1. Anatomie pathologique et biologie moléculaire

Anatomie pathologique - Pr D. Chatelain
Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011.
INTRODUCTION ET GENERALITES SUR L’ANATOMIE PATHOLOGIQUE
- Spécialité médicale d’étude des altérations morphologiques de l’organisme :
o Macroscopiques et microscopiques.
o Au cours des maladies : inflammatoires, métaboliques et néoplasiques.
o Permettant de faire le diagnostic de ces maladies.
I. Historique
- Spécialité médicale ayant émergé au milieu du XIXème siècle : elle a constitué un élément
structurant de la médecine moderne parl e développement des corrélations et confrontations
anatomo-cliniques.
- 1ères autopsies réalisées dès l’antiquité.
- Rarement pratiquée au Moyen-âge.
- Renouveau à la renaissance (XVI-XVIIème siècle) : Tornius, Benivieni, Malpighi, etc.
- Essor au XVIII-XIXème siècle : Bichat, Laennec, Morgagni, Virchow, etc.
- Milieu du XIXème siècle : avènement anapath microscopique :
o Premier microscope mis au point fin XVIIème siècle.
o Essor industrie allemande (fixation formol, rasoir, inclusion en paraffine) permettant
étude microscopique valable 1850_1880.
II. Rôle de l’anatomie pathologique
- Discipline importante pour la prise en charge des patients.
- Rôle diagnostique : élaboration d’un diagnostic par la démarche anatomo-clinique.
o Lésions macroscopiques et microscopiques analysées et décrites.
o Intégration des lésions morphologiques avec les renseignements cliniques (+ autres
résultats bactériologiques, biologie moléculaire, etc.).
o En conclusion affirmation d’un diagnostic ou proposition d’une hypothèse diagnostic.
o Pathologie tumorale: Bénin/Malin.
o Pathologie inflammatoire  quantification de l’activité inflammatoire, du degré
de fibrose.
- Rôle dans l’évaluation du pronostic : surtout en pathologie tumorale maligne : critères histo-
pronostiques (classification pTNM, exérèse, complète ou non, etc.).
- Rôle dans la réponse à certaines thérapeutiques : disparition, persistance ou aggravation des
lésions.
- Implications dans les protocoles de recherche : efficacité, effets secondaires des traitements, etc.
III. Nature des prélèvements analysés dans le service d’anatomie pathologique
- Biopsies.
- Pièces opératoires (résection chirurgicale).
- Prélèvement cytologiques (LCR, ascite, frottis cervico-vaginal, etc.).
- Prélèvements réalisés lors d’autopsie.

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1. Biopsie
- Prélèvement s d’un fragment de tissu :
o Par ponction à l’aiguille (foie, rein, os, etc.).
o Au cours d’un endoscopie.
o Par biopsie chirurgicale après anesthésie locale (biopsie cutanée) ou générale.
- But : faire le diagnostic de la maladie.
2. Pièces opératoires
- Exérèse partielle ou complète d’un ou de plusieurs organes : toutes les pièces opératoires sont
habituellement transmises pour être examinées par un pathologiste.
- But : faire le diagnostic de la maladie. En pathologie cancéreuse cela permet de donner des
critères histo-pronostiques.
3. Cytologie ++QE
- Examen des cellules :
o Recueil es liquides spontanément émis (urine, expectoration, drain, etc.).
o Raclage, brossage, écouvillonnage de cellules desquamant spontanément (frottis col
utérin, brossage des voies biliaires, etc.).
o Ponction à l’aiguille d’un liquide (épanchement de séreuse, articulaire, LCR, kyste,
collection, etc.).
o Ponctions à l’aiguille d’un organe, d’une tumeur (thyroïde, ganglions, etc.) et étalement
des cellules sur une lame.
- But : recherche de cellules cancéreuses.
IV. Technique anatomo-pathologique « standard »
- But : transformer un fragment de tissu vivant en une lame interprétable au microscope, pouvant
être conservée indéfiniment.
- Rédaction d’un compte-rendu anatomo-pathologique donnant le diagnostic et les facteurs
pronostiques.
1. Etapes de l’examen anatomo-pathologique standard ++QE
1. Fixation (lors de la réalisation du prélèvement).
2. Acheminement du prélèvement dans le service d’anatomie pathologique.
3. Enregistrement du prélèvement.
4. Examen macroscopique (description, réalisation des prélèvements).
5. Inclusion du prélèvement dans un bloc de paraffine.
6. Coupe du bloc inclus en paraffine au microtome.
7. Coloration (Hématoxyline-éosine-safran HES).
8. Examen au microscope.
9. Rédaction du compte-rendu envoyé au clinicien ?
10. Archivage des lames, des blocs d’inclusion et du double du compte-rendu.

