sujet 2013

Proposition de stage CIGESMED,
Niveau d’études : Master 2
Lieu du stage : Station Marine d’Endoume, Chemin de la batterie des lions 13007 Marseille
Contexte
CIGESMED est un programme de recherche européen à visée d’aide à la gestion sur l’habitat
coralligène, habitat patrimonial de l’écosystème marin méditerranéen, encore très mal connu,
notamment dans sa composante biogène. http://www.cigesmed.eu . Dans ce projet européen,
une forte composante écologique (développement et test d’indicateurs, terrain, analyses de
photographies) est couplée au développement d’approches génétiques de nouvlle génération
(barcoding, métabarcoding, phylogéographie, génétique des populations). Ces approches
permettront en premier lieu de mieux décrire la composition en espèces d’algues rouges
bioconstructrices de ce milieu. L’approche génétique vise également à fournir des outils
innovants pour la bioindication, basés sur la diversité génétique intraspécifique d’un panel
d’espèces. Utilisant les technologies de séquençage nouvelle génération (Next-Generation
Sequencing, NGS) ce projet caractérisera par métabarcoding la composition en divers
organismes (plusieurs phylums d’animaux et algues) de différents profils écologiques de
coralligène.
Sujet du stage
Titre Structure génétique des populations du bryozoaire Myriapora truncata,
bioconstructeur et composante du coralligène, un écosystème typiquement
méditerranéen. Inférences sur la connectivité à différentes échelles spatiales et l’influence du
faciès écologique.
Pourquoi cette recherche ?
Ce bryozoaire bioconstructeur est trouvé de façon ubiquiste dans le coralligène étudié. Cette
espèce de par ses traits d’histoire de vie est censée se disperser peu, on s’attend donc à trouver
des entités génétiquement isolées (de façon plus ou moins forte, éventuellement jusqu’à la
présence d’espèces cryptiques) et éventuellement des formes différentes en fonction des
conditions environnementales locales. L’étude de marqueurs génétiques permettra d’inférer cette
structure génétique. Ces données sont fondamentales pour prédire l’évolution de cette espèce
écologiquement importante, en particulier face au changement climatique. Les sites
échantillonnés autour de Marseille comprendront plusieurs localités et pour ces localités,
plusieurs profils écologiques similaires entre elles (un profil étant défini par la combinaison de
caractéristiques écologiques : exposition, pente, recouvrement en différents organismes, etc.). La
même approche sera utilisée simultanément par une autre stagiaire dans la même équipe dans
un complexe d’espèces d’algues rouges bioconstructrices, Lithophyllum cabiochae (stage plus
long, M2 franco-grec, octobre-juillet). Les résultats pourront également être comparés avec
plusieurs espèces d’invertébrés déjà étudiés en génétique des populations dans les mêmes
localités, permettant éventuellement d’inférer des barrières à la dispersion d’origine hydrologique,
et de les distinguer des facteurs écologiques (affectant eux le recrutement ou la survie).
Déroulement du stage
- Echantillonnages (participation aux plongées encouragée pour les détenteurs du classe 1B
ou équivalent). Des individus de plusieurs localités dans des faciès écologiques différents
seront collectés à Marseille,dans des zones déjà identifiées. Nous obtiendrons des
échantillons d’autres localités plus éloignées de la côte française afin de pouvoir étudier la
connectivité à des distances différentes et des échantillons de nos collègues grecs et turcs,
pour une comparaison à une grande échelle entre bassins.
- Extraction d’ADN, Amplification par PCR des marqueurs génétiques (locus mt-COI, autres
marqueurs possibles) , Séquençage et/ou génotypages.
- Analyse des données (de bonnes aptitudes à conceptualiser et utiliser les outils
mathématiques et informatiques sont demandées pour cet aspect) : corrélations distances
génétiques/distances spatiales, relation environnement/génotype, analyses de structure
génétique classiques.

Profil recherché
Nécessaire : Avoir compris les cours de génétique des populations et de biologie marine.
Apprécié : Les plongeurs titulaires du Classe 1B ou équivalent pourront participer aux
échantillonnages fréquents et appréhenderont encore mieux la dimension écologique de cette
recherche.
Les personnes intéressées par ce stage peuvent contacter Anne CHENUIL par e-mail :
[e-mail]
Une lettre de motivation et un CV référencés « Stage Informatique CIGESMED» seront à faire
parvenir à Anne CHENUIL, Station Marine d’Endoume Chemin de la batterie des lions 13007
MARSEILLE ou par mail à [e-mail] (tel prof: 04 91 04 16 17).
Date limite des candidatures : 30 novembre 2013