guide de prélèvement en microbiologie laboratoire du chic de

GU/PATU/029 _ V2
Laboratoire - Guide de prélèvement en microbiologie
GUIDE DE PRÉLÈVEMENT EN MICROBIOLOGIE
LABORATOIRE DU CHIC DE CORNOUAILLE
la dernière mise à jour à été réalisée le 02/01/12
La finalité de l’examen bactériologique est d’isoler la ou les bactéries présumées
responsables d’infection et d’évaluer leur(s) sensibilité(s) aux antibiotiques. La réussite
de l’isolement est tributaire de la qualité de l’échantillon recueilli et transmis.
Un examen de bactériologie devient urgent, si une antibiothérapie est prescrite. Le
recueil de l’échantillon doit précéder la mise sous traitement. Lorsque le résultat de
l’examen microscopique cytochimie, coloration de Gram, contribue au choix du
traitement, il est communiqué dans l’heure qui suit l’arrivée de l’échantillon au
laboratoire.
Ce guide précise pour chaque échantillon :
Sa nature numéro acte et lettre clef
Indication (s):
Mode(s) de prélèvement :
Transport :
Commentaire (s) :
Pour accéder à un index des principales demandes en bactériologie
cliquez ici.
Pour toute modification à apporter dans ce guide
laisser un message à l'adresse de Françoise Geffroy
[e-mail]
Rappelons enfin que pour toute demande
L'HEURE DU RECUEIL
doit impérativement être notée.
REMIC Référentiel en microbiologie médicale 4éme édition 2010
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Aspergillus (culture)
Aspiration bronchique
Biopsie Prélèvement tissus
Bordetella pertussis (coqueluche)
Brosse bronchique protégée
Cathéter
Chambre implantable
Chlamydia
Collection purulente(fermée)
Conduit auditif externe
Conjonctivite
Coproculture
ECBU
ECBU sur sonde
Endocol +/- autres sites
Expectoration
Gorge
HLM
Hémocultures
Hémoculture sur cathéter ou C.I.P.
Hémoculture pour Mycobactéries
Lavage Broncho-Alvéolaire
Legionella antigène urinaire
Leptospires
Lésions sèches, mycose
Lésion suintante
Lésion ulcéreuse oculaire
Liquide amniotique
Liquide articulaire
Liquide Céphalo-Rachidien (LCR)
Liquide d’ascite
Liquide de coelioscopie
Liquide de dialyse péritonéale
Liquide de drainage
Liquide péricardique
Liquide pleural
Morsure
Mycobactéries autre site
Mycobactéries broncho-pulmonaires
Mycobactéries dans les hémocultures
Mycobactéries dans le LCR
Mycobactéries dans liquide de ponction
Mycobactéries urinaires
Mycoplasmes
Nez
Oreille moyenne
Os (Biopsie)
Parasitologie des selles
Placenta
Pneumocystis jirovecci
Prélèvements du nouveau-né
Prélèvement vaginal en fin de grossesse
Pus (collection fermée)
Pus de fistule
Rotavirus
Recherche d’Acanthamoeba
Sang dans les selles
Sécrétions prostatiques
Sinus
Sonde de stimulation cardiaque
Sperme
Suppuration au niveau d’un méat
Toxine de Clostridium difficile
Tréponèmes
Urètre, premier jet
Virus Respiratoire Syncitial
Sommaire interactif (CTRL + clic pour atteindre le document)

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Aspergillus CAPS
Indications :
Confirmation diagnostic
- Aspergilloses invasives pulmonaire ou sinusienne
- Pneumopathie nécrosante chronique
- Aspergillose bronchique obstructive
- Aspergillose allergique : alvéolite extrinsèque, aspergillose broncho-pulmonaire
- Aspergillome pulmonaire ou sinusien
- Localisation tissulaire par inoculation ou métastase septique
- Otite externe
Modes de prélèvement :
- Aspergilloses invasive pulmonaire se référer au chapitre Lavage broncho-
alvéolaire
- Pneumopathie nécrosante chronique - Aspergillome pulmonaire - Aspergillose
broncho-pulmonaire allergique se référer aux chapitres Lavage broncho-alvéolaire,
aspiration bronchique ou expectoration
- Aspergillose bronchique obstructive se référer au chapitre Aspiration
bronchique
Si localisation tissulaire se référer au chapitre Biopsie
Si localisation pleurale se référer au chapitre Liquide pleural
Si Otite externe : écouvillonner
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaires :
La demande mérite d’être complétée
- d’un séro-diagnostic en dehors de l’asthme aspergillaire
- d’une recherche d’antigène circulant dans les formes
invasives(galactomannanes)
- de la recherche d’IgE spécifiques dans les formes allergiques en dehors de
l’alvéolite extrinsèque
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Aspiration bronchique
CASP
Indication :
Pneumopathies pour lesquelles des prélèvements par méthodes invasives (LBA,
Brosse), sont contre-indiqués
Mode de prélèvement :
L’aspiration est recueillie dans un tube stérile (flacon piège) connecté à la sonde
d’aspiration.
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Interprétation :
Seuil de significativité /ml : ≥10.5 ufc/ml
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Biopsie
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BIOPSIE, tissus B
Indication :
Diagnostic d’infection tissulaire
Mode de prélèvement :
Biopsie per opératoire, déposer l’échantillon dans un flacon stérile à bouchon à
vis rouge rajouter 1ml de sérum physiologique
Infection ostéo articulaire : cf chapitre OS
Transport :
< 2 heures à température ambiante
Commentaires :
Lorsque le diagnostic de tissu infecté est évoqué, ne pas se limiter à un
échantillon pour l’anatomo-pathologiste.
La recherche de mycobactéries se fait sur demande explicite
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