Fiches UE des enseignements de M2 EFCE Habilitation

Fiches UE des enseignements de M2 EFCE
Habilitation 2012-2016
UE Écologie et Evolution des communautés-changements globaux
(EEC)
Mention du Master : Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité : EFCE
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Cette UE donnera les clés de connaissance essentielles pour comprendre les effets
des changements globaux (agriculture, climat) sur les assemblages d’espèces et la dynamique de la diversité, à
diverses échelles spatiales et temporelles. Les invasions biologiques seront considérées sous l’angle des processus
impliqués et des conséquences induites. Cette UE traitera des mécanismes écologiques et évolutifs impliqués dans
la dynamique de la diversité (règles d’assemblages), en précisant l’importance des interactions biotiques. La
sélection des traits et la notion de traits fonctionnels seront traitées, en relation notamment avec le
fonctionnement des écosystèmes et la notion d’espèces indicatrices.
Mise en œuvre des méthodes utilisées en écologie des communautés, en phylogénie des communautés et en
écologie du paysage. Compréhension des mécanismes sous-jacents de la diversité biologique. Analyse des impacts
des modalités de gestion des milieux sur les communautés. Analyse critique d’articles publiés.
Responsables U E : Anne BONIS et Alain BUTET
Forme de l’enseignement : présentiel
Horaire d'enseignement : 28h cours + 3 h TD
Cours
magistraux
28
T.P.
T.D.
Projet
Stage
3
Contenu pédagogique :
- Réponses des communautés à la dynamique des paysages, aux contraintes et aux activités humaines
- réponses des communautés aux contraintes et perturbations, notamment dans le cadre des
changements climatiques
- conséquences écologiques et évolutives des espèces envahissantes
- Mécanismes évolutifs et écologiques impliqués dans la dynamique de la diversité (règles d’assemblages)
- Dynamique des interactions biotiques
- Liens structure-fonction, traits de réponse et traits d’effet
- Méthodes d’analyses, changements d’échelle
- analyse critique d’articles publiés
UE Biodiversité, flux et fonctionnement des écosystèmes (BFF)
Mention du master: Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité : EFCE
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Comprendre le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement (biologique,
chimique, physique) des écosystèmes : Interpréter la biodiversité dans son habitat, la mesurer, en évaluer les
changements ; Quantifier le rôle des organismes dans les cycles des éléments dans la biosphère : voies de
transferts, mécanismes de régulation ; Analyser les réponses des écosystèmes aux changements de biodiversité.
Fonctions écosystémiques et conservation.
Responsables U E : Philippe VANDENKOORNHUYSE & Françoise BINET
Forme de l’enseignement : présentiel
Horaire d'enseignement : 30h
Cours
T.P.
T.D.
0
0
Projet
Stage
magistraux
30
Contenu pédagogique :
UE basée sur une pédagogie originale, l'apprentissage par projet (APP) tutorée par un spécialiste. Dans cette UE
des thèmes au choix sont proposés. Les étudiants choisissent un thème qui n'est pas en lien avec leur stage de
recherche. Les connaissances sont transmises par les étudiants eux-mêmes et une évaluation de synthèse est
réalisée.
Les thèmes proposés (liste non exhaustive)
-cycle du carbone et réchauffement planétaire
-radiation adaptative
-diversité et productivité des écosystèmes
-modélisation en écologie fonctionnelles
-place du virome dans les écosystèmes
-transfert de gènes, résistance, résilience
-bioremédiation ...
UE Evolution des comportements et des traits d'histoire de vie (ECT)
Mention du Master : Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité : EFCE
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Comprendre l’évolution des fonctions, des traits comportementaux et des
stratégies adaptatives comportementales et phénotypiques ; Maîtriser les concepts des théories modernes de la
Biologie Evolutive, en particulier dans le cadre des modèles phénotypiques (Stratégies Evolutivement Stables...) ;
Connaître les mécanismes à l’origine de la biodiversité et les moyens de retracer son histoire : évolution des
systèmes de reproduction, spéciation, phylogénie, phylogéographie ; Savoir interpréter les méthodes et les
données issues de l’écologie comportementale, de la modélisation mathématique et des phylogénies
Responsable U E : Anne Atlan, Manuel Plantegesnest
Forme de l’enseignement : présentiel
Cours
T.P.
T.D.
0
0
Projet
Stage
magistraux
30
0
Contenu pédagogique :
-Socialité : avantages et désavantages de la vie en groupe. Influence de la distribution des ressources et de la
taille du groupe. Balance entre compétition et risques de prédation.
-Organisation sociale : choix du partenaire social et du partenaire sexuel. Les différents types
d’organisation sociale, sélection sexuelle, coopération, rôle de la parenté.
