Flore cutanée

19/04/17
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FL O R E C U T A N E E
INTRODUCTION
La peau normale est colonisée par de nombreux germes commensaux présents dans les couches épithéliales superficielles. Comparativement à
d'autres organes, comme le tube digestif, le nombre d’espèces bactériennes est limité.
La peau du nouveau-né est stérile jusqu'à la naissance où elle est en premier lieu contaminée par les bactéries présentes dans la sphère
génitale de la mère. Par la suite, les germes de l'environnement vont progressivement coloniser la peau en réalisant une flore.
La flore cutanée est classée en deux groupes :
- la flore permanente composée de germes dont le nombre et la composition sont stables dans le temps
- la flore transitoire provenant de l'environnement extérieur mais pouvant persister quelques temps sur la peau.
I. La flore cutanée du nouveau -né
Le fœtus est stérile mais lors de la rupture des membranes, il y a contamination par la flore microbienne vaginale de la mère. On observe de
grandes différences quantitatives et qualitatives suivant :
- le mode de naissance (voie naturelle ou césarienne)
- les soins portés à l'enfant (asepsie, antibiothérapie)
À la naissance, le cordon et la peau avoisinants sont colonisés par les Staphylocoques (S.epidermidis, S.aureus) ; les autres territoires cutanés
sont, eux, peu colonisés (30 à 50 bact/cm2 surtout des bactéries aérobies).
Après 48h : la population bactérienne atteint 5 x 102 à 104 bact/cm2 (crane, aisselle, aine).
Après 6 semaines : sur les mêmes territoires : 1 à 3 x 105 bact/cm2.
→ espèce la plus abondante : S.epidermidis.
Flore cutanée du prématuré :
Le prématuré est placé dans un environnement protégé. Malgré ces protections, au 5e-6e jour de vie : il se retrouve avec 103 à 106 bact/cm2.
- zones les plus riches : ombilic, plis cutanés, fesses, plante des pieds
- risque de septicémies liées à la colonisation puis à l'infection des cathéters ombilicaux et périphériques
 S. coag negatif (présent à 79 %) : S.epidermidis, S.hominis, S.warnera, S. Haemolyticus
 d'autres moins retrouvés (S.aureus, cornebacterium, porpinibacterieum …)
II. Flore cutanée de l’adulte
2 types :
- flore microbienne non pathogène stable, au niveau de la couche cornée et des follicules pileux composée de
 bactéries +++
 levures lipophiles (malassezia) +
 parasites proches des acariens (demodex)
 papilloma virus (verrues)
NB : Retenir que ce sont les bactéries et les levures lipophiles que l'on retrouve principalement.
- flore de transit composée de :
 bactéries
 levures (Candida)
Les bactéries (en moindre quantité) peuvent se loger durablement dans des sites propices à leur maintien par l'humidité et le pH. On parle de
gites microbiens :
- périnée
- narines
- conduits auditifs

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A. Composition de la flore permanente ou flore résidente
- Bactéries aérobies (Staphylocoques, Corynébactéries) : au niveau de la couche cornée
- Bactéries anaérobies (Propionibacterium acnes) : dans les invaginations infundibulopilaire
1. Les différents composants
NB : la coagulase ou staphylocoagulase est une enzyme capable de faire coaguler le plasma sanguin ce qui peut entraîner de graves
conséquences comme l'embole septique.
a. Staphylocoques et microcoques
2 groupes :
- espèces à coagulase négative (= SCN)
→ chef de file : Staphylocoque epidermis
- espèces à coagulase positive
→ représentées par Staphylocoque aureus
1- Coagulase négative :
- Staphylocoque epidermidis :
 principal germe aérobie de flore cutanée
 fréquence de portage chez adulte sain > 50%
Autres espèces de SCN retrouvées : S hominis, S warneri, S simulans, S saprophyticus (dans périnée ++), S.capitis, S.xylosus, S.haemolyticus,
S.cohnii.
SCN normalement non pathogènes mais rôle pathogénique dans certaines situations :
- infections sur prothèses ou KT central
- infections sur valves cardiaques artificielles
- (appareil urinaire)
Facteur important de pathogénicité : production d'adhésines qui permettent l'adhésion aux cathéters et surfaces métalliques.
2- Coagulase positive :
- Staphylocoque aureus
 résistance naturelle de l'homme à la colonisation cutanée par S aureus
 il s’agit surtout d'un portage transitoire bien que l'on retrouve chez 20 à 40% des personnes un portage nasal ou périnéal
chronique
 différenciation colonisation et infection parfois difficile à faire sur la peau pathologique
S aureus retrouvé en plus grande quantité chez des malades suivis pour dermatite atopique ou psoriasis, mais il s’agit le plus souvent d'une
colonisation, favorisée par l'inflammation, plutôt que de véritables surinfections, de plus la pathogénicité du germe est difficile à prouver.
Microcoques (ne sont pas à retenir) : aussi retrouvés mais moins fréquemment. 2 espèces prédominent : M. luteus et M. varians.
M.Luteus est exceptionnellement responsable de pneumopathies, d'arthrites septiques et de méningites.
b. Corynebactérie
Bacilles gram + aérobie-anaérobie facultatif (AAF) qui colonisent surtout régions des plis.
Espèce la plus fréquente : C. minutissimum (surtout dans les zones humides).
Joue un rôle important dans équilibre de la flore cutanée
Le changement des conditions physiques ou chimiques (transpiration excessive, hygiène défectueuse) entraînent :
- Une perturbation de l'équilibre de la flore
- Augmentation des Corynebactéries responsables de :
 l'érythrasma (infection cutanée)
 la trichomycose axillaire (infection de la base des poils axillaires)
 la kératolyse (décollement pathologique de la couche cornée de l'épiderme) plantaire ponctuée (Corynebactéries + dishydrose)

