Technique de prélèvement et conditions d`acheminement

RELEVE DE DECISIONS du groupe
Pertinence des prélèvements microbiologiques
Date : 30/10/09
Secteur Est
Participants
 CHI : Yannick Gigant,
 Laboratoire : Michel Lemarinel,
 FELIN : Johanna Bègue, Catherine Payet, Cécile Mourlan
 CSB : Johan Bardil
Rédacteur : J.Bègue-C.Mourlan
Prochaine réunion 04 Décembre à 14 h au CHI
RESUME DES POINTS TRAITES :
Début de la réunion: 14h10
 Le groupe a discuté de la forme du support du référentiel, éventuellement des fiches cartonnées
type bristol en format A5 pour classeur qui permettront le remplacement facile des fiches modifiées dans
le temps. L’antenne doit tester ce support afin de vérifier la lisibilité.
 Il sera diffusé un référentiel par poste de soin dans les établissements, et il sera également
accessible par Intranet, et par Internet sur le site de la FELIN.
 Monsieur François Binois excusé pour cette réunion avait proposé des modifications sur certaines
fiches. Catherine Payet a aussi proposé un certain nombre de changement sur ce document. Ces
propositions ont été discutées et validées lors de la réunion.
 Il a été proposé de standardiser les fiches de demandes d’examens microbiologiques, d’intégrer une
fiche annexe sur les modalités d’approvisionnement des services par les laboratoires (horaires d’ouverture,
modalités de transmission, etc…).
 Cécile MOURLAN transmettra le document de notre groupe de travail après correction, au Dr Odile
Bellon , microbiologiste du CH d’Aix en Provence, chargée de mettre à jour les fiches prélèvements du site
du CCLIN SUD EST, pour avis et validation.
 Listing des prélèvements étudiés pendant cette séance
Prélèvement
Examen cytobactériologique des urines
Examen cytobactériologique des selles
Examen cytobactériologique des sécrétions broncho-pulmonaire
Hémoculture
Examen bactériologique d’un dispositif intra vasculaire
Prélèvements cutanés et biopsie osseuse
Voir fiches pages ci-dessous
Rédacteur
Yannick GIGANT
François BINOIS
Johan BARDIL
François BINOIS
 Référentiels consulter pour rédaction (+ biblio complémentaire au choix du redacteur) :
- HAS (http://www.sante.gouv.fr/htm/dossiers/preanalytique/titre-microbiologie.htm)
- REMIC (http://bacterioweb.univ-fcomte.fr/bibliotheque/remic/000-Somm.pdf )
- Reco HAS « diagnostic et TT de l’infection bactérienne précoce du NN » et « Prévention
anténatale du RI bactérien néonatal précoce »
- Document interne laboratoire CHFG
- Article “Recommandations pour la bonne pratique du prélèvement microbiologique dans les
infections cutanées et osseuses : à propos du pied diabétique
- Reco SFHH transmission croisées, avril 2009
- Guide des bonnes pratiques d’antiseptie chez l’enfant, SFHH 2007
- Reco AFSSAPS « diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes
communautaires chez l’adulte »
- Définition des infections associées aux soins, CTINILS, Mai 2007
Fin de la réunion : 16h00, (à la prochaine réunion reprise des discussions à la fiche Examen cyto du LCR)
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En cours d’élaboration
Examen Cytobactériologique
des Urines
Dernière mise à jour le
7 Septembre 2009
Indication
Examen réalisé à la recherche d’une infection urinaire avec moins un des signes suivants : fièvre (> 38°C),
impériosité mictionnelle, pollakiurie, brûlure mictionnelle, ou douleur sus-pubienne, en l’absence d’autre cause,
infectieuse ou non.
Spécificités gériatriques : Signes cliniques complémentaires possibles : confusion, chute, anorexie, apparition
et/ou l’aggravation d’une incontinence, le tout sans autre cause retrouvée.
Autres cas de réalisation de l’ECBU : grossesse, décompensation diabète, en pré-opératoire urologique ou
gynécologique, contrôle post-thérapeutique.
L’ ECBU n’est pas obligatoire en cas de cystite aiguë de la femme de moins de 65 ans sans antécédents, en
dehors de la grossesse.
Technique de prélèvement et conditions d’acheminement
Cas général habituel : (recueil dit "à la volée" ou" du milieu de jet")
- Nettoyage au savon de la région vulvaire ou du méat urinaire, rinçage puis désinfection avec un antiseptique
non alcoolique (dakin ou polividone iodée)
- Eliminer le 1er jet (20 ml) d'urines pour ne recueillir dans un flacon stérile que les 20 ml suivants au minimum
en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du récipient.
