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Laboratoire - Guide de prélèvement en microbiologie
GUIDE DE PRÉLÈVEMENT EN MICROBIOLOGIE
LABORATOIRE DU CHIC DE CORNOUAILLE
la dernière mise à jour à été réalisée le 02/01/12
La finalité de l’examen bactériologique est d’isoler la ou les bactéries présumées
responsables d’infection et d’évaluer leur(s) sensibilité(s) aux antibiotiques. La réussite
de l’isolement est tributaire de la qualité de l’échantillon recueilli et transmis.
Un examen de bactériologie devient urgent, si une antibiothérapie est prescrite. Le
recueil de l’échantillon doit précéder la mise sous traitement. Lorsque le résultat de
l’examen microscopique cytochimie, coloration de Gram, contribue au choix du
traitement, il est communiqué dans l’heure qui suit l’arrivée de l’échantillon au
laboratoire.
Ce guide précise pour chaque échantillon :
Sa nature
numéro acte et lettre clef
Indication (s):
Mode(s) de prélèvement :
Transport :
Commentaire (s) :
Pour accéder à un index des principales demandes en bactériologie
cliquez ici.
Pour toute modification à apporter dans ce guide
laisser un message à l'adresse de Françoise Geffroy
[email protected]
Rappelons enfin que pour toute demande
L'HEURE DU RECUEIL
doit impérativement être notée.
REMIC
Référentiel en microbiologie médicale 4éme édition 2010
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Recherche d'un terme par ordre alphabétique
ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
Aspergillus (culture)
Aspiration bronchique
Biopsie Prélèvement tissus
Bordetella pertussis (coqueluche)
Brosse bronchique protégée
Cathéter
Chambre implantable
Chlamydia
Collection purulente(fermée)
Conduit auditif externe
Conjonctivite
Coproculture
ECBU
ECBU sur sonde
Endocol +/- autres sites
Expectoration
Gorge
HLM
Hémocultures
Hémoculture sur cathéter ou C.I.P.
Hémoculture pour Mycobactéries
Lavage Broncho-Alvéolaire
Legionella antigène urinaire
Leptospires
Lésions sèches, mycose
Lésion suintante
Lésion ulcéreuse oculaire
Liquide amniotique
Liquide articulaire
Liquide Céphalo-Rachidien (LCR)
Liquide d’ascite
Liquide de coelioscopie
Liquide de dialyse péritonéale
Liquide de drainage
Liquide péricardique
Liquide pleural
Morsure
Mycobactéries autre site
Mycobactéries broncho-pulmonaires
Mycobactéries dans les hémocultures
Mycobactéries dans le LCR
Mycobactéries dans liquide de ponction
Mycobactéries urinaires
Mycoplasmes
Nez
Oreille moyenne
Os (Biopsie)
Parasitologie des selles
Placenta
Pneumocystis jirovecci
Prélèvements du nouveau-né
Prélèvement vaginal en fin de grossesse
Pus (collection fermée)
Pus de fistule
Rotavirus
Recherche d’Acanthamoeba
Sang dans les selles
Sécrétions prostatiques
Sinus
Sonde de stimulation cardiaque
Sperme
Suppuration au niveau d’un méat
Toxine de Clostridium difficile
Tréponèmes
Urètre, premier jet
Virus Respiratoire Syncitial
Sommaire interactif (CTRL + clic pour atteindre le document)
GU/PATU/029 _ V2
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Aspergillus
CAPS
Indications :
Confirmation diagnostic
- Aspergilloses invasives pulmonaire ou sinusienne
- Pneumopathie nécrosante chronique
- Aspergillose bronchique obstructive
- Aspergillose allergique : alvéolite extrinsèque, aspergillose broncho-pulmonaire
- Aspergillome pulmonaire ou sinusien
- Localisation tissulaire par inoculation ou métastase septique
- Otite externe
Modes de prélèvement :
- Aspergilloses invasive pulmonaire se référer au chapitre Lavage bronchoalvéolaire
- Pneumopathie nécrosante chronique - Aspergillome pulmonaire - Aspergillose
broncho-pulmonaire allergique se référer aux chapitres Lavage broncho-alvéolaire,
aspiration bronchique ou expectoration
- Aspergillose bronchique obstructive se référer au chapitre Aspiration
bronchique
Si localisation tissulaire se référer au chapitre Biopsie
Si localisation pleurale se référer au chapitre Liquide pleural
Si Otite externe : écouvillonner
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaires :
La demande mérite d’être complétée
- d’un séro-diagnostic en dehors de l’asthme aspergillaire
- d’une recherche d’antigène circulant dans les formes
invasives(galactomannanes)
- de la recherche d’IgE spécifiques dans les formes allergiques en dehors de
l’alvéolite extrinsèque
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Aspiration bronchique
CASP
Indication :
Pneumopathies pour lesquelles des prélèvements par méthodes invasives (LBA,
Brosse), sont contre-indiqués
Mode de prélèvement :
L’aspiration est recueillie dans un tube stérile (flacon piège) connecté à la sonde
d’aspiration.
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Interprétation :
Seuil de significativité /ml :
≥10.5 ufc/ml
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Biopsie
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BIOPSIE,
tissus
B
Indication :
Diagnostic d’infection tissulaire
Mode de prélèvement :
Biopsie per opératoire, déposer l’échantillon dans un flacon stérile à bouchon à
vis rouge rajouter 1ml de sérum physiologique
Infection ostéo articulaire : cf chapitre OS
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaires :
Lorsque le diagnostic de tissu infecté est évoqué, ne pas se limiter à un
échantillon pour l’anatomo-pathologiste.
La recherche de mycobactéries se fait sur demande explicite
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Bordetella pertussis
Indication :
Diagnostic de certitude de la coqueluche
Mode de prélèvement :
Ecouvillonnage narinaire profond (1 écouvillon pour les 2 narines)
Aspiration par une narine de sécrétion au niveau du nasopharynx (500 µl) dans
flacon stérile (flacon piège sur sonde d’aspiration)
Transport :
Immédiat à température ambiante
commentaire :
La recherche se fait par PCR. au laboratoire de biologie moléculaire du CHIC
Les différentes techniques développées pour la sérologie des infections à Bordetella ne
sont recommandées ni pour le diagnostic ni pour la surveillance épidémiologique de la
coqueluche et ne sont plus inscrites à la NABM (nomenclature des actes de biologie
médicale)
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Brossage bronchique protégé
CBRO
indication :
Pneumopathies communautaires graves
Pneumopathies nosocomiales
Pneumopathies en échec d'une antibiothérapie probabiliste
Mode de prélèvement :
Acte médical spécialisé
La brosse type Wimberley sous contrôle fribroscopique est dirigée vers une petite
bronche drainant le territoire pulmonaire suspect. Le cathéter interne est alors poussé de
quelques centimètres pour effectuer le prélèvement. Après retrait du cathéter interne
remis dans le cathéter externe, la brosse est sortie et coupée avec des ciseaux stériles
pour qu’elle tombe dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge rajouter 1ml de sérum
physiologique
Transport :
Immédiat à température ambiante
Commentaire :
Seuil de significativité /ml :
≥10.3 UFC/ml
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Cathéter
K
Indications :
Retrait de cathéter
- pour suspicion d’infection avec lymphangite
- signes généraux d’infection avec suspicion du point de départ du
cathéter.
