Assignment #2
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Biologie Moléculaire-2013 Devoir No6 Exercice 9 Contrôle transcriptionnel de Mel1 (Analyse northern) 1. Soumettre une figure de votre hybridation Northern avec une légende appropriée. 2. Obtenir les données densitométriques pour les ARN ribosomaux sur votre gel d’ARN ainsi que les signaux d’ARN messagers obtenus aux différents temps suite au transfère au galactose ou au glucose + galactose. Soumettre un tableau des données brutes obtint avec imageJ pour le Northern et le gel d’ARN correspondent. Votre tableau doit inclure les données brutes (les valeurs pour chacune des aires), les valeurs normalisées (Mel1/rRNA) pour chacun des temps et l’expression relative aux différents temps après le transfert comparativement au temps zero (Ex. Valeur normalisée pour 1 heure/valeur normalisé temps 0). Mutagénèse dirigé de LacZ : Essai de beta galactosidase 3. Soumettre un tableau des données et l’analyse correspondante des essais de beta galactosidase. Votre tableau doit inclure : a. Les absorbances moyennes et les DO600 pour chacun des mutants pour chacune des dilutions testées. b. Les unités d'activité calculée pour chacun des mutants. c. Les activités relatives comparativement au témoin pUC. d. Le type d’acide aminé substitué que chaque muant représente (Ex. conservé, semiconservé, etc.) e. Une légende qui indique quel mutant démontre la réduction relative d’activité la plus élevée. Contrôle traductionnel de Mel1 4. Soumettre un tableau des données et l’analyse correspondante des essais d’alpha galactosidase. Votre tableau doit inclure : a. Les absorbances et les DO600 pour chacune des dilutions de cultures respectives obtenues pour les essais d’alpha galactosidase représentants les différents temps suite au transfert au galactose ou au galactose + glucose. b. Les unités d'activité calculée pour chacun des temps. c. Les activités relatives comparativement au temps 0. Une légende qui indique si les différences dans les activités observées sont conformes au niveau de transcrit observé. Page 1 de 4 Biologie Moléculaire-2013 Bio-informatique : 1. Soumettre la séquence annotée (nucléotide avec les acides aminés correspondants) de l'ORF le plus long de la séquence virale1. 2. Est-ce que la séquence soumise dans la question précédente représente la séquence du génome viral, de l'ARNm, ou les deux? 3. Soumettre l'information suivante sur l'ORF le plus long des séquences virale1 et virale2: La définition L'organisme duquel le gène provient Le nom du gène (pas du produit du gène) Le nom du produit du gène 4. Soumettre l'information suivante pour la séquence virale3: Quels SNPs (single nucleotide polymorphisms) est-ce que la séquence viral3 a acquis? Quel est le pourcentage d'identité nucléotidique entre les séquences viral1 et viral3? Quel est le pourcentage d'identité protéique entre les séquences viral1 et viral3? Quel type de changements d'acides aminés sont survenus: conservé, semiconservé ou non conservé? 