- Chez le patient incontinent :
- homme : recueillir l’urine au moyen d’un collecteur pénien ou par cathétérisme sus pubien en cas de
rétention d’urines car le sondage expose au risque de prostatite
- Femme : un prélèvement après toilette génitale soigneuse peut être considéré comme acceptable et le
recours au sondage ne doit donc pas être systématique.
Le nourrisson
Patient sondé à demeure
Nettoyage et Désinfection avec du dakin et rinçage
à ‘eau stérile pour le prématuré
Utiliser un collecteur stérile spécifique. ne pas
laisser en place plus d'une heure.
Transvaser les urines dans un flacon stérile
Acheminer rapidement vers le laboratoire.
(L’urine peut également être saisie «à la volée» au
moment du change)
Ne pas déconnecter sonde et collecteur
Clamper le système en aval
Désinfecter la chambre de prélèvement avec un
antispetique
Ponctionner avec une seringue (20ml)
Transvaser dans un flacon stérile
Interprétation
Infection urinaire
Au moins un des signes suivants : fièvre (> 38°C), impériosité mictionnelle, pollakiurie, brûlure
mictionnelle, ou douleur sus-pubienne, en l’absence d’autre cause, infectieuse ou non.
Et : leucocyturie ≥ 104 leucocytes/ml ET
Bactériurie supérieure ou égale à 103/ml pour cystite aigue à Colibacilles et autres Entérobactéries
supérieure ou égale à 105/ml pour les cystites à autres bactéries
supérieure ou égale à 104 /ml pour les pyélonéphrites et prostatites
La colonisation urinaire n’est pas l’indication d’un traitement systématique par les antibiotiques, que le patient
soit sondé ou non, diabétique, âgé ou ayant une vessie neurologique, sauf en cas de facteur de risque de morbimortalité : neutropéniques, immunodéprimés et femmes enceintes ou pour les patients en situation préopératoire : chirurgie et explorations urologiques, mise en place de prothèses.
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EXAMEN DES SELLES
Coproculture +/- parasitologie de
selle selon contexte
En cours d’élaboration
Dernière mise à jour le
30 octobre 2009
Indication
Toutes diarrhées aiguës fébriles d’allure invasive (diarrhées glairo-sanglantes)
Contextes épidémio-cliniques particuliers :
- Notion de voyage récent en «pays tropical»,
- Malade sous traitement antibiotique, préciser recherche de clostridium difficile et de sa
toxine,
- Toxi-infection alimentaire collective (TIAC),
- Patients infectés par le VIH (SIDA notamment),
- Syndrome hémolytique et urémique (SHU).
Enfant de moins de deux ans : Réalisation d’une coproculture standard avec recherche supplémentaire
des E. coli entéropathogènes en sachant que l’étiologie virale prédomine dans cette tranche d’âge.
Cas particuliers du nouveau né : Dans le méconium on se limite à la recherche de bactéries
responsables d’infections néonatales : Listeria monocytogenes, E. coli K1 et surtout Streptococcus
agalactiae (groupe B).
Technique de prélèvement et conditions d’acheminement
- Volume d’une noix au minimum dès émission est placé dans un pot à vis stérile.
- Un échantillon muco-purulent ou sanglant est choisi lorsqu’il en existe.
- Un écouvillonnage rectal peut se révéler utile notamment chez le nourrisson et le petit enfant.
Le prélèvement doit être immédiatement acheminé au laboratoire ou conservé au maximum une nuit à + 4°C afin d’éviter
la dessiccation et la prolifération des bactéries et levures commensales.
Interprétation
On ne traite que la présence de micro-organismes pathogènes :
Bactéries :Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, Cholera, Clostridium
Virus : Rotavirus, Adenovirus,
Protozoaires : Amibiase, Giardiase,
Helminthes : Anguillule, Ankylostome,
En tout état de cause il n’est licite de pratiquer un antibiogramme que pour toutes bactéries
pathogènes isolées de coproculture.
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En cours d’élaboration
Examen cytobactériologique des
sécrétions broncho-pulmonaire
Dernière mise à jour le
30 octobre 2009
Indication
Permet le diagnostic étiologique d’une pneumopathie infectieuse ou d’une exacerbation aiguë de BPCO,
par examen direct immédiat du crachat pour le comptage des cellules et la recherche de microorganismes après coloration de Gram et mise en culture. Cet examen n’est exploitable que s’il est
correctement effectué (isolement d’une bactérie potentiellement pathogène dans 84% des cas si
l’expectoration est purulente et dans seulement 38% des cas si l’expectoration est muqueuse) ; dans
ces conditions, l’ECBC a une bonne sensibilité et une bonne spécificité dans les PAC (pneumonies aiguës
communautaires) à pneumocoques, d’autant qu’elles sont plus graves, c'est-à-dire bactériémiques, avec
alors jusqu’à 93% de cultures de crachats positives (Recommandations HAS, Haute Autorité de
Santé).
