evaluation de la contamination bacteriologique des eaux usees

N° d’ordre : 1236
THESE EN CO-TUTELLE
présentée
pour obtenir le grade de DOCTEUR
DE L'UNIVERSITE IBN ZOHR
FACULTE DES SCIENCES D’AGADIR
et
DE L'UNIVERSITE DE STRASBOURG
ECOLE DOCTORALE SCIENCE DE LA VIE ET DE LA SANTE
Spécialité : Microbiologie
PAR
Rkia EDDABRA
EVALUATION DE LA CONTAMINATION BACTERIOLOGIQUE DES
EAUX USEES DES STATIONS D’EPURATION DU GRAND AGADIR :
ISOLEMENT, CARACTERISATION MOLECULAIRE ET
ANTIBIORESISTANCE DES ESPECES DU GENRE VIBRIO
SOUTENUE LE 29/10/2011 DEVANT LA COMMISSION D'EXAMEN
COMPOSITION DU JURY :
M. Abdelatif MOUKRIM
Professeur, Université Ibn Zohr, Agadir, Maroc
Président
M. El Hassane BOUDYACH
Professeur, Université Ibn Zohr, Agadir, Maroc
Rapporteur
M. Benaïssa ATTRASSI
Professeur, Université Ibn Tofaïl, Kénitra,
Maroc
Rapporteur
M. Philippe ANDRE
Dr MCU-PH, Université de Strasbourg, France
Rapporteur
M. Gilles PREVOST
Dr MCU-PH, Université de Strasbourg, France
Examinateur
Mme Aïcha AIT ALLA
Professeur, Université Ibn Zohr, Agadir, Maroc
Examinateur
Mme Rachida MIMOUNI
Professeur, Université Ibn Zohr, Agadir, Maroc
Co-directeur de thèse
M. Jean-Michel SCHEFTEL
Dr MCU-PH, Université de Strasbourg, France
Co-directeur de thèse

AVANT PROPOS
Les travaux présentés dans ce mémoire de thèse, ont été réalisés lors de la préparation d’une thèse en
cotutelle au sein du Laboratoire : Systèmes Aquatiques, Milieu Marin et Continental de la Faculté des
Sciences de l’Université Ibn Zohr d’Agadir (Maroc) sous la direction du Professeur Rachida MIMOUNI
et dans le Laboratoire de Bactériologie des Hôpitaux de la Faculté de Médecine de Strasbourg (France),
sous la direction du Dr. Jean-Michel SCHEFTEL.
PUBLICATIONS DANS DES REVUES A COMITE DE LECTURE
1. EDDABRA R., PIEMONT Y. and SCHEFTEL J.M. 2011. Evaluation of a new chromogenic
medium, chromIDTM Vibrio, for the isolation and presumptive identification of Vibrio cholerae and
Vibrio parahaemolyticus from human clinical specimens. European Journal of Clinical Microbiology and
Infectious Diseases. 30:733–737.
2. EDDABRA R., MOUSSAOUI W., PREVOST G., DELALANDE F., VAN DORSSELAER A.,
MEUNIER O., SCHEFTEL JM. and MIMOUNI R. 2011. Occurrence of Vibrio cholerae non-O1 in
Three Wastewater Treatment Plants in Agadir (Morocco). World Journal of Microbiology and
Biotechnology. 27:1099-1108.
3. MIMOUNI R., EDDABRA R., BEN ZINE L. and ARAAB D. 2009. Microbiological quality of Ben
Sergao wastewater purified by infiltration percolation: 15 years of experience. Reviews in Biology and
Biotechnology. Vol 8, No 1.
4. EDDABRA R., PREVOST G., MEUNIER O., SCHEFTEL JM. and MIMOUNI R. 2011. MALDI-
TOF mass spectrometry analysis and molecular typing by pulsed-field gel electrophoresis of
environmental Vibrio isolates. Moroccan Journal of Biology. N°08-09.
5. MIMOUNI R., YACOUBI B., EDDABRA R. 2011. Physicochemical quality of wastewater purified
by infiltration-percolation: case of the plant of Ben Sergao (South-western morocco) after ten years of
running. Revue de Microbiologie Industrielle Sanitaire et Environnementale (REMISE). 5:101-114.
COMMUNICATIONS ORALES
Congrès internationaux
- EDDABRA R., MIMOUNI R., MOUSSAOUI W., PREVOST G., SCHEFTEL JM. Identification des
souches de Vibrio isolées des stations d’épuration par spectrométrie de masse MALDI-TOF. The second
International Congress of Microbiology: Water Microbial Biotechnologies and Sustainable Development.
Fes, Morocco, June 2d and 3d 2010.
- PREVOST G., MOUSSAOUI W., RIEGEL PH, MAIER T, EDDABRA R, SCHEFTEL J-M,
JAULHAC B, KOSTRZEWA M, PIEMONT Y. Application de la spectrométrie de masse en
microbiologie. Colloque « Utilisation de la spectrométrie de masse en microbiologie ». Réunion de la
Section de Microbiologie Médicale, Institut Pasteur. Paris, France, le 10 mars 2009.
- EDDABRA R., YACOUBI. B., MIMOUNI R. Étude physico-chimique et microbiologique de la
Lagune de Khnifiss. Journées Francophones de Microbiologie des Milieux Hydriques. Agadir, Maroc, le
23-24 novembre 2006.
- EDDABRA R., YACOUBI. B., MIMOUNI R., MOUKRIM A. Evaluation de la qualité
microbiologique et physico-chimique des eaux usées industrielles dans la Wilaya d’Agadir. Journées
Francophones de Microbiologie des Milieux Hydriques. Agadir, Maroc, le 23-24 novembre 2006.