5. Parmi les SNP retrouvés dans la séquence virale3, est-ce que tous changent l'acide aminé codé? Si non, donner un exemple spécifique où cela n'est pas le cas. Inclure le codon original, le nouveau codon, et l'acide aminé correspondant dans les deux cas. 6. Quels trois domaines protéiques conservés sont présents dans la séquence humaine inconnue? Boni (2.5 points totaux sur ce devoir) Vous devriez maintenant être assez familier avec le site de NCBI et être en mesure de compléter l'exercice suivant avec peu de directives. Considérez ceci comme une pratique pour la partie de bio-informatique qui sera sur l'examen final GGCTCGCTGCCTCGCATTGCCACAGGCTCCTGAGAGGTCGCGGGCAGTGCCTGCGGGGA GGCGCGGGGCCCTGCTCTGTAGGGCTGAAGGCCGCCCGAGGTTCGCCAAGGCTCTGGGC TCTCGAAAGGAAGCCAAGAAAA 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. Cette séquence provient de quel gène? Quel est le numéro d’accession de ce gène? Cette séquence provient de quel organisme? Quel est le numéro d’accession de cette protéine? Donner le numéro d’accession d’un orthologue protéique de rat (Rattus Norvegicus). Quel est le pourcentage d’identité protéique entre les protéines humaines et de rats. Combien de fois est-ce que BamHI et HincII coupent dans le gène humain? Page 2 de 4 Biologie Moléculaire-2013 8. Laquelle des amorces suivantes pourraient s'hybrider à l'ARNm du gène humain afin de permettre une réaction de transcriptase inverse? A. B. C. D. CAACCCATCACACAAAAC GCATTGTAGCTTGTGTTGC CTGACCGTTTTGTGTGATG GCTTATTACGGTATCTCTG 9. La séquence sur la page suivante a été obtenue d'un patient. Possède-t-elle un ou plusieurs SNP? Si oui quels sont-ils? Indiquer la position ainsi que le changement de base. (Ex. G218 à C). 10. Est-ce que ces SNP changent le cadre de lecture du gène? Page 3 de 4 Biologie Moléculaire-2013 ATGAGGACTCTGAACACCTCTGCCATGGACGGGACTGGGCTGGTGGTGGAGA GGGACTTCTCTGTTCGTATCCTCACTGCCTGTTTCCTGTCGCTGCTCATCCTGT CCACGCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGCCGTTATCAGGTTCCGACAC CTGCGGTCCAAGGTGACCAACTTCTTTGTCATCTCCTTGGCTGTGTCAGATCT CTTGGTGGCCGTCCTGGTCATGCCCTGGAAGGCAGTGGCTGAGATTGCTGGCT TCTGGCCCTTTGGGTCCTTCTGTAACATCTGGGTGGCCTTTGACATCATGTGCT CCACTGCATCCATCCTCAACCTCTGTGTGATCAGCGTGGACAGGTATTGGGCT ATCTCCAGCCCTTTCCGGTATGAGAGAAAGATGACCCCCAAGGCAGCCTTCA TCCTGATCAGTGTGGCATGGACCTTGTCTGTACTCATCTCCTTCATCCCAGTG CAGCTCAGCTGGCACAAGGCAAAACCCACAAGCCCCTCTGATGGAAATGCCA CTTCCCTGGCTGAGACCATAGACGACTGTGACTCCAGCCTCAGCAGGACATA TGCCATCTCATCCTCTGTAATAAGCTTTTACATCCCTGTGGCCATCATGATTGT CACCTACACCAGGATCTACAGGATTGCTCAGAAACAAATACGGCGCATTGCG GCCTTGGAGAGGGCAGCAGTCCACGCCAAGAATTGCCAGACCACCACAGGT AATGGAAAGCCTGTCGAATGTTCTCAACCGGAAAGTTCTTTTAAGATGTCCTT CAAAAGAGAAACTAAAGTCCTGAAGACTCTGTCGGTGATCATGGGTGTGTTT GTGTGCTGTTGGCTACCTTTCTTCATCTTGAACTGCATTTTGCCCTTCTGTGGG TCTGGGGAGACGCAGCCCTTCTGCATTGATTCCAACACCTTTGACGTGTTTGT GTGGTTTGGGTGGGCTAATTCATCCTTGAACCCCATCATTTATGCCTTTAATG CTGATTTTCGGAAGGCATTTTCAACCCTCTTAGGATGCTACAGACTTTGCCCT GCGACGAATAATGCCATAGAGACGGTGAGTATCAATAACAATGGGGCCGCG ATGTTTTCCAGCCATCATGAGCCACGAGGCTCCATCTCCAAGGAGTGCAATCT GGTTTACCTGATCCCACATGCTGTGGGCTCCTCTGAGGACCTGAAAAAGGAG GAGGCAGCTGGCATCGCCAGACCCTTGGAGAAGCTGTCCCCAGCCCTATCAG TCATATTGGACTATGACACTGACGTCTCTCTGGAGAAGATCCAACCCATCACA CAAAACGGTCAGCACCCAACCTGA Page 4 de 4