Modes de prélèvement :
Pour les cathéter longs couper les 5 derniers centimètres distaux
Pour les cathéter courts envoyer la partie insérée
Transférer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Prélever en complément un couple de flacons d’hémocultures sur une veine
périphérique
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Préciser la localisation anatomique du cathéter
Technique utilisée au CHIC : méthode semi quantitative de Cleri simplifiée
Brun Buisson : Une numération bactérienne > 10.3UFC /mL est considérée comme
significative de colonisation du cathéter.
Référence :" Conduite à tenir en cas de suspicion d'infection liée à un KT
veineux central" disponible sur le site infectiologie du CHIC
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Chambre implantable
DIV
Indications :
Suspicion d’infection de la chambre avec retrait (si laissée en place cf.
hémocultures sur chambre implantable)
Et / ou
Suspicion d’infection de la loge
Modes de prélèvement :
- Envoyer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge, les 5 cm de
l’extrémité distale du cathéter prélevé stérilement
- Envoyer la chambre implantable dans un flacon stérile à bouchon à vis
rouge
- Ecouvillonner la loge
Transport :
< 2 heures à température ambiante
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Chlamydia
CLAT
Chlamydia trachomatis
Indications
Chez la femme endocol ou premier jet des urines
La recherche est systématique sur les prélèvements d’origine pelvienne (liquide
péritonéal, liquide de Douglas, biopsies de tissus)
Chez l’homme exsudats génitaux, premier jet d’urine, sperme,
Chez la femme chez l’homme écouvillonnage des ulcérations génitales, anus (biopsie
rectale), de la gorge de la conjonctive, liquide articulaire.
Chez le nouveau né écouvillonnage de la conjonctive, de la gorge, sécrétions
bronchiques
Mode de prélèvement :
Les urines doivent être prélevées après une continence supérieure à 2 heures il faut
er
recueillir les premiers 10ml (1 jet)
Les liquides sont transférés dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge.
Pour la recherche au niveau de l'endocol, racler l'endocol avec une cytobrosse puis
décharger dans un tube de milieu TEN (au laboratoire) (idem pour les écouvillons)
permettant l’extraction des acides nucléiques pour l’amplification génique.
Transport :
Pour l’amplification génique la conservation peut se faire à température ambiante
pendant 24 à 48 heures ou une semaine à +4°C
Commentaires :
La recherche de Chlamydiae trachomatis se fait par PCR au laboratoire de
biologie moléculaire du CHIC .
Chlamydia pneumoniae
Infection pulmonaire (pneumopathie atypique)
-cf. lavage broncho alvéolaire
recherche par PCR
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Collection fermée - pus
Indication :
Documentation bactérienne : aide au diagnostic et au traitement.
Modes de prélèvement :
Après désinfection cutanée soigneuse,
Ponction de l’abcès sous imagerie
ou
Aspiration à la seringue de pus pendant l’intervention
Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
< 2 h à température ambiante
Commentaire :
Proscrire les écouvillons
Ne pas utiliser de flacon type hémoculture
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Conduit auditif externe
NORE
Indications :
Documentation d’une otite externe :
- Non résolutive sous traitement local
- Chez un patient à risque immunodéprimé ou diabétique
Mode de prélèvement :
Eliminer les débris et croûtes du conduit auditif externe avec un premier écouvillon
Ecouvillonner le conduit auditif externe
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
L’otite externe à Pseudomonas aeruginosa peut devenir maligne chez les
diabétiques et les immunodéprimés nécessitant une antibiothérapie par voie générale.
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Conjonctivite
Y
Indication :
Suspicion de conjonctivite bactérienne
Mode de prélèvement :
Frottis sur l’angle interne de l’œil droit et de l’œil gauche avec deux écouvillons
distincts humidifiés avec du sérum physiologique stérile
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Le prélèvement de l’œil non infecté sert de témoin
Cas particulier :
conjonctivite hyper hémi que à Chlamydia trachomatis
Mode de prélèvement :
Se procurer auprès du laboratoire un tube de milieu TEN
Eliminer les exsudats conjonctivaux
Ecouvillonner en appuyant fermement
Briser l’écouvillon immédiatement dans le milieu TEN
Transport :
Immédiat au laboratoire
Commentaire :
L’amplification génique par PCR est la technique pratiquée au laboratoire du
CHIC
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Coproculture
SELLES
SEL
Indication :
Diarrhée avec fièvre supérieure à 39 °
Diarrhée hémorragique
Syndrome dysentérique
Retour d’une zone tropicale
Si enfant de moins de 2 ans, avant le 7ème jour de diarrhées pour la recherche de Rota
virus+Entérovirus
Mode de prélèvement :
Dès l’émission des selles, recueillir 3 ml ou 3 grammes de selles de préférence
dans les zones muco-sanglantes si elles existent.
Transférer à l’aide de la spatule fournie dans le flacon de grand diamètre à
bouchon à vis rouge spécifique pour coproculture.
Transport :
< 2 h à température ambiante si prise en charge différée conservation à 4°C et
ensemencement dans les 12 heures, pour les virus les selles peuvent être conservées
24à 48h à +4°c
Commentaires :
Salmonella et Shigella sont systématiquement recherchées.
Yersinia (CYER) et Campylobacter sont recherchés s’il existe du sang dans les
selles ou des leucocytes ou sur prescription explicite
Les Rota virus (ROTA) et Adénovirus (ADES) sont recherchés sur prescription
explicite.
Préciser si retour de pays tropical ou ingestion de fruits de mer (recherche d’Aeromonas
vibrions….
