CV complet - Jawad Abdelkrim`s website

Dr Jawad Abdelkrim
10/01/1977 (France)
18 rue Villehardouin
75003 Paris
01 42 71 55 73
email: [email protected]
website: jawad.abdelkrim.free.fr
Rattachement actuel
Institut National de Recherche Agronomique - Centre de Rennes
Equipe "Gestion des Populations Invasives"
Muséum National d'Histoire Naturelle
Département Systématique & Evolution
USM 603 Systématique, Adaptation, Evolution (UMR 7138)
CP 2657, rue Cuvier, 75231 Paris cedex 05
Tel (33) 1 40 79 31 12 – Fax. 38 44
Cursus scolaire
Thèse de doctorat d’Ecologie moléculaire et Biologie de la conservation 2001 – 2005
Université de Jussieu (Paris 6) et Muséum National d’Histoire Naturelle (Paris)
Titre : Structuration Génétique de populations introduites de rats (Rattus rattus et Rattus
norvegicus) en milieu insulaire. L’outil génétique au service de l’étude des invasions
biologiques et de leur gestion.
Devant le jury composé de :
Daniel Simberloff
Rapporteur Michel Pascal Examinateur
Arnaud Estoup
Rapporteur Sarah Samadi Examinatrice
Robert Barbaut
Examinateur Simon Tillier Directeur de thèse
DEA: Histoire, Génétique et Mécanismes de l’évolution
2000 - 2001
Université de Jussieu (Paris 6) et Muséum National d’Histoire Naturelle (Paris)
Titre : Développement larvaire et différenciation en milieu marin. Le cas du complexe
d’espèces Cérithes (Mollusca, Caenogastropoda, Cerithiidae) en Méditerranée.
Maîtrise : Biologie des Populations et des Ecosystèmes
1999 - 2000
Mention « Environnement ». ( Mention Bien) - Université Toulouse - Paul Sabatier
Licence : Biologie des Organismes
1998 - 1999
Mention « Ecologie et Environnement » (Mention Abien), Université Bordeaux I
DEUG
Sciences de la vie
1995 - 1998
Mention « Biologie, Sciences de la Terre » (Mention Abien), Université Bordeaux I
Baccalauréat : Série S, spécialité Sciences de la Vie et de la Terre
Lycée M.Montaigne (Bordeaux) - (Mention Abien),
1994 - 1995
Formations complémentaires
Oct. 2003
Sept. 2003
Sept. 2002
1997-1998
« Algorithmique et Programmation : Notions de base pour les biologistes »
Jussieu – Paris 6
« Unix/Linux : informatique pour la Biologie - Elaboration de chaînes de
traitement des informations biologiques » - Jussieu – Paris 6
« Mieux communiquer à l’oral » - Jussieu – Paris 6
Stage de Recherche
Etude de l’évolution du cordon littoral aquitain.
Département de Géologie et d’Océanographie de Bordeaux I.
Licence de plongée – Niveau I
Langues
Anglais
Espagnol
940/990 au TOEIC (Test Of English for International Communication)
Niveau scolaire
Thèmes de recherche
Le sujet central de mes recherches consiste en l'étude de la structuration génétique
de populations naturelles, afin d'en comprendre le fonctionnement actuel et passé, par le
biais de l'étude du polymorphisme génétique.
Ces études ont permis de répondre à des questions relatives à la biologie évolutive ainsi
qu'à la biologie de la conservation. J'ai mené ces recherches sur différents organismes ainsi
que dans des contextes écologiques variés.
Mes principaux axes de recherches passés et actuels sont les suivants:
Estimation de taux de dispersion et de flux de gènes
Estimation des taux et des modalités de dispersion; Mise en évidence de flux de gènes;
Délimitation de populations à l'équilibre et en déséquilibre...
Compréhension et gestion des invasions biologiques
Détermination de scénario de colonisation; Suivi génétique de campagnes d'éradication
d'espèces introduites (Délimitation génétique des unités d'éradication, mise en évidence des
causes d'un échec d'éradication...)
Etude génétique de la démographie passée et actuelle des populations
Estimation de tailles efficaces (méthodes instantanées et temporelles). Comparaison avec
les estimateurs écologiques "classiques" (Capture-recapture...); Détection de bottleneck et
d'effets fondateurs...
Influence du mode de développement larvaire sur la différenciation génétique chez les
gastéropodes marins
Comparaison de la structuration et de la différenciation génétique entre espèces
planctotrophes et non-planctotrophes; Influence sur la taille efficace des populations
> Collaborations en cours:
- Avec James Russell, University of Auckland, New-Zealand: Investigating the genetic and
ecological population structure of Norway rats (Rattus norvegicus) on a small and recently
invaded island.
- Avec Sarah Samadi et Michel Pascal, Muséum National d’Histoire Naturelle et INRA :
Structure génétique et phylogéographie de populations insulaires de la musaraigne des jardins
(Crocidura suaveolens) en Bretagne.
