Flore cutanée

19/04/17
FLORE
CUTANEE
INTRODUCTION
La peau normale est colonisée par de nombreux germes commensaux présents dans les couches épithéliales superficielles. Comparativement à
d'autres organes, comme le tube digestif, le nombre d’espèces bactériennes est limité.
La peau du nouveau-né est stérile jusqu'à la naissance où elle est en premier lieu contaminée par les bactéries présentes dans la sphère
génitale de la mère. Par la suite, les germes de l'environnement vont progressivement coloniser la peau en réalisant une flore.
La flore cutanée est classée en deux groupes :
la flore permanente composée de germes dont le nombre et la composition sont stables dans le temps
la flore transitoire provenant de l'environnement extérieur mais pouvant persister quelques temps sur la peau.
I. La fl ore cutanée du nouveau -né
Le fœtus est stérile mais lors de la rupture des membranes, il y a contamination par la flore microbienne vaginale de la mère. On observe de
grandes différences quantitatives et qualitatives suivant :
le mode de naissance (voie naturelle ou césarienne)
les soins portés à l'enfant (asepsie, antibiothérapie)
À la naissance, le cordon et la peau avoisinants sont colonisés par les Staphylocoques (S.epidermidis, S.aureus) ; les autres territoires cutanés
sont, eux, peu colonisés (30 à 50 bact/cm2 surtout des bactéries aérobies).
Après 48h : la population bactérienne atteint 5 x 102 à 104 bact/cm2 (crane, aisselle, aine).
Après 6 semaines : sur les mêmes territoires : 1 à 3 x 105 bact/cm2.
→ espèce la plus abondante : S.epidermidis.
Flore cutanée du prématuré :
Le prématuré est placé dans un environnement protégé. Malgré ces protections, au 5e-6e jour de vie : il se retrouve avec 103 à 106 bact/cm2.
-
zones les plus riches : ombilic, plis cutanés, fesses, plante des pieds
risque de septicémies liées à la colonisation puis à l'infection des cathéters ombilicaux et périphériques

S. coag negatif (présent à 79 %) : S.epidermidis, S.hominis, S.warnera, S. Haemolyticus

d'autres moins retrouvés (S.aureus, cornebacterium, porpinibacterieum …)
II. Flore c utanée de l’adulte
2 types :
flore microbienne non pathogène stable, au niveau de la couche cornée et des follicules pileux composée de

bactéries +++

levures lipophiles (malassezia) +

parasites proches des acariens (demodex)

papilloma virus (verrues)
NB : Retenir que ce sont les bactéries et les levures lipophiles que l'on retrouve principalement.
-
flore de transit composée de :

bactéries

levures (Candida)
Les bactéries (en moindre quantité) peuvent se loger durablement dans des sites propices à leur maintien par l'humidité et le pH. On parle de
gites microbiens :
périnée
narines
conduits auditifs
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A. Composition de la flore permanente ou flore résidente
-
Bactéries aérobies (Staphylocoques, Corynébactéries) : au niveau de la couche cornée
Bactéries anaérobies (Propionibacterium acnes) : dans les invaginations infundibulopilaire
1. Les différents composants
NB : la coagulase ou staphylocoagulase est une enzyme capable de faire coaguler le plasma sanguin ce qui peut entraîner de graves
conséquences comme l'embole septique.
a.
Staphylocoques et microcoques
2 groupes :
espèces à coagulase négative (= SCN)
→ chef de file : Staphylocoque epidermis
espèces à coagulase positive
→ représentées par Staphylocoque aureus
1- Coagulase négative :
-
Staphylocoque epidermidis :

principal germe aérobie de flore cutanée

fréquence de portage chez adulte sain > 50%
Autres espèces de SCN retrouvées : S hominis, S warneri, S simulans, S saprophyticus (dans périnée ++), S.capitis, S.xylosus, S.haemolyticus,
S.cohnii.
SCN normalement non pathogènes mais rôle pathogénique dans certaines situations :
infections sur prothèses ou KT central
infections sur valves cardiaques artificielles
(appareil urinaire)
Facteur important de pathogénicité : production d'adhésines qui permettent l'adhésion aux cathéters et surfaces métalliques.
2- Coagulase positive :
-
Staphylocoque aureus

résistance naturelle de l'homme à la colonisation cutanée par S aureus

il s’agit surtout d'un portage transitoire bien que l'on retrouve chez 20 à 40% des personnes un portage nasal ou périnéal
chronique