En cas de SHU ou de purpura thrombotique thrombocytopénique rechercher la Shiga
toxine (vérotoxine) par amplification génique (gènes stx1-stx2), pas de culture
spécifique.
La recherche de Klebsiella oxytoca au décours d'une colite hémorragique se
pratique sur un fragment de biopsie colique droite, transmis dans un flacon stérile à
bouchon à vis rouge (prescription explicite)
Voir recherche de toxine A B de Clostridium difficile si diarrhée post antibiotiques
(jusqu'à 2 mois après la fin du traitement une seule dose peut suffire)
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Examen cytobactériologique des urines
U
ECBU
Indications :
- Diagnostic d’infection urinaire symptomatique ; à l’exception d’un premier épisode de cystite aiguë
non compliquée de la femme jeune( 15- 65 ans) ou de récidive sans dépasser trois épisodes par an,
où le dépistage par bandelette est suffisant.
- Dépistage des bactériuries asymptomatiques nécessitant une antibiothérapie :
 femme enceinte ayant des antécédents d’infection urinaire ou diabétique, l’examen doit être
mensuel. Pour les autres femmes enceintes un dépistage mensuel par bandelette est suffisant, il
sera complété d’un ECBU si le dépistage est positif.
 avant une intervention urologique.
- Contrôle du traitement des pyélonéphrites, entre 4 à 6 semaines après la fin du traitement.
non indications : patient asymptomatique sauf femmes enceinte et greffé rénal depuis moins de 6
mois
Pour les patients sondés se reporter à Urines recueillies chez un patient appareillé
Modes de prélèvement :
L’ECBU se fait sur tube monovette verte et doit être accompagné de renseignements cliniques
Après une toilette génitale soigneuse au savon suivi d’un rinçage
1 Cas général
Après une continence d’au moins 4 heures
Recueil en milieu de jet, le méat urinaire étant dégagé (décalottage ou petites lèvres
écartées)
2 Si troubles neurologiques périphériques ou cognitifs
Chez la femme recueil par sondage
Chez l’homme par étui pénien, laissé en place 30 minutes au maximum.
3 Nourrisson
Poche à prélèvement spécifique posée après désinfection de la zone où est placée la poche,
ne pas laisser en place plus de 30 minutes, dès la miction terminée recueillir immédiatement les
urines En cas de rétention aiguë d’urine chez l’homme dans un contexte fébrile, l’urine se recueille à
partir de la sonde de drainage sus-pubien.
Transport : A température ambiante sur tube monovette verte ( consevateur acide borique)
Commentaires :
4
4
Seuil de positivité: leucocytes ≥10 / ml ± hématurie ≥10 / ml
3
4
germes 10 ufc/ml si germe uropathogène sinon 10
se référer à "interprétation de l'ECBU" disponible sur le site infectiologie du CHIC
Pour des recherches de Mycobactéries urinaires, de leptospires se reporter aux rubriques
correspondantes. Ces recherches ne sont pas effectuées sur des ECBU standards.
La recherche de Mycoplasmes est faite sur demande explicite lors de cystite lithiasique à urines
claires et pH alcalin.
La recherche d’anaérobies qui s’observent notamment lors de fistules vésico-coliques n’est
pratiquée que sur demande explicite.
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Urines recueillies chez un patient appareillé
(ECBU sur sonde)
U
“ L’expression “ patient appareillé ” signifie porteur d’un appareillage en
relation avec les voies urinaires (sonde à demeure, sonde urétérale,…) et non un
dispositif destiné au recueil des urines de type Uricol. ” texte de l’ENSM N° 91/99.
Indications :
Chez des patients sondés
- Suspicion d’infection urinaire symptomatique, qui peut se résumer à une fièvre
isolée
Modes de prélèvement :
Dans tous les cas clamper la sonde juste avant le prélèvement en aval du point de
ponction soigneusement désinfecté.
Recueillir les urines et les transférer dans une monovette verte
Transport :
A température ambiante
Commentaire :
Le traitement des infections symptomatiques est suivi du retrait de la sonde. Un
contrôle est nécessaire à la 48 ième heure.
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Endocol
Sécrétions et exsudats de localisation
(ano) génitale chez la femme
GPV/GEND
Indications :
- Infection génitale symptomatique
- Dépistage de maladie sexuellement transmissible (IST)
- Surveillance femme enceinte (préciser l’âge de la grossesse)
Modes de prélèvement :
-Premier jet des urines
Les urines doivent être prélevées après une continence supérieure à 2 heures il faut
er
recueillir les premiers 10ml (1 jet) .
Permet la recherche par amplification génique (PCR) de
-
Chlamydia trachomatis (cf fiche spécifique)
Mycoplasmea genitalum
Gonocoque
-Prélèvement cutaneo muqueux
Cul de sac vaginal postérieur pour examen direct (écouvillon sec), bactériologique
et mycologique (écouvillon portagerm)
Endocol
Ecouvillonnage de l’endocol sous spéculum après mouchage du col
(écouvillon sec ou portagerm)
Si recherche de Mycoplasmes par culture (CMYP) (U. uréalyticum, M. hominis)
Prescription explicite prévoir un écouvillon ( intéressant pendant le premier trimestre de
grossesse)
Si recherche spécifique de Streptococcus agalactiae ( groupe B) (34-35 semaine de
grossesse ) écouvillonnage au niveau du tiers vaginal inférieur (écouvillon sec ou
portagerm)
Autre(s) site(s)
Ecouvillonner le(s) sites(s) supplémentaire(s) si ulcérations
Transport :
A température ambiante dans les meilleurs délais
La recherche de Tréponema pallidum (Syphilis) et Trichomonas vaginalis n'est
réalisée que sur les prélèvements réalisés au laboratoire
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Expectoration
C
Indications :
- Pneumopathies productives
- Echec de traitement antibiotique d’exacerbation aiguë de bronchite chronique
avec syndrome obstructif sévère
- Mucoviscidose éventuellement surinfection de dilatation des bronches
Mode de prélèvement :
Après rinçage de la bouche
Recueillir de préférence les premiers crachats matinaux pour les exacerbations
aiguës de bronchite chronique
Dans un tube à fond conique à bouchon bleu
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Préciser le motif de la demande, les méthodes d’étude sont spécifiques pour la
mucoviscidose et les Dilatations Des Bronches
La recherche de Burkholderia cépacia (CPCE) est réalisée systématiquement en
cas de mucoviscidose
Seuil de significativité /ml :
≥10.7 UFC/ml
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Gorge
NGOR
Indications :
Diagnostic d’angines
érythémateuses ou érythématopultacées : Streptocoque A, C, G,
Arcanobacterium,
ulcéronécrotiques : angine de Vincent
pseudomembraneuse : Corynebacterium diphteriae.
