- En filière aviaire, on préfère l’analyse des poussins de 1 jour, par culture des fonds de boîte et
autopsie bactériologique (Salmonella) et parasitologique (Aspergillus).
- Pour les reproducteurs, on préfère les introduire tôt (donc moins contaminés) dans
l’élevage : c’est le cas de l’introduction des lapereaux futur reproducteurs de 1 jour, ou des
cochettes au sevrage. De cette façon, les reproducteurs s’adaptent au microbisme de
l’élevage, et ne transmettront pas de germes extérieurs à leur descendance.
- L’insémination artificielle permet de réduire notablement le risque de contamination lié à
l’introduction de reproducteurs. Cependant, la semence peut véhiculer des germes (IBR,
brucellose) et le matériel d’insémination doit être à usage unique.
Lutte contre la survie des contaminants
La décontamination de l’élevage se fait en trois étapes successives : nettoyage, désinfection, vide
sanitaire.
Le nettoyage vise à éliminer la matière organique, donc à réduire la contamination microbienne et
l’inactivation des désinfectants qui en découle, notamment lorsque les bactéries sont organisées en
biofilm. C’est cette étape qui conditionne l’efficacité de la désinfection.
La désinfection correspond à la destruction des germes. Le désinfectant idéal regrouperait les
caractéristiques suivantes : spectre d’activité large (bactéries, virus, champignons), conserve son
activité en présence de matière organique, action rapide, bonne rémanence, non toxique pour
l’homme et les animaux, non corrosif, non polluant, et peu onéreux. On peut utiliser des techniques
de pulvérisation (le plus courant), de brumisation, de thermonébulisation.
Le vide sanitaire commence après la désinfection, et doit durer plusieurs semaines. Il est souvent
trop court (<2 semaines).
La lutte contre les contaminants de l’élevage passe également par la gestion des cadavres, car
l’ingestion de cadavres (bovins, volailles) est à l’origine d’un risque très important de botulisme.
L’enlèvement doit être quotidien, et les cadavres doivent être conservés au congélateur ou en
chambre froide en attendant l’équarrissage.
Les services d’équarrissage sont des sociétés privées, mais dotées d’une mission de service public
(Code rural art. 264-271). Pour les cadavres de plus de 40kg, l’enlèvement est obligatoire dans les
24h. Pour les cadavres de poids inférieurs, le stockage peut se faire en réfrigérateur, ou l’animal peut
être enfoui ou incinéré sur place.
Un autre facteur important de la survie des germes en élevage est la gestion des nuisibles. Les
rongeurs, notamment, consomment de l’aliment, dégradent les bâtiments (eau, électricité, isolation)
et pénalisent les performances. Ce sont également des vecteurs de germes majeurs. Cependant, il
faut également penser aux insectes et aux oiseaux (ténébrion en élevage avicole).
Lutte contre les facteurs favorisants
Il s’agit de maîtriser les facteurs d’ambiance : température, humidité, vitesses d’air, gaz irritants
(NH3).