcl/Tk qui utilise un calcul de vraissemblance et des simulations pour réaliser une étude de paternité FaMoz avec des marqueurs codominants, ou marqueurs dominants, ou une combinaison des deux types précédents. Logiciel pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par FILTREX* filtrage particulaire (User-friendly Software for Parametric Identification, Model Comparison and Optimal Sequential Sampling of Nom FisPro fitdistrplus flyGATE FORSIMS FrameD FUEATEST FUNYBASE G1DBN Gene Renaming Corpus Geneland GeoFis Description Experiments of Complex Microbiological Dynamic Systems by Nonlinear Filtering) FisPro (Fuzzy Inference System Professional) permet de créer des systèmes d'inférence floue (SIF), et de les utiliser à des fins de raisonnement, en particulier pour la simulation d'un système physique ou biologique. Les systèmes d'inférence floue sont décrits brièvement dans le glossaire de logique floue donné dans la documentation de l'utilisateur. Help to fit of a parametric distribution to non-censored or censored data Base de données des élements transposables chez D. melanogaster avec une classification des familles d'éléments transposables. In the context of the INRIA Collaborative research initiatives MICR, two software tools have been developed. They do not pretend to simulate realistic forest ecosystems, they aim at illustrating the simulation of spatiotemporal Markovian models of very simple terrestrial population dynamics. The proposed models are individualbased models (IBM) where each individual in the population is explicitly represented in the model as well as each mechanisms acting on each individual tree. logiciel de prédiction de gènes protéiques et de décalages de phases chez les procaryotes et les séquences maturées eucaryotes (éventuellement avec erreurs de séquençage) The Fast Unbiased and Exact Allelic Test is dedicated to case-control association studies using bi-allelic markers. Since the allelic test as it is classically performed via Chi-square or Fischer-exact tests, introduce a bias that results in putative false predictions, we developped this test as an efficient alternative. It computes an unbiased and exact p-value. Fast (due to a clever implementation) and availbable under different versions, this test is convenient for any use. Base de données et interface Web pour la génomique comparée et la phylogénomique des génomes fongiques Module R pour la reconstruction de réseaux génétiques : inférence d'un réseau bayésien dynamique à partir d'indépendence d'ordre 1. Gene Renaming Corpus est un ensemble de résumés PubMed dont les mentions de synonymie ou de renommage de gènes bactériens ont été annotés manuellement. L'annotation de chaque document a été révisée deux fois par des experts du domaine et des professionnels du traitement automatique de la langue. Ce corpus fait partie du challenge international BioNLP Shared Tasks Simulation et inférence de modèles statistiques spatiaux en génétique des populations Boîte à outils de représentation de données spatialisées et apprentissage de zones interprétables Nom GGMselect Description GGMselect is a R package dedicated to graph estimation in Gaussian Graphical Models. The main functions return the adjacency matrix of an undirected graph estimated from a data matrix. GORIV GORV GPCRAutomodel Grain Virtuel HAPim HMMmix HMMTiling Holyrisk IDEAS IMAEL INSYGHT INTERA ISLAND Modélisation des recepteurs couplés aux proteines G, spécialisé pour les récepteurs olfactifs. Ammarage de ligands sur les modèles. This tool is designed to be an information system and a capitalization tool by data-gathering and data analysis, with a visual display. It is the memory of years of research in IATE laboratory. The package provides a set of functions whose aim is to propose 4 methods of QTL detection. HAPimLD is an interval-mapping method designed for unrelated individuals with no family information that makes use of linkage disequilibrium. HAPimLDL is an intervalmapping method for design of half-sib families. It combines linkage analysis and linkage disequilibrium. HaploMax is based on an analysis of variance with a dose haplotype effect. HaploMaxHS is based on an analysis of variance with a sire effect and a dose haplotype effect in half-sib family design. This package allows one to reduce a K-states HMM to a D-states HMM, with D < K. This program implements the approach presented in our paper "Transcriptional landscape estimation from tiling array data using a model of signal shift and drift" Interdisciplinary (social sciences, risk analysis, computer