Technique de prélèvement et conditions d’acheminement
Recueillir un crachat profond (salive exclue), éventuellement avec l’aide du kinésithérapeute et
précédé d’un aérosol de sérum physiologique dans un pot stérile (type ECBU); le crachat doit être
adressé dans la demi heure qui suit au laboratoire.
Une hygiène buccodentaire avec un rinçage abondant avant le prélèvement ou soin de bouche pour les
personnes dépendantes doit être réalisé.
Interprétation
L’échantillon n’est valide qu’en présence d’au moins 10 cellules épithéliales squameuses et plus de 25
leucocytes par champs microscopiques au faible grossissement.
Il n’y a pas de Gold standard pour la réalisation du prélèvement, du frottis et de sa lecture mais on
considère en général comme significative la présence de pneumocoques ou de germes de la cavité
buccale seulement si le taux est supérieur à 10 millions/ml.
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En cours d’élaboration
HEMOCULTURE
Dernière mise à jour le
30 octobre 2009
Indication
 Toute fièvre présumée d’origine bactérienne ou indéterminée, surtout si elle est accompagnée de
signes cliniques évocateurs d’un sepsis doit donner lieu à la prescription d’hémocultures.
 Protocoles particuliers : suspicion d’infection de cathéter, suspicion endocardite…
Le prélèvement d’hémoculture doit être réalisé au moment du pic fébrile.
Technique de prélèvement et conditions d’acheminement
- Désinfecter à l’aide d’une compresse imprégnée de Bétadine Alcoolique® les bouchons des flacons,
- Repérer la veine (préférer la ponction veineuse plutôt que le prélèvement sur cathéter, sinon le
préciser sur la demande d’examen),
- Faire l’antisepsie du point de ponction en 5 temps (détersion avec savon antiseptique rinçage,
séchage avec une compresse, désinfection avec antisetiques alcooliques, laisser sécher),
- Mettre en place le garrot,
- Faire une hygiène des mains par friction avec une solution hydro-alcoolique,
- Mettre les gants,
- Ponctionner la veine,
- Selon les nouvelles recommandations (CCLIN SE 2008), remplir en un seul prélèvement les 4 à 6
flacons d’hémoculture (les aérobies en premiers) jusqu'à la limite indiquée, soit au total 30 à 40 ml,
Sauf en pédiatrie et en cas de suspicion d’endocardite : maintien des 3 séries d’hémoculture.
- Jeter immédiatement l’aiguille dans le collecteur jaune pour piquants tranchants
Interprétation
Au moins une hémoculture positive (justifiée par des signes cliniques),
sauf pour les microorganismes comme staphylocoques à coagulase négative, Bacillus spp. (sauf B.
anthracis), Corynebacterium spp., Propionibacterium spp., Micrococcus spp., ou autres microorganismes saprophytes ou commensaux à potentiel pathogène comparable, pour lesquels deux
hémocultures positives au même micro-organisme sont exigées (sauf néonatologie en cas de cathérisme
intravasculaire).
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EXAMEN BACTERIOLOGIQUE D’UN
DISPOSITIF INTRAVASCULAIRE
(CATHETER, CHAMBRE
IMPLANTABLE)
En cours d’élaboration
Dernière mise à jour le
30 octobre 2009
Indication
Permettre le diagnostic de l’existence d’un état septique ou d’une colonisation par un ou plusieurs
micro-organismes.
L’examen systématique des cathéters périphériques n’est pas justifié en dehors de signes locaux (pus
franc ou liquide puriforme au niveau de l’émergence ou la tunellisation du cathéter) et/ou généraux
d’infection.
Technique de prélèvement et conditions d’acheminement
Ne pas utiliser un antiseptique et éviter la contamination par la flore commensale cutanée lors du
retrait du catheter.
Sectionner, pour les cathéters longs 5 cm de l’extrémité distal, pour les cathéters courts la totalité
de la partie insérée avec des ciseaux stériles, et la mettre dans un récipient stérile et hermétique (pot
à urine).
Pour les chambres implantables :
- écouvillonner la face externe de la chambre,
- rincer l’intérieure de la chambre à l’aide d’un sérum physiologique stérile, à recueillir dans un
récipient stérile et hermétique (pot à urine),
- recueillir les sérosités éventuelles à l’aide d’un écouvillon.
Précisez sur la demande d’examen le type de cathéter et le site anatomique et acheminer rapidement
(<30mn).