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C.jeikum et C.urealyticum sont des espèces lipophiles qui colonisent les plis et sont retrouvées surtout chez les immunodéprimés.
Mais 12% des individus sains et près de 35% des malades hospitalisés sont colonisés par Corynebactéries.
Brevibacterium epidermidis : apparenté aux Corynebactéries
- colonise les plis interdigitoplantaires
- son développement est favorisé par les infections à dermatophytes
c. Propionibacterium acnes
Bacille GRAM+ anaérobies.
P.acnes : principal germe qui colonise les glandes sébacées et les follicules pileux.
- retrouvée chez 100% des adultes sur le dos, le front et le cuir chevelu
- densité sur la peau maximale au moment de la puberté, du fait d'une sécrétion sébacée accrue
Nombreux arguments prouvent la pathogénicité dans l'acné inflammatoire :
- la bactérie est retrouvée en plus grande quantité chez adolescent ayant acné inflammatoire
- les traitements topiques ou systémiques supprimant le germe permettent une amélioration clinique de l'acné
- responsabilité démontrée dans l'activation des macrophages et du complément par la voie classique
Autres espèces retrouvées : P.granulosum et P.avidum.
d. Bactéries à GRAM -
Retrouvée de façon inconstante, surtout dans la flore transitoire.
Acinetobacter johnsonii et A. lwoffi majoritairement.
Le portage cutané en milieu hospitalier est fréquent.
Acinetobacter est une bactérie Gram – responsable de nombreuses infections (pulmonaires ou de l'appareil urinaire, méningites ... ) surtout
chez les immunodéprimés.
Responsable de folliculites : le plus souvent E.coli et différentes espèces Klesbielle.
→ surtout infections de lésion d'acné chez des malades recevant des traitements antibiotiques par VO au long cours (déséquilibre de la flore).
Proteus et Pseudomonas : infections des espaces inter-orteils favorisées par la macération.
e. Levures
Malassezia furfur :
- levure lipophile
- colonise la peau rapidement (dès 15è jour de vie)
- très abondante dans les zones riches en glandes sébacées (thorax, visage, cuir chevelu)
- absente des paumes et des plantes
- Sur la peau normale, retrouvée en faible quantité, sous sa forme levure (ronde ou ovale) et on retrouve rarement dans filaments (5%)
- Dans certaines circonstances (humidité, application d'huile, immunodépression) → M. furfur peut devenir pathogène
Il se trouve alors sur la peau dans sa forme mycélienne et sporulée
→ agent responsable du pityriasis versicolor (folliculite)
Candida
- nombreuses espèces
- saprophytes des muqueuses
- Candida albicans est la plus souvent retrouvée
Peuvent coloniser la peau, surtout lorsqu'elle est lésée ou qu'il existe une pathologie sous jacente.