science), comparative (US/EU) and empirical study that investigates how food safety policies are influenced by the scientific uncertainty embedded in the risk assessment reports. IDEAS is a Matlab®toolbox for parameter identification of ordinary differential equation (ODE) models. The parameter estimation is performed in the maximum-likelihood (ML) sense. IDEAS offers several options for the optimal criterion, depending on the hypothesis on the covariance matrix of the measurement errors. Un ensemble de fonctions Matlab pour le traitement et l'analyse d'images Visualisateur de synténies et d'homologies microbiennes Interprétation Statistique de l'Interaction entre deux facteurs. Programme qui permet d'estimer le progrès d'un projet de cartographie physique par la méthode d'ancrage. Donne la moyenne et un intervalle de confiance des quantités suivantes : nombre d'îles, longueur moyenne d'une île, proportion de génome recouvert par les îles. Nom Kaksi Kaskad kerfdr landm** LDcorSV LHiSA LINselect* LiTe LLL Corpus localEstimation LP-Propal M-hz Description Kaksi est un outil d'assignation des structures secondaires. D'après un fichier PDB contenant les coordonnées atomiques d'une protéine, kaksi définit la position des hélices alpha et des feuillets beta. La méthode d'assignation utilise les distances entre carbones alpha et les angles dièdres phi/psi du squelette protéique. A Tool for Temporal Information Extraction about Genes from Text Corpora. A semi-parametric kernel-based approach to local FDR estimations. R-package for manipulation of objects of the class "Polygons" (2D polygons, in package "sp"): plot, extraction, creation of convex polygons, computation of distances, etc ... The package provides a set of functions which aim is to propose four measures of linkage disequilibrium: the usual r^2 measure, the r^2_S measure (r^2 corrected by the structure sample), the r^2_V (r^2 corrected by the relatedness of genotyped individuals), the r^2_VS measure (r^2 corrected by both the relatedness of genotyped individuals and the structure of the sample). LHiSA is an algorithm dedicated to large-scale association studies which aims to identify segments of genome involved in a disease. LINselect allows to estimate the mean of a Gaussian vector, by choosing among a large collection of estimators. In particular it solves the problem of variable selection by choosing the best predictor among predictors emanating from different methods as lasso, elastic-net, adaptive lasso, pls, randomForest. Moreover, it can be applied for choosing the tuning parameter in a Gauss-lasso procedure. LiTe is a C++ library devoted to planar Gibbsian T-tessellations. It is a software companion of the paper "A completely random T-tessellation model and Gibbsian extensions" published in Spatial Statistics 2013, vol. 6 (preliminary version freely available on HAL and arXiv) Le corpus LLL est un ensemble de phrases extraites de résumés PubMed concernant Bacillus subtilis dont les interactions géniques ont été annotées manuellement. Ce corpus est idéal pour entrainer des systèmes automatiques d'extraction d'information. Il est le corpus d'entrainement et de référence pour le challenge international LLL. Cet ensemble de fonctions Matlab permet de mesurer des paramètres géométriques (aire et périmètre en 2D, surface, épaisseur moyenne et volume en 3D...), et topologiques (caractéristique d'Euler-Poincaré) dans des images 2D et 3D. LP-Propal apprend des règles d'étiquetage de relations sémantiques à partir de texte analysé. Localisation d'ARN non codants décrits par une structure Nom MAGMA MBTO mc2d MCQTL MDP Toolbox MEMM MICADO MIEL MIEL++ MilPaT Mixer Mixnet MixThres Mobidyc Description Simulation de la gestion des effluents d’ élevage à l’ échelle d’ une exploitation MBTO est une termino-ontologie des biotopes et habitats bactériens. MBTO contient plus de 2000 concepts et comporte des liens is-a et part-of. De plus chaque concept contient en moyenne 2 synonymes permettant une recherche complète des concepts dans les textes scientifiques. Various distributions and utilities to ease the use of R to build and study Two-Dimensional Monte-Carlo simulations Détection de QTL multi-allélique dans des dispositifs à plusieurs familles Une boite à outils Matlab contenant des fonctions utiles à la résolution de problèmes de Processus Décisionnels de Markov. MEMM implements a Bayesian statistic method first presented in Klein et al. (2008). It estimates the pollen dispersal function and the variance in male fecundity on the basis of spatial information (positions of