Interprétation
Suivant la technique semi-quantitative de culture du cathéter selon la méthode de Maki ou quantitatif
de Brun buisson pour les chambres implantables.
 Infection Liée au Cathéter (ILC) locale ou infection liée à une chambre implantable :
- culture du dispositif: ≥15 UFC (Maki) ou ≥1000UFC/ml ( Brun Buisson)
- et la purulence de l’orifice d’entrée du cathéter ou une tunnelite,
 ILC générale ou infection liée à une chambre implantable :
- culture du dispositif: ≥15 UFC ou ≥1000UFC/ml ( Brun Buisson)
- et une régression totale ou partielle des signes infectieux généraux dans les 48 h suivant l’ablation
du dispositif.
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PRELEVEMENTS CUTANES ET
BIOPSIE OSSEUSE
valable pour plaies, escarres et
ulcères de jambe
En cours d’élaboration
Dernière mise à jour le
30 octobre 2009
Indication
En pratique courante, uniquement s’il y a des signes cliniques d’infection, pour rechercher un germe et
guider l’antibiothérapie ; il n’est pas question ici de dépistage à titre systématique de porteurs de
germes(ex : portage de BMR) comme cela peut se faire dans certains services à très haut risque
infectieux(ex : réanimation) ou dans un but de recherche sur l’écologie microbienne.
Technique de prélèvement et conditions d’acheminement
En règle générale, avant toute antibiothérapie et acheminement au labo le plus rapidement possible
(2h) et à une température autour de 20° et avec des milieux de transport spéciaux pour l’isolement
des bactéries anaérobies strictes.
Nécessite au préalable une préparation de la plaie : le débridement avec excision des tissus nécrosés
permet de réaliser des prélèvements profonds qui sont les seuls valables (les prélèvements de surface
n’ont aucun intérêt car ils ne recueillent que des germes de colonisation qui ne sont pas les germes
responsables de l’infection). Un nettoyage doit être réalisé avec une compresse imprégnée de sérum
physiologique pour éliminer cette flore de colonisation.
1-Curetage-écouvillonnage : pour les plaies superficielles et anfractueuses profondes : il faut racler
ou cureter la plaie à sa base ou sur les bords de l’ulcère ; recherche d’anaérobies strictes possibles si
milieu de transport jusqu’au laboratoire adapté.
2-Biopsie tissulaire : à l’aide d’un punch biopsie au lit du malade ou d’un trucut ou au bloc opératoire
lors du débridement chirurgical ; la biopsie doit passer en peau saine, en ne passant ni par la plaie ni
par un trajet fistuleux ; 2 ou 3 petits fragments sont déposés dans un tube stérile avec qq gouttes de
sérum physiologique pour éviter la dessiccation ; c’est le « gold standard » mais pas toujours
techniquement ou humainement réalisable et d’un coût élevé.
3- Aspiration à l’aiguille fine d’une lésion profonde
Pour tout liquide purulent collecté dans un abcès profond, en passant après désinfection, par une zone
cutanée saine ou à défaut à travers une plaie superficielle.
Si plaie sèche, injecter puis ré aspirer 1 à 2 ml de sérum physiologique au fond de la plaie.
La seringue ayant servi au prélèvement doit être envoyée au laboratoire sans aiguille, purgée d’air et
bouchée hermétiquement pour la recherche de germes anaérobies.
4- biopsie osseuse
L’os est prélevé par le chirurgien ou par ponction percutanée au trocart après désinfection en 5 temps
de la peau et de la zone de prélèvement.
Le morceau d’os est mis aussitôt dans un pot stérile sans conservateur.
Elle doit être pratiquée en cas de contact osseux et de diagnostic d’ostéite douteux et quand le
diagnostic bactériologique ne peut être effectué autrement
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5- Hémocultures aéro et anaérobies
En cas de sepsis (fièvre, infection sévère) une hémoculture doit être systématique en complément.
Rq Ecouvillonnage de la plaie : à éviter car ramène la totalité de la flore de colonisation et aucun
germe anaérobie
Interprétation
Il n’existe aucun marqueur permettant de faire la distinction entre une plaie colonisée et une plaie
infectée, hors seules les plaies infectées doivent être traitées ; 4 cas de figure :
1- Plaie sans signe clinique = plaie colonisée : pas de tt
2- Plaie infectée avec germes pathogènes : tt antibio
3- Plaie infectée avec germes pathogènes et commensaux : antibio dirigés seulement contre les
pathogènes
4- Plaie infectée mais avec seulement des commensaux (S.epidermidis, corynébactéries, Entérococcus spp..) : pas
d’antibio sauf si isolés à plusieurs reprises ou sepsis grave.
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