Epstein Barr

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Microbiologie générale
1. Introduction
a. La microbiologie
i. références
ii. objectifs
iii. définitions
iv. les bactéries vs l’homme sur la terre
b. La relation microbe-hôte
c. Abrégé d’histoire
2. les maladies infectieuses
a. Eléments d’épidémiologie
i. transmission
ii. mortalité
iii. modifications séculaires d’incidence
iv. infections émergentes et ré-émergentes
b. Les infections nosocomiales
3. les bactéries
a. Cellule
i. cellules pro- eucaryotes
ii. structure cellulaire
o forme
o nucléoïde
o cytoplasme
o membrane plasmique
o paroi
o capsule
o glycocalyx
o couche S
o flagelles
o fimbriae
o pili
iii. mobilité
iv. vie pluricellulaire :
o quorum sensing,
o biofilm
v. différenciation cellulaire
o essaimage
o sporogénèse -endospores
b. Croissance
i. Division bactérienne, courbe de croissance
ii. Conditions de croissance
iii. Métabolisme
iv. Cycle cellulaire
v. Cultures bactériennes
vi. Mesure de la croissance
c. Génétique
i. Généralités
ii. Variations bactériennes
o Variations phénotypiques
o Variations génotypiques
iii. Modifications de l’ADN, variations génotypiques
o mutations
o recombinaisons/transpositions
o transferts de gènes
i. transformation
ii. conjugaison
iii. plasmides
iv. transposons
v. intégrons

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vi. bactériophages, transduction
4. la relation bactérie-hôte
a. bactéries pathogènes / bactéries opportunistes
b. facteurs de défense contre les bactéries
i. les barrières
ii. immunité innée, réponse inflammatoire
c. facteurs de résistance des bactéries aux défenses de l’hôte
d. facteurs de pathogénicité des bactéries
i. généralités
ii. colonisation
iii. invasion
iv. expression du pouvoir pathogène
o exotoxines
o endotoxine et hyperstimulation de la réponse inflammatoire
o Inflammation au niveau de la porte d'entrée secondaire à la multiplication
bactérienne
o Dissémination des microorganismes à partir de la porte d'entrée
5. les agents antibactériens
a. principes généraux
i. définitions
ii. concepts théoriques
iii. activité des antibactériens
iv. cibles des antibactériens
v. résistance bactérienne
vi. efficacité in vitro des antibiotiques, antibiogramme
o CMI/CMB
o antibiogramme par diffusion
o E-Test
vii. efficacité des antibactériens
o pharmacocinétique
o pharmacodynamique
b. les familles d’antibiotiques
i. inhibiteurs de la paroi
o -lactamines
o glycopeptides
ii. Inhibiteurs des synthèses protéiques
o macrolides
o lincosamines
o aminoglycosides
o tétracyclines
iii. Inhibiteurs des acides nucléiques
o F-quinolones
o rifamycines
o nitro-imidazoles
iv. Antimétabolites
v. Antituberculeux
vi. Nouveaux antibiotiques
6. les virus
a. historique
b. définitions
c. structure virale
i. le génome
ii. la capside
iii. l’enveloppe
iv. classification
d. biologie, multiplication
i. reconnaissance, attachement
ii. évolution des infections virales

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iii. pénétration, entrée
iv. décapsidation
v. multiplication
o virus à ADN
o virus à ARN
vi. voyage des proteines de structure
vii. assemblage, maturation
viii. libération
e. conséquences des infections virales
f. interférons
g. cancerogénèse
h. techniques de laboratoire
i. cultures de virus
ii. microscopie électronique
iii. techniques de biologie moléculaire
iv. détection d’antigènes
v. détection d’anticorps
i. agents antiviraux
7. stérilisation
1. Introduction
A. La microbiologie
Objectifs du cours
 les caractères des micro-organismes (µo)
 les relations hôte-µo
 comment identifier les µo
 comment protéger l’hôte contre les µo agressifs
Microbiologie: définition
 Etude des micro-organismes = bactériologie + virologie + mycologie + protozoologie +
helminthologie + prions
 les microbiologies:
 industrielle,
 alimentaire,
 de la terre,
 bio-terrorisme,
 Médicale
Microbiologie Médicale ou clinique :
 micro-organismes + Hôte = Maladie Infectieuse: parfois vrai, le plus souvent faux.
 micro-organismes + Hôte = Relation complexe dont le résultat dépend des caractères des 2
intervenants et des circonstances de leur rencontre
Différenciation des micro-organismes :
Selon le mode de vie:
 macro ou micro-parasites
 extra ou intra-cellulaires
Selon la structure
 acellulaires: virus, prions