Recherche explicite de gonocoque, de méningocoque (par PCR)
mode de prélèvement :
Avant toute antibiothérapie
Pour les angines érythémateuses et érythématopultacées : écouvillonner les
amygdales ou si absentes les piliers du voile du palais
Pour les angines ulcéronécrotiques : écouvillonner les zones lésées
Pour les angines pseudomembraneuse : écouvillonner la périphérie des fausses
membranes
Pour la recherche de gonocoque et de méningocoque : écouvillonner la paroi
postérieure du pharynx.
Dans tous les cas ne pas toucher aux parois internes des joues
Transport :
< 2 heures à l’abri du froid
Commentaires :
La recherche de Streptocoque du groupe A se fait en cas de TDR (test
diagnostic rapide) négatif chez un patient à risque de RAA
Pour les angines pseudomembraneuses la demande d’un MNI test en urgence
est recommandé.
La recherche de méningocoques dans l'entourage d'un patient ayant une
méningite à méningocoque est à proscrire, (DGS 15 juillet 2002).
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Hématies Leucocytes Minute
HLM
Indication :
Mise en évidence de débits cellulaires pathologiques
Mode de prélèvement :
Trois heures avant l’heure habituelle de lever
Boire un quart de litre d’eau
Uriner “ à fond ”, noter l’heure de la miction, jeter les urines
Se recoucher
Rester allongé, à jeun et au repos
Après 3 heures uriner à nouveau “ à fond ” dans le flacon remis par le laboratoire.
Noter l’heure du recueil
Transport :
Dans les meilleurs délais
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Hémocultures aérobie et anaérobie
H
Indications :
- Variation brutale de température, frissons
- Signes de choc septique
- Fièvre > 38,5° C avec foyer localisé (pneumonie, pyélonéphrite, arthrite,
méningite…)
- Suspicion d’endocardite
- absence de réponse à un traitement antibiotique adapté depuis 3 jours
Modes de prélèvement :
Au moment de la symptomatologie
Après désinfection cutanée soigneuse, (cf. protocole classeur hygiène) ponction
veineuse.
Remplir le flacon jusqu’au trait de jauge.
Noter sur le flacon l’heure et le site de prélèvement.
 Cas général, chez l’adulte le volume minimum conseillé est de 20 ml de
sang, soit 10 ml par flacon, le volume optimal est de 40 à 60ml soit un total de 4à 6
flacons correctement remplis.il y a consensus pour limiter le nombre d’hémoculture à 3
par épisode clinique et par tranche de 24 heures. Une alternative consiste à prélever les
4 à 6 flacons (3 aérobies et 3 anaérobies en un seul prélèvement.
 En cas de suspicion d’endocardite prélever trois couples de flacons
hémocultures par trois ponctions différentes à n’importe quel moment. Le lendemain en
l’absence de résultat positif, renouveler les prélèvements de la même façon. Enfin le
troisième jour, ( en l’absence de résultat positif ) prélever un dernier couple et signaler au
laboratoire la suspicion d’endocardite (un protocole de suivi d’hémoculture pour
suspicion d’endocardite sera déclenché)
Transport :
Dans les meilleurs délais à l’abri du froid
Commentaires :
Lors d’une fièvre inexpliquée la multiplication des prélèvements ne garantit pas
de gain. Il est par contre souhaitable de prolonger la durée d’incubation des flacons, ce
qui ne peut être réalisé qu’en contactant le laboratoire.
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Hémocultures sur cathéter ou chambre
implantable
H
Indication :
Suspicion de bactériémie à point de départ du cathéter central ou de la chambre
implantable, sans retrait du cathéter central ou de la chambre.
Mode de prélèvement :
Prélever :
un couple de flacons d’hémocultures par ponction veineuse
(périphérique)
un couple de flacons d’hémocultures par le cathéter central ou la
chambre
L’heure exacte et le site des ponctions doivent être impérativement noté sur les
flacons pour permettre une interprétation.
Transport :
Dans les meilleurs délais à l’abri du froid.
Commentaire :
Une pousse plus précoce dans les flacons prélevés par le cathéter central d’au
moins 2 heures que la pousse dans les flacons prélevés en périphérie est en faveur
d’une infection à point de départ du cathéter central ou de la chambre.
Se référer à "conduite à tenir en cas de suspicion d'infection liée aux KT veineux
centraux" disponible sur le site infectiologie du CHIC
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Hémoculture pour recherche de
mycobactéries
H
Indication :
Recherche de bactériémie à mycobactéries
notamment lors de fièvre si SIDA
tableau de milliaire tuberculeuse
Mode de prélèvement :
Ensemencer un flacon spécifique (flacon à bouchon noir) délivré par le
laboratoire sur demande
Transport :
< 2 heures à température ambiante
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Lavage Broncho-Alvéolaire
CLBA
Indication :
Pneumopathies graves
Mode de prélèvement :
Instiller après blocage du bronchofibroscope de 50ml de sérum physiologique à
37°C en 4 à 6 fois. Un “mini-lavage” limité à quelques ml de sérum physiologique peut
remplacer le lavage dans les formes très sévères à hématose péjorative.
Le liquide est aspiré dans un tube à fond conique à bouchon bleu ou flacon piège
sur sonde d’aspiration.
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Les recherches de Legionella, Mycobactéries, Pneumocystis , Aspergillus
Nocardia Chlamydiae pneumoniae Mycoplasma pneumoniae et Toxoplasma gondii ne
sont faites que sur demandes explicites, cocher sur le bon de demande spécifique les
cases correspondantes en cas de suspicion clinique précise.
L'examen cytologique se fait sur demande explicite
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Légionella pneumophila
AGSLE
Indication :
Test urinaire : Dépistage rapide de Légionellose à Legionella pneumophila sérogroupe1,
même sous antibiothérapie.
Mode de prélèvement :
Echantillon d’urine, 10 ml, dans un pot à bouchon à vis rouge
Transport :
rapidement à température ambiante
Commentaires :
Test rapide pouvant être rendu dans l'heure qui suit le prélèvement
Pour Legionella pneumophila sérogroupe1, l’antigène urinaire est détectable 1 à 3
jours après l’apparition des symptômes chez 88% des patients. L’excrétion est variable :
de quelques jours a à 2 mois en moyenne et près d’un an chez quelques patients.