- MIMOUNI R., EDDABRA R., BEN ZINE L. AARAB D., CHERRADI M-A., MOUKRIM A.,
Qualité microbiologique des eaux usées de Ben Sergao (Sud-ouest, Maroc), épurée par infiltration
percolation à propos de quiz ans de fonctionnement de la station. Troisième congrès méditerranéen
WATMED 3. Liban, le 1-3 novembre 2006. Avec publication de l’article de la communication.
Congrès nationaux
- MIMOUNI R., AIT ALLA A., EDDABRA R., SCHEFTEL JM., MONTEIL H., MOUKRIM A.
Identification and susceptibility to antibiotics of Gram negative bacilli sampled in the wastewater and on
the beaches from the Agadir Wilaya (Morocco). Journée scientifique Ressources Naturelles et
Antibiothérapie. Faculté des Sciences Kenitra, Maroc, le 22 juin 2007.
- EDDABRA R., YACOUBI B., MIMOUNI R. Réutilisation des eaux usées épurées en agriculture et
son impact sur la qualité bactériologique des végétaux irrigués par ces eaux. Journées portes ouvertes
Sensibilisation et Valorisation du Patrimoine Scientifique. Agadir, Maroc, le 17-18 février. 2006
- EDDABRA R., YACOUBI B., N’GHIRA A., MOUKRIM A., MIMOUNI R. Contribution à
l’évaluation de la qualité microbiologique et physico-chimique des rejets liquides de deux unités
industrielles de traitement des produits de la mer à Agadir. Journées Marocaines des Sciences des la Mer.
Ressources Biologiques Marines : Connaissance et Valorisation. Agadir, Maroc, le 11 et 12 novembre
2005.
COMMUNICATIONS AFFICHEES
Congrès internationaux
- MANNAS H., N. E. CHAOUQY, R. EDDABRA, J. MARTINEZ URTAZA, R. MIMOUNI.
Contribution à l’étude de prévalence des vibrons dans le milieu marin d’Agadir et d’Essaouira (Maroc).
1er Colloque International Littoraux des Pays Méditerranéens : états passés, actuels et futurs. Larache –
Maroc, 10 au 12 novembre 2010.
- EDDABRA R., MIMOUNI R., MEUNIER O., MOUSSAOUI W., PREVOST G., SCHEFTEL JM.
MALDI-TOF MS analysis and molecular typing by pulsed field gel electrophoresis of environmental
Vibrio isolates. ECCMID 20th. Vienna, Austria, 10 – 13 April 2010
- EDDABRA R., MIMOUNI R., MOUSSAOUI W., PREVOST G., SCHEFTEL JM. Comparative
analysis of Vibrio spp. isolated from two wastewater treatment plants of Agadir (Morocco). Vibrio 2009.
Rio de Janeiro City.,Brazil, 4-6 November 2009
- EDDABRA R, SCHEFTEL JM., PIEMONT Y. Evaluation of the performance of chromIDTM Vibrio,
a new chromogenic medium for isolation and presumptive identification of Vibrio cholerae and Vibrio
parahaemolyticus from clinical specimens. 19th European Congress of Clinical Microbiology and
Infectious Diseases (ECCMID). Helsinki, Finland, le 16-19 Mai 2009.
- EDDABRA R., YACOUBI B., N’GHIRA A., MOUKRIM A., MIMOUNI R. Évaluation de la qualité
microbiologique et physico-chimique des rejets de la station d’épuration de Ben Sergao. Deuxième
congrès méditerranéen WATMED 2. Marrakech, Maroc, 14- 17 novembre 2005.