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2. Fixation ++QE
- But : immobiliser les constituants cellulaires et tissulaires dans un état aussi voisin que possible
de l’état vivant.
Eviter l’autolyse et la putréfaction (par constitution de ponts protéiques).
- Immersion dans un liquide fixateur :
o Formol, AFA (acide acétique, formol, alcool) et liquide de Bouin.
o Le plus rapidement possible après le prélèvement.
o Dans une quantité suffisante de fixateur.
- Quantité suffisante de fixateur (10x le volume de la pièce).
- Récipient de grande taille.
- Pour que le fixateur puisse pénétrer dans les tissus et pour fixer correctement la pièce :
o Ouvrir les organes creux (tube digestif, utérus, etc.) et les vider de leur contenu.
o Trancher les organes pleins volumineux (foie, rate, etc.).
o Insufflation de formol dans les poumons.
o Os : doit être scié, puis fixé au formol, puis placé dans une solution acide décalcifiante
avant d’être prélevé.
- Ne pas mettre les pièces dans le sérum physiologique.
- Durée de fixation :
o 4 à 6h pour une biopsie.
o 24 à 48h pour les pièces opératoires.
- Exemple d’une pièce non ouverte mal fixée (splénectomie), placée dans une quantité insuffisante
de formol :
2. Réception des prélèvements et enregistrement
- Transmettre dans le service d’anatomie pathologique le pot contenant la biopsie ou la pièce
opératoire identifiée avec la feuille de demande.
o Identité du patient.
o Identité du prescripteur.
o Date du prélèvement.
o Nature du prélèvement.
o Renseignements cliniques +++.
o Antécédent du malade.
o Dessin si pièce complexe.
- Le prélèvement est enregistré et un n° d’ordre propre au service d’anatomie pathologique lui est
attribué (retrouvé sur : bocal, bloc d’inclusion en paraffine, lame, compte-rendu, etc.).

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3. Macroscopie
- Après fixation de 6-12h (biopsies) à 24-48h (pièce opératoire).
- Mesure de la pièce opératoire.
- Poids de la pièce opératoire.
- Description macroscopique des lésions :
o Aspect de la tumeur.
o Consistance, couleur.
o Limitation.
o Taille.
o Distance / limite de résection (souvent encrée).
o Aspect parenchyme en périphérie.
o Photo macroscopie parfois.
o En cas de pièce complexe, intérêt des renseignements par le chirurgien (schéma et/ou
fils repères).
- Réalisation de prélèvement dans les zones anormales macroscopiquement, et en zone
macroscopiquement saine.
- Chaque prélèvement est placé dans une cassette numérotée.
- Recommandations mais pas de protocole strict de dissection des pièces ; nombre et nature des
prélèvements réalisés pathologiste-dépendant.
4. Stockage des prélèvements résiduels après macroscopie
- Conservation des restes des fragments tissulaires après prélèvement dans du formol.
o Généralement 1 mois après envoi du compte-rendu.
o Puis destruction par incinération.
5. Technique standard inclusion en paraffine
- But : enrober prélèvement réalisé en macroscopie (fragment tissulaire) dans un support solide
(paraffine) permettant de le couper au microtome.
- Inclusion en paraffine :
o Déshydratation des prélèvements dans bains d’alcool, puis passage dans beins de
toluène (automate).
o Enrobage des prélèvements dans de la paraffine liquide à 56°C, imprégnant les tissus,
puis refroidie.
o Bloc refroidi, confère rigidité au prélèvement permettant de le couper au microtome
(coupes de 3 à 4μm).
- Coupe de 4μm étalée sur lame.
- Passage dans bains de toluène (dissolvant la paraffine), d’alcool et d’eau (déparaffinage puis
réhydratation).
- Coloration à l’HES :
o Hématéine ou hématoxyline (colorant basique nucléaire). BLEU
o Eosine ou phloxine (colorant acide cytoplasmique). ROSE
o Safran (se fixant sur le collagène). JAUNE ORANGE
- Examen microscopique.
- Dictée du compte-rendu.

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- Rédaction du compte-rendu.
- Envoi du compte-rendu.
- Archivage : blocs de paraffine coupés au microtome, partie superficielle examinée. Reste
fragments tumoraux dans les blocs de paraffine qui sont archivés.
6. Stockage des prélèvements
- Conservation des prélèvements tissulaires dans les blocs de paraffine et des lames sur lesquelles
le diagnostic a été porté :
o Dans les archives du service d’anatomie pathologique.
o Pendant au moins 10 ans (sauf pathologie pédiatrique, conservation à vie).
o Possibilité de « contre-expertise ».
o D’analyses complémentaires immuno-histo-chimiques, génétique à partir des
prélèvements inclus en paraffine.
Stockage des prélèvements tumoraux congelés (tumorothèque)
- Pièces reçues fraiches, non fixées par le pathologiste.
- Prélèvements sur la tumeur et le tissu non tumoral.
- Congelés et stockés à -80°C en vue d’éventuelles études moléculaires (avec l’accord du patient).
7. Delais de réponse
- Acheminement du prélèvement : 0 à 24h.
- Fixation : 6 à 48h.
- Techniques standard : 4h.
- Examen microscopique + rédaction, frappe, du compte-rendu : 1 à 48h.
- Acheminement du compte-rendu : 24h. Maintenant instantané avec Dxcare.
- Réponse au mieux (délais incompressibles) :
o En 24h au mieux pour les biopsies.
o En 48h pour les pièces opératoires (fixation 24h).
- Allongement du délai de réponse :
o Parfois technique standard ne suffit par pour le diagnostic.
o Nécessité de :
o Niveaux de coupe complémentaires.
o Colorations spéciales.
o Immunohistochimie.
8. Histochimie
- Colorations complémentaires (« colorations spéciales »).
- Sur tissue fixé, inclus en paraffine :
o Production de mucine (PAS, bleu alcian).
o Synthèse de glycogène (PAS).
o Synthèse de mélanine (Fontana).
o Présence d’hémosidérine (Perls).
o Présence de calcification (Von Kossa).
o Mise en évidence de la fibrose (Trichrome de Masson).