En cas de positivité pratiquer une aspiration bronchique ou un LBA pour recherche de
Legionelle par culture sur milieux spécifiques.
Rappel : la légionellose est une maladie à déclaration obligatoire
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Leptospires
Indication :
la culture de leptospires est longue et fastidieuse et est abandonnée au profit de la
PCR
Mode de prélèvement :
La recherche par amplification génique est possible sur le sang, le LCR et les
urines.
- dans le sang positivité pendant les 10 jours suivant l’apparition de la fièvre
ème
ème
-si atteinte méningée le LCR est prélevé entre le 5
et le 15 jour.
ème
ème
- les urines sont recueillies entre le 15
et le 25 jour.
- entre 6 et 12 jours la période muette ne permet pas d’isoler les leptospires
Transport :
Immédiat à l’abri du froid
Commentaire :
Un examen direct peut être réalisé au microscope au fond noir
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Lésions sèches, mycoses
Peau et phanères
Indication :
Diagnostic de lésions mycosiques : levures ou dermatophytes
Modes de prélèvement :
1 Lésions sèches : gratter pour récupérer les squames à la périphérie de la
lésion.
2 Lésions suintantes (kérion, intertrigo, périonyxis) écouvillonner
3 Onyxis :
- Lésion latéro-distale gratter le bord de l’ongle
- Onycholyse verdâtre enlever l’ongle soulevé, gratter le lit de l’ongle et
le repli sus-unguéal
- Lésion entre zone saine et malade, découper l’ongle, pour atteindre la
limite ongle sain ongle malade, gratter la zone malade.
Transférer les prélèvements dans des flacons stériles à bouchon à vis rouge ou
petite boite de Pétri
Transport :
A température ambiante
Commentaires :
Les prélèvements doivent se faire à distance d’un traitement antifongique
un mois si imidazolés locaux, griséofulvine ou kétoconazole
deux mois si terbinafine ou filmogène pour les ongles
Les dermatophytoses des ongles sont toujours précédées de lésions cutanées
de voisinage qu’il est plus facile de prélever que les ongles.
Les milieux de cultures mycologiques sont conservés pendant 21 jours
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Lésion suintante
PUS
Indication :
Recherche de Streptocoque béta-hémolytique des groupes A, C ou G (CSTE)
Mode de prélèvement :
Ecouvillonner
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
La présence de streptocoque béta-hémolytique est un obstacle à toute
cicatrisation et peut se compliquer d’une infection extensive. L’antibiothérapie est
nécessaire.
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Lésion ulcéreuse oculaire
Y
Indication :
Diagnostic de kératite bactérienne, fungique ou à Acanthamoeba
Mode de prélèvement :
Acte réservé à l'ophtalmologiste
Ecouvillonnage de façon appuyée ou grattage.+ frottis sur lame si possible
si recherche d'amibes gratter la lésion les écouvillons sont acheminés sur Brest
pour la mise en culture si des frottis sont réalisés leur lecture après coloration peut être
réalisée au laboratoire du CHIC
acheminement le plus rapidement possible au laboratoire après appel
téléphonique
Commentaire :
Pour les porteurs de lentilles envoyer le liquide d’entretien en plus de
l’échantillon et prescrire explicitement la recherche d’Acanthameoba
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Liquide amniotique
LAMN
Indication :
Rupture précoce et prolongée de la poche des eaux.
Mode de prélèvement :
Sous spéculum nettoyer l’exocol, prélever au moins 0,5 ml de liquide au niveau de
l’endocol.
Transférer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
Immédiat à température ambiante
Commentaire :
Le résultat de l’examen direct est transmis sans délai. Une prolifération monomicrobienne observée à la coloration de Gram est informative cliniquement.
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Liquide articulaire
LART
Indications :
Diagnostic d’arthrite infectieuse ou métabolique
Modes de prélèvement :
Ponction après désinfection cutanée soigneuse
Recueil sur flacon stérile à bouchon à vis rouge pour la culture bactérienne et la
recherche de cristaux , un tube citraté pour cytologie.
Eventuellement si le volume de liquide le permet, un couple de flacons type
hémoculture, peut améliorer la sensibilité des cultures.
Transport :
Immédiat à l’abri du froid
Commentaires :
Si > 1500 éléments /mm3 et > 50 % de Polynucléaires neutrophiles et bactéries
au Gram, l’examen microscopique est communiqué au prescripteur dans les meilleurs
délais
La recherche de mycobactéries est faite sur demande explicite
Possibilité de transmettre un aliquote pour PCR universelle ciblant l’ARN
ribosomal 16S
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Liquide céphalo-rachidien
(LCR)
Indications :
Suspicion de méningite ou de méningo-encéphalite
Modes de prélèvement :
Après désinfection cutanée soigneuse, ponction lombaire.
Recueil
Trois flacons stériles à bouchon à vis rouge numérotés dans l'ordre du recueil de 1 à 3,
si possible avec 20 gouttes par flacon.
Adjoindre des hémocultures
Transport :
Immédiat à l’abri du froid
Commentaires :
Les résultats de l’examen direct sont communiqués dans l’heure qui suit l’arrivé de
l’échantillon au laboratoire.
La culture de mycobactéries en plus d’une demande explicite, est systématique si la
formule est lymphocytaire avec hypoglycorachie dans un tableau subaigu
En fonction du contexte clinique et de l'age du patient un certain nombre de recherches de
microorganismes par PCR peut être réalisé sur demande explicite
.
Méningocoque B et non B (NM)
Pneumocoque (SP)
Listéria monocytogenes (LM)
BK mycobactéries (BMBK)
Virus du groupe Herpes : Herpes virus 1&2 (HV), VZV…
Entérovirus ( EV)
Pour le Méningocoque et le Pneumocoque une PCR sera réalisée en parallèle sur un
tube de sang spécifique (tube EDTA bouchon violet) un diagnostic précoce pourra être réalisé
sur ce tube avant même la ponction lombaire
La recherche d'antigénes solubles (pneumo méningo haemophilus) dans le LCR n'est
plus réalisée au CHIC (manque de sensibilité et de spécificité)
La recherche d'antigène soluble de Cryptococcus néoformans (CRYPR) se fait sur le sérum
et le LCR en parallèle sur demande explicite
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Liquide d’Ascite (LASC)
Indication :
Confirmation d’une suspicion d’infection du liquide d’ascite.
Mode de prélèvement :
Après désinfection cutanée soigneuse, ponction en fosse iliaque droite.