sampled plants, positions of all putative fathers in the study plot) and genetic information (genotypes of the sampled plants, putative fathers and sampled seeds). MICrobial Advanced Database Organization Base de données relationelle dédiée à la gestion des génomes microbiens et des données d'analyse fonctionelle de la bactérie modèle Bacillus subtilis. Contenu : séquences Genbank (division gbbct) + génomes complets bactériens REFSEQ du NCBI + données Bacillus subtilis BSFA Moteur d'interrogation de la base de données relationnelle contenant des données stables ainsi que la base de graphe contenant les données semi-structurée Moteur d'interrogation de la base de données relationnelle contenant des données stables ainsi que de la base de données contenant les données extraites du web et sémantiquement annotées RECHERCHE DE MOTIFS ARN Mixer performs the estimation of Erdös Rényi Mixture for Graphs Mixnet, previously known as ERMG : a new probabilistic model for random graphs called ERMG (Erdös-Renyi Mixture for Graphs package R permettant la définition d'un seuil d'hybridation à partir de modèles de mélange sur la distribution d’un signal. Le projet MOBIDYC (MOdélisation Basée sur les Individus pour la DYnamique des Communautés) est un outil de modélisation d'entités complexes en interaction basé sur le concept multi-agent. Cela signifie que toute l'information du système modélisé est porté pas des agents réactifs. Ces agents sont caractérisés par un état et des comportements. Nom MOSAIC MS-AMS mtk MuGeN multisensi mumax01 N-Local Decoding NANO-MUBIOP NG6 NGSPipelines Description MOSAIC : une base de données relationelle et son interface Web dédiée à la comparaison de génomes bactériens proches. Les génomes bactériens des différentes souches d'une même espèce sont alignés en utilisant le logiciel MGA (Höhl et al 2002) pour définir les régions conservées (le squelette) et les régions variables spécifiques d'une ou plusieurs souches (les boucles). Mass Spectrometry Analysis Management System (MS-AMS) is a MALTI-TOF centered proteomics data management system. MTK (Mexico ToolKit) is a generic platform for the sensitivity and uncertainty analysis of complex models. It provides functions and facilities for experimental design, model simulation, sensitivity and uncertainty analysis, methods integration and data reporting, etc. Logiciel pour la visualisation de génomes multiples accompagnés de résultats d'analyse in silico. Fonctionne en mode interactif ou en mode différe pour la génération d'images de génomes annotés et de résultats. An R package to perform sensitivity analysis on a model with multivariate output Calcul du mumax et de son intervalle de confiance des courbes de croissance bactérienne primaires Application Web permettant l'exécution et la visualisation des résultats du programme de classification de sequences à l'aide de la méthode de N-Ecriture. Base de données relationnelle dédiée aux virus de type HPV (Human Papilloma Virus) et à la gestion des données produites dans le cadre du projet européen Express-Fingerprints. Pipeline d'analyse autour de ces données. NG6 is a user friendly information system able to manage large sets of sequencing data. It includes, on one hand, a set of pipelines adapted to different input formats (sff, fastq), different sequencers (Roche 454, Illumina HiSeq, ABI Solid) and various analysis (quality control, variation discovery, RNAseq, diversity studies,…) and, on the other hand, a secured web site giving access to the results. The user will be able to download raw and processed data and browse through the analysis results statistics. The provided workflows are easy to build, modify and extend. NGSPipelines est un ensemble de pipeline pour l'analyse de données NGS. Aujourd'hui il permet l'analyse : - RNAseq de novo : transcriptome de novo - RNAseq sur génome de réference - Detection de SNP - Detection de microRNA L'interface permet le requetage de la base de données et la visualisation des contigs ou transcrits. Ces pipelines sont gérés avec le gestionnaire de workflow ergatis, les composants sont développé en perl et python, l'interface est basé sur Biomart. Nom ngsutils nls2 NormalGamma OPACSA Origami OS-HMM Panow PAREO PARIS PeriodS Permutmatrix Description Boite à outils d'analyse de données NGS: nettoyage, assemblage. A set of Splus (or R) functions and programs to estimate the parameters of a non-linear regression model over a given set of observations. The functions proposed in this package compute the density of the sum of a Gaussian and a gamma random variables, estimate