différenciation colonisation et infection parfois difficile à faire sur la peau pathologique
S aureus retrouvé en plus grande quantité chez des malades suivis pour dermatite atopique ou psoriasis, mais il s’agit le plus souvent d'une
colonisation, favorisée par l'inflammation, plutôt que de véritables surinfections, de plus la pathogénicité du germe est difficile à prouver.
Microcoques (ne sont pas à retenir) : aussi retrouvés mais moins fréquemment. 2 espèces prédominent : M. luteus et M. varians.
M.Luteus est exceptionnellement responsable de pneumopathies, d'arthrites septiques et de méningites.
b.
Corynebactérie
Bacilles gram + aérobie-anaérobie facultatif (AAF) qui colonisent surtout régions des plis.
Espèce la plus fréquente : C. minutissimum (surtout dans les zones humides).
Joue un rôle important dans équilibre de la flore cutanée
Le changement des conditions physiques ou chimiques (transpiration excessive, hygiène défectueuse) entraînent :
Une perturbation de l'équilibre de la flore
Augmentation des Corynebactéries responsables de :

l'érythrasma (infection cutanée)

la trichomycose axillaire (infection de la base des poils axillaires)

la kératolyse (décollement pathologique de la couche cornée de l'épiderme) plantaire ponctuée (Corynebactéries + dishydrose)
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C.jeikum et C.urealyticum sont des espèces lipophiles qui colonisent les plis et sont retrouvées surtout chez les immunodéprimés.
Mais 12% des individus sains et près de 35% des malades hospitalisés sont colonisés par Corynebactéries.
Brevibacterium epidermidis : apparenté aux Corynebactéries
colonise les plis interdigitoplantaires
son développement est favorisé par les infections à dermatophytes
c.
Propionibacterium acnes
Bacille GRAM+ anaérobies.
P.acnes : principal germe qui colonise les glandes sébacées et les follicules pileux.
-
retrouvée chez 100% des adultes sur le dos, le front et le cuir chevelu
densité sur la peau maximale au moment de la puberté, du fait d'une sécrétion sébacée accrue
Nombreux arguments prouvent la pathogénicité dans l'acné inflammatoire :
la bactérie est retrouvée en plus grande quantité chez adolescent ayant acné inflammatoire
les traitements topiques ou systémiques supprimant le germe permettent une amélioration clinique de l'acné
responsabilité démontrée dans l'activation des macrophages et du complément par la voie classique
Autres espèces retrouvées : P.granulosum et P.avidum.
d.
Bactéries à GRAM -
Retrouvée de façon inconstante, surtout dans la flore transitoire.
Acinetobacter johnsonii et A. lwoffi majoritairement.
Le portage cutané en milieu hospitalier est fréquent.
Acinetobacter est une bactérie Gram – responsable de nombreuses infections (pulmonaires ou de l'appareil urinaire, méningites ... ) surtout
chez les immunodéprimés.
Responsable de folliculites : le plus souvent E.coli et différentes espèces Klesbielle.
→ surtout infections de lésion d'acné chez des malades recevant des traitements antibiotiques par VO au long cours (déséquilibre de la flore).
Proteus et Pseudomonas : infections des espaces inter-orteils favorisées par la macération.
e.
Levures
Malassezia furfur :
levure lipophile
colonise la peau rapidement (dès 15è jour de vie)
très abondante dans les zones riches en glandes sébacées (thorax, visage, cuir chevelu)
absente des paumes et des plantes
Sur la peau normale, retrouvée en faible quantité, sous sa forme levure (ronde ou ovale) et on retrouve rarement dans filaments (5%)
-
Dans certaines circonstances (humidité, application d'huile, immunodépression) → M. furfur peut devenir pathogène
Il se trouve alors sur la peau dans sa forme mycélienne et sporulée
→ agent responsable du pityriasis versicolor (folliculite)
Candida
nombreuses espèces
saprophytes des muqueuses
Candida albicans est la plus souvent retrouvée
Peuvent coloniser la peau, surtout lorsqu'elle est lésée ou qu'il existe une pathologie sous jacente.
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Augmentation de la colonisation de la peau chez malades diabétiques, immunodéprimés ou porteurs de maladies cutanées comme dermatite
atopique ou psoriasis.
2. Densité
→ toutes les régions du corps ne sont pas également colonisées (102 à 105 bactéries/cm2).
-
aisselles, face interne des cuisses : riches en bactéries (104)
région du périnée : riche en bactérie (origine digestive)
pli du coude sternum, abdomen : peu colonisé
mains : souvent flore transitoire
3. Variations de la flore
Variation qualitative et quantitative selon différents facteurs :
des facteurs topographiques (ensembles des conditions favorisant la colonisation comme la température, l'humidité)
le sébum et la sueur (leur composition chimique influe sur la croissance des bactéries (ex : lipides, sécrétion d'anticorps)
des mécanismes de régulation de la prolifération bactérienne par le kératinocyte
de multiples interférences microbiennes (espèces résidentes empêchant la colonisation d'autres espèces)
B. Composition de la flore cutanée transitoire
Tout organisme présent dans l'environnement ou provenant des flores digestives, vaginales ou buccales peut être retrouvé à un moment donné
