Le transfert latéral de gène : un nouvel algorithme de détection

Le transfert latéral de gène (TLG) : un nouvel algorithme de détection
Le processus d’évolution d’espèces a longtemps été modélisé à l’aide d’arbres
phylogénétiques. Dans de tels arbres, chaque espèce ne peut être liée qu’avec son ancêtre
le plus proche et toutes autres relations inter-espèces, telles que par exemple le transfert
latéral de gène (i.e. transfert horizontal de gène), ne sont pas permises. Cependant, ce
dernier joue un rôle clé dans l’évolution des espèces, en particulier des bactéries. En
effet, de nombreux projets de séquençages de bactéries ont renforcé l’idée que l’analyse
phylogénétique d’un groupe d’espèces doit tenir compte d’évènements évolutifs tels que
la convergence, la duplication, la perte et le transfert latéral de gènes.
Je présenterai une nouvelle méthode permettant la prédiction de probables TLG durant
l’évolution d’un groupe d’organismes considérés. La méthode proposée procède par
l’établissement des différences topologiques entre la phylogénie d’espèces et celle du
gène en question. Elle utilise une procédure d’optimisation basée sur le critère des
moindres carrés pour tester la possibilité d’un transfert latéral de gène entre tous les
couples de branches de l’arbre d’espèces. Dans la partie application, je montrerai
comment cette méthode permet de prédire d’éventuels transferts du gène rubisco rcbL
dans une phylogénie incluant des algues, des cyanobactéries et des protéobactéries.
Recherche effectuée sous la direction de M. Vladimir Makarenkov.