the parameters and correct the noise effect in a gamma-signal and Gaussian-noise model. This package has been used to implement the background correction method for Illumina microarray data presented in Plancade S., Rozenholc Y. and Lund E. "Generalization of the normalexponential model : exploration of a more accurate parameterization for the signal distribution on Illumina BeadArrays", BMC Bioinfo 2012, 13(329). The co-existence of GMO and conventional products in the processing chain requires control measures that enable stakeholders to decide on the acceptance or rejection of a specific lot. However, control cannot be performed separately on each grain, and the more extensively the analysis is conducted, the more expensive it becomes. So, where is the optimum - or are there several ones? Origami est un entrepôt de données autour des génomes complets microbiens (Optimal Secondary Structure prediction Hidden Markov Model) est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines selon 3 états : hélice alpha (H), brin bêta (b), et structure apériodique (C) qui utilise le formalisme des modèles de Markov cachés. Quand il est utilisé avec une seule séquence il fournit un Q3 de 68.8%. Avec un alignement multiple il fournit un Q3 de 75.5%. PANOW (Poisson Approximation for the Numbers of Occurrences of Words) est un logiciel pour la recherche de mots rares dans des séquences biologiques. Base de données relationnelle intégrant les connaissances sur les voies métaboliques issues de la base japonaise Kegg. The Proteomic Analysis and Resources Indexation System (PARIS) is an open source, freely available software system for managing data from 2D electrophoresis based proteomic analysis. It stores information about experiments and analysis procedure, allows the user to search and navigate in proteomic data, supports visual verification and validation of the analysis results, and provides tools for cross multi-experiment and multi-experimenter data validation and exploration. Logiciel de recherche de périodes statistiquement significatives dans des séquences biologiques Logiciel de sériation pour l'analyse graphique de données. Classification hiérarchique pour les données d'expression génétique. Nom pgs PhenodynDB PhenopsisDB Pic SSCP pkmon planor* PLANOR-APL PlantML pLocalScore PLS1DEV21 plspolychaos* PolCa Description Package R permettant d'évaluer des dispositifs d'échantillonnage couramment utilisés en microscopie. Possibilité de calculer un protocole optimal et de comparer plusieurs protocoles. La finalité du système d'information PHENOPDYNDB est de stocker de manière organisée les données des expérimentations réalisées sur la plateforme PHENODYN, et de fournir une interface de consultation. La plateforme de phénotypage à haut débit PHENODYN est un dispositif expérimental opérationnel depuis plusieurs années. PHENOPSIS DB est un système d'information pour la plante modèle Arabidopsis thaliana développé autour de la plate-forme PHENOPSIS. PHENOPSIS DB fournit des ressources compréhensives pour l'analyse des interactions génotype x environnement chez cette espèce et combine des données phénotypiques avec les conditions climatiques de croissance associées précises. Logiciel d'analyse de spectres SSCP We implement two least-squares estimators under k-monotony constraint using a method based on the Support Reduction Algorithm from Groene- boom et al (2008) . The first one is a projection estimator on the set of k-monotone discrete functions. The second one is a projection on the set of k-monotone discrete probabilities. This package provides functions to generate samples from the spline basis from Lefevre and Loisel (2013) , and from mixtures of splines. Génération de plans factoriels fractionnaires réguliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs. Génération automatique de plans fractionnaires réguliers avec un ou plusieurs systèmes de blocs. Langage de gestion de procédés de depollution Programme de sélection de variables dans le cadre de la régression PLS1. Computation of sensitivity indexes by using a method based on a truncated Polynomial Chaos Expansion of the response and regression PLS, for computer models with correlated continuous inputs, whatever the input distribution. The truncated Polynomial Chaos Expansion is built from the multivariate Legendre orthogonal polynomials. The number of runs (rows) can be smaller than the number of monomials. It is possible to select only the most significant monomials. Of course, this package can also be used if the inputs are independent. Note that, when they are