PROPOSITION SUJET de MASTER 2016-2017 TITRE : Expression des pompes à efflux de Stenotrophomonas maltophilia lors de l’interaction avec les amibes du sol Nom, Prénom du Maitre de Stage : FAVRE-BONTE Sabine Qualité : Maître de Conférences Téléphone : 04 72 43 14 95 E-mail : [email protected] Nom, Prénom du co-encadrant éventuel : Qualité : Téléphone : E-mail : Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : UMR CNRS 5557 Ecologie Microbienne. Y. Möenne-Loccoz Equipe Multi-résistance Environnementale et Efflux bactérien Adresse : Bat. Mendel 43 bld du Onze Novembre 1918 - Villeurbanne Nom du candidat éventuellement proposé : S'il n'est pas retenu, acceptez-vous un autre candidat ? Oui - Non Description du sujet au verso Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) : Le phénotype MDR (multi-drug resistant) est un phénotype bactérien largement répandu en milieu hospitalier chez les espèces pathogènes de l’homme. L’efflux d’antibiotiques via des pompes, est un des mécanismes contribuant à cette multi-résistance et son rôle est de plus en plus prépondérant dans l’émergence de phénotypes MDR. Les pompes à efflux impliquées dans la MDR et notamment celle de la famille RND présentes chez de nombreuses espèces de Protéobactéries sont connues pour la diversité des substrats qu’elles prennent en charge et par leur implication dans diverses fonctions physiologiques (maintien de l’homéostasie, virulence, développement de biofilms…). Ainsi, chez des bactéries environnementales et/ou hospitalières ces pompes interviendraient dans la colonisation racinaire et la détoxication cellulaire en cas d’exposition aux stress abiotiques (fortes températures, variations de pH). En s’intéressant aux réservoirs environnementaux de bactéries MDR impliquant les pompes à efflux nous avons mis en évidence que certains sols originaires du Burkina Faso et leurs microfaunes associées (i.e. amibes) hébergent des bactéries aux phénotypes MDR appartenant à l’espèce opportuniste Stenotrophomonas maltophilia, espèce fortement dotée en pompes à efflux RND. Les amibes libres sont connues pour leur rôle prédateur de bactéries (Rodriguez-Zaragoza, 1994). Néanmoins certaines bactéries phagocytées, dont des espèces pathogènes comme Legionella pneumophila, sont capables de résister à cette prédation (Greub et Raoult, 2004). L’analyse de la diversité amibienne de l'eau et des bactéries associées par approche métagénomique a mis en évidence de nombreuses espèces pathogènes appartenant aux genres bactériens Stenotrophomonas, Pseudomonas, ou Acinetobacter (Delafont et al., 2013). Par ailleurs, il a été démontré chez S. maltophilia que la surexpression d’une pompe à efflux induit une baisse de sa virulence lors de l’interaction avec l’amibe sociale Dictyostelium discoideum modifiant la colonisation de ce micro-eucaryote (Alonso et al., 2004). Des travaux de co-culture, bactérie/amibe, récemment entrepris dans notre équipe montrent que les souches de S. maltophilia au phénotype MDR sont capables de survivre voire se multiplier au sein des espèces d’amibes Acanthamoeba castellanii et Willertia magna échappant ainsi à la phagocytose. Nous formulons l’hypothèse que l’interaction amibe-bactérie constituerait une situation de stress (i.e. attaque cellulaire via des composés amibiens antimicrobiens), à laquelle les bactéries répondraient en surexprimant des pompes à efflux. L’objectif de ce travail est donc d’étudier l’expression de pompes RND de S. maltophilia lors de l’interaction avec des amibes. Les amibes hébergeant S. maltophilia ayant été isolées à partir de sols exposés à de fortes variations de température (sol sous climat subsahélien au Burkina-Faso) et ce facteur abiotique étant connu pour moduler l’expression des pompes RND (Bazyleu and Kumar, 2014) nous nous intéresserons à l’effet de la température sur l’expression de ces pompes. Démarche expérimentale : Co-culture amibes-S. maltophilia : Deux genres amibiens seront choisis pour être cultivés en présence de souches de S. maltophilia de phénotypes différents (MDR ou sensible). Une cinétique d’interaction sera conduite sur 1 semaine pour chacun des couples. Expression des pompes à efflux de S. maltophilia : Le génome de S. maltophilia comptant entre 8 et 12 pompes à efflux de la famille RND, un travail de dessin d’amorces permettant de cibler les gènes codant les pompes sera effectué. Les acides nucléiques du contenu amibien après interaction avec S. maltophilia (selon la cinétique d’interaction) seront extraits et les ARNm spécifiques des pompes à efflux seront quantifiés (qRT-PCR). Une condition expérimentale sans interaction avec l’amibe constituera une condition témoin. Influence de la température : L’influence de la température sur l’expression des pompes sera étudiée selon la même approche expérimentale en réalisant les expériences de co-culture à des températures différentes. Après co-culture, le contenu en acides nucléiques des amibes sera extrait et les ARNm spécifiques des pompes quantifiés. Collaboration : Michel Pélandakis (UMR CNRS 5240 Microbiologie Adaptation Pathogénie) pour la culture des amibes.