sur la peau.
Germes potentiellement pathogènes.
Principales espèces :
-
Staphylococcus aureus
Streptocoques alpha et bêta hémolytiques
certains BGN
1. Streptocoques bêta hémolytiques du groupe A
-
ne font pas partie de la flore cutanée permanente
si présence sur la peau : le plus souvent facteur prédisposant à une infection cutanée streptococcique
colonisation de la peu normale puis développement des lésions cutanées infectieuses dans la grande majorité des cas (Ferriera et al.)
2. Streptocoques bêta hémolytiques groupe B
-
colonisent muqueuses (anus, rectum, vagin) mais présence sur la peau normale non étudiée
infections néonatales graves et chez certains diabétique ou chez les grands brûlés, de surinfections secondaires.
III. Rôle de la flor e cutanée
La flore cutanée normale : barrière biologique. Elle empêche la colonisation par des bactéries pathogènes : compétition au niveau des sites et
de l'utilisation des nutriments.
Remarque : parfois colonisation transitoire de la peau par des bactéries pathogènes : Staphylococcus aureus, Enterococcus, Entérobactéries,
Pseudomonas aeruginosa (souvent chez malades hospitalisés).
→ importance du lavage des mains.
Antiseptiques ont une action limitée sur la flore résidente mais rapide et efficace sur la flore transitoire.
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PRELEVEMENTS
BACTERIOLOGIQUES
Fait si possible avant la mise en route d'une antibiothérapie.
Différentes méthodes utilisées. Le choix de la méthode dépend de la maladie dermatologique sous-jacente et des germes recherchés.
I. Écouvillonnag e
-
Prélever en frottant sur la peau un ou plusieurs écouvillons stériles qui sont ensuite mis en culture sur différents milieux
Écouvillons stériles ou écouvillons non stériles avec milieu de transport gélosé (à préférer car empêchent la mort bactéries)
Méthode utilisée dans :
infections cutanées superficielles
pour rechercher un portage chronique de S.aureus dans les gites (narines, ombilic, périnée)
dans certaines études épidémiologiques de la flore cutanée
Résultats obtenus : uniquement qualitatifs
→ le nombre d'organismes retrouvé dépend :
de la durée de l'écouvillonnage,
de la pression externe exercée sur l'écouvillon
du degré d'humidité de l'écouvillon.
II. Poncti on sous -c utanée à l 'aig uille
-
La peau doit être soigneusement désinfectée avent de piquer, pour éviter toute contamination par des germes de la flore cutanée.
Ponction réalisée sans anesthésie préalable
Facile à réaliser pour ponctionner un liquide de bulle ou une collection de pus
Dans les hypodermites ou les cellulites, une injection de sérum physiologique stérile avec l'aspiration est parfois nécessaire
Méthode utilisée dans :
Les érysipèles
Les cellulites
Érysipèles : germe responsable obtenu seulement en culture dans 5 à 15% des cas.
→ faible rendement de l’examen (germe n'est pas présent en grande quantité mais qu'il s'agit plutôt d'une réaction inflammatoire aux
antigènes bactériens ou aux toxines).
Très utile dans les cellulites nécrosantes : germe retrouvé dans plus de 70% des cas.
→ permet adaptation antibiothérapie
III. Biopsie c utanée
Surtout pour anatomopathologie
En bactériologie : permet l’étude des germes présents dans hypoderme (utilisation chez grands brûlés et certaines cellulites profondes) pour
orienter l'antibiothérapie.
Permet aussi recherche mycobactéries atypiques par culture sur milieux spécieux ou par amplification génique + recherche de champignons
dans les lésions cutanées.
Utilisée seule : cette méthode permet une étude des germes profonds et n'est pas utile pour l'étude de la flore cutanée.
IV. Méthodes d'empr eintes directes par Count tact
-
Application directement sur la peau une boite faite de gélose
Permet numération possible + identification
Réalisation de cartes bactériennes au cours des syndromes de Lyell ou maladies bulleuses auto-immunes
Méthode mieux adaptée pour l'étude des dermatoses étendues.
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PRELEVEMENTS
VIROLOGIQUES
I. Dermatoses viral es pour lesquelles des prél èvemen ts sont réalisés
-
herpes
varicelle
zona
→ affections vésiculeuses
A. Herpes cutanéo-muqueux
-
Virus responsables : HHV-1 et 2, HSV 1 et 2
Famille : Herpesviridae
Sous-famille: alpha herpes viridae
Genre : simplexvirus
B. Varicelle
-
Virus responsable : HHV-3 ou VZV
Famille : Herpesviridae
Sous-famille : Alpha herpes viridae
Genre : Varicellovirus
C. Zona
-
Virus responsable : HHV3 ou VZV
Même famille, sous-famille et genre que pour la varicelle
Prélèvements utiles
II. Prélèvements
Écouvillonnage :
-
écouvillon avec milieu de transport (VIROCULT)
ou à défaut écouvillon sec et transport immédiat
il faut gratter +++ pour prélever des cellules
recherche directe du virus + PCR
Ponction à la seringue, biopsies : beaucoup plus rarement
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PRELEVEMENTS
EN PARASITOLOGIE
Concernent surtout : la gale et la leishmaniose cutanée.
I. La gale (scabi ose)
Agent pathogène : Sarcoptes scabiei var. Hominis
Signes fonctionnels : prurit +++
Continu, diurne et nocturne
Plus intense la nuit
Lésions de grattage :