> Activités de reviewer
Reviewer pour Environmental Conservation
Compétences techniques
ADN
- Extraction d’ADN
- PCR et PCR en multiplexe (pour marqueurs microsatellites)
- Développement de marqueurs microsatellites – librairie de cDNA, screening, amplification
- Génotypage manuel et automatique
- Sequençage direct manuel et automatique
Analyses de génétique des populations
-Méthodes classique (Fst, Distances génétiques…) et méthodes d’assignation (assignation,
exclusion, clustering…) pour l’étude de la structuration génétique.
-Inférences basées sur la théorie de la coalescence
-Théorie et outils d’estimation de la taille efficace des populations (Méthodes instantanées et
temporelles)
-Théorie et outils d’étude de la détections de variations démographique (Bottleneck, effets
fondateurs…)
Analyses phylogénétiques et phylogéographiques
- Outils de reconstruction phylogénétique (MP, ML et méthodes Bayesiennes…)
- Analyses phylogéographiques et diversité haplotypique (ADNmt)
Enseignement
2002-2004
Chargé de TD - Université de Versailles. Enseignement de Deug « Ordre et
Diversité du Vivant » - Histoire de la classification - Méthodes de reconstruction
phylogénétique – Adaptation.
2001-2003
Participation au programme de l'association « La main à la pâte ». Association
ayant pour but la réintégration des sciences expérimentales dans les petites classes. Thème
développé : La classification des animaux. Ces « enseignements » se sont déroulés dans
deux écoles primaires classées en ZEP du quartier de Belleville (Paris).
>Co-encadrement d'étudiants en Master 2:
Septembre-Juillet 2003: M.I. Khodabux: Structure génétique des populations de Pitcairnia
geyskesii inféodées aux inselbergs guyanais
Septembre-Juillet 2004: M. Thierry: Genetic study of population history and functioning of the
Lesser White-toothed shrew Crocidura suaveolens on Brittany islands
Missions scientifiques
Sept - Oct 2002
Participation à la mission d’éradication du surmulot (Rattus norvegicus)
sur l’île Tomé.
Nov – Déc 2003
Inventaire de la faune mammalienne de l’île Milliau (Côtes-d’Armor) et
mission de capture de surmulots continentaux.
Nov – Déc 2004
Participation à l’évaluation de peuplements de mammifères introduits
(surmulot, rats noirs, souris) sur des îles de Nouvelle-Zélande. (Projet de James
Russell)
Publications
Russell J. C. Abdelkrim, J. (soumis) Population structure of Norway rats (Rattus norvegicus)
on a small and recently invaded island.
Abdelkrim J., Pascal M. & SamadI S (soumis à Conservation Biology) Genetic monitoring of
an eradication failure: a case study with the ship rat introduced on Martinique islands
Abdelkrim J., Pascal M., Calmet C. & SamadI S. (2005) Importance of assessing population
genetic structure before eradication of invasive species: examples from insular norway rat
populations (France). Conservation Biology. 19 (5) 1509-1518.w
Abdelkrim J., Pascal M. & SamadI S. (2005) Island colonization and founder effects: The
invasion of the Guadeloupe islands by ship rats (Rattus rattus). Molecular Ecology 14 29232931.
Calmet C., Lambourdière J., Abdelkrim J., Pascal M., & SamadI S. (2004) Characterization
of eight polymorphic microsatellites in the shrew Crocidura suaveolens and its application to
the study of insular populations of the French Atlantic coast). Molecular Ecology Notes 4
426-428.
Symposiums & Conférences
XXVIIème Réunion du Groupe de Biologie et Génétique des
Populations (Paris)
Communication orale : « Echec d’éradication du rat noir (Rattus rattus) en Guadeloupe.
Etude génétique d’un bottleneck expérimental »
2003 1-5 Dec
3rd International Wildlife Management Congress - (Christchurch,
New-Zealand)
Genetic studies of invasive Norway rat populations on Brittany islands (France). What can
population structure reveal to adapt management actions?
Oral communication
2003 16-20 Nov
The Annual Conference of the New Zealand Ecological Society (Auckland, New-Zealand)
The introduced Norway rat on Brittany islands (France): molecular genetic studies as a tool
for management of invasive populations and consequences of its eradication. (Oral
communication)
2002 Aug.
XXVème Réunion du Groupe de Biologie et
Génétique des
Populations (Montpellier)
Poster : « Etude génétique de populations invasives de Rattus norvegicus sur les îles
bretonnes. Intérêt en biologie de la conservation »
2004 Aout
XXIVème Réunion du Groupe de Biologie et Génétique des
populations (Orsay)
Poster : « Le mode de vie larvaire conditionne-t-il la différenciation génétique ? Le cas du
complexe d’espèces Cerithium en Mer Mediterranée. »
2001 Août