-Soins parentaux et allocations des ressources selon le sexe. Investissement parental, partage entre les sexes,
influence de la durée de vie des parents, rôle du statut social, sélection de parentèle.
-Les choix liés à la dispersion et dynamique des populations. Qui se disperse (sexe, âge, statut social) ? à
quel moment ? Quels sont les choix de destination ? Critères de choix (qualité de l’environnement physique et social,
rôle de la parenté) ? Philopatrie. Conséquences sur la dynamique des populations.
-Valeur adaptative des comportements. Modèles mathématiques de l'adaptation comportementale. Les
exemples seront pris dans les thèmes suivants : Approvisionnement optimal, Sélection sexuelle, investissement parental
-Apprentissage et valeur de l’information. Les différents types d’apprentissage. L’évolution de
l’apprentissage. Apprentissage et variabilité de l’environnement.
-Modélisation de l'évolution des paramètres principaux de la dynamique des populations (survie,
fécondité, âge de maturité,...)
-Théorie des jeux appliquée à l'évolution. Notion d'ESS. Recherche d'ESS. Application à l'évolution de la
sex-ratio, de la dispersion, du comportement social
-Niveaux de sélection. Notion d'inclusive fitness. Conflits sélectifs. Signatures de la sélection sur les génomes
-Spéciation. Origine et histoire des espèces : Evolution des systèmes de reproduction, spéciation, données
génomiques et histoire des populations et des espèces
UE Eléments de la démarche scientifique : l’analyse bibliographique
(ABI)
Mention du master: Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité : EFCE, MODE
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Cette UE est pour l’étudiant, encadré par un tuteur académique, l’occasion
d’utiliser les moyens courants de recherche de la bibliographie afin de construire un dossier sur un sujet imposé
(en rapport avec son futur stage de semestre 4), de faire la synthèse et l’analyse critique de cette bibliographie, de
rédiger cette synthèse dans un mémoire écrit de manière rigoureuse et logique, de présenter cette analyse
oralement en public et en temps limité, cette analyse, en utilisant des supports visuels adaptés.
Responsable U E : Françoise BUREL & Philippe Vandenkoornhuyse
Capacité d’accueil : 25 - 30
Forme de l’enseignement : présentiel
Cours
T.P.
T.D.
Projet
Stage
0
3
30
0
magistraux
0
Contenu pédagogique :
Comment accéder aux bases de données bibliographiques, leur utilisation, comment appréhender une question
de recherceh au travaers une analyse bibliographique
UE Science et Société (SSO)
Mention de master : Master BAS
Spécialité : SCMV, CAH, MFA, EFCE, ERPUR, GHBV, ED, MSB
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Réfléchir sur les finalités de la recherche, ses enjeux économiques, sociaux et
politiques, ses méthodes, ses résultats et son évaluation ; Acquérir une culture générale scientifique et
comprendre l’intérêt d’une approche transversale de la recherche.
Responsable U E : Isabelle Pellerin
Forme d'enseignement : présentiel + visio
Horaire d'enseignement :
Cours magistraux
25 H
T.P.
T.D.
Projet
stage
5H
Intervenants principaux : Agnes Ricroch (MC, AgroParisTech) Pierre Henri Gouyon (Pr, UMR 7205
MNHN/CNRS), Didier Gascuel (Agrocampus Ouest), Jacques Van Alphen (Pr Universite de Leiden, Pays Bas),
Lionel Simmoneau (CR LIRDEF, Montpelier), Jean Sebastien Pierre (Pr Université Rennes 1), Anne Atlan (CR,
UMR 6553 ECOBIO), Denis TAGU (DR UMR INRA-Agrocampus OuestBiO3P), Isabelle Pellerin, (Pr Universite
Rennes 1).
UE Séquençage de masse en écologie : concepts et stratégies d'analyses
(SME)
Mention du Master : Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité : EFCE, MFA
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Introduire les différentes techniques de séquençage de masse utilisées en écologie et en
évolution ; Connaître les différentes approches utilisées, la nature des informations apportées, être capable d'estimer la
qualité des données produites ; Connaître les sources d'informations utilisables pour identifier les organismes et
déterminer les fonctions. Quels sont leurs domaines d'applications et leurs limites ? ; Maîtriser les concepts et acquérir
des compétences pratiques dans l'utilisation des outils permettant de caractériser sur le plan fonctionnel et
taxonomique une séquence anonyme ; Initier à l'utilisation des données de séquençage de masse pour la modélisation en
écologie et pour aller vers la génomique écologique intégrative.
Responsable U E : Alexis Dufresne
Forme de l’enseignement : présentiel
Cours
T.P.
T.D.