Faces latérales des doigts

Faces antérieures des poignets

Plis, ceintures, organes génitaux

Visage, paumes et plantes souvent épargnées
Clinique :
Lésions de grattage parfois surinfectées
Nodules prurigineux
Sillons scabieux et vésicules perlées  Pathognomonique
Diagnostic :
prélèvement squames
vaccinostyle
sillons
lésions récente sans surinfection
sous les ongles
examen microscopique à faible grossissement
La gale est très contagieuse et doit être absolument traitée.
II. La leishmani ose c utanée
Maladies parasitaires dures à protozoaires flagellés qui affectent de nombreuses espèces mammifères y compris l'homme.
Transmises par la piqûre d'un insecte vecteur : le phlébotome.
Diagnostic parasitologique : culture ou PCR qui permet identification.
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PRELEVEMENTS
EN MYCOLOGIE
Réalisés pour :
recherche dermatophytes
des candidas
des pytriasis versicolor
I. Les dermatophytes
Responsables de dermatophytoses (motifs fréquents de consultation) sont dues à des champignons filamenteux, les dermatophytes.
Affinité pour la kératine de la couche cornée de la peau, des poils, des cheveux et des ongles.
Toujours pathogènes.
Responsables d’infections cutanées superficielles de la peau et des phanères, respectent toujours les muqueuses.
Prélèvement à faire avant tout traitement antifongique.
A. Lésions cutanées
Prélèvement de squames au niveau périphérique de la lésion. Si la lésion est inflammatoire : appliquer un écouvillon humidifié à l'eau stérile sur
le bourrelet externe.
Folliculites et sycosis : prélever les poils à la pince à épiler et appliquer un écouvillon humidifié à l'eau stérile sur le follicule inflammatoire.
B. Teignes
3 types de teignes :
teigne tondantes
teignes inflammatoires ou kérion (infection suppurée)
teigne favique ou favus
Examen à la lampe de Wood : observation d'une fluorescence pour les teignes tondantes microscopiques et pour les teignes faviques.
Prélever les squames, les cheveux cassés et les croûtes au niveau des plaques d'alopécie et appliquer sur les lésions un écouvillon humidifié à
l'eau stérile.
Prélever chaque lésion séparément.
C. Onyxis dermatophytique
Atteinte distale ou disto-latérale : couper la partie distale et prélever tablette inférieure au niveau de la jonction entre le tissu contaminé et le
tissu sain.
Leuconychie : décoloration d'un ou plusieurs ongles → racler la partie supérieure de l'ongle.
II. Les candidas
Candidoses cutanées et unguéales :
intertrigo à candida
onyxis et périonyxis
Prélèvements :
gratter les lésions avec une curette tranchante ou un vaccinostyle
pour les ongles : couper les fragments d'ongle pour la culture puis prélever de la poudre au niveau du lit de l'ongle pour l'examen
direct
Périonyxis : presser le bourrelet érythémateux et prélever les sérosités à l'écouvillonna
III. Pytiriasis versicolor
Du à une levure : Malassezia furfur.
Examen en lumière de Wood : fluorescence jaunâtre qui guide le prélèvement.
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Prélèvement :
grattage des lésions au vaccinostyle ou à la curette ramène des squames qui sont ensuite examinées entre lame et lamelles dans un
produit éclaircissant
prélèvement peut se faire aussi avec du scotch transparent qui est ensuite collé sur la lame
Respect des précautions standards
-
Préleveur doit être identifié
Étiquetage des prélèvements (identité patient, date et heure, nature)
Fiche de renseignements cliniques (identité, nature et site, prescripteur, signes cliniques, traitement)
Récipient transporté dans sac en plastique étanche et fermé, avec compartiment séparé pour les documents.
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