Recueil
Un flacon stérile à bouchon à vis rouge pour examen cytologique et culture
bactérienne ;
Un couple de flacons type hémoculture, pour améliorer la sensibilité des cultures
de 30%.
Transport :
Immédiat, à température ambiante.
Commentaires :
Le pronostic immédiat d’infection du liquide d’ascite dépend de la rapidité
d’instauration d’une antibiothérapie adaptée. Elle peut être décidée sur le seul résultat de
la cytologie. L’infection du liquide d’ascite est hautement probable si > 500 éléments ou
> 75 polynucléaires neutrophiles/ mm3 ou polynucléaire neutrophile > 30 %. Le résultat
de l'examen direct est communiqué au prescripteur dans les meilleurs délais.
La recherche de mycobactéries doit faire l'objet d'une demande explicite
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Produit d’origine pelvienne obtenu par coelioscopie
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Liquide d’origine pelvienne
Obtenu par cœlioscopie
LTON
Indication :
Inflammation pelvienne dont le syndrome de Fitz-Hugh-Curtis
Mode de prélèvement :
Aspirer du liquide dans le cul de sac de Douglas avant toute utilisation de solution
antiseptique.
Envoyer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge les quelques gouttes de
liquide recueilli.
Transport :
Immédiat à température ambiante.
Commentaire :
Les Chlamydia et le gonocoque, sont systématiquement recherchés par
amplification génique (PCR) en plus de la culture des bactéries et si la nature du
prélèvement est bien explicitée sur la demande
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Liquide de dialyse péritonéale
LDIA
Indication :
Diagnostic d’infection suspecté devant l’aspect trouble du liquide
Mode de prélèvement :
Ponction dans la poche juste après recueil du liquide de dialyse
Recueil dans un pot stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
Immédiat à température ambiante
Commentaire :
Si > 100 éléments /mm3 et Polynucléaire neutrophile > 50 %, le résultat de
l’examen direct est communiqué dans les meilleurs délais
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Liquide de drainage
DR
Indications :
Dans le cadre de la chirurgie septique, si le liquide après éclaircissement et
raréfaction, redevient trouble et plus abondant.
Mode de prélèvement :
Transférer un échantillon de liquide de drainage trouble venant de s’écouler dans
un flacon stérile à bouchon à vis rouge.
Transport :
< 2 heures, à température ambiante
Commentaire :
Dans la chirurgie orthopédique propre réglée, la culture du liquide de drainage,
comme du redon sont inutiles en systématique.
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Liquide péricardique
LPER
Indication :
Diagnostic de péricardite bactérienne
Mode de prélèvement :
Recueil du liquide de drainage
Un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
Immédiat, à température ambiante
Commentaire :
La recherche de mycobactéries est faite sur demande explicite
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Liquide pleural
LPLE
Indication :
Diagnostic de pleurésie purulente
Modes de prélèvement :
Après désinfection cutanée soigneuse, ponction de la plèvre.
Un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
La recherche de mycobactéries en plus d’une demande explicite, est systématique
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Morsure
PUS
Indication :
Plaie par morsure (à spécifier sur la demande) Le prélèvement n'est pas
systématique il est à réaliser si recherche de germe particulier (ex pasteurelle) ou si la
plaie est surinfectée
Mode de prélèvement :
Aspirer du pus dans une seringue, transférer le pus dans un flacon stérile à
bouchon à vis rouge
Des flacons Portagerm® sont disponibles au bloc opératoire pour recherche
d'anaérobies
Transport :
< 2 heures à température ambiante
:
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Mycobactéries
Généralités
La recherche de mycobactéries est possible à l’initiative du biologiste sur les
sécrétions broncho-pulmonaires et les liquides de ponction.
La prescription doit être explicite dans les autres cas.
Le diagnostic direct par biologie moléculaire (PCR) (BMBK) d’infection à
mycobactéries dans les tissus les liquides de ponction ou le LCR, est possible sur
demande explicite en parallèle de l'examen direct et de la culture sur milieux spécifiques
solides et liquides.
Mycobactéries autre site
Indication :
diagnostic de mycobactériose viscérale
Mode de prélèvement :
un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Le flacon stérile à bouchon à vis rouge qui sert à la bactériologie usuelle est
suffisant, la prescription doit être explicite.
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Mycobactéries sur sécrétions broncho-pulmonaire
Indication :
Suspicion de mycobactériose broncho-pulmonaire
Mode de prélèvement :
Trois prélèvements successifs (sur 3 jours ouvrables) sont conseillés, recueillir les
expectorations du matin dans un tube fond conique à bouchon à vis bleu.
.
Transport :
< 2 heures à température ambiante
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Mycobactéries dans liquide de ponction
La recherche est possible à l’initiative du biologiste sur les sécrétions bronchopulmonaires et les liquides de ponction.
La prescription doit être explicite dans les autres cas.
Le diagnostic direct par biologie moléculaire (PCR) (BMBK)d’infection à
mycobactéries dans les liquides de ponction les tissus ou le LCR, est possible sur
demande explicite en parallèle de l'examen direct et de la culture sur milieux spécifiques
(milieux liquides et solides)
Liquide articulaire (LART)
Liquide d’ascite( LASC)
Liquide péricardique(LPER)
Liquide pleural (LPLE)
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Mycobactéries urinaires
U BK
Indication :
Recherche sur prescription explicite de mycobactéries après avoir éliminé une
infection urinaire à pyogène par un ECBU (leucocyturie sans germe en l’absence d’une
antibiothérapie) (obligation J.O. du 12/08/1997).
Mode de prélèvement :
Une diète hydrique la veille au soir est conseillée
Recueillir les urines du matin.
Examen à répéter sur trois prélèvements successifs (obligation J.O. du
12/08/1997)
Transport :
Faire parvenir au laboratoire dans les 12 h, en attendant le transport conserver à
4°C
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Mycoplasmes
Indications :
Recherche de mycoplasmes uro-génitaux (CMYP)
Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalum (PCR), Ureaplasma urealyticum.
- Infection urogénitale
- Cystite à urine claire lithiasique (pH alcalin)
Recherche de mycoplasmes pulmonaires (MP)
-Pneumopathie atypique
Mycoplasma pneumoniae (PCR)
Mode de prélèvement :
Infection uro-génitale
- chez l’homme urétrite subaiguë (cf. Urètre, premier jet ), prostatite (cf. sécrétion
prostatique);
- chez la femme cervicite asymptomatique (cf. endocol +/- autres sites premier jet
des urines), endométrite et salpingite (cf. suppuration au niveau d’un méat).