I
REMERCIEMENTS
Ces quelques lignes me permettront de remercier les responsables et les
personnes qui ont contribué de près ou de loin à la réalisation de ce travail
tant au niveau scientifique qu’au niveau personnel, et sans leur aide, ce
travail n’aurait pas pu aboutir à sa fin.
Je tiens tout d’abord à remercier mon Directeur de thèse, le Professeur
Rachida MIMOUNI, qui a co-dirigé ce travail, ça ne sera jamais suffisant
pour lui exprimer ma grande reconnaissance pour la confiance qu’elle m’a
accordée pour faire avancer ce travail, pour sa patience, sa gentillesse, et
son esprit responsable, critique et rigoureux.
J’adresse également ma reconnaissance à mon Co-directeur de thèse, le
Docteur Jean Michel SCHEFTEL pour avoir accepté de co-diriger mes
travaux de recherche. Malgré ses innombrables occupations au laboratoire
comme ailleurs, il m’a consacré énormément de temps, il m’a transmis une
partie de son savoir de biologiste avec beaucoup de patience et de rigueur.
Je lui adresse tous mes remerciements pour sa compréhension, son respect et
son humanité. De plus, il n’a pas cessé de m’encourager et de faciliter mes
déplacements pour la participation à de nombreuses manifestations
internationales, chose qui a enrichie mes connaissances dans le domaine de
la microbiologie et qui m’a donné de l’assurance.
Je tiens à remercier Mr MOUKRIM A. pour avoir accepté de présider le
Jury de ma thèse. Je remercie vivement Mr ANDRE Ph., Mr ATTRASSI B.
et Mr BOUDYACH E.H. de bien vouloir accepter de juger mon travail.
Merci également à Mme AIT ALLA A., PREVOST G. et Mme QUILICI M-L.
d’avoir accepté d’examiner ce travail et de faire partie de ce jury.
Je tiens à remercier l'ensemble du personnel du laboratoire d’hygiène
hospitalière de Strasbourg Mr MEUNIER O., et Mmes HERRMANN F. et
NAPOLITANO D. Merci à Mme HEATH-HERVIO D. de l’Ifremer de Brest.
Merci à Mr. Monteil H. ancien directeur de l’Institut de Bactériologie de la
Faculté de Médecine de Strasbourg.
Merci aux Professeures YACOUBI B., KAYAA A. et BERGAYOU H., aux
Messieurs AARAB D. (de la Délégation Médicale d’Agadir), N’GHIRA A.

II
(de l’Agence du Bassin Hydraulique), et BEN ZINE L. (RAMSA), au
personnel du laboratoire d’enseignement de microbiologie de la Faculté des
Sciences d’Agadir. Merci au Pr. MADIDI S. pour les analyses statistiques.
Je remercie tous mes collègues et ami(e)s de près ou de loin (voire de
vraiment loin !), clin d’œil à El KADRY K. et à ses réflexions philosophiques
(«c’est comme ça la vie!… »), aux ex-docotorants AZDI M., ANAJJAR E.M.
et BANAOUI A. maintenant partis vers d'autres horizons !!, aux filles
IDARDARE Z., LEFRERE L., finalement, on finira en même temps !!, à
MAALAINAINE M. et aux derniers venus, bonne chance !
Aux collègues de Strasbourg : AKADDAR A. et MOUSSAOUI W., je vous
dis merci et bonne chance pour la suite !
Je remercie chaleureusement l'ensemble des familles SCHEFTEL, MISBAH,
BOEHLER et CHAKRI.
A la mémoire du Professeur PIEMONT Y. qui m’a acceptée au sein du
Laboratoire de Bactériologie, Que dieu ait son âme en sa sainte miséricorde.
Je voudrai remercier le réseau REMER, l’Egide pour les bourses de stage, la
société bioMérieux et l’association ADERBA, pour la subvention qu’elles
m’ont attribué lors du 19 et 20ème congrès de l’ECCMID qui s’est déroulé à
Helsinki et à Vienne.
En outre, la réalisation de ce travail n’aurait pas été possible sans le soutien
moral et affectif et financier de mes parents. Je remercie ainsi tous les
membres de ma famille. Je les remercie pour leur appui et leur dévotion
durant toutes ces années.
A toutes les personnes citées et les autres que j’aurais pu oublier, MERCI !!!