BiofuturFlash N°7

Bi of u t ur Fl a s h
Le flash d’information des biologistes médicaux Biofutur
La PCR en microbiologie
Janvier
2017
N°7
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La PCR (Polymerase Chain Reaction) en temps réel per-
met la recherche d’un microorganisme par l’amplification
de son génome. Si quelques copies du génome de la bac-
térie sont présentes dans un échantillon, une recherche
par PCR permet de dupliquer plusieurs fois son ADN et
de générer des milliers de copies. Chaque fois qu’une
copie de génome bactérien est générée un signal est
émis et nous le détectons.
L’intérêt de cette technique est son excellente sensibilité,
puisque quelques copies d’acide nucléique bactérien
nous permettent de détecter un signal.
La spécificité des techniques de biologie moléculaire
est également très bonne, car l’amplification n’a lieu
que si des séquences génétiques bien spécifiques d’un
microorganisme sont présentes.
De plus, la PCR améliore les délais de rendu des résul-
tats puisqu’elle permet de s’affranchir des délais de cul-
ture des bactéries et de rendre les résultats en 24 h.
Par contre, lorsque nous avons identifié un germe par
PCR, l’antibiogramme n’est pas réalisable, à moins
d’avoir cultivé le germe en parallèle.
Dorénavant les laboratoires Biofutur effectueront les
recherches des principaux microorganismes respon-
sables d’Infections Sexuellement Transmissibles par PCR.
Quand cela est possible, les germes sont également culti-
vés afin de réaliser un antibiogramme dans un 2e temps.
Les pathogènes concernés sont :
 Chlamydia trachomatis
 Neisseria gonorrhea :
Le gonocoque étant un germe qui pousse difficilement
en culture, la recherche par PCR est plus sensible.
Au sein de nos laboratoires, nous continuons à effectuer
les 2 techniques. La culture peut s’avérer négative alors
que la PCR est positive. Cela n’est pas une erreur mais
s’explique par la meilleure sensibilité de la PCR. Par
contre l’antibiogramme n’est réalisable que si le gono-
coque est retrouvé en culture.
Selon la Nomenclature des Actes de Biologie Médicale,
La recherche de gonocoque par PCR n’est pas rembour-
sée mais nous la réalisons à titre gracieux à chaque fois
qu’une recherche de Chlamydiae est prescrite.
 Trichomonas vaginalis : désormais, ce parasite ne
sera plus recherché par microscopie à l’état frais mais
par PCR, cela devrait augmenter la sensibilité de cette
recherche.
 Lorsque une recherche de mycoplasme est demandée :
Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum et Myco-
plasma genitalium seront désormais détectés par PCR : ce
qui a pour conséquence une amélioration de la sensibilité,
de la spécificité, du délai et la recherche systématique de M.
genitalium (dont l’intérêt est décrit plus loin).
Les germes classiques et les levures seront toujours re-
cherchés en culture.
Pour rappel, lors du diagnostic des IST :
 il est indispensable de traiter parallèlement le ou les
partenaires et de conseiller d’avoir des relations
sexuelles protégées pendant le traitement.
 dans le cas du Chlamydiae trachomatis, les recomman-
dations prévoient un contrôle post traitement à 5 se-
maines de celui-ci.
Cette bactérie de la famille des Mycoplasmes se transmet
sexuellement et provoque des infections du tractus uro-
génital :
 Chez l’homme, Mycoplasma genitalium
 Est symptomatique dans 70% des cas
 Est responsable de 10 à 35% des Urétrites avec écoule-
ment non attribuables à Chlamydia trachomatis et Neis-
seria gonorrhea.
 Chez la femme, Mycoplasma genitalium
 Est symptomatique dans moins de 60 % des cas
 Provoque des cervicites avec pertes vaginales, dysuries
et impériosités urinaires, plus rarement des saignements.
Des complications comme des endométrites ou salpin-
gites avec douleurs abdominales basses ou des arthrites
réactionnelles peuvent être observées.
Diagnostic
Ce germe, de culture très difficile, n’est détectable que par
des techniques de Biologie Moléculaire, c'est-à-dire par la
mise en évidence de son génome dans le prélèvement.
Mycoplasma genitalium : agent d’infections sexuellement transmissibles émergentes.
La recherche de Mycoplasma genitalium ne fait pas partie
des analyses remboursées par la Sécurité sociale, mais
dans les laboratoires Biofutur, cet examen est réalisé sys-
tématiquement sans facturation au patient à chaque
fois qu’une recherche de mycoplasmes est prescrite.

Réalisation : Direction de la communication Biofutur
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Indications de la recherche
 Urétrites, cervicites, douleurs pelviennes, saignements
gynéco.
 Dépistage chez les patients à hauts risques d’Infec-
tions sexuellement transmissibles.
La recherche peut être effectuée dans un prélèvement vagi-
nal, urétral ou 1er jet urinaire chez l’homme et la femme.
Traitement
La réalisation d’un antibiogramme n’étant pas possible,
le traitement est probabiliste :
 Le traitement de 1ère intention :
 Azithromycine per os 500 mg le premier jour puis 250
mg de J2 à J5.
 Ou Josamycine 500 mg 3 fois par jour pendant 10 j.
 Si résistance clinique aux macrolides : Moxifloxacine
orale : 400mg pendant 7 à 10 j.
Le groupe Biofutur est constitué de 46 Laboratoires de Biologie Médicale de la région parisienne, dirigés par des médecins et pharmaciens biologistes
libéraux indépendants.
Notre objectif est de contribuer à la prise en charge des patients, en proposant au-delà des résultats d’analyses, notre expertise en biologie médicale.
La section Santé Humaine du Cofrac (Comité Français d’Accréditation) a accrédité nos LBMs, selon la norme ISO 15 189, sous les numéros 8-2602 et 8-
3243*.
*Le détail des activités couvertes ainsi que les sites concernés sont précisés dans l’attestation, consultable sur le site www.cofrac.fr
CRP ou Procalcitonine
quelle utilisation rationnelle de ces biomarqueurs devant une infection bactérienne ?
Découverte en 1930 lors de la phase aiguë d’une infection à
pneumocoques, car réagissant avec le polysaccharide C du
pneumocoque, d’où son nom « C-reactive protein » elle est
depuis largement prescrite. La CRP est une glycoprotéine
produite par le foie en réponse à l’IL6 (interleukine 6). Sa
synthèse débute très rapidement 4 à 6 heures après le
stimulus et sa demi-vie est de l’ordre de 20 heures. Elle
est de ce fait un marqueur précoce de la réaction inflamma-
toire aiguë. Ses concentrations augmentent au cours de la
plupart des processus pathologiques générant de la part de
l’organisme une réaction inflammatoire : infections bacté-
riennes mais aussi virales, polytraumatisme, période post-
opératoire immédiate, maladies systémiques …
Le principal défaut de la CRP est un manque de spécificité
(66 à 85 %) devant une infection aigue bactérienne rendant
difficile l’appréciation exacte de son apport réel. Une façon
de contourner ce problème de spécificité est de raisonner
sur les seuils décisionnels. D’une manière générale, il est
classiquement admis que des valeurs de CRP supérieures à
100 mg/l sont plus évocatrices d’une origine bacté-
rienne que d’une autre étiologie. Cependant, l’impact déci-
sionnel réel de la CRP dans la démarche diagnostique n’est
pas prouvé alors même que son dosage est généralisé.
Chez un patient fébrile l’hyperthermie en elle-même té-
moigne d’un processus inflammatoire et il est rare que dans
ce cas de figure la CRP soit rigoureusement normale. À ce
titre, la CRP n’est pas à proprement parler un marqueur
d’infection, mais plutôt un reflet de l’importance du syn-
drome inflammatoire biologique avec une bonne sensibili-
té allant de 71 à 100 %.
La procalcitonine (PCT), quant à elle, est une protéine
précurseur de la calcitonine hormone sécrétée par les
cellules thyroïdiennes. C’est en 1993 que pour la 1ère fois
il a été décrit que cette pro-hormone n’était pas unique-
ment secrétée par la thyroïde mais pouvait être produite
par de nombreuses cellules lors d’une infection par des
bactéries, parasites ou champignons. En terme cinétique,
la PCT est détectable dès la 4e heure d’un sepsis, avec
un pic à 6 heures et une demi-vie de 25 à 30 heures,
Contrairement à la CRP, la PCT ne s’élève pas ou très
peu au cours des viroses aiguës ou des syndromes in-
flammatoires biologiques d’origine non bactérienne.
La colonisation bactérienne, l’infection localisée, les phé-
nomènes allergiques, les maladies auto-immunes et les
rejets de greffe n’induisent pas d’élévation significative
de la PCT . Chez les patients présentant une réponse
inflammatoire d’origine autre que bactérienne, les va-
leurs de PCT sont habituellement inférieures à 1 µg/L.
Par ailleurs la concentration sérique de PCT produite est
corrélée à la quantité d’agents infectieux libérés. La me-
sure de sa concentration peut donc être utilisée comme
marqueur biologique de la sévérité d'une infection.
Enfin sa concentration décroît très rapidement après éra-
dication du foyer infectieux et à l’inverse, sa production
est maintenue si l'infection persiste. Le dosage de la
PCT est donc utile pour évaluer l’évolution d’un état
infectieux ou l’efficacité d’un traitement antibiotique.
En résumé
La PCT est le biomarqueur de la réponse inflammatoire à
l’infection d’origine non virale. Des valeurs élevées de
PCT sont en rapport avec une infection bactérienne et
sont corrélées à l’expression clinique de l’intensité de la
réponse inflammatoire.
Quant à la CRP en dehors des syndromes appendicu-
laires, de la pneumopathie bactérienne voire de foyers
infectieux localisés, sa valeur ajoutée n’est pas patente,
notamment en présence d’un patient fébrile dont la seule
hyperthermie laisse déjà présager que le résultat du do-
sage ne sera pas normal.
PCT initiale
(µg/l)
Aide au diagnostic
<0.5 Sepsis bactérien pouvant être exclu, condui-
sant à la recherche d’une autre étiologie.
>0.5 et <2 Un sepsis bactérien ne peut être exclu, le do-
sage doit être répété dans les 6 à 24 h jus-
qu’à ce que l’infection soit prouvée ou exclue.
>2 Forte probabilité de sepsis bactérien. Justi-
fie une réévaluation de la stratégie diagnos-
tique et thérapeutique.
Le groupe Biofutur utilisera bientôt la PCR pour la
recherche des principaux germes digestifs patho-
gènes dans les coprocultures.