Eléments Notionnels du cours de Virologie Générale

Eléments Notionnels du cours de Virologie Générale et Médicale
Ce document évoluera au fur et à mesure de l’avancée des cours.
Cours 1 et 2 : Introduction et définitions
Les postulats de Koch et les modifications de Bos. Leurs limites dans certains cas
particuliers.
Ordre de taille des virus et bactéries, moyens d’études correspondants
Expérience de Hershey et Chase ; mise en œuvre, résultats, conclusions
Définition d’un virus ; conséquences et implications
Définitions de nucléoïde, capside, spicule, enveloppe, tégument
Cours 3 et 4 : Architecture
Méthodes d’étude : ombrage et coloration négative
La capside. Symétrie hélicoïdale et icosaédrique. Exemples de différents types de
virus ; Organisation ; Axes de symétrie de l’icosaèdre ; Capsomère, Hexons et Pentons :
localisation. Nombre de triangulation. Fonctions de la capside.
L’enveloppe. Exemples de virus enveloppés ; Conséquences de la présence de
l’enveloppe ; Architecture ; Formation ; Fonctions de spicules (fusion, attachement, activité
enzymatique). Autres protéines (pores et matrice).
Protéines structurales et non structurales. Définitions et exemples.
Les génomes viraux. Exemples de virus à ADN db, sb ; à ARN db, sb+, sb- ; à ARN
ambisens ; à génome fragmenté ; (voir aussi cours taxonomie)
Relation taille de génome et taux de mutation.
Les virus à ARN : originalités.
Cours 5 et 6 : Taxonomie
Citer quelques exemples illustrant la diversité des virus (tailles de génomes, tailles de
virus)
Tableau comparatif virus/bactéries. Quels sont les critères qui permettent de les
distinguer ?
Nomenclature selon l’ICTV et critères de classification.
Classification simplifiée : virus à ADN et virus à ARN. Retenir les familles et leurs
caractéristiques.
Cours 7 et 8 : Multiplication
Citer et décrire les différentes étapes du cycle productif
Cinétiques de la multiplication virales ; paramètres et caractéristiques, phase
d’éclipse.
Définitions de transformation, dormance, lysogénie, cycle inductible, cycle productif,
cycle abortif, cycle lytique, cellule permissive, restrictive.
Caractéristiques générales des cultures primaires, de cellules diploïdes, de cellules en
lignées continues.
Effet cytopathogène, perturbations visibles au MO, exemples et application à la
mesure d’une charge virale
Généralités sur les récepteurs cellulaires aux ligands viraux. Exemples choisis
(CD19, CD4, CCR5 et CXCR4)
Modes de pénétrations ; fusion et endocytose.
Décapsidation et transport du génome viral vers le noyau.
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Expression et réplication des génomes viraux : quelles enzymes (réplicases) utilisent
quelles molécules comme matrice pour produire quoi ? Protéine structurales et non structurales,
phase précoce et phase tardive, adressage des protéines d’enveloppe.
Réplication du génome viral et du génome de la cellule hôte. Exemples et
conséquences.
Caractéristiques des processus d’assemblage et de libération des virions.
Cours 9 et 10 : Pathogénicité
Modes de transmissions (inter-humains et animal-homme). Conséquences
(préventions, traitements)
Maitriser la terminologie : infection aigue, chronique, latente, persistante,
réactivation. Cinétiques de chaque cas (charge virale/temps).
Virémie primaire et secondaire
Modes de diffusion virale : lymphatique, sanguine, nerveuse.
Virologie médicale
Cours 1 et 2 : Polivirus
La famille des picornaviridae. Transmission et pathogénèse et évolution de
l’infection.
L’ARN génomique ; organisation, expression, caractéristiques
Maturation des protéines virales et leurs fonctions (exemples)
Architecture de la capside
Le récepteur CD155. aspects moléculaires et roles dans l’entrée de l’ARN viral
Description du cycle infectieux du Poliovirus et morphogénèse virale.
Effet cytopathogène
Les vaccins antipolio (salk et sabin) ; caractéristiques, avantages et inconvénients
Cours 3 : Rubéole
Famille des Togavirus qui comprend Alphavirus (des Arbovirus, transmis pas
insectes hematophages. Encephalites, douleurs articulaires. ex chikungunya) et Rubivirus.
Structure : capside icosaèdrique, enveloppé. ARN sb +. Virus fragile. Hemagglutinine de
l’enveloppe (et autres activité de proteine enveloppe : complement…).
Epidémiologie : rubéole acquise (transmission par voie aérienne) et rubéole congénitale (voie
transplacentaire). Symptomes et évolution de la maladie.