independent and uniformly distributed, the package 'polychaosbasics' is more appropriate. Ensemble de fonctions R pour la description d'un parcellaire agricole, vu comme un ensemble de polygones. Les fonctions comprennent la description de caractéristiques géométriques des polygones individuels, Nom polychaosbasics* PROSE PyroCleaner Qalstat Quant3D Questionnaires d'Evaluation R belief R'HOM Description des indices utilisés en écologie (LPI: Land Parcel Indices), ou des fonctions définies en statistique spatiale et processus ponctuels. Computation of sensitivity indexes by using a method based on a truncated Polynomial Chaos Expansions of the response. The necessary condition of the method is: the inputs must be uniformly and independently sampled. Since the inputs are uniformly distributed, the truncated Polynomial Chaos Expansion is built from the multivariate Legendre orthogonal polynomials. Prose est une version relationnelle de la banque de données UNIPROT. Les différents champs des fichiers UNIPROT ont été analysés et structurés sous forme de tables entité/relation. Une interface Web a été développée pour permettre aux biologistes intéressés de consulter aisément les données stockées dans Prose. Prose est une ressource essentielle de la plate-forme d'annotation de génomes AGMIAL. The pyrocleaner is intended to clean the reads included in the sff file in order to ease the assembly process. It enables filtering sequences on different criteria such as length, complexity, number of undetermined bases which has been proven to correlate with pour quality and multiple copy reads. It also enables to clean paired-ends sff files and generates on one side a sff with the validated paired-ends and on the other the sequences which can be used as shotgun reads. Logiciel du domaine du contrôle de la qualité. Il permet de calculer l'efficacité statistique de n'importe quel plan (simple, double, multiple et séquentiel) de contrôle de réception par attribut ou par variable ainsi que de celle des cartes de contrôles sur la moyenne(simple, double, ewma, cusum) de l'écart-type et du nombre de défauts. Inversement il permet de définir un plan de contrôle ou une carte de contrôle répondant à des objectifs predéfinis. Visualisation d'images 3D multicanaux (e.g. microscopie confocale). Quantification de marqueurs. Cette application web permet de créer des questionnaires d'évaluation (enseignement, formation, etc.) avec suivi dynamique des résultats. Elle est déployée sur Montpellier SupAgro-INRA. This package contains basic functions to manipulate belief functions and associated mass assignments (currently on finite spaces only). It is aimed at providing a basic skeleton for belief function applications using R. R'HOM (Recherche de régions HOMogènes) est un programme pour la segmentation de séquences d'ADN en régions de composition homogènes par chaînes de Markov cachées. L'utilisateur choisi le nombre de type de composition différentes et la longueur des mots à prendre en compte. Les paramètres sont ensuite estimés par maximum Nom R'MES R2Cuba* rbmn RCALI* rebastaba RECORD Repro RéservationOnline RNAspace SEPATOU Seq++ SeqFold SG4T Description de vraisemblance (algorithme EM) et la séquence est finalement segmentée avec l'algorithme forward backward. Programme pour détecter des mots ou motifs ayant une fréquence statistiquement exceptionnelle dans une séquence biologique. (R'MES pour Recherche de Mots Exceptionnels dans les Séquences) R-package for Multidimensional Numerical Integration Creation, manipulation, simulation of linear Gaussian Bayesian networks from text files and more... R interface to CaliFloPP: Calculation of the Integrated Flow of Particles between Polygons Manipulation of Bayesian networks within R. (REnovation et COoRDination de la modélisation de cultures pour la gestion des agro-écosystèmes) Le projet RECORD a pour objectif de réaliser une plate-forme informatique pour l'application de la modélisation à la gestion des systèmes de culture. Cette application permet de télécharger un document à imprimer en indiquant les paramètres de l'impression (nombre de pages, type de reliure, la date, etc.). Le service Reprographie récupère les documents pour les imprimer. Cette application est déployée sur Montpellier SupAgro-INRA Cette application permet la réservation en ligne de ressources (salle, matériel audiovisuel, véhicule, etc.) à une communauté de personnes. RéservationOnline est déployée en intranet sur Montpellier SupAgroINRA. RNAspace is a platform which aims at providing an integrated environment for non-coding