Cystite (cf. premier jet des urines ECBU)
Infection pulmonaire
-cf. lavage broncho alvéolaire
Transport :
Se rapporter aux chapitres correspondants
Commentaire :
La recherche des Mycoplasmes urogénitaux (Uréaplasma uréalyticum et Mycoplasma
hominis se fait par culture sur milieux spécifiques
La recherche de Mycoplasma genitalum se fait par biologie moléculaire (PCR) sur un
premier jet des urines après 2 heures de continence.
La recherche de Mycoplasma pneumoniae aux niveaux des sécrétions pulmonaires se
fait par biologie moléculaire (PCR) cf. lavage broncho alvéolaire
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Nez
NEZ
Indications :
Dépistage des porteurs de Staphylococcus aureus
folliculite profonde
furonculose chronique
hémodialyse
Mode de prélèvement :
Avec un seul et même écouvillon prélever les deux faces internes des ailes du
nez à 1 cm du bord des ailes du nez.
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire
Bien préciser l'objet de la demande, le dépistage systématique ne fait pas partie de la
politique du CLIN du CHIC
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Oreille moyenne
NORE
Indication :
Documentation d’otite moyenne purulente
Mode de prélèvement :
Acte médical spécialisé
Eliminer les débris et croûtes du conduit auditif externe avec un premier
écouvillon
Aspirer du liquide après paracentèse sans contaminer le prélèvement par la flore
du conduit auditif externe.
Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge ou écouvillon
Portagerm®
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
La recherche d’anaérobies est nécessaire en cas d’otite chronique, signaler
cette donnée clinique au laboratoire.
La culture mycologique est systématique
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Os
BPRO
Indication :
Documentation d'ostéite
Mode de prélèvement :
Tout prélèvement profond par ponction avant intervention est souhaitable
En cours d’intervention recueillir les tissus présumés infectés en différents points (3
minimum) en per opératoire 5 prélèvements en des sites anatomiques différents et si
possible pathologiques macroscopiquement.
En fin d’intervention après excision des tissus lésés prélever un fragment osseux
considéré sain
Chaque échantillon est transféré dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge bien
identifié. Des écouvillons Portagerm® sont également disponibles au bloc opératoire
Transport :
Le plus rapidement possible
Commentaire :
- Toute antibiothérapie doit être arrêtée au moins 15 jours avant le prélèvement
- Une antibiothérapie doit être immédiatement prescrite après les prélèvements per
opératoire, si l'infection est aiguë ou subaiguë. L'examen microscopique direct des
échantillons peut permettre d'orienter immédiatement le choix de l'antibiothérapie. La
documentation de l'infection permet d'ajuster l'antibiothérapie ou de l'instaurer dans les
formes chroniques.
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Parasitologie
(PARR)
MATIÈRES FÉCALES
Indication :
Recherche explicite d’un parasite en fonction du contexte (à préciser sur le bon de
demande)
Chez l'immunodéprimé (VIH) (ex cryptosporidies)
Retour de zone tropicale
Mode de prélèvement :
Dès l’émission des selles, recueillir 3 ml ou 3 grammes de selles de préférence
dans les zones muco-sanglantes si elles existent.
Transférer à l’aide la spatule fournie dans le flacon de grand diamètre à bouchon à
vis spécifique pour coproculture.
Transport :
IMMEDIAT (indispensable pour la recherche d’amibes lors de laquelle le
laboratoire doit être prévenu)
Commentaire :
L’orientation diagnostic contribue fortement à la qualité de l'examen. La sensibilité
de la recherche peut être améliorée par la répétition de l’examen lorsque le précédent
est négatif, à concurrence de trois examens sur huit jours.
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Placenta
Indication :
Suspicion de listériose
Mode de prélèvement :
Carottage à l’aide d’un scalpel stérile de préférence une zone d’aspect
macroscopique anormale.
Transférer dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
Si l’acheminement est différé, maintenir l’échantillon à 4°C
Commentaire :
Listeria et Streptocoque B sont recherchés systématiquement.
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Pneumocystis jirovecii
PJ
Indication :
Pneumopathie de l'immunodéprimé
Pneumonie interstitielle ne répondant pas à l’antibiothérapie conventionnelle
Mode de prélèvement :
Cocher en plus de la prescription explicite, la nature de l’échantillon prélevé
Lavage Broncho-Alvéolaire : Instiller après blocage du bronchofibroscope de 50ml
de sérum physiologique à 37°C en 4 à 6 fois
Un “ mini-lavage ” limité à quelques ml de sérum physiologique peut remplacer le
lavage dans les formes très sévères à hématose péjorative.
Le liquide est aspiré dans un tube à fond conique à bouchon bleu ou tube capture
sur sonde d’aspiration
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
La recherche par biologie moléculaire (PCR).
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Prélèvements chez le nouveau-né
Indication :
Dépistage d'infection néo-natale si :
- antécédent d'infection néonatale à streptocoque B ou portage maternel de
streptocoque B
- mère fébrile ( >ou = 38°C)
- prématurité (< 37 semaines)
- rupture de la poche des eaux > 12 heures
- liquide amniotique teinté ou méconial ou fétide
- anomalie du rythme cardiaque per partum, sans cause mécanique
- signes d'infection néo-natale ou de souffrance foetale inexpliquée
Modes de prélèvement :
Avant la première toilette ou avant la douzième heure de délivrance :
- Aspiration gastrique (GAS) de quelques millilitres, transférés dans un flacon
stérile à bouchon à vis rouge.
- Méconium (MEC) transférés dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
Immédiat à température ambiante
Commentaires :
Le résultat de l'examen direct de l'aspiration gastrique est communiqué dans
l'heure qui suit sa réception au laboratoire
Les résultats intermédiaires des cultures sont transmis par informatique au bout de 24
heures, résultats définitifs en 48 heures si négatifs.
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Prélèvement vaginal en fin de grossesse
CSTB
Indication :
Examen à visée préventive (pratique antibio-prophylaxie per partum)
Mode de prélèvement :
Ecouvillonnage au niveau du tiers vaginal inférieur (écouvillon sec ou
portagerm®)(34-35 semaine de grossesse)
Transport :
< 2 h, à température ambiante
Commentaire :
La présence de streptocoque du groupe B justifie pour certains une
Antibioprophylaxie durant l’accouchement (recommandation CNGOF 1997).
La présence de Candida est réalisée sur demande explicite.
La recherche d’Eschérichia coli K1 n'est pas systématique.