5
19
Projet
Stage
magistraux
6
0
Contenu pédagogique :
-Introduction à la génomique environnementale (cours) : Contexte historique, potentialités, développements
actuels et futurs, exemples de grands projets internationaux ; Présentation des techniques de séquençage de masse
(sanger, pyroséquençage, solexa/Solid) ; Description détaillée des approches (métagénome, approche single-cell,
métatranscriptome, amplicons).
-Considérations pré-séquençage (cours) : Objectifs et plan d'expérience, Caractéristiques des communautés
étudiées, Meta-données et intégration avec les mesures des paramètres environnementaux.
-Traitement des séquences produites (TD) : Filtration en fonction de la taille, de la qualité, de la présence d'un
motif...Clusterisation des séquences et courbes de raréfaction, Assemblage des séquences.
-Caractérisation fonctionnelle et taxonomique des séquences(TD) : Identification des gènes, Annotations
fonctionnelles.
-Analyse des communautés (TD) : Analyse d'amplicons et diversité des communautés (exemple usage de
mothur), Trie des séquences et identification des populations dominantes, Liens diversité – fonction, identification des
interactions biotiques, Reconstruction des réseaux biochimiques et modélisation (TD).
8
UE Génétique et génomique des populations (GGP)
Mention du master : Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité : EFCE
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Ce module a pour objectifs (1) de faire comprendre les mécanismes responsables de
l’évolution de la variabilité génétique dans et entre les populations, d'appréhender la dynamique spatiale et temporelle
de cette variabilité en abordant un raisonnement mixte, basé à la fois sur la modélisation et l'observation et (2)
maîtriser les outils statistiques et logiciels d’analyses de données en génétique et génomique des populations.
Responsables U E : G. Evanno, Y. Outreman, S. Stoeckel
Forme de l’enseignement : présentiel
Cours
T.P.
T.D.
Projet
Stage
0
14
0
0
magistraux
16
Contenu pédagogique :
Génétique des populations : histoire, fondements et application (8h – Y. Outreman & G. Evanno)
Les marqueurs moléculaires (2h – H. Magalon)
Génétique de la dispersion et du paysage (4h – E. Petit & M. Plantegenest)
Système de reproduction et génétique (4h – J.C. Simon & S. Stoeckel)
Modèles d'évolution moléculaire, taux de substitution (2h – M. Ainouche)
Reconstruction phylogénétique (2h – K. Ainouche)
Phylogéographie et démographie historique (2h – A. Guiller)
Différentiation adaptative : de la génétique des populations à la génétique quantitative (1h30 – G. Evanno)
Inférence moléculaire de la sélection : du gène au génome (1h30 - S Stoeckel)
La théorie de la coalescence (1h30 – T. Broquet)
Modélisation et analyse des réseaux génétiques (1h30 – S. Arnaud-Haond)
9
UE Analyses statistiques en écologie (AEC)
Mention de master : Biodiversité Écologie Environnement (BEE)
Spécialité :
EFCE (optionnel),
MODE (optionnel)
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés : Connaître et maîtriser des méthodes d’analyse des données avancées utilisées dans les
domaines de l’écologie.
Responsable U E : A. ERNOULT, C. WOLF
Forme d'enseignement : présentiel
Horaire d'enseignement : 24h
Cours magistraux
T.P.
T.D.
6
12
6
Projet
stage
Intervenants : Aude ERNOULT, MCU 67, Ecobio, OSUR
Cédric WOLF, MCU 67, Ecobio, OSUR
MC2010 poste n°529 (MCU en recrutement) – 67 – ECOBIO OSUR
Contenu :
-Modèle linéaire général
-Modèle linéaire généralisé
-Méthodes d’analyses multi-tableaux
-Introduction aux modèles neutres
10
UE Modélisation en épidémiologie (MEPI)
Mention de master :
Biologie écologie et environnement (BEE)
Modélisation
Spécialité : MODE, SCNI (Mention Modélisation, optionnel)
Semestre : 3
Savoir et savoir-faire associés :
- Connaissance des principes de l’épidémiologie
- Modélisation en épidémiologie : modèle SIR et dérivés, dynamique spatiale
- Evaluation des stratégies de maîtrise des populations et des infections
Responsable U E : T. HOCH, P. EZANNO
Forme d'enseignement : présentiel
Horaire d'enseignement : 24h
Cours magistraux
T.P.
11h
T.D.
Projet
8h
5h
Contenu pédagogique:
Notions de bases sur les maladies transmissibles
Dynamique d’une population structurée en âge
Dynamique de propagation d’un agent pathogène
Analyse de la sensibilité des modèles
Prise en compte de caractéristiques individuelles des hôtes
Concepts de métapopulations. Aspects spatiaux de la diffusion d’agents pathogènes
Automates cellulaires
11
Stage