Tableaux de détection d’Ig G et iG M si risque de contagion chez la femme enceinte. Conduite à
tenir.
Cours 4 et 5 : Rougeole et Oreillons
Paramyxoviridae, genre Morbillivirus (rougeole) et Rubulavirus (oreillons)
Architecture des virus : enveloppés, nucléocapside hélicoïdale, ARN (-). Protéines d’enveloppe
(HN et F), de nucléocapside et de la matrice. Cycle de réplication cytoplasmique et assemblage à la
membrane.
La rougeole. Incubation, stades cliniques et complications éventuelles. Signe de Koplik. Mise en
évidence indirecte (hémagglutination, IgM, IgG) ou directe (Immunofluorecence, effet
cytopathogène-formation de syncitium).
Les oreillons. Epidémiologie : Voie de contamination, incubation, virémie. Complications
éventuelles.
Dans les deux cas, importance de la vaccination. Vaccin vivant atténués.
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Cours 6 : Grippe
Classification des virus grippaux A, B et C. tableau comparatif.
Structure, comparaison paramyxoviridae et orthomyxoviridae.
Genome RNA (-) segmenté
Protéines structurales et non structurales (NS1 et NS2)
Caractéristiques des HA et NA
Le cycle réplicatif des virus Influenza et ses caractéristiques (passage dans le noyau,
utilisation d’amorces 5’ ARNm cellulaires). Role de la protéase extracellulaire (agissant sur HA)
dans l’infectivité. Transport des RNP vers le noyau. Dérive antigénique et cassure antigénique :
mécanismes et conséquences.
Epidémiologie et pathologie, maladie saisonnière (virus stable au froid). Symptomes
classiques et sévères. Complications éventuelles.
Diagnostic direct et indirect.
Vaccination et traitements disponibles : efficacité et limites.
Cours 7 : Hépatites Généralités
5 virus sont susceptibles de provoquer des hépatites virales. HAV, HBV, HCV,
HDV, HEV. Classification. Caractéristiques: taille des virions, enveloppés ou non, nature de l’acide
nucléique. Répartition géographique. Modes de contamination.
Cours 8 : HAV, HBV et HCV
Caractéristiques morphologiques et cycle de réplication de HAV, HBV et HCV.
Différences dans leurs modes de transmission et les pathologies induites (cirrhose, carcinome,
chronicité).
HAV : recommandations sanitaires
HBV : Analyse de sérologie et interprétation de différents cas.
HCV : Structure du genome viral ; protéine virales structurales et non structurales (structure et
fonction). Récepteurs du HCV. Thérapies antivirales et types de réponses. Modes d’action de la
ribavirine.
Cours 9 : HIV
Classification. Structure du virus : protéines structurales et non structurales ;
production, maturation (protéases). Le cycle viral, la reverse transcription.
Voies d’entrée ; Cellules infectées ; récepteurs et corécepteurs. Mécanisme d’entrée
dans les LTCD4, roles de GP120 et gp41 : reconnaissance et fusion. Formation de la particule
infectieuse.
Pathogénèse ; charge virale et diagnostic : titre d’Ac et d’Ag, numération des CD4 et
CD8 ; leur évolution au cours de l’infection. Facteurs prédictifs. Principaux pathogènes
opportunistes. Méthodes de dépistage et confirmation d’un diagnostic.
Composés anti-HIV : molécules actuelles et en développement : cibles et mode
d’action.
Cours 10 : Herpes
Classification, sous-familles et genres. Structure générale de l’enveloppe t de la
capside des Herpesviridae. Les génomes, taille et particularités (présence des régions répétées). Le
cycle viral, gènes immediate-early, early et late.
HSV-1 et -2, cibles cellulaires, latence, transmission, pathologies associées. Mode d’action
de l’acyclovir. Méthodes de diagnostic.
VZV, cibles cellulaires, latence, épidémiologie, transmission et pouvoir pathogène.
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CMV, cibles cellulaires, latence, épidémiologie, transmission et pouvoir pathogène.
Symptomes, diagnostic. Traitements.
EBV. épidémiologie, transmission et pouvoir pathogène, manifestations, signes cliniques,
complications.
Cours 11 : Papillomes
Structure capside et génome. Gènes E et L. Cycle dans kératinocytes. Pathogénèse
(verrues, cancers) en fonction des genres de HPV. Les protéines E6 et E7, roles sur P53, la protéine
du rétinoblastome (pRb) et la télomérase. Interactions avec les défenses innées. Diagnostics et
traitements.
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