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Pus sur fistule
Indication :
Identification des bactéries se trouvant dans une collection suppurée sousjacente, fistulisée à la peau
Mode de prélèvement :
Désinfecter soigneusement en surface, un cathéter semi-rigide monté sur
seringue est engagé progressivement dans la fistule en décollant doucement les
adhérences jusqu'à buter sur un obstacle le plus profond possible, aspirer le pus.
Placer l’extrémité du cathéter coupé stérilement dans un flacon stérile à bouchon
à vis rouge
Transport :
< 2 H a température ambiante
Commentaire :
Les prélèvements superficiels de plaies ou de fistules par écouvillonnage doivent être
bannis car le plus souvent contaminés par de la flore cutanée.
Un pus de fistule en regard d'un foyer d'ostéite a une assez bonne valeur prédictive sur
l’infection profonde seulement s’il est retrouvé du Staphylococcus aureus sur deux
prélèvements consécutifs.
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PRÉLÈVEMENT OCULAIRE
Recherche d’Acanthamoeba
Indications :
Kératite notamment chez les porteurs de lentilles
Prescription explicite
Mode de prélèvement :
Acte réservé à l’ophtalmologiste
- Cornée :
Ecouvillonner la lésion, noter sur l’étui de l’écouvillon, recherche de levures ;
Gratter puis écouvillonner en appliquant une pression soutenue en
périphérie de la lésion, réaliser un frottis et noter sur l’étui de l’écouvillon recherche
d’Acanthamoeba.
- Joindre : lentilles, liquide d’entretien, boîtier
Transport :
Immédiat
Commentaire :
L'examen direct après coloration est rendu dans la demi heure (si le biologiste
est présent pour la lecture)
La culture d’Acanthamoeba transmise à Brest peut requérir jusqu’à 15 jours
La localisation des champignons pouvant être profonde comme pour les
Acanthamoeba, leur recherche est systématique dans ces types de prélèvements.
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Sang dans les selles
SANR
Indication :
Test de dépistage du cancer colorectal
Mode de prélèvement :
Dès l’émission des selles, recueillir 1 à 3 grammes de selles.
Un régime avant prélèvement n’est pas nécessaire, seule l’hémoglobine non
digérée est détectée.
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Le test est spécifique de l’hémoglobine humaine.
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Sécrétion prostatique
Indication :
Diagnostic de prostatite chronique
La recherche de Mycoplasmes nécessite une prescription explicite
Mode de prélèvement :
Acte médical spécialisé
Effectuer un massage prostatique en exprimant la glande avec un mouvement
centripète pour vider les canaux, puis de haut en bas, et terminer par un massage de
l’urètre jusqu’au méat.
Recueillir les 10 premiers ml d’urine après massage dans un pot stérile à bouchon
à vis rouge.
Transport :
<2 heures température ambiante
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Sinus
Indications :
- Contrôle d’une rhinorrhée persistante au décours d’une sinusite traitée avec
une antibiothérapie empirique
- Sinusite grave notamment extensive
Modes de prélèvement :
Aspiration du pus de sinus au niveau du méat moyen
ou
Ponction de sinus
Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge ou écouvillon
Portagerm®
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
recherche mycologique (candida ou aspergillus) sur demande explicite
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Sonde de stimulation cardiaque
Indications :
Infection ou suspicion d’infection de la loge avec retrait de la sonde
Modes de prélèvement :
Envoyer la sonde de stimulation dans un flacon stérile à bouchon à vis
rouge Ecouvillonner la loge
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
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Sperme
GSPE
Indications :
Orchite
Epididymite
avant PMA
Mode de prélèvement :
Après miction et toilette génitale
Recueil dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaires :
La culture mycologique est systématique
La recherche des mycoplasmes est systématique
La recherche de Chlamydia nécessite une prescription explicite elle est réalisée
par PCR (CLAT)
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Suppuration au niveau d’un méat
(PUS)
Indications :
Bartholinite, skénite, parotidite, endométrite…..
Mode de prélèvement :
Désinfecter au niveau de l’orifice d’écoulement du pus.
Aspirer le pus sortant du méat ou de l’endocol pour une endométrite.
Transférer le pus dans un flacon stérile à bouchon à vis rouge ou un flacon
Portagerm®
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
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Toxine de Clostridium difficile
TOXICD
Indication :
Diarrhées après prise d’antibiotique (jusqu'à 2 mois) même après une seule
dose
Mode de prélèvement :
3 ml ou la taille d’un noix de selles dans un flacon à coproculture.
L’échantillon est à conserver à 4°C en attendant le transport.
Transport :
Eviter une exposition longue à température ambiante.
Commentaires :
Délai de résultat 1 heure
La recherche s’exécute sur prescription explicite
Cet examen peut être exécuté en urgence en cas de suspicion de colite
pseudo-membraneuse.
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Tréponèmes
(TREPO)
Indications :
Chancre et/ ou adénopathie satellite
Syphilides
Modes de prélèvement :
Contacter le biologiste pour effectuer le prélèvement.
Chancre ou syphilides : nettoyer la surface avec du sérum physiologique
Recueillir un peu de sérosité avec un vaccinostyle sur les bords de la lésion sans
faire saigner
Déposer la sérosité dans une goutte de sérum physiologique sur une lame
Recouvrir d’une lamelle
Adénopathie satellite : ponctionner avec injection préalable d’un peu de sérum
physiologique
Transport :
Prélèvement réalisé au laboratoire
Commentaire :
Résultat de l'examen direct au microscope à fond noir immédiat
Examen direct peu sensible devant s’accompagner systématiquement d’un
prélèvement sanguin pour sérologie TPHA, VDRL.
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Urètre
GENU
Indication :
Diagnostic d’urétrite
La recherche de Chlamydia et/ou de Mycoplasmes nécessite une prescription
explicite
Modes de prélèvement :
- Si recherche de Chlamydia, de Mycoplasma genitalum,de gonocoque ou
absence d’écoulement recueillir les 10 premiers ml d'urines de début de miction (1° jet)
important : les urines doivent être prélevées après une continence supérieure à 2 heures
Recueillir dans des pots à bouchon à vis rouge
- Si écoulement urétral : écouvillon à faire parvenir immédiatement au laboratoire
Transport :
A température ambiante
Commentaires
La culture mycologique est systématique
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Virus Respiratoire Syncitial
Indication :
Broncho-pneumonie hivernale de l’enfant
Mode de prélèvement :
Aspiration par une narine de sécrétion au niveau du nasopharynx
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaire :
Test unitaire
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