RNA annotation. The increasing number of ncRNA discovered since 2000 and the lack of user friendly tools for finding and annotating them, have made necessary to propose to biologists an in silico environment allowing structural and functional annotations of these molecules with regard to available protein genes annotation environments. Simulation et optimisation de stratégies de paturage tournant. Bibliothèque de classes pour la modélisation et l'analyse de séquences biologiques à l'aide de chaînes de Markov Programme de prédiction des structures secondaires séquentiellement optimales de l'ARN. D'autres programmes sont également disponibles : EnComp (Energy Computation) qui effectue un calcul de structures et d'energie, et quelques utilitaires. SG4T permet de suivre la traçabilité alimentaire de lots en exploitant la sémantique des transactions entre les acteurs du secteur (producteur, distributeur...). Cet outil permet d'aider les experts à détecter la source d'un problème et les acteurs impactés. Pour cet objectif, SG4T fournit Nom SHIBA SHIPS SHOW SIC SILEX SILEX-LBE Simone SIMPA SITA sivipm* Description une représentation de la traçabilité d'un lot sous forme de graphes sémantiques. SHIBA : Short Inversions in BActeria. Application Web pour l'exploration des résultats d'une recherche systématique de segments courts inversés dans les génomes bactériens. SHIPS (Spectral Hierarchical clustering for the Inference of Population Structure) is a SHOW (Structured HOMgeneity Watcher) permet une utilisation souple des modèles de chaînes de Markov cachées. L'utilisateur peut construire son propre modèle dont les paramètres peuvent ensuite être estimés par maximum de vraisemblance avec l'algorithme EM. Le modèle peut alors servir a faire des prédictions avec l'algorithme forward-backward (posterior decoding) ou avec l'algorithme de Viterbi. Il peut aussi servir à simuler des séquences. SIC : Scan Inverse Complementary. Logiciel pour la recherche de segments inversés dans les séquences biologiques. SILEX (Système d'Information pour L'EXpérimentation) is a collaborative project between different scientific partners in Montpellier area. The aim of the project is to provide several components for experimentation data and knowledge management. SILEX-LBE est le système d'information de l'UR LBE de Narbonne assure la gestion des données pour le suivi en ligne de procédés de dégradation par voie sèche ou liquide en conditions anaérobies et de procédé de production de micro-algues. Il est connecté aux systèmes d'acquisition des données en ligne issus de capteurs, d'analyseurs automatisés ou semi-automatisés. SIMoNe (Statistical Inference for MOdular NEtworks) is a R package which enables inference of gene-regulatory networks based on partial correlation coefficients from microarray experiments. Modelling gene expression data with a Gaussian Graphical Model, the algorithm estimates nonzero entries of the concentration matrix, in a sparse and possibly high-dimensional setting. Its originality lies in the fact that it searches for a latent modular structure to drive the inference procedure through adaptive penalization of the concentration matrix. programme de prédiction de la structure secondaire des protéines. 3 états sont pris en considération : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b) et les structures apériodiques (C). Ce programme est basé sur la notion du "voisin le plus proche" ou "nearest neighbor". Il fournit un résultat Q3 de 67% Logiciel de simulation pour bioréacteur de compostage, selon un modèle en propriété de Suez-Environnement et du Cemagref. Sensitivity indices with dependent correlated inputs, using a method based on PLS regression. Nom Slicer SMC demos SOFA SpaCEM3 SPiD sunfloV1 SvcR TAHMMAnnot ToolBar toulbar2 TreeComparator TREEMM Description Slicer est une interface graphique pour Matlab pour naviguer dans les différents plans d'une image 3D. Elle permet de charger et sauver des piles d'images en différents formats, de zoomer et se déplacer dans la pile d'images, et d'appliquer quelques transformations géométriques élémentaires (rotations, retournements). Set of demonstration matlab procedures for nonlinear filtering approximation via particle filtering (sequential Monte Carlo). Logiciel de simulation de fermentation alcoolique The SpaCEM3 (http://spacem3.gforge.inria.fr/) software is dedicated to Spatial Clustering with EM and Markov Models. It proposes a variety of algorithms for supervised and unsupervised classification of multidimensional and spatially-located data. The main techniques use the EM algorithm for soft clustering and Markov Random Fields (MRF) for spatial modelling. The learning and inference parts are based on recent developments in mean field-like approximations. Base de données et interface Web pour l'exploration de réseaux d'interactions protéiques dans Bacillus subtilis. Le logiciel sunfloV1 est le développement du modèle tournesol SUNFLO sous la plate-forme RECORD. Le modèle tournesol SUNFLO est un modèle de culture pour le tournesol, permettant de simuler des interactions entre variétés, milieu et conduite de culture. SvcR est une implémentation d'un algorithme de clustering basé sur la recherche d'un separateur dans un espace de caracteristiques entre des points décrits dans un espace de donneés. Bidimensionnal Gaussian mixture model, HMM and Annotation for ChIP-chip IP/IP and Transcriptome data analysis ToolBar est un logiciel open source pour la résolution des problèmes de satisfaction de contraintes pondérées et problèmes de satisfaction de formules propositionnelles pondérées. toulbar2 est un logiciel libre pour la résolution des problèmes de satisfaction de contraintes pondérées. Il traite aussi les problèmes de satisfaction de formules propositionnelles pondérées, la recheche de l'explication la plus probable dans les réseaux Bayésiens discrets et les champs de Markov, et les problèmes d'optimisation quadratique à variables 0-1. Conparaison d'arbres TREEMM is a program for unsupervised clustering of promoter sequence based on modeling of distinct classes of bipartite motifs designed to represent binding sites of different Sigma factors. It allows to account for the non-random distribution of such motifs across a tree aimed at summarizing the correlation between the activities of the promoters. Nom Trombino TyDI varmixt VAST Vinnotec Vitelbio VitPhe VLE WebColza XDESIGN Description Trombino est un annuaire électronique fonctionnant sur le web. Cette application permet d'afficher les informations (nom, statut, photo, etc.) et les coordonnées (téléphonique, géographique, etc.) des personnels d'un établissement. Toute personne figurant dans cet annuaire peut modifier elle-même ses informations personnelles. Trombino est actuellement déployé sur l'intranet de Montpellier SupAgro-INRA. Outil collaboratif pour l'annotation et la validation de termes. Ceux-ci proviennent en général soit d'une terminologie, soit elles sont extraites d'un corpus de documents textuels à l'aide de programmes dits d'extraction de termes (comme Yatea), qui identifient des termescandidats (ex: des noms composés). Grâce à TyDI, un utilisateur peut valider des termes-candidats et spécifier des relations de synonymie/hyperonymie. package R définissant un modèle de mélange sur les variances (variance mixture) dans le cadre de la recherche de gènes différentiellement exprimés entre deux conditions. Ce package n'est plus maintenu. La méthode est intégrée dans les fonctions DiffAnalysis et DiffAnalysis.unpaired du package anapuce. programme de comparaison des structures 3D des protéines. Vinnotec est un système d'information scientifique dédié à l'étude de la vigne et du vin. Il permet l'acquision et la consultation de données expérimentales. Le logiciel VITELBIO est issu d'une action de recherche collaborative entre l'INRA et l'INRIA, portée par l'équipe MODEMIC (équipe commune INRA-INRIA rattachée à l'UMR MISTEA, Montpellier) et a été co-développé avec la société ITK. Initialement développé dans le cadre de l'ANR vit-sec (étude de l'adaptation de la vigne à la contrainte hydrique), VITPHE est un système d'information dédié à l'archivage, la consultation et le traitement de données expérimentales issues de la vigne. VLE, Virtual Environment Laboratory, is a multimodeling, simulation platform based on the discrete event formalism DEVS (Discrete Event System Specification). VLE provides a set of C++ libraries, the VFL (VLE Foundation Libraries) and a lot of programs like a simulator, a graphical user interface to model and develop models and tools to analyze and visualize simulation outputs. The VFL are sufficiently well designed to allow the development of new simulators, models or new programs for modeling and analysis. Interface web de consultation à la base de données "BDColza" et à ses travaux annexes. Package de programmes pour calculer des plans d'expériences optimaux pour modèles non linéaires. Nom XT12EDO Description Construction de plans d'expériences optimaux pour la discrimination, selon le critère de T12-optimalité, de deux modèles non linéaires sous forme d'équations différentielles ordinaires.
