Nom Description 3D-Labeling Logiciel qui permet de détecter et d

Nom
Description
3D-Labeling
Logiciel qui permet de détecter et d'étiqueter les cellules contenues
dans un tissu biolologique 3D observé au moyen d'un microscope
confoncal. Intégré au logiciel Quant3D, il permet de visualiser et
analyser la distribution spatiale des cellules.
@Web
Logiciel d'extraction et d'annotation sémantique de tableaux provenant
du Web. Totale refonte d'@Webv0.
@Webv0
Logiciel d'extraction et d'annotation sémantique de tableaux provenant
du Web
Agmial
Chaîne d'annotation de génomes microbiens
AGScan
Logiciel d'analyse d'image de puces à ADN basé sur ImageJ
Alfis
Alfis est un système d'information scientifique dédié à l'étude de la
fermentation alcoolique. Il permet l'acquision, l'annotation, la
consultation des mesures en ligne ou hors ligne. Alfis gère également
les données complexes (par exemple des comptages) ainsi que la
desciption fine des opérations oenologiques.
alpha.analyse
Fonction qui regroupe les principales commandes Splus utilisées pour
l'analyse en modèle mixte d'un plan en carré semi-latin. Elle a été écrite
pour faciliter l'analyse d'essais variétés.
AlvisAE
Editeur web collaboratif d'annotation de documents.
AlvisCrawler
AlvisCrawler permet de télécharger automatiquement les articles en
réponse à une requête sur Web of Science. Le texte intégral des articles
sont sauvegardés au format PDF ou HTML lorsqu'ils sont disponibles.
Les métadonnées ainsi qu'une conversion au format texte non mis en
forme peuvent aussi être sauvegardés.
AlvisIR
AlvisIR est un outil pour l'indexation de documents et la recherche
sémantique. Il supporte des fonctions avancées telles que la synonymie,
la désambigüisation et la recherche sémantique.
AlvisNLP/ML
Chaine automatique et modulaire de traitement linguistique et
sémantique.
amap
Package R d'analyse multidimensionelle
ANALYS-APL
Analyse approfondie de plans fractionnaires avec détection des
confusions d'effets, méthode de Box et Meyer, etc...
anapuce
package R rassemblant des outils pour l’analyse de microarrays. Il
permet : - d’effectuer la normalisation de puces deux couleurs :
normalisation globale par une loess + soustraction de la médiane par
bloc - d’effectuer l’analyse différentielle : variance spécifique /
variance homogène / une variance par groupe de gènes (méthode
proposée par P. Delmar) + prise en compte de la multiplicité des tests
via l’utilisation de la fonction p.adjust. - de calculer un FDR local à
partir de pvalues brutes.
Anovarray
AnovArray permet la quantification des facteurs biologiques et des
biais techniques, ainsi que l'identification des gènes différentiellement

Nom
Description
exprimés entre plusieurs conditions expérimentales (deux et plus) pour
des expériences transcriptomiques issues de macroarray et microarray
dans la cadre d'un plan d'expérience factoriel équilibré et d'un modèle
complet.
ApolloRNA
ApolloRNA is an extension for ncRNA identification of the Apollo
environment, a genome annotation viewer and editor. ApolloRNA
allows:
APPROZUT
Modèle d’ approvisionnement d’ une unité de traitement de lisier de
porcs
AQCEL
Module permettant l'enrichissement de la base de données
relationnelles utilisée par le MIEL à l'aide de feuilles Excel
AQUAE
Logiciel de simulation de stratégies optimales et viables, sous
contraintes de soutenabilité, pour des systèmes hydriques présentant un
retard important entre l'utilisation de la ressource et sa régénération. Ce
logiciel est le fruit des recherches menées conjointement par l'INRA et
et le CEMAGREF dans l'action structurante 'AQUAE' pour le projet
intitulé "Durabilité et gestion quantitative de la ressource en eau:
Commande de systèmes à retard".
Aqweb
Module d'enrichissement semi-automatique de l'entrepôt de données
par des données extraites du Web
Asium
Asium construit des hiérarchies conceptuelles (ontologies) à partir de
texte analysé.
Bacteria Biotopes
Corpus
Bacteria Biotopes Corpus est un ensemble de documents dont les
relations entre espèces bactériennes et leurs biotopes et habitats ont été
annotés manuellement. L'annotation a été répétée deux fois en double
aveugle et arbitrée collégialement. Ce corpus est idéal pour entrainer
des systèmes automatiques d'extraction d'information. Il fait partie du
Bacteria Track du challenge international BioNLP Shared Tasks.
Bacteria Gene
Interactions Corpus
Bacteria Gene Interactions est un ensemble de phrases extraites de
résumés PubMed concernant Bacillus subtilis dont les interactions
géniques ont été annotées manuellement. L'annotation a été révisée
deux fois par des experts du domaine et des professionnels du
traitement automatique de la langue. Ce corpus est idéal pour entrainer
des systèmes automatiques d'extraction d'information. Il fait partie du
Bacteria Track du challenge international BioNLP Shared Tasks.
Base constituant
Base de données centralisant les résultats de mesures de contamination
chimiques et de teneurs en nutriments provenant de différents
organismes et études
Base Contaminant
Base de données centralisant les résultats de mesures de contaminations
chimiques provenant de différents organismes et études internes
BasyLiCA
The Live Cell Array (LCA) technology allows acquisition of high-
resolution time-course profile of bacterial gene expression by
systematic assessment of fluorescence in living cells carrying either