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 cellulaires:
 procaryotes: bactéries
 eucaryotes: champignons, protozoaires
Microbiologie : quelle histoire :
Liée à l’histoire du microscope
 1673, van Leeuwenhoek, visualisation de µo.
 1861, Pasteur, la génération spontanée n ’existe pas.
 1876, Koch, B. anthracis provoque le charbon.
 1884, postulat de Koch et coloration Gram
1. Le µo doit toujours se retrouver dans des animaux présentant la même maladie mais pas
dans les animaux sains.
2. Le µo doit être isolé d’un animal et mis en culture dans un environnement pur.
3. Le µo isolé doit causer la maladie d’origine quand il est inoculé à un animal susceptible.
4. Le µo peut-être ré-isolé de l’animal infecté par l’expérience.
2. Les maladies infectieuses
Les maladies infectieuses : la situation actuelle :
1. Mode de transmission des µo:
 Réservoir = homme, animaux, environnement, aliment, eau, air, …
 Sites d’entrée = peau, conjonctives, oro-pharynx, voies respiratoires, muqueuses,… =>par contact
direct ou agent intermédiaire :
Vecteur : animaux, insecte, homme
Véhicule : eau, aliment, instruments
2. Principales causes de mortalité dans le monde :
Mortalité globale 57,03
Affections cardio-vasculaires 16.7
Maladies infectieuses 10,9
Cancers 7,25
Maladies respiratoires 3,7
Mortalité périnatale 2,46
* OMS, exprimée en millions, pour 2002
3. Principales causes infectieuses de mortalité dans le monde :
Infections respiratoires 3,96
SIDA 2,78
Maladies diarrhéiques 1,79
Tuberculose 1,56
Paludisme 1,27
*OMS, exprimée en millions, pour 2002

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4. Modifications de l’incidence de maladies infectieuses:
Diminution de la sensibilité de l’hôte: Meilleure nutrition
Antibiotiques
Vaccination
Diminution de la transmission : Qualité des habitations et de l’environnement
Vaccination
Assainissement du milieu
Sécurité alimentaire et de l’eau
Augmentation de la vulnérabilité de l’hôte : Changement démogr/comportement
Pauvreté
Malnutrition
Augmentation de la transmission : Adaptation microbienne ou vectorielle
Voyages internationaux
Nouvelles technologies
Changements environnementaux
5. Infections nocosomiales :
 Ventilation artificielle, sonde, cathéter, matériel étranger => flore commensale
 patients immuno-déprimés => germes opportunistes
 pression antibiotique => germes multi-résistants
3. Les bactéries
A. Cellules
Cellules eucaryotes  Cellules procaryotes
 Chromosomes multiples, dans
une membrane nucléaire,
nucléole
 ADN associé à histones
 paroi: rare, simple
 mitochondries, reticulum
endoplasmique,…
 2 types de ribosomes
 membrane plasmique: glucides
et stérols
 cytosquelette
 si flagelles, complexes
 taille: 10-
 division: mitose
 méiose
 chromosome unique, pas de
membrane nucléaire ni nucléole
 structure ADN simple
 paroi: complexe, peptidoglycane
 organites absents
 1 type de ribosome
 membrane plasmique: pas
glucides, ni stérols
 pas de cytosquelette
 si flagelles, simples
 taille: 0,2-
 division: scissiparité
 absence de méiose
Cellule bactérienne :
 Formes: coques, bacilles (parfois ramifiés), incurvés (vibrions, spirilles)
 Taille: 0,2 à 250 µm (1-10 µm)
 Associations: chaînette, paire, amas
 Structure: ultrastructure et composition très variable