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Augmentation de la colonisation de la peau chez malades diabétiques, immunodéprimés ou porteurs de maladies cutanées comme dermatite
atopique ou psoriasis.
2. Densité
→ toutes les régions du corps ne sont pas également colonisées (102 à 105 bactéries/cm2).
- aisselles, face interne des cuisses : riches en bactéries (104)
- région du périnée : riche en bactérie (origine digestive)
- pli du coude sternum, abdomen : peu colonisé
- mains : souvent flore transitoire
3. Variations de la flore
Variation qualitative et quantitative selon différents facteurs :
- des facteurs topographiques (ensembles des conditions favorisant la colonisation comme la température, l'humidité)
- le sébum et la sueur (leur composition chimique influe sur la croissance des bactéries (ex : lipides, sécrétion d'anticorps)
- des mécanismes de régulation de la prolifération bactérienne par le kératinocyte
- de multiples interférences microbiennes (espèces résidentes empêchant la colonisation d'autres espèces)
B. Composition de la flore cutanée transitoire
Tout organisme présent dans l'environnement ou provenant des flores digestives, vaginales ou buccales peut être retrouvé à un moment donné
sur la peau.
Germes potentiellement pathogènes.
Principales espèces :
- Staphylococcus aureus
- Streptocoques alpha et bêta hémolytiques
- certains BGN
1. Streptocoques bêta hémolytiques du groupe A
- ne font pas partie de la flore cutanée permanente
- si présence sur la peau : le plus souvent facteur prédisposant à une infection cutanée streptococcique
- colonisation de la peu normale puis développement des lésions cutanées infectieuses dans la grande majorité des cas (Ferriera et al.)
2. Streptocoques bêta hémolytiques groupe B
- colonisent muqueuses (anus, rectum, vagin) mais présence sur la peau normale non étudiée
- infections néonatales graves et chez certains diabétique ou chez les grands brûlés, de surinfections secondaires.
III. Rôle de la flore cutanée
La flore cutanée normale : barrière biologique. Elle empêche la colonisation par des bactéries pathogènes : compétition au niveau des sites et
de l'utilisation des nutriments.
Remarque : parfois colonisation transitoire de la peau par des bactéries pathogènes : Staphylococcus aureus, Enterococcus, Entérobactéries,
Pseudomonas aeruginosa (souvent chez malades hospitalisés).
→ importance du lavage des mains.
Antiseptiques ont une action limitée sur la flore résidente mais rapide et efficace sur la flore transitoire.

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PR E L E V E M E N T S B A C T E R I O L O G I Q U E S
Fait si possible avant la mise en route d'une antibiothérapie.
Différentes méthodes utilisées. Le choix de la méthode dépend de la maladie dermatologique sous-jacente et des germes recherchés.
I. Écouvillonnage
- Prélever en frottant sur la peau un ou plusieurs écouvillons stériles qui sont ensuite mis en culture sur différents milieux
- Écouvillons stériles ou écouvillons non stériles avec milieu de transport gélosé (à préférer car empêchent la mort bactéries)
Méthode utilisée dans :
- infections cutanées superficielles
- pour rechercher un portage chronique de S.aureus dans les gites (narines, ombilic, périnée)
- dans certaines études épidémiologiques de la flore cutanée
Résultats obtenus : uniquement qualitatifs
→ le nombre d'organismes retrouvé dépend :
- de la durée de l'écouvillonnage,
- de la pression externe exercée sur l'écouvillon
- du degré d'humidité de l'écouvillon.
II. Ponction sous-cutanée à l'aiguille
- La peau doit être soigneusement désinfectée avent de piquer, pour éviter toute contamination par des germes de la flore cutanée.
- Ponction réalisée sans anesthésie préalable
- Facile à réaliser pour ponctionner un liquide de bulle ou une collection de pus
- Dans les hypodermites ou les cellulites, une injection de sérum physiologique stérile avec l'aspiration est parfois nécessaire
Méthode utilisée dans :
- Les érysipèles
- Les cellulites
Érysipèles : germe responsable obtenu seulement en culture dans 5 à 15% des cas.
→ faible rendement de l’examen (germe n'est pas présent en grande quantité mais qu'il s'agit plutôt d'une réaction inflammatoire aux
antigènes bactériens ou aux toxines).
Très utile dans les cellulites nécrosantes : germe retrouvé dans plus de 70% des cas.
→ permet adaptation antibiothérapie
III. Biopsie cutanée
Surtout pour anatomopathologie
En bactériologie : permet l’étude des germes présents dans hypoderme (utilisation chez grands brûlés et certaines cellulites profondes) pour
orienter l'antibiothérapie.
Permet aussi recherche mycobactéries atypiques par culture sur milieux spécieux ou par amplification génique + recherche de champignons
dans les lésions cutanées.
Utilisée seule : cette méthode permet une étude des germes profonds et n'est pas utile pour l'étude de la flore cutanée.
IV. Méthodes d'empreintes directes par Count tact
- Application directement sur la peau une boite faite de gélose
- Permet numération possible + identification
- Réalisation de cartes bactériennes au cours des syndromes de Lyell ou maladies bulleuses auto-immunes
Méthode mieux adaptée pour l'étude des dermatoses étendues.