Nom
Description
transcriptional or translational fusions with fluorescent proteins.
However, direct estimation of promoter activities by time-dependent
derivation of the fluorescence datasets generates high levels of noise.
Here we present BasyLiCA, a user-friendly open-source interface and
database dedicated to the automatic storage and standardized treatment
of LCA data.
BD Filière
This tool is a knowledge management system designed to help
prediction for the durum wheat processing chain.
BDcave
Système d'information dédié à la coloration du vin
BDColza
Base de données contenant les caractéristiques des populations
spontanées et des champs de colza dans un bassin de production situé
autour de Selommes
Beluga
La démarche centrale est basée sur les techniques emanant de
l'apprentissage automatique (classification) et le traitement automatique
des langues mais aussi d'une methode sociologique appelée GST
(Graphe SocioTechnique) de facon a construire des indices d'evolution
de l'innovation grace a la terminology utilisée au cours du temps
BIOMAS
Simulation de la gestion des effluents d’élevage à l’échelle d’ un
territoire (transferts entre exploitations)
C-Mixnet
Programme matlab nécessitant la toolbox optimization. Modèle basé
sur l'existence de K sommets extremes hypothetiques
Cadixe
Editeur XML spécialisé dans l'annotation de textes en langue naturelle.
CaliFloPP
Calcul intégré du Flot de Particules entre Polygones (Calculation of the
Integrated flow of Particles between Polygons)
CARAT
Logiciel de calcul statistique d'exposition au risque alimentaire lié aux
contaminants chimiques. La dernière version permet de mener des
analyses risques/bénéfices
CarthaGene
Carthagene est un logiciel de cartographie génétique et d'hybrides
irradiés.
CellLabeling
Un logiciel développé en Java qui permet de classifier les cellules et de
les localiser et compter à partir des images 3D acquises au moyen d'un
microscope confocal.
cghseg
R package dedicated to the analysis of CGH profiles using
segmentation models
CGH_segmentation
analyse des données de microarrays CGH par des méthodes de
segmentation.
ChIPmix
routine R permettant d'analyser des données de ChIP-chip issues de
puce 2 couleurs
CIM
outil d'aide à l'alimentation et à l'interrogation de la base constituant
Class2g
Class2G permet de classer les gènes en deux groupes en utilisant un
modèle de mélange. Les principales caractéristiques sont d'une part

Nom
Description
l'affectation des gènes est associée à une probabilité, et d'autre part
l'analyse d'un macroarray est indépendante d'une référence. Class2G est
intégrée au système BASE (BioArray Software Environment) par
l'intermédiaire d'un plug-in perl, et est développé dans l'environnement
statistique R.
ClustHaplo
ClustHaplo propose le regroupement d'haplotypes sur la base d'un
similarité génétique locale le long du génome.
CoCitations
CoCitation est une base de données contenant les citations de noms de
gènes bactériens dans une collection d'abstracts PubMed. Une interface
Web permet d'interroger les abstracts mentionnant un gène donné, les
gènes co-cités avec un gène donné. La recherche peut-être restreinte à
une espèce bactérienne.
CODA
Conserved Domain Architectures : extension du projet DomainSieve à
la recherche d'architectures conservées de domaines protéiques.
CompaGB
CompaGB est une ressource web inspiré de QSOS pour comparer les
fonctionnalités des génomes browsers
CON'FLEX
CON'FLEX est un outil de résolution de problèmes de type CSP
(Constraint Satisfaction Problems)
Crane
Comparaison et recherche d'Architecture pour réseaux de neurones
ctc
Package R de conversion de format d'arbres
DESIRR
DESIRR permet d'organiser, de capitaliser, de partager et de valoriser
des fonctions écrites dans le langage de programmation statistique R.
DIESE
Environnement de modélisation/simulation de systèmes de production,
comprenant une bibliothèque de classes C++ (BASIC DIESE) pour la
modélisation et la simulation à événements discrets de systèmes
dynamiques, une extension CONTROL DIESE dédiée aux systèmes
dynamiques pilotés , une interface de développement (Solfege) de
simulateurs fondés sur BASIC DIESE et CONTROL DIESE, une
interface d'utilisation (Mi_DIESE) des simulateurs développés sous
Solfege.
documair
Production of R packages from tagged comments introduced within the
code and a minimum of additional documentation files.
DomainSieve
Interface Web pour la recherche de domaines protéiques spécifiques à
certains ensembles d'espèces bactériennes.
DOMIRE
The DOMIRE Web site implements a novel, automatic, protein
structural domain assignment procedure based on common three-
dimensional (3D) substructures of a query with protein structures of a
non-redundant database. These common 3D substructures are
transformed into a co-occurrence matrix that offers a global view of the
protein domain organization (as a heat map or contour plot). Using this
co-occurrence matrix, three different algorithms are employed to define

Nom
Description
structural domain boundaries. For each domain, a list of structural
neighbors and their alignments are provided.
DRIMM
DRIMM is a software dedicated to the estimation of Drifting Markov
Models. DRIMM provides four programs : 1. DRIMM : Estimation of
DMM by different methods. 2. PVALUEdmm : Compute the p-value
of a word under a DMM. This program needs a configuration file
generated by DRIMM and a markov file generated by Spatt. 3.
PROBAword : Compute, at each position in the sequence, the
probability that a word appears. This program needs a configuration file
generated by DRIMM. 4.
Dynamocell
Dynamocell allows the visualization of the metabolic pathway and its
enzymatic and genetic regulations. It can also integrate the major
available tools used for the analysis of the metabolic networks.
EFP Lactococcus lactis
Efp est une interface de navigation intégrée sur le génome de
Lactcoccus lactis permettant la visualisation simultanée et conviviale
des données issues de Micado (Genbank, informations sur la séquence
nucléique), Prose (Uniprot, infoirmations sur les séquences protéiques),
Pareo (Kegg, informations sur les voies metaboliques) et Base (données
d'experience de transcriptomique).
Entremetteur de
réunions
Cette application permet d'organiser des réunions en fixant des dates et
des créneaux possibles. Elle permet de définir une liste ouverte ou
définie de participants avec pondération de VIP possible.
L'Entremetteur de réunions est déployé sur Montpellier SupAgro-INRA
Env-
DonnéesDynamiques-
LBE
Environnement pourla gestion de procédés de dépollution.
Env-
DonnéesDynamiques-
SPO
Environnement pour la gestion de cuves de fermentation de l'UMR
SPO et de Pech-Rouge.
ESAP
programme de prédiction de la conformation de boucles dans les
protéines. Il est basé sur une technique de Monte-Carlo dans l'espace
des angles dièdres.
ESSA/SAPSSARN
Prédiction et édition de structures secondaires d'ARN
EuGène
logiciel de prédiction de gènes protéiques chez les eucaryotes
FaMoz
FaMoz est un logiciel écrit en C et en Tcl/Tk qui utilise un calcul de
vraissemblance et des simulations pour réaliser une étude de paternité
avec des marqueurs codominants, ou marqueurs dominants, ou une
combinaison des deux types précédents.
FILTREX*
Logiciel pour l'identification, l'inférence statistique et l'échantillonnage
temporel optimal de modèles en microbiologie prévisionnelle par
filtrage particulaire (User-friendly Software for Parametric
Identification, Model Comparison and Optimal Sequential Sampling of