Intégrons de résistance et pression de sélection antibiotique

UNIVERSITE DE LIMOGES
ECOLE DOCTORALE THEMATIQUE Biologie-Santé
Faculté de Médecine
EA3175, Equipe Avenir Inserm, Biologie Cellulaire et Moléculaire des Microorganismes
Thèse N° [ ]
Thèse
pour obtenir le grade de
Docteur de l’Université de Limoges
Discipline : Biologie-Sciences-Santé
présentée et soutenue par
Olivier BARRAUD
le 16/12/2011
Intégrons de résistance et pression de sélection antibiotique
Thèse dirigée par le Professeur Marie-Cécile Ploy
Présentée devant le jury composé de :
Professeur FRANÇOIS DENIS Président
Professeur ANTOINE ANDREMONT Rapporteur
Docteur THIERRY NAAS Rapporteur
Professeur PATRICE COURVALIN Examinateur
Professeur MARIE-CECILE PLOY Directrice de thèse

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A la mémoire de Lucien Audouze

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Remerciements
A Monsieur le Professeur François DENIS, Professeur émérite des Universités –
Praticien hospitalier, Membre de l’Académie Nationale de Médecine, Ancien Chef
du Pôle de Biologie-Hygiène du CHU de Limoges, de m’avoir fait l’honneur de
présider ce jury. Votre dynamisme, votre simplicité, votre connaissance et votre
passion pour la microbiologie sont des moteurs permanents de mon intérêt pour
cette discipline. Travailler au sein du laboratoire de recherche que vous avez créé,
tout comme au sein du laboratoire hospitalier que vous avez façonné, est un
privilège. Veuillez trouver ici l’expression de mon profond respect.
A Monsieur le Professeur Antoine ANDREMONT, Professeur des Universités,
Praticien hospitalier, et Monsieur le Docteur Thierry NAAS, Maître de
conférence des Universités, Praticien hospitalier, d’avoir accepté d’être
rapporteurs de ce manuscrit. C’est un honneur que de pouvoir vous présenter mes
travaux. Veuillez trouver ici l’expression de mon profond respect.
A Monsieur le Professeur Patrice COURVALIN, Chef de l’Unité des agents
antibactériens (Institut Pasteur), de m’avoir fait l’honneur d’être examinateur de
ce travail de thèse. Veuillez trouver ici l’expression de mon profond respect.
A Mademoiselle le Professeur Marie-Cécile PLOY, Professeur des Universités-
Praticien hospitalier, Chef de service du laboratoire de Bactériologie-Virologie-
Hygiène du CHU Limoges, Directrice de l’EA3175/Avenir Inserm, d’avoir été la
directrice de cette thèse. Ta patience, ta pugnacité, ton écoute et tes conseils
précieux m’auront été d’une grande aide durant toutes ces années. Travailler à tes
côtés est un honneur et un réel plaisir. Merci de la confiance que tu m’as apportée,
j’espère en être digne. Trouve en cette thèse l’expression de toute ma gratitude
et de ma profonde sympathie.

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Je remercie l’ensemble des personnes qui ont contribué de près ou de loin à ce
travail.
Mes premiers remerciements s’adressent aux membres de l’EA3175/ Avenir
Inserm, prochainement labellisée UMR Inserm 1092 : les « intégronistes » Emilie
G et Thomas avec qui l’aventure a démarré, Sandra, Sophie, Emilie S, Thibault et
Chloé qui ont rejoint l’équipe plus récemment, mais aussi bien sûr les « CMVistes »
Gaël, Sébastien C, Sébastien S, Lucie et Raphaël. Un grand merci aussi à Martine
et Aurore pour leur précieuse aide technique.
Je remercie Mademoiselle Marie-Claire Baclet pour sa collaboration dans la mise
au point de la technique de PCR en temps réel, et Monsieur le Docteur Didier
Mazel, responsable de l’Unité de Plasticité du Génome Bactérien (Institut
Pasteur), qui nous a gentiment fourni certaines bactéries et apporté ses conseils
avisés dans la rédaction des articles.
Je tiens également à remercier toutes celles et ceux avec qui je travaille au sein
du laboratoire de Bactériologie-Virologie-Hygiène du CHU Limoges : mes collègues
biologistes les Professeurs Sophie Alain et Sylvie Rogez, les Docteurs Fabien
Garnier, Sébastien Hantz, Nadia Hidri, Christian Martin, Marcelle Mounier et
Nathalie Pestourie-Penault, ainsi que l’ensemble du personnel avec une attention
toute particulière à Delphine souvent sollicitée pour les protocoles de recherche
clinique.
Enfin, je tiens à remercier vivement l’ensemble des membres du Centre
d’Investigation Clinique (CIC) du CHU Limoges pour leur accueil, leur disponibilité
et leur professionnalisme, avec un remerciement tout particulier pour le Dr Bruno
François, Praticien hospitalier, Médecin coordonnateur du CIC qui m’a grandement
aidé dans la rédaction des projets de recherche clinique.

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Mes derniers et plus sincères remerciements s’adressent à ma famille et à
mes proches pour leur soutien permanent durant cette thèse et bien au-delà :
à Claire pour sa patience durant mes longues heures passées au laboratoire, à mes
parents et ma grand-mère avec toute mon affection, à des amis de longue date
Bernard E, Bernard L, Dominique, Jean-Marc, Marie-Thérèse, Monique et Yannick,
à mes amis limougeauds et bordelais André, Anne, Audrey, Aurélie, Caroline,
Charles, Christophe, Constantin, Coralie, David R, Elise, Elodie, Emilie, Estelle,
Frédéric, Geoffrey, Guillaume, Hélène, Jean-Baptiste, Jean-Marie, Julien, Laure,
Loïc, Marie, Marie-Laurence, Muriel, Myriam, Philippe, Sabine, Sandrine, Sébastien
et tous les autres pour tous les bons moments passés ensemble, et enfin à mes
Amis Arnaud, David B et Franck en qui mon amitié n’a d’